Thermodynamic and structural effects of a single backbone hydrogen bond deletion in a metal-assembled helical bundle protein

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 102, Issue 49, 1998, Pages 9975-9980

  Zhou, Jian ^a   Case, Martin A ^a   Wishart, James F ^b   McLendon, George L ^a  

^a PRINCETON UNIVERSITY   (United States)

^b BROOKHAVEN NATIONAL LABORATORY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0000325019     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp982852f     Document Type: Article

References (56)

1. (a) Tuchscherer, G.; Mutter, M. Pure Appl. Chem. 1996, 68, 2153.
2. (b) Dawson, P. E.; Kent, S. B. H. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 7263.
3. (c) Lieberman, M.; Sasaki, T. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 1470.
4. (d) Ghadiri, M. R.; Soares, C.; Choi, C. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 825.
5. (e) Ghadiri, M. R.; Case, M. A. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1993, 32, 1594.
6. (f) Case M. A.; Mutz M. W.; McLendon, G. L. Chirality 1998, 10, 35.
7. (a) Eisenberg, D.; Wilcox, W.; Eshita, S. M.; Pryciak, P. M.; Ho, S. P.; DeGrado, W. F. Proteins 1986, 1, 16.
8. (b) Zhao, H. M.; Arnold, F. H. Curr. Opin. Struct. Biol. 1997, 7, 480.
9. (c) Beasley, J. R.; Hecht, M. H. J. Biol. Chem. 1997, 272, 2031 and references therein.
10. (a) Dahiyat, B. I.; Mayo, S. L. Science 1997, 278, 82.
11. (b) Hellinga, H. W.; Caradonna, J. P.; Richards, F. M. J. Mol. Biol. 1991, 222, 787.
12. (c) Hurley, J. H.; Baase, W. A.; Matthews, B. W. J. Mol. Biol. 1992, 224, 1143.
13. (d) Betz, S. F.; Degrado, W. F. Biochemistry 1996, 35, 6955.
14. (e) Desjarlais, J. R.; Handel, T. M. Protein Sci. 1995, 4, 2006.
15. (f) Harbury, P. B.; Tidoe, B.; Kim, P. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 8408.
16. (g) Roberson, D. E.; Farid, R. S.; Moser, C. C.; Urbauer, J. L.; Mulholland, S. E.; Pidikiti, R.; Lear, J. D.; Wand, A. J.; Degrado, W. F.; Dutton, P. L. Nature 1994, 368, 425.
17. Tuchscherer, G.; Scheilber, L.; Dumy, P.; Mutter, M. Biopolymers 1998, 47, 63.
18. (a) Dill, K. A. Biochemistry 1990, 29, 7133.
19. (b) Doig, A. J.; Williams, D. H. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 338.
20. (c) Honig, B.; Yang, A.-S. Adv. Protein Chem. 1995, 46, 27.
21. (d) Murphy, K. P.; Gill, S. J. J. Mol. Biol. 1991, 222, 699.
22. (a) Shin, I.; Ting, A. Y.; Schultz, P. G. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 12667.
23. (b) Koh, J. T.; Cornish, V. W.; Schultz, P. G. Biochemistry 1997, 36, 11314.
24. (c) Chapman, E.; Thorson, J. S.; Schultz, P. G. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 7151.
25. Lu, W.; Qasim, M. A.; Laskowski, M., Jr.; Kent, S. H. B. Biochemistry 1997, 36, 673.
26. Cantor, C. R.; Schimmel, P. R. In Biophysical Chemistry, Part II; W. H. Freeman and Company: New York, 1980.
27. Pace, C. N.; Vanderburg, K. E. Biochemistry 1979, 18, 288.
28. (a) Gray, H. B.; Winkler, J. R. Annu. Rev. Biochem. 1996, 65, 537.
29. (b) Mocek, H. M.; Zhou, J. S.; Forest, S. D.; Priyadarshy, S.; Beratan, D. N.; Onuchic, J. N.; Hoffman, B. M. Chem. Rev. 1996, 96, 2459.
30. (c) Marcus, R. A.; Sutin, N. Biochim. Biophys. Acta 1985, 811, 265.
31. (d) Beratan, N. M.; Onuchic, J. N. Electron Transfer in Inorganic, Organic, and Biological Systems; American Chemical Society: Washington, DC, 1991; Vol. 228.
32. (e) McLendon, G. L. Electron Transfer Proteins; Marcel Dekker: New York, 1995.
33. (f) McLendon, G. L.; Simolo, K.; Magner, E.; Taylor, K.; Guarr, T.; McGuire, M.; Miller, J. Proceedings of Pacific Basins Symposium on Photochemistry of Inorganic Compounds. Coord. Chem. Rev. 1985.
34. (a) Stewart, J. M.; Young, J. D. Solid Phase Peptide Synthesis; Pierce Chemical Co.: Rockford, IL, 1984.
35. (b) Schnolzer, M.; Alewood, P.; Jones, A.; Alewood, D.; Kent, S. B. H. Int. J. Pept. Protein Res. 1992, 40, 180.
36. Davis, A. R.; Einstein, F. W. B.; Farrell, N. P.; James, B. R.; McMillan, R. S. Inorg. Chem. 1978, 17, 1965.
37. (a) Yocom, K. M.; B., S. J.; Shelton, J. R.; E., S. W.; G., W. Proc. Natl Acad. Sci. U.S.A. 1982, 79, 7052.
38. (b) Matthews, C. R.; Erickson, P. M.; Van Vliet, D. L.; Petersheim, M. J. Am. Chem. Soc. 1978, 100, 2260.
39. (c) Dahiyat, B.; Meade, T. J.; Mayo, S. L. Inorg. Chim. Acta 1996, 243, 207.
40. (a) Vassilian, A.; Wishart, J. F.; van Hemelryck, B.; Schwarz, H.; Isied, S. S. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 7278.
41. (b) Ogawa, M. Y.; Wishart, J. F.; Young, Z.; Miller, J. R.; Isied, S. S. J. Phys. Chem. 1993, 97, 11456.
42. Jiang X.; Bishop, E. J.; Farid R. S. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 838.
43. Rose, D.; Wilkinson, G. J. Chem. Soc. A. 1970, 1791.
44. Creighton, T. E. Curr. Biol. 1991, 1, 5.
45. Miick, S. M.; Martinez, G. V.; Fiori, W. R.; Todd, A. P.; Millhauser, G. L. Nature 1992, 359, 653; 1995, 377, 257.
46. Miick, S. M.; Martinez, G. V.; Fiori, W. R.; Todd, A. P.; Millhauser, G. L. Nature 1992, 359, 653; 1995, 377, 257.
47. (a) Morgan, B. P.; Scholtz, J. M.; Ballinger, M. D.; Zipkin, I. D.; Bartlett, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 297.
48. (b) Bugg, T. D. H.; Wright, G. D.; Dutka-Malen, S.; Arthur, M.; Courvalin, P.; Walsh, C. T. Biochemistry 1991, 30, 10408.
49. (c) Groeger, C.; Wenzel, H. R.; Tshesche, H. Int. J. Pept. Protein Res. 1994, 44, 166.
50. (a) Beratan, D. N.; Onuchic, J. N.; Winkler, J. R.; Gray, H. B. Science 1992, 258, 1740.
51. (b) Beratan, D. N.; Betts, J. N.; Onuchic, J. N. J. Phys. Chem. 1992, 96, 2852.
52. (a) Langen, R.; Colon J. L.; Casimiro, D. R.; Karpishin, T. B.; Winkler, J. R.; Gray, H. B. J. Biol. Inorg. Chem. 1996, 1, 221.
53. (b) Wuttke, D. S.; Bjerrum, M. J.; Winkler, J. R.; Gray, H. B. Science 1992, 256, 1007.
54. (c) Langen, R.; Chang, I. J.; Germanas, J. P.; Richards, J. H.; Winkler, J. R.; Gray, H. B. Science 1995, 268, 1733.
55. Mutz, M. W.; Case, M. A.; Wishart, J. F.; Ghadiri, M. R.; McLendon, G. L. J. Am. Chem. Soc., in press.
56. Kraulis, P. J. J. Appl. Crystallogr. 1991, 24, 946.