Including side chain flexibility in continuum electrostatic calculations of protein titration

Journal of Physical Chemistry

Volumn 100, Issue 51, 1996, Pages 20156-20163

  Beroza, Paul ^a   Case, David A ^a  

^a SCRIPPS RESEARCH INSTITUTE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 33748400070     PISSN: 00223654     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp9623709     Document Type: Article

References (44)

1. McQuarrie, D. Statistical Mechanics; Harper and Row: New York, 1976.
2. Linderstrom-Lang, K. C. R. Trav. Lab. Carlsberg 1924, 15, 1.
3. Tanford, C.; Kirkwood, J. G. J. Am. Chem. Soc. 1957, 79, 5333.
4. Warshel, A.; Russell, S. T.; Churg, A. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1984, 81, 4785.
5. Warwicker, J.; Watson, H. C. J. Mol. Biol. 1982, 157, 671.
6. Bashford, D.; Karplus, M. Biochemistry 1990, 29, 10219.
7. You, T. J.; Bashford, D. Biophys. J. 1995, 69, 1721.
8. Beroza, P.; Fredkin, D. R.; Okamura, M. Y.; Feher, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 5804.
9. Oberoi, H.; Allewell, N. M. Biophys. J. 1993, 65, 48.
10. Yang, A.-S.; Gunner, M. R.; Sampogna, R.; Sharp, K.; Honig, B. Proteins 1993, 15, 252.
11. Antosiewicz, J.; McCammon, J. A.; Gilson, M. K. J. Mol. Biol. 1994, 238, 415.
12. Beroza, P.; Fredkin, D. R.; Okamura, M. Y.; Feher, G. Biophys. J. 1995, 68, 2233.
13. Beroza, P.; Fredkin, D. R. J. Comput. Chem: 1996, 17, 1229.
14. Richards, F. M. Annu. Rev. Biophys. Bioeng. 1977, 6, 151.
15. Bashford, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. 1991, 95, 9556.
16. Gilson, M. K. Proteins 1993, 15, 266.
17. Bashford, D.; Case, D. A.; Dalvit, C.; Tennant, L.; Wright, P. E. Biochemistry 1993, 32, 8045.
18. Antosiewicz, J.; McCammon, J. A.; Gilson, M. K. Biochemistry 1996, 35, 7819.
19. Hodsdon, J.; Brown, G.; Sieker, L.; Jensen, L. Acta Crystallogr. B 1990, 46, 54.
20. Bernstein, F. C.; Koetzle, T. F.; Williams, G. J. B.; Meyer Jr., E. F.; Brice, M. D.; Rodgers, J. R.; Kennard, O.; Shimanouchi, T.; Tasumi, M. J. Mol. Biol. 1977, 112, 535.
21. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
22. Kuriyan, J.; Wilz, S.; Karplus, M.; Petsko, G. A. J. Mol. Biol. 1986, 192, 133.
23. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Nguyen, D. T.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 1986, 7, 230.
24. Bondi, A. J. Phys. Chem. 1964, 68, 441.
25. Shanaan, B. J. Mol. Biol. 1983, 171, 31.
26. Silva, M. M.; Rogers, P. H.; Arnone, A. J. Biol. Chem. 1992, 267, 17248.
27. Fermi, G.; Perutz, M. F.; Shaanan, B.; Fourme, R. J. Mol. Biol. 1984, 175, 159.
28. Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. C.; Ross, W. R.; Cheatham III, T. E.; DeBolt, S.; Ferguson, D.; Seibel, G.; Kollman, P. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 1.
29. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz Jr., K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
30. Sitkoff, D.; Sharp, K. A.; Honig, B. J. Phys. Chem. 1994, 98, 1978.
31. Lee, B.; Richards, F. M. J. Mol. Biol. 1971, 55, 379.
32. Havel, T. F. Prog. Biophys. Mol. Biol. 1991, 56, 43.
33. Guntert, P.; Braun, W.; Wuthrich, K. J. Mol. Biol. 1991, 217, 517.
34. Macke, T.J. NAB: A Language for Molecular Manipulation, PhD Thesis, The Scripps Research Institute, 1996.
35. Kuramitsu, S.; Hamaguchi, K. J. Biochem. 1980, 87, 1215.
36. Bartik, K.; Redfield, C.; Dobson, C. M. Biophys. J. 1994, 66, 1180.
37. Breslow, E.; Gurd, F. R. N. J. Biol. Chem. 1962, 237, 371.
38. Shire, S. J.; Hanania, G. I. H.; Gurd, F. R. N. Biochemistry 1974, 13, 2967.
39. Ho, C.; Russu, I. M. Biochemistry 1987, 26, 6299.
40. Matthew, J. B.; Hanania, G. I. H.; Gurd, F. R. N. Biochemistry 1979, 18, 1919.
41. Matthew, J. B.; Hanania, G. I. H.; Gurd, F. R. N. Biochemistry 1979, 18, 1928.
42. Rollema, H. S.; de Bruin, S. H.; Janssen, L. H. M.; van Os, G. A. J. J. Biol. Chem. 1975, 250, 1333.
43. Simonson, T.; Perahia, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 1082.
44. Simonson, T.; Brooks III, C. L. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8452.