Amyloid structure: Models and theoretical considerations in fibrous aggregates

Journal of the Chinese Chemical Society

Volumn 49, Issue 4, 2002, Pages 459-466

  Morgan, David M ^a   Lynn, David G ^a   Lakdawala, Ami S ^a   Snyder, James P ^a   Liotta, Dennis C ^a  

^a EMORY UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

Amyloid structure; H bonds; Molecular dynamics; Parallel sheets

Indexed keywords

EID: 0001055422     PISSN: 00094536     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jccs.200200072     Document Type: Article

References (56)

1. (a) Gaffney, B. J. Ann. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1996, 25, 431.
2. (b) Morgan, D. M.; Lynn, D. G.; Miller-Auer, H.; Meredith, S. C. Biochemistry 2001, 40, 14020.
3. Weaver, T. M. Protein Science. 2000, 9, 201.
4. (a) Carrell, R. W.; Lomas, D. A. Lancet 1997, 350, 134.
5. (b) Sunde, M.; Serpell, L. C.; Bartlam, M.; Fraser, P. E.; Pepys, M. B.; Blake, C. C. J. Mol. Biol. 1997, 273(3), 729.
6. (c) Prusiner, S. B. PNAS 1998, 95, 13363.
7. (a) Kisilevsky, R.; Fraser, P. E. Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 1997, 32950, 361.
8. (b) Sipe, J. D. Ann. Rev. Biochem. 1992, 61, 947.
9. (a) Kang, J.; Lemaire, H.; Unterbeck, A.; Salbaum, J. m.; Masters, C. L.; Grzeschik, K.; Multhaup, G.; Beyreuther, K.; Muller-Hill, B. Nature. 1987, 325, 733.
10. (b) Tanzi, R. E.; Gusella, J. F.; Watkins, P. C.; Bruns, G. A. P.; St. George-Hyslop, P.; van Keuren, M. L.; Patterson, D.; Pagan, S.; Kurnit, D. M.; Neve, R. L. Science. 1987, 235, 880.
11. (c) Robakis, N. K.; Ramakrishnaa, N.; Wolfe, G.; Wisniewski, H. M. PNAS. 2000, 84, 4190.
12. (d) Goldgaber, D.; Lerman, M. I.; McBride, O. W.; Saffiotti, U.; Gajdusek, D. C. Science. 1987, 235, 877.
13. (e) Huse, J. T.; Doms, R. W. Mol. Neurobiol. 2000, 22(1-3), 81.
14. (a) Masters, C. L.; Simms, G.; Weinmann, N. A.; Multhaup, B.; McDonald, B. L.; Beyreuther, K. PNAS. 1985, 82, 4245.
15. (b) Glenner, G. G.; Wong, C. W. Biochem. Biophys. Res. Comm. 1984, 120, 885.
16. (a) St George-Hyslop, PH. Seminars in Neurology. 1999, 19, 371.
17. (b) Murrell, J.; Farlow, M.; Ghetti, B.; Benson, M. D. Science. 1991, 254, 97.
18. (c) Levy, E.; Carman, M. D.; Fernandez-Madrid, I. J.; Power, M. D.; Lieberburg, I.; van Duinen, S.G.; Bots, G. T.; Luyendijk, W.; Frangione, B. Science. 1990, 248, 1124.
19. (a) Yankner, B. A.; Duffy, L. K.; Kirschner, D. A. Science. 1990, 250, 279.
20. (b) Pike, C. J.; Walencewicz, A. J.; Glabe, C. G.; Cotman, C. W. Brain Research. 1991, 563, 311.
21. (c) Mattson, M. P.; Tomaselli, K. J.; Rydel, R. E. Brain Research. 1993, 621, 35.
22. (d) Pike, C. J.; Cotman, C. W. Neuroscience. 1993, 56, 269.
23. (e) Lorenzo, A.; Yankner, B.A. PNAS. 1994, 91, 12243.
24. (f) Simmons, L. K.; May, P. C.; Tomaselli, K. J.; Rydel, R. E.; Fuson, K. S.; Brigham, E. F.; Wright, S.; Lieberburg, I.; Becker, G. W.; Brems, D. N. Mol. Pharm. 1994, 45, 373.
25. (g) Howlett, D. R.; Jennings, K. H.; Lee, D. C.; Clark, M. S.; Brown, F.; Wetzel, R.; Wood, S. J.; Camilleri, P.; Roberts, G. W. Neurodegeneration. 1995, 4, 23.
26. (a) Inouye, H.; Fraser, P. E.; Kirschner, D. A. Biophys. J. 1993, 64(1), 502.
27. (b) Inouye, H.; Kirschner, D. A. Ciba Foundation Symposia. 1996, 199, 22.
28. (c) Kirschner, D. A.; Abraham, C.; Selkoe, D. J. PNAS. 1986, 53(2), 503.
29. (d) Kirschner, D. A.; Inouye, H.; Duffy, L. K.; Sinclair, A.; Lind, M.; Selkoe, D. J. PNAS. 1987, 84(19), 6953.
30. (e) Serpell, L. C. Biochim. Biophys. Acta. 2000, 1502, 16.
31. (a) Hilbich, C.; Kisters-Woike, B.; Reed, J.; Masters, C.; Beyreuther, K. J. Mol. Biol. 1991, 218, 149.
32. (b) Lansbury, P. T.; Costa, P. R.; Griffiths, J. M.; Simon, E. J.; Auger, M.; Halverson, K. J.; Kocisko, D. A.; Hendsch, Z. S.; Ashburn, T. T.; Spencer, R. G., et al. Nature Struct. Biol. 1995, 2, 990.
33. (c) Fraser, P. E.; McLachlan, D. R.; Surewicz, W. K.; Mizzen, C. A.; Snow, A. D.; Nguyen, J. T.; Kirschner, D. A. J. Mol. Biol. 1994, 244, 64.
34. (d) Fraser, P. E.; Nguyen, J. T.; Surewicz, W. K.; Kirschner, D. A. Biophys. J. 1991, 60, 1190.
35. Burkoth, T. S.; Benzinger, T. L. S.; Urban, V.; Morgan, D. M.; Gregory, D. M.; Thiyagarajan, P.; Botto, R. E.; Meredith, S. C.; Lynn, D. G. JACS. 2000, 22, 7883.
36. (a) Gregory, D. M.; Benzinger, T. L.; Burkoth, T. S.; Miller-Auer, H.; Lynn, D. G.; Meredith, S. C.; Botto, R. E. Solid State Nuc. Mag. Res. 1998, 13, 149.
37. (b) Gregory, D. M.; Mehta, M. A.; Shiels, J. C.; Drobny, G. P. J. Chem. Phys. 1997, 107(1), 28.
38. (a) Benzinger, T. L. S.; Gregory, D. M.; Burkoth, T. S.; Miller-Auer, H.; Lynn, D.G.; Botto, R. E.; Meredith, S. C. PNAS 1998, 95, 12407.
39. (b) Benzinger, T. L. S.; Gregory, D. M.; Burkoth, T. S.; Miller-Auer, H.; Lynn, D. G.; Botto, R. E.; Meredith, S. C. Biochemistry 2000, 39, 3491.
40. Antzutkin, O. N.; Balbach, J. J.; Leapman, R. D.; Rizzo, N. W.; Reed, J.; Tycko, R. PNAS 2000, 97(24), 13045.
41. Dudek, S. M.; Johnson, G. V. Brain Research. 1994, 651(1-2), 129.
42. Creighton, T. E. Proteins: Structures and Molecular Properties; W. H. Freeman and Company: New York, 1993.
43. Lolis, E.; Alber, T.; Davenport, R. C.; Rose, D.; Hartman, F. C.; Petsko, G. A. Biochemistry. 1990, 29, 6609.
44. (a) Mohamadi, F.; Richards, N. G. J.; Guida, W. C.; Liscamp, R.; Lipton, M.; Caufield, C.; Chang, G.; Hendrickson, T.; Still, W. C. J. Comput. Chem. 1990, 11, 440.
45. (b) Still, W. C.; Tempczyk, A.; Hawley, R. C.; Hendrickson, T. JACS 1990, 112, 6127.
46. (c) http://www.schrodinger.com/Products/macromodel.html
47. Lomakin, A.; Teplow, D. B.; Kirschner, D. A.; Benedek, G. B. PNAS. 1997, 94(15), 7942.
48. Burkoth, T. S.; Benzinger, T. L. S.; Jones, D. N. M.; Hallenga, K.; Meredith, S. C.; Lynn, D. G. JACS. 1998, 120, 7655.
49. Nyrkova, I. A.; Semenov, A. N.; Aggeli, A.; Boden, N. Euro. Phys. J. B 2000, 17, 481.
50. (a) Soreghan, B.; Kosmoski, J.; Glabe, C. J. Biol. Chem. 1994, 269(46), 28551.
51. (b) Walsh, D. M.; Lomakin, A; Benedek, G. B.; Condron, M. M.; Teplow, D. B. J. Biol. Chem. 1997, 272(35), 22364.
52. (a) Bush, A. I.; Pettingell, W. H.; Paradis, D. M.; Tanzi, R. E. J. Biol. Chem. 1994a, 269(16), 2152.
53. (b) Bush, A. I.; Pettingell, W. H.; Multhaup, G.; D. Paradis, M.; Vonsattel, J. P.; Gusella, J. F.; Beyreuther, K.; Masters, C. L.; Tanzi, R. E. Science. 1994, 265(5177), 1464.
54. (c) Kowalik-Jankowska, T.; Ruta-Dolejsz, M.; Wisniewska, K.; Lankiewicz, L. J. Inorg. Biochem. 2001, 56(2-3), 535.
55. (d) Cherny, R. A.; Atwood, C. S.; Xilinas, M. E.; Gray, D. N.; Jones, W. D.; McLean, C. A.; Barnham, K. J.; Volitakis, I.; Fraser, F. W.; Kim, Y.; Huang, X.; Goldstein, L. E.; Moir, R. D.; Lim, J. T.; Beyreuther, K.; Zheng, H.; Tanzi, R. E.; Masters, C. L.; Bush, A. I. Neuron. 2001, 30(3), 665.
56. (e) Miura, T.; Suzuki, K.; Kohata, N.; Takeuchi, H. Biochemistry 2000, 39(23), 7024-31.