MZmine 2 Data-Preprocessing to Enhance Molecular Networking Reliability

Analytical Chemistry

Volumn 89, Issue 15, 2017, Pages 7836-7840

  Olivon, Florent ^a   Grelier, Gwendal ^a   Roussi, Fanny ^a   Litaudon, Marc ^a   Touboul, David ^a  

^a UNIVERSITÉ PARIS SACLAY   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY;

CHEMICAL FORMULAE; DATA PREPROCESSING; DATA TREATMENT; LARGE DATASETS; NATURAL PRODUCTS; RETENTION TIME; SUPERCRITICAL CO2 EXTRACTION; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

ISOMERS;

BIOLOGICAL PRODUCT;

CHEMISTRY; EUPHORBIACEAE; HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; METABOLISM; METABOLOMICS; PLANT LEAF; SOFTWARE; SUPERCRITICAL FLUID CHROMATOGRAPHY; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

BIOLOGICAL PRODUCTS; CHROMATOGRAPHY, HIGH PRESSURE LIQUID; CHROMATOGRAPHY, SUPERCRITICAL FLUID; EUPHORBIACEAE; METABOLOMICS; PLANT LEAVES; SOFTWARE; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

EID: 85026646297     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.7b01563     Document Type: Article

References (18)

1. Hufsky, F.; Scheubert, K.; Bocker, S. Nat. Prod. Rep. 2014, 31, 807-817 10.1039/c3np70101h
2. Scheubert, K.; Hufsky, F.; Böcker, S. J. Cheminf. 2013, 5, 12 10.1186/1758-2946-5-12
3. Wang, M.; Carver, J. J.; Phelan, V. V.; Sanchez, L. M.; Garg, N.; Peng, Y.; Nguyen, D. D.; Watrous, J.; Kapono, C. A.; Luzzatto-Knaan, T.; Porto, C.; Bouslimani, A.; Melnik, A. V.; Meehan, M. J.; Liu, W.-T.; Crusemann, M.; Boudreau, P. D.; Esquenazi, E.; Sandoval-Calderon, M.; Kersten, R. D.; Pace, L. A.; Quinn, R. A.; Duncan, K. R.; Hsu, C.-C.; Floros, D. J.; Gavilan, R. G.; Kleigrewe, K.; Northen, T.; Dutton, R. J.; Parrot, D.; Carlson, E. E.; Aigle, B.; Michelsen, C. F.; Jelsbak, L.; Sohlenkamp, C.; Pevzner, P.; Edlund, A.; McLean, J.; Piel, J.; Murphy, B. T.; Gerwick, L.; Liaw, C.-C.; Yang, Y.-L.; Humpf, H.-U.; Maansson, M.; Keyzers, R. A.; Sims, A. C.; Johnson, A. R.; Sidebottom, A. M.; Sedio, B. E.; Klitgaard, A.; Larson, C. B.; Boya P, C. A.; Torres-Mendoza, D.; Gonzalez, D. J.; Silva, D. B.; Marques, L. M.; Demarque, D. P.; Pociute, E.; O'Neill, E. C.; Briand, E.; Helfrich, E. J. N.; Granatosky, E. A.; Glukhov, E.; Ryffel, F.; Houson, H.; Mohimani, H.; Kharbush, J. J.; Zeng, Y.; Vorholt, J. A.; Kurita, K. L.; Charusanti, P.; McPhail, K. L.; Nielsen, K. F.; Vuong, L.; Elfeki, M.; Traxler, M. F.; Engene, N.; Koyama, N.; Vining, O. B.; Baric, R.; Silva, R. R.; Mascuch, S. J.; Tomasi, S.; Jenkins, S.; Macherla, V.; Hoffman, T.; Agarwal, V.; Williams, P. G.; Dai, J.; Neupane, R.; Gurr, J.; Rodriguez, A. M. C.; Lamsa, A.; Zhang, C.; Dorrestein, K.; Duggan, B. M.; Almaliti, J.; Allard, P.-M.; Phapale, P.; Nothias, L.-F.; Alexandrov, T.; Litaudon, M.; Wolfender, J.-L.; Kyle, J. E.; Metz, T. O.; Peryea, T.; Nguyen, D.-T.; VanLeer, D.; Shinn, P.; Jadhav, A.; Muller, R.; Waters, K. M.; Shi, W.; Liu, X.; Zhang, L.; Knight, R.; Jensen, P. R.; Palsson, B. O.; Pogliano, K.; Linington, R. G.; Gutierrez, M.; Lopes, N. P.; Gerwick, W. H.; Moore, B. S.; Dorrestein, P. C.; Bandeira, N. Nat. Biotechnol. 2016, 34, 828-837 10.1038/nbt.3597
4. Frank, A. M.; Bandeira, N.; Shen, Z.; Tanner, S.; Briggs, S. P.; Smith, R. D.; Pevzner, P. A. J. Prot. Res. 2008, 7, 113-122 10.1021/pr070361e
5. Tautenhahn, R.; Patti, G. J.; Rinehart, D.; Siuzdak, G. Anal. Chem. 2012, 84, 5035-5039 10.1021/ac300698c
6. Xia, J.; Sinelnikov, I. V.; Han, B.; Wishart, D. S. Nucleic Acids Res. 2015, 43, W251-W257 10.1093/nar/gkv380
7. Rost, H. L.; Sachsenberg, T.; Aiche, S.; Bielow, C.; Weisser, H.; Aicheler, F.; Andreotti, S.; Ehrlich, H.-C.; Gutenbrunner, P.; Kenar, E.; Liang, X.; Nahnsen, S.; Nilse, L.; Pfeuffer, J.; Rosenberger, G.; Rurik, M.; Schmitt, U.; Veit, J.; Walzer, M.; Wojnar, D.; Wolski, W. E.; Schilling, O.; Choudhary, J. S.; Malmstrom, L.; Aebersold, R.; Reinert, K.; Kohlbacher, O. Nat. Methods 2016, 13, 741-748 10.1038/nmeth.3959
8. Cox, J.; Mann, M. Nat. Biotechnol. 2008, 26, 1367-1372 10.1038/nbt.1511
9. Liang, Y.-J.; Lin, Y.-T.; Chen, C.-W.; Lin, C.-W.; Chao, K.-M.; Pan, W.-H.; Yang, H.-C. Anal. Chem. 2016, 88, 6334-6341 10.1021/acs.analchem.6b00603
10. Pluskal, T.; Castillo, S.; Villar-Briones, A.; Orešič, M. BMC Bioinf. 2010, 11, 395 10.1186/1471-2105-11-395
11. Kessner, D.; Chambers, M.; Burke, R.; Agus, D.; Mallick, P. Bioinformatics 2008, 24, 2534-2536 10.1093/bioinformatics/btn323
12. https://github.com/pypa/pip (Accessed 15 March 2017).
13. http://pandas.pydata.org/ (Accessed 15 March 2017).
14. https://pypi.python.org/pypi/xlwt (Accessed 15 March 2017).
15. https://github.com/PyMySQL/PyMySQL (Accessed 15 March 2017).
16. Treviño, V.; Yañez-Garza, I.-L.; Rodriguez-López, C. E.; Urrea-López, R.; Garza-Rodriguez, M.-L.; Barrera-Saldaña, H.-A.; Tamez-Peña, J. G.; Winkler, R.; Díaz de-la-Garza, R.-I. J. Mass Spectrom. 2015, 50, 165-174 10.1002/jms.3512
17. Pluskal, T.; Uehara, T.; Yanagida, M. Anal. Chem. 2012, 84, 4396-4403 10.1021/ac3000418
18. Olivon, F.; Palenzuela, H.; Girard-Valenciennes, E.; Neyts, J.; Pannecouque, C.; Roussi, F.; Grondin, I.; Leyssen, P.; Litaudon, M. J. Nat. Prod. 2015, 78, 1119-1128 10.1021/acs.jnatprod.5b00116