Sharp DNA bends as landmarks of protein-binding sites on straightened DNA

Analytical Chemistry

Volumn 71, Issue 9, 1999, Pages 1663-1667

  Yokota, Hiroki ^a,c   Fung, Kevin ^a   Trask, Barbara J ^a   Van Den Engh, Ger ^a   Sarikaya, Mehmet ^b   Aebersold, Ruedi ^a  

^a UNIVERSITY OF WASHINGTON   (United States)

^b University of Washington   (United States)

^c INDIANA UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CURVED DNA; DNA BINDING PROTEIN;

ARTICLE; BINDING SITE; DNA BINDING; FLUORESCENCE; FLUORESCENCE MICROSCOPY; PEPTIDE MAPPING; PROTEIN BINDING; PROTEIN LOCALIZATION; SURFACE TENSION;

BACTERIOPHAGE LAMBDA; BINDING SITES; DNA; FUNGAL PROTEINS; MICROSCOPY, ATOMIC FORCE; MICROSCOPY, FLUORESCENCE; PROTEINS; PROTO-ONCOGENE PROTEINS C-JUN; SACCHAROMYCES CEREVISIAE PROTEINS; TRANSCRIPTION FACTOR AP-1; TRANSCRIPTION FACTORS;

EID: 0033135792     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac981370x     Document Type: Article

References (46)

1. Ptashne, M.; Gann, A. Nature 1997, 386, 569-577.
2. Lane, D.; Prentki, P.; Chandler, M. Microbiol. Rev. 1992, 56, 509-528.
3. Tullius, T. D. Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1989, 18, 213-237.
4. Sleigh, M. J. Anal. Biochem. 1986, 156, 251-256.
5. Martin, D. I. K, Fiering, S.; Groudine, M. Curr. Opin. Genet. Dev. 1996, 6, 488-495.
6. Smith, S. B.; Aldridge, P. K.; Callis, J. B. Science 1989, 243, 203-206.
7. Schwartz, D. C.; Koval, M. Nature 1989, 338, 520-522.
8. Washizu, M.; Kurosawa, O. IEEE Trans. Ind. Appl. 1990, 26, 1165-1172.
9. Asbury, C. L.; van den Engh, G. Biophys. J. 1998, 74, 1024-1030.
10. Zimmermann, R. M.; Cox, E. C. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 492-497.
11. Perkins, T. T.; Quake, S. R.; Smith, D. E.; Chu, S. Science 1994, 264, 822-826.
12. Perkins, T. T.; Smith, D. E.; Chu, S. Science 1997, 276, 2016-2021.
13. Bensimon, A.; Simon, A.; Chiffaudel, A.; Croquette, V.; Heslot, F.; Bensimon, D. Science 1994, 265, 2096-2098.
14. Bensimon, D.; Simon, A. J.; Croquette, V.; Bensimon, A. Phys. Rev. Lett. 1995, 74, 4754-4757.
15. Smith, S. B.; Finzi, L.; Bustamante, C. Science 1992, 258, 1122-1126.
16. Perkins, T. T.; Smith D. E.; Chu, S. Science 1994, 264, 819-822.
17. Smith, S. B.; Cui, Y.; Bustamante, C. Science 1996, 271, 795-799.
18. Quake, S. R.; Babcock, H.; Chu, S. Nature 1997, 388, 151-154.
19. Bustamante, C.; Marko, J. F.; Siggia, E. D.; Smith, S. Science 1994, 265, 1599-1600.
20. Cluzel, P.; Lebrun, A.; Heller, C.; Lavery, R.; Viovy, J.-L.; Chatenay, D.; Caron, F. Science 1996, 271, 792-794.
21. Parra, I.; Windle, B. Nature Genet. 1993, 5, 17-21.
22. Haaf, T.; Ward, D. C. Hum. Mol. Genet. 1994, 3, 629-633.
23. Bengtsson, U.; Altherr, M. R.; Wasmuth, J. J.; Winokur, S. T. Hum. Mol. Genet. 1994, 3, 1801-1805.
24. Florijn, R. J.; Bonden, L. A. J.; Vrolijk, H.; Wiegant, J.; Vaandrager, J.-W.; Baas, F.; den Dunnen, J. T.; Tanke, H. J.; van Ommen, G.-J. B.; Raap, A. K. Hum. Mol. Genet. 1995, 4, 831-836.
25. Rosenberg, C.; Florijn, R. J.; van de Rijke, F. M.; Blonden, L. A. J.; Raap, T. K.; van Ommen, G.-J. B.; den Dunnen, J. T. Nature Genet. 1995, 10, 477-479.
26. Heiskanen, M.; Hellsten, E.; Kallioniemi, O.-P.; Makela, T. P.; Alitalo, K.; Peltonen, L.; Palotie, A. Genomics 1995, 30, 31-36.
27. Weier, H.-U. G.; Wang, M.; Mullikin, J. C.; Zhu, Y.; Cheng, J.-F.; Greulich, K. M.; Bensimon, A.; Gray, J. W. Hum. Mol. Genet. 1995, 4, 1903-1910.
28. Michalet, X.; Ekong, R.; Fougerousse, F.; Rousseaux, S.; Schurra, C.; Hornigold, N.; van Slegtenhorst, M.; Wolfe, J.; Povey, S.; Beckmann, J. S.; Bensimon, A. Science 1997, 277, 1518-1523.
29. Samad, A.; Huff, E. J.; Cai, W.; Schwartz, D. C. Genome Res. 1995, 5, 1-4.
30. Schwartz, D. C.; Li, X.; Hernandez, L. I.; Ramnarain, S. P.; Huff, E. J.; Wang, Y.-K. Science 1993, 262, 110-114.
31. Wang, Y.-K.; Huff, E. J.; Schwartz, D. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 165-169.
32. Meng, X.; Benson, K.; Chada, K.; Huff, E. J.; Schwartz, D. C. Nature Genet. 1995, 9, 432-438.
33. Cai, W.; Aburatani, H.; Stanton, V. P.; Housman, D. E.; Wang, Y.-K.; Schwartz, D. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 5164-5168.
34. Yokota, H.; Johnson, F.; Lu, H.; Robinson, R. M.; Belu, A. M.; Garrison, M. D.; Ratner, B. D.; Trask, B. J.; Miller, D. L. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 1064-1070.
35. Yokota, H.; Nickerson, D. A.; Trask, B. J.; van den Engh, G.; Hirst, M.; Sadowski, I.; Aebersold, R. Anal. Biochem. 1998, 264, 158-164.
36. Bustamante, C.; Rivetti, C. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1996, 25, 395-429.
37. Hansma, H. G.; Kim, K. J.; Laney, D. E.; Garcia, R. A.; Argaman, M.; Allen, M. J.; Parsons, S. M. J. Struct. Biol. 1997, 119, 99-108.
38. Hu, J.; Wang, M.; Weier, H. G.; Frantz, P.; Kolbe, W.; Ogletree, D. F.; Salmeron, M. Langmuir 1996, 12, 1697-1700.
39. Allison, D. P.; Kerper, P. S.; Doktycz, M. J.; Spain, J. A.; Modrich, P.; Larimer, F. W.; Thundat, T.; Warmack, R. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 8826-8829.
40. Allison, D. P.; Kerper, P. S.; Doktycz, M. J.; Thundat, T.; Modrich, P.; Larimer, F. W.; Johnson, D. K.; Hoyt, P. R.; Mucenski, M. L.; Warmack, R. J. Genomics 1997, 41, 379-384.
41. Binnig, G.; Quate, C. F.; Gerber C. Phys. Rev. Lett. 1986, 56, 930-933.
42. Heitman, J. BioEssays 1992, 14, 445-454.
43. Rees, W. A.; Keller, R. W.; Vesenka, J. P.; Yang, G.; Bustamante, C. Science 1993, 260, 1646-1649.
44. Werner, M. H.; Gronenborn, A. M.; Clore G. M. Science 1996, 271, 778-784.
45. Rowen, L.; Mahairas, G.; Hood, L. Science 1997, 278, 605-607.
46. Hieter, P.; Boguski, M. Science 1997, 278, 601-602.