Archaeal means and extremes

Science

Volumn 280, Issue 5363, 1998, Pages 542-543

  DeLong, Edward ^a  

^a MONTEREY BAY AQUARIUM RESEARCH INSTITUTE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; MICROORGANISM; NONHUMAN; NUCLEOTIDE SEQUENCE; PHYLOGENY; PRIORITY JOURNAL; PROKARYOTE; ANIMAL; COLD; CRENARCHAEOTA; EVOLUTION; GENETICS; HEAT; MICROBIOLOGY; PHYSIOLOGY; PLANKTON; TEMPERATURE;

ARCHAEAL RNA; RIBOSOME RNA; SEA WATER;

ANIMALS; COLD; CRENARCHAEOTA; EVOLUTION; HEAT; PHYLOGENY; PLANKTON; RNA, ARCHAEAL; RNA, RIBOSOMAL; SEAWATER; TEMPERATURE; WATER MICROBIOLOGY;

EID: 0032562283     PISSN: 00368075     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1126/science.280.5363.542     Document Type: Article

References (34)

1. C. R. Woese, Microbiol. Rev. 51, 221 (1987).
2. N. R. Pace, Science 276, 734 (1997).
3. C. R. Woese, L. J. Magrum, G. E. Fox, J. Mol. Evol. 11, 245 (1978).
4. J. P. Gogarten et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 86, 6661 (1989); I. Iwabe et al., ibid., p. 9355.
5. J. P. Gogarten et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 86, 6661 (1989); I. Iwabe et al., ibid., p. 9355.
6. C. R. Woese, O. Kandler, M. L. Wheelis, ibid. 87, 4576 (1990).
7. C. J. Bult et al., Science 273, 1058 (1996); H. P. Klenk et al., Nature 390, 364 (1997).
8. C. J. Bult et al., Science 273, 1058 (1996); H. P. Klenk et al., Nature 390, 364 (1997).
9. E. Blochl et al., Extremophiles 1, 14 (1997).
10. J. A. Fuhrman, K. McCallum, A. A. Davis, Nature 356, 148 (1992); E. F. DeLong, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89, 5685 (1992).
11. J. A. Fuhrman, K. McCallum, A. A. Davis, Nature 356, 148 (1992); E. F. DeLong, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89, 5685 (1992).
12. E. F. DeLong, K. Y. Wu, B. B. Prezelin, R. V. M. Jovine, Nature 371, 695 (1994); J. O. McInerney, M. Wilkinson, J. W. Patching, T. M. Embley, R. Powell, Appl. Environ. Microbiol. 61, 1646 (1995); R. Massana, A. E. Murray, C. M. Preston, E. F. DeLong, ibid. 63, 50 (1997); J. A. Fuhrman and A. A. Davis, Mar. Ecol. Prog. Ser. 150, 275 (1997); M. Munson, D. B. Nedwell, T. M. Embley, Appl. Environ. Microbiol. 63, 4729 (1997).
13. E. F. DeLong, K. Y. Wu, B. B. Prezelin, R. V. M. Jovine, Nature 371, 695 (1994); J. O. McInerney, M. Wilkinson, J. W. Patching, T. M. Embley, R. Powell, Appl. Environ. Microbiol. 61, 1646 (1995); R. Massana, A. E. Murray, C. M. Preston, E. F. DeLong, ibid. 63, 50 (1997); J. A. Fuhrman and A. A. Davis, Mar. Ecol. Prog. Ser. 150, 275 (1997); M. Munson, D. B. Nedwell, T. M. Embley, Appl. Environ. Microbiol. 63, 4729 (1997).
14. E. F. DeLong, K. Y. Wu, B. B. Prezelin, R. V. M. Jovine, Nature 371, 695 (1994); J. O. McInerney, M. Wilkinson, J. W. Patching, T. M. Embley, R. Powell, Appl. Environ. Microbiol. 61, 1646 (1995); R. Massana, A. E. Murray, C. M. Preston, E. F. DeLong, ibid. 63, 50 (1997); J. A. Fuhrman and A. A. Davis, Mar. Ecol. Prog. Ser. 150, 275 (1997); M. Munson, D. B. Nedwell, T. M. Embley, Appl. Environ. Microbiol. 63, 4729 (1997).
15. E. F. DeLong, K. Y. Wu, B. B. Prezelin, R. V. M. Jovine, Nature 371, 695 (1994); J. O. McInerney, M. Wilkinson, J. W. Patching, T. M. Embley, R. Powell, Appl. Environ. Microbiol. 61, 1646 (1995); R. Massana, A. E. Murray, C. M. Preston, E. F. DeLong, ibid. 63, 50 (1997); J. A. Fuhrman and A. A. Davis, Mar. Ecol. Prog. Ser. 150, 275 (1997); M. Munson, D. B. Nedwell, T. M. Embley, Appl. Environ. Microbiol. 63, 4729 (1997).
16. E. F. DeLong, K. Y. Wu, B. B. Prezelin, R. V. M. Jovine, Nature 371, 695 (1994); J. O. McInerney, M. Wilkinson, J. W. Patching, T. M. Embley, R. Powell, Appl. Environ. Microbiol. 61, 1646 (1995); R. Massana, A. E. Murray, C. M. Preston, E. F. DeLong, ibid. 63, 50 (1997); J. A. Fuhrman and A. A. Davis, Mar. Ecol. Prog. Ser. 150, 275 (1997); M. Munson, D. B. Nedwell, T. M. Embley, Appl. Environ. Microbiol. 63, 4729 (1997).
17. R. Huber, P. Stoffers, J. L. Cheminee, H. H. Richnow, K. O. Stetter, Nature 345, 179 (1990); J. F. Holden, M. Summit, J. A. Baross, FEMS Microbiol. Ecol. 25, 33 (1998).
18. R. Huber, P. Stoffers, J. L. Cheminee, H. H. Richnow, K. O. Stetter, Nature 345, 179 (1990); J. F. Holden, M. Summit, J. A. Baross, FEMS Microbiol. Ecol. 25, 33 (1998).
19. C. M. Preston, K. Y. Wu, T. F. Molinski, E. F. DeLong, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 93, 6241 (1996); K. L. Hershberger, S. M. Barns, A. L. Reysenbach, S. C. Dawson, N. R. Pace, Nature 384, 420 (1996); C. Schleper, W. Holben, H. P. Klenk, Appl. Environ. Microbiol. 63, 321 (1997); B. J. McGregor, D. P. Moser, E. W. Alm, K. H. Nealson, D. A. Stahl, ibid., p. 1178; G. Jurgens, K. Lindstrom, A. Saano, ibid., p. 803; T. Ueda, Y. Suga, T. Matsuguchi, Eur. J. Soil Sci. 46, 415 (1995); S. B. Bintrim, T. J. Donohue, J. Handelsman, G. P. Roberts, R. M. Goodman, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 94, 277 (1997); J. Borneman and E. W. Triplett, Appl. Environ. Microbiol. 63, 2647 (1997); Y. Kudo, S. Shibata, T. Miyaki, T. Aono, H. Oyaizu, Biosci. Biotechnol. Biochem. 61, 917 (1997); J. J. Godon, E. Zumstein, P. Dabert, F. Habouzit, R. Moletta, Appl. Environ. Microbiol. 63, 2802 (1997).
20. C. M. Preston, K. Y. Wu, T. F. Molinski, E. F. DeLong, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 93, 6241 (1996); K. L. Hershberger, S. M. Barns, A. L. Reysenbach, S. C. Dawson, N. R. Pace, Nature 384, 420 (1996); C. Schleper, W. Holben, H. P. Klenk, Appl. Environ. Microbiol. 63, 321 (1997); B. J. McGregor, D. P. Moser, E. W. Alm, K. H. Nealson, D. A. Stahl, ibid., p. 1178; G. Jurgens, K. Lindstrom, A. Saano, ibid., p. 803; T. Ueda, Y. Suga, T. Matsuguchi, Eur. J. Soil Sci. 46, 415 (1995); S. B. Bintrim, T. J. Donohue, J. Handelsman, G. P. Roberts, R. M. Goodman, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 94, 277 (1997); J. Borneman and E. W. Triplett, Appl. Environ. Microbiol. 63, 2647 (1997); Y. Kudo, S. Shibata, T. Miyaki, T. Aono, H. Oyaizu, Biosci. Biotechnol. Biochem. 61, 917 (1997); J. J. Godon, E. Zumstein, P. Dabert, F. Habouzit, R. Moletta, Appl. Environ. Microbiol. 63, 2802 (1997).
21. C. M. Preston, K. Y. Wu, T. F. Molinski, E. F. DeLong, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 93, 6241 (1996); K. L. Hershberger, S. M. Barns, A. L. Reysenbach, S. C. Dawson, N. R. Pace, Nature 384, 420 (1996); C. Schleper, W. Holben, H. P. Klenk, Appl. Environ. Microbiol. 63, 321 (1997); B. J. McGregor, D. P. Moser, E. W. Alm, K. H. Nealson, D. A. Stahl, ibid., p. 1178; G. Jurgens, K. Lindstrom, A. Saano, ibid., p. 803; T. Ueda, Y. Suga, T. Matsuguchi, Eur. J. Soil Sci. 46, 415 (1995); S. B. Bintrim, T. J. Donohue, J. Handelsman, G. P. Roberts, R. M. Goodman, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 94, 277 (1997); J. Borneman and E. W. Triplett, Appl. Environ. Microbiol. 63, 2647 (1997); Y. Kudo, S. Shibata, T. Miyaki, T. Aono, H. Oyaizu, Biosci. Biotechnol. Biochem. 61, 917 (1997); J. J. Godon, E. Zumstein, P. Dabert, F. Habouzit, R. Moletta, Appl. Environ. Microbiol. 63, 2802 (1997).
22. C. M. Preston, K. Y. Wu, T. F. Molinski, E. F. DeLong, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 93, 6241 (1996); K. L. Hershberger, S. M. Barns, A. L. Reysenbach, S. C. Dawson, N. R. Pace, Nature 384, 420 (1996); C. Schleper, W. Holben, H. P. Klenk, Appl. Environ. Microbiol. 63, 321 (1997); B. J. McGregor, D. P. Moser, E. W. Alm, K. H. Nealson, D. A. Stahl, ibid., p. 1178; G. Jurgens, K. Lindstrom, A. Saano, ibid., p. 803; T. Ueda, Y. Suga, T. Matsuguchi, Eur. J. Soil Sci. 46, 415 (1995); S. B. Bintrim, T. J. Donohue, J. Handelsman, G. P. Roberts, R. M. Goodman, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 94, 277 (1997); J. Borneman and E. W. Triplett, Appl. Environ. Microbiol. 63, 2647 (1997); Y. Kudo, S. Shibata, T. Miyaki, T. Aono, H. Oyaizu, Biosci. Biotechnol. Biochem. 61, 917 (1997); J. J. Godon, E. Zumstein, P. Dabert, F. Habouzit, R. Moletta, Appl. Environ. Microbiol. 63, 2802 (1997).
23. C. M. Preston, K. Y. Wu, T. F. Molinski, E. F. DeLong, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 93, 6241 (1996); K. L. Hershberger, S. M. Barns, A. L. Reysenbach, S. C. Dawson, N. R. Pace, Nature 384, 420 (1996); C. Schleper, W. Holben, H. P. Klenk, Appl. Environ. Microbiol. 63, 321 (1997); B. J. McGregor, D. P. Moser, E. W. Alm, K. H. Nealson, D. A. Stahl, ibid., p. 1178; G. Jurgens, K. Lindstrom, A. Saano, ibid., p. 803; T. Ueda, Y. Suga, T. Matsuguchi, Eur. J. Soil Sci. 46, 415 (1995); S. B. Bintrim, T. J. Donohue, J. Handelsman, G. P. Roberts, R. M. Goodman, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 94, 277 (1997); J. Borneman and E. W. Triplett, Appl. Environ. Microbiol. 63, 2647 (1997); Y. Kudo, S. Shibata, T. Miyaki, T. Aono, H. Oyaizu, Biosci. Biotechnol. Biochem. 61, 917 (1997); J. J. Godon, E. Zumstein, P. Dabert, F. Habouzit, R. Moletta, Appl. Environ. Microbiol. 63, 2802 (1997).
24. C. M. Preston, K. Y. Wu, T. F. Molinski, E. F. DeLong, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 93, 6241 (1996); K. L. Hershberger, S. M. Barns, A. L. Reysenbach, S. C. Dawson, N. R. Pace, Nature 384, 420 (1996); C. Schleper, W. Holben, H. P. Klenk, Appl. Environ. Microbiol. 63, 321 (1997); B. J. McGregor, D. P. Moser, E. W. Alm, K. H. Nealson, D. A. Stahl, ibid., p. 1178; G. Jurgens, K. Lindstrom, A. Saano, ibid., p. 803; T. Ueda, Y. Suga, T. Matsuguchi, Eur. J. Soil Sci. 46, 415 (1995); S. B. Bintrim, T. J. Donohue, J. Handelsman, G. P. Roberts, R. M. Goodman, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 94, 277 (1997); J. Borneman and E. W. Triplett, Appl. Environ. Microbiol. 63, 2647 (1997); Y. Kudo, S. Shibata, T. Miyaki, T. Aono, H. Oyaizu, Biosci. Biotechnol. Biochem. 61, 917 (1997); J. J. Godon, E. Zumstein, P. Dabert, F. Habouzit, R. Moletta, Appl. Environ. Microbiol. 63, 2802 (1997).
25. C. M. Preston, K. Y. Wu, T. F. Molinski, E. F. DeLong, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 93, 6241 (1996); K. L. Hershberger, S. M. Barns, A. L. Reysenbach, S. C. Dawson, N. R. Pace, Nature 384, 420 (1996); C. Schleper, W. Holben, H. P. Klenk, Appl. Environ. Microbiol. 63, 321 (1997); B. J. McGregor, D. P. Moser, E. W. Alm, K. H. Nealson, D. A. Stahl, ibid., p. 1178; G. Jurgens, K. Lindstrom, A. Saano, ibid., p. 803; T. Ueda, Y. Suga, T. Matsuguchi, Eur. J. Soil Sci. 46, 415 (1995); S. B. Bintrim, T. J. Donohue, J. Handelsman, G. P. Roberts, R. M. Goodman, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 94, 277 (1997); J. Borneman and E. W. Triplett, Appl. Environ. Microbiol. 63, 2647 (1997); Y. Kudo, S. Shibata, T. Miyaki, T. Aono, H. Oyaizu, Biosci. Biotechnol. Biochem. 61, 917 (1997); J. J. Godon, E. Zumstein, P. Dabert, F. Habouzit, R. Moletta, Appl. Environ. Microbiol. 63, 2802 (1997).
26. C. M. Preston, K. Y. Wu, T. F. Molinski, E. F. DeLong, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 93, 6241 (1996); K. L. Hershberger, S. M. Barns, A. L. Reysenbach, S. C. Dawson, N. R. Pace, Nature 384, 420 (1996); C. Schleper, W. Holben, H. P. Klenk, Appl. Environ. Microbiol. 63, 321 (1997); B. J. McGregor, D. P. Moser, E. W. Alm, K. H. Nealson, D. A. Stahl, ibid., p. 1178; G. Jurgens, K. Lindstrom, A. Saano, ibid., p. 803; T. Ueda, Y. Suga, T. Matsuguchi, Eur. J. Soil Sci. 46, 415 (1995); S. B. Bintrim, T. J. Donohue, J. Handelsman, G. P. Roberts, R. M. Goodman, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 94, 277 (1997); J. Borneman and E. W. Triplett, Appl. Environ. Microbiol. 63, 2647 (1997); Y. Kudo, S. Shibata, T. Miyaki, T. Aono, H. Oyaizu, Biosci. Biotechnol. Biochem. 61, 917 (1997); J. J. Godon, E. Zumstein, P. Dabert, F. Habouzit, R. Moletta, Appl. Environ. Microbiol. 63, 2802 (1997).
27. C. M. Preston, K. Y. Wu, T. F. Molinski, E. F. DeLong, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 93, 6241 (1996); K. L. Hershberger, S. M. Barns, A. L. Reysenbach, S. C. Dawson, N. R. Pace, Nature 384, 420 (1996); C. Schleper, W. Holben, H. P. Klenk, Appl. Environ. Microbiol. 63, 321 (1997); B. J. McGregor, D. P. Moser, E. W. Alm, K. H. Nealson, D. A. Stahl, ibid., p. 1178; G. Jurgens, K. Lindstrom, A. Saano, ibid., p. 803; T. Ueda, Y. Suga, T. Matsuguchi, Eur. J. Soil Sci. 46, 415 (1995); S. B. Bintrim, T. J. Donohue, J. Handelsman, G. P. Roberts, R. M. Goodman, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 94, 277 (1997); J. Borneman and E. W. Triplett, Appl. Environ. Microbiol. 63, 2647 (1997); Y. Kudo, S. Shibata, T. Miyaki, T. Aono, H. Oyaizu, Biosci. Biotechnol. Biochem. 61, 917 (1997); J. J. Godon, E. Zumstein, P. Dabert, F. Habouzit, R. Moletta, Appl. Environ. Microbiol. 63, 2802 (1997).
28. C. M. Preston, K. Y. Wu, T. F. Molinski, E. F. DeLong, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 93, 6241 (1996); K. L. Hershberger, S. M. Barns, A. L. Reysenbach, S. C. Dawson, N. R. Pace, Nature 384, 420 (1996); C. Schleper, W. Holben, H. P. Klenk, Appl. Environ. Microbiol. 63, 321 (1997); B. J. McGregor, D. P. Moser, E. W. Alm, K. H. Nealson, D. A. Stahl, ibid., p. 1178; G. Jurgens, K. Lindstrom, A. Saano, ibid., p. 803; T. Ueda, Y. Suga, T. Matsuguchi, Eur. J. Soil Sci. 46, 415 (1995); S. B. Bintrim, T. J. Donohue, J. Handelsman, G. P. Roberts, R. M. Goodman, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 94, 277 (1997); J. Borneman and E. W. Triplett, Appl. Environ. Microbiol. 63, 2647 (1997); Y. Kudo, S. Shibata, T. Miyaki, T. Aono, H. Oyaizu, Biosci. Biotechnol. Biochem. 61, 917 (1997); J. J. Godon, E. Zumstein, P. Dabert, F. Habouzit, R. Moletta, Appl. Environ. Microbiol. 63, 2802 (1997).
29. S. M. Barns, C. F. Delwiche, J. D. Palmer, N. R. Pace, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 93, 9188 (1996).
30. E. F. DeLong et al., Appl. Environ. Microbiol. 64, 1133 (1998).
31. J. L. Stein, T. L. Marsh, K. Y. Wu, H. Shizuya, E. F. DeLong, J. Bacteriol. 178, 591 (1996).
32. C. Schleper, R. V. Swanson, E. J. Mathur, E. F. DeLong, ibid. 179, 7803 (1997).
33. P. Hugenholtz, C. Pitulle, K. Hershberger, N. R. Pace, ibid. 180, 366 (1998).
34. The author is indebted to students and colleagues, and support from NSF grants OCE9529804, OPP9418442, and the Monterey Bay Aquarium Research Institute.