PEPCAT - A New Tool for Conformational Analysis of Peptides

Journal of Computational Chemistry

Volumn 21, Issue 6, 2000, Pages 446-461

  O'Donohue, M F ^a   Minasian, E ^b   Leach, S J ^b   Burgess, A W ^a   Treutlein, H R ^a  

^a ROYAL MELBOURNE HOSPITAL   (Australia)

^b UNIVERSITY OF MELBOURNE   (Australia)

Author keywords

Conformational analysis; Conformational search; Cyclosporin A; Dynamics; Hemopoietic peptides; Molecular modeling; Transitions

Indexed keywords

EID: 0005817838     PISSN: 01928651     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/(SICI)1096-987X(20000430)21:6<446::AID-JCC4>3.0.CO;2-S     Document Type: Article

References (40)

1. Anfinsen, C. B. Science 1973, 181, 223.
2. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D. J Chem Phys 1983, 2, 926.
3. Burgess, A. W.; Scheraga, H. A. Proc Natl Acad Sci USA 1975, 72, 1221.
4. Leach, A. R. Molecular Modelling Principles and Applications; Addison Wesley Longman Ltd: Essex, UK, 1996, chap. 8.
5. Orengo, C. A.; Michie, A. D.; Jones, S.; Jones, D. T.; Swindells, M. B.; Thornton, J. M. Structure 1997, 8, 1093.
6. Murzin, A. G.; Brenner, S. E.; Hubbard, T.; Chothia, C. J. Gen Appl Microbiol 1995, 247, 536.
7. Amadei, A.; Linssen, A. B. M.; Berendsen, H. J. C. Proteins 1993, 4, 412.
8. Vanaalten, D. M. F.; Degroot, B. L.; Finlay, J. B. C.; Berendsen, H. J. C.; Amadei, A. J. Comp Chem 1997, 2, 169.
9. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J Comp Chem 1983, 2, 187.
10. Brünger, A. T. X-PLOR Manual; Yale University Press: New Haven, CT, 1992.
11. Verbitsky, G.; Nussinov, R.; Wolfson, H. Proteins Struct Funct Genet 1999, 34, 232.
12. Young, M. M.; Skillman, A. G.; Kuntz, I. D. Proteins Struct Funct Genet 1999, 34, 317.
13. Shenkin, P. S.; McDonald, D. Q. J Comp Chem 1994, 8, 899.
14. Torda, A. E.; Van Gunsteren, W. F. J Comp Chem 1994, 12, 1331.
15. Holm, L.; Sander, C. Mol Biol 1993, 233, 123.
16. Crippen, G. M. J. Comp Phys 1977, 24, 96.
17. Mirny, L.; Domany, E. Proteins Struct Funct Genet 1996, 26, 391.
18. Luger, G. F.; Stubblefield, W. A. Artificial Intelligence and the Design of Expert Systems; Benjamin/Cummings Publishing Company, Inc.: Redwood City, CA, 1989, part II.
19. Moult, J.; Hubbard, T.; Bryant, S. H.; Fidelis, K.; Pedersen, J. T. Proteins Struct Funct Genet Suppl 1997, 1, 2.
20. Lambert, M. H.; Scheraga, H. A. J Comp Chem 1989, 6, 798.
21. Bravi, G.; Gancia, E.; Zaliani, A.; Pegna, M. J Comp Chem 1997, 10, 1295.
22. Kamada, T.; Kawai, S. Inf Process Lett 1989, 1, 7.
23. Tubiana, M.; Carde, P.; Frindel, E. Radiother Oncol 1993, 29, 1.
24. Laerum, O. D.; Frostad, S.; Ton, H. I.; Kamp, D. FEBS Lett 1990, 269, 11.
25. Alisauskas, R. M.; Goldenberg, D. M.; Sharkey, R. M.; Blumenthal, R. D. Int J Cancer 1997, 3, 323.
26. Paukovits, W. R.; Moser, M. H.; Binder, K. A.; Paukovits, J. Blood 1991, 6, 1313.
27. Paukovits, W. R.; Paukovits, J. B.; Moser, M. H.; Konstantinov, S.; Schulte-Hermann, R. Exp Haematol 1998, 26, 851.
28. Maple, J. R.; Dinur, U.; Hagler, A. T. Proc Natl Acad Sci USA 1988, 85, 5350.
29. Wenger, R. M.; France, J.; Bovermann, G.; Wallister, L.; Widmer, A.; Widmer, H. FEBS Lett 1994, 340, 255.
30. Liu, J.; Albers, M. W.; Wandless, T. J.; Luan, S.; Alberg, D. G.; Belshaw, P. J.; Cohen, P.; MacKintosh, C.; Klee, C. B.; Schreiber, S. L. Biochemistry 1992, 31, 3896.
31. Ryffel, B. Pharm Rev 1989, 3, 408.
32. Wüthrich, K.; von Freyberg, B.; Weber, C.; Wider, G.; Traber, R.; Widmer, H.; Braun, W. Science 1991, 254, 953.
33. Allen, F. H.; Kennard, O. Chem Des Auto News 1993, 1, 31.
34. Loosli, H. R.; Kessler, H.; Oschkinat, H.; Weber, H. P.; Petcher, T. J.; Widmer, A. Helv Chim Acta 1985, 68, 682.
35. Pfügl, G.; Kallen, J.; Schirmer, T.; Jansonius, N.; Zurini, G. M.; Walkinshaw, M. D. Nature 1993, 361, 91.
36. Mikol, V.; Kallen, J.; Pfluegl, G.; Walkinshaw, M. D. J Mol Biol 1993, 234, 1119.
37. Sussman, J. L.; Lin, D.; Jiang, J.; Manning, N. O.; Prilusky, J.; Ritter, O.; Abola, E. E. Acta Crystallogr 1998, D54, 1078.
38. O'Donohue, M. F.; Burgess, A. W.; Walkinshaw, M. D.; Treutlein, H. R. Protein Sci 1995, 4, 2191.
39. Mac Kerell, A. D., Jr.; et al. J Phys Chem B 1998, 102, 3586.
40. Pohl, E.; Sheldrick, G. M.; Bolsterli, J. J.; Kallen, J.; Traber, R.; Walkinshaw, M. D. Helv Chim Acta 1996, 6, 1635.