Quantum mechanical calculations of nucleophilic attack in the pseudouridine synthesis reaction

Journal of the American Chemical Society

Volumn 121, Issue 43, 1999, Pages 9928-9931

  Lee, Tai Sung ^a   Kollman, Peter A ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ASPARTIC ACID; PSEUDOURIDINE; URACIL;

ARTICLE; CHEMICAL REACTION; CHEMICAL STRUCTURE; ENERGY; NUCLEOTIDE METABOLISM; QUANTUM MECHANICS; SYNTHESIS;

EID: 0033520755     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja991088n     Document Type: Article

References (29)

1. Huang, L.; Pookanjanatavip, M.; Gu, X.; Santi, D. V. Biochemistry 1998, 37, 344-351.
2. Limbach, P. A.; Crain, P. F.; McCloskey, J. A. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 2183-2196.
3. Santi, D. V.; Wataya, Y.; Matsuda, A. In Proceedings of the International Symposium on Substrate-Induced Irreversible Inhibition of Enzymes; Elsevier-North Holland: New York, 1978; pp 291-303.
4. Zhao, X.; Home, D. A. J. Biol. Chem., 1997, 17, 1950-1956.
5. Pogolotti, A. L.; Ivanetich, K. M.; Sommer, H.; Santi, D. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1976, 70, 972-978.
6. Kunitani, M. G.; Santi, D. V. Biochemistry 1980, 19, 1271-1275.
7. Osterman, D. G.; DePillis, G. D.; Wu, J. C.; Matsuda, A.; Santi, D. V. Biochemistry 1988, 27, 5204-5210.
8. Chen, L.; MacMillan, A. M.; Chang, W.; Ezaz-Nikpay, K.; Lane, W. S.; Verdine, G. L. Biochemistry 1991, 30, 11018-11025.
9. Santi, D. V.; Hardy, L. W. Biochemistry 1987, 26, 8599-8606.
10. Kealey, J. T.;. Santi, D. V. Biochemistry 1991, 30, 9724-9728.
11. Kammern, H. O.; Marvel, C. C.; Hardy, L.; Penhoet, E. E. J. Biol. Chem. 1988, 263, 2255-2263.
12. Samuelsson, T. Nucleic Acids Res. 1991, 19, 6139-6144.
13. McCarter, J. D.; Withers, S. G. Curr. Opin. Struct. Biol. 1994, 4, 885-892.
14. White, A.; Tull, D.; Johns, K.; Withers, S. G.; Rose, D. R. Nat. Struct. Biol. 1996, 3, 149-154.
15. McCarter, J. D.; Withers, S. G. J. Biol. Chem. 1996, 271, 6889-6894.
16. McCarter, J. D.; Burgoyne, D. L.; Miao, S. C.; Zhang, S. Q.; Callahan, J. W.; Withers, S. G. J. Biol. Chem. 1997, 272, 396-400.
17. Braun, C.; Lindhorst, T.; Madsen, N. B.; Withers, S. G. Biochemistry 1996, 35, 5458-5463.
18. Romier, C.; Reuter, K.; Suck, D.; Ficner, R. Biochemistry 1996, 35, 15734-15739.
19. Romier, C.; Reuter, K.; Suck, D.; Ficner, R. EMBO J. 1996, 15, 2850-2857.
20. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Keith, T.; Petersson, G. A.; Montgomery, J. A.; Raghavachari, K.; Al-Laham, M. A.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Peng, C. Y.; Ayala, P. Y.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Replogle, E. S.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Binkley, J. S.; Defrees, D. J.; Baker, J.; Stewart, J. P., Head-Gordon, M.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 94, Revision E.2; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, 1995.
21. Barone, V.; Cossi, M.; Tomasi, J. J. Chem. Phys. 1997, 107, 3210-3221.
22. Barone, V.; Cossi, M.; Tomasi, J. J. Comp. Chem. 1998, 19, 404-417.
23. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; G. E. Scuseria, M. A. R.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; R. E. S.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; J. M.; Millam, A. D. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; J. Tomasi, V. B.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; C. Adamo, S. C.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Q. Cui, K. M.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; K. Raghavachari, J. B. F.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; G. Liu, A.-L.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; R. L. Martin, D. J. F.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; A. Nanayakkara, C. G.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; W. Chen, M. W. W.; Andres, J. L.; Gonzalez, C.; M. Head-Gordon, E. S. R.; Pople, J. A. Gaussian 98, Revision A.6; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, 1998.
24. Warshel, A.; Aqvist, J.; Creighton, S. Proc. Natl. Acad. Sci. 1989, 86, 5820-5824.
25. Guthrie, J. P.; Kluger, R. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 11569-11572.
26. Alagona, G.; Ghio, C.; Kollman, P. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 9855-9862.
27. Warshel, A.; Papazyan, A.; Kollman, P. A. Science 1995, 269, 102-104.
28. Warshel, A. J. Biol. Chem. 1998, 273, 27035-27038.
29. Schröder, S.; Buckley, N.; Oppenheimer, N.; Kollman, P. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 8232-8238.