Development and Evaluation of a Parallel Reaction Monitoring Strategy for Large-Scale Targeted Metabolomics Quantification

Analytical Chemistry

Volumn 88, Issue 8, 2016, Pages 4478-4486

  Zhou, Juntuo ^a   Liu, Huiying ^a   Liu, Yang ^a   Liu, Jia ^a   Zhao, Xuyang ^a   Yin, Yuxin ^a  

^a PEKING UNIVERSITY HEALTH SCIENCE CENTER   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DATA HANDLING; METABOLITES;

BIOLOGICAL SAMPLES; HIGHER RESOLUTION; METABOLIC PATHWAYS; PARALLEL REACTIONS; POLAR METABOLITE; QUANTITATIVE ACCURACY; QUANTITATIVE METHOD; REPRODUCIBILITIES;

ASSAYS;

ANIMAL; BIOASSAY; CYTOLOGY; DEVICES; FIBROBLAST; HCT 116 CELL LINE; HEK293 CELL LINE; HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; HUMAN; MASS SPECTROMETRY; METABOLISM; METABOLOMICS; MOUSE;

ANIMALS; BIOLOGICAL ASSAY; CHROMATOGRAPHY, HIGH PRESSURE LIQUID; FIBROBLASTS; HCT116 CELLS; HEK293 CELLS; HUMANS; MASS SPECTROMETRY; METABOLOMICS; MICE;

EID: 84966373160     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.6b00355     Document Type: Article

References (30)

1. Griffin, J. L.; Shockcor, J. P. Nat. Rev. Cancer 2004, 4, 551-561 10.1038/nrc1390
2. Denkert, C.; Budczies, J.; Kind, T.; Weichert, W.; Tablack, P.; Sehouli, J.; Niesporek, S.; Konsgen, D.; Dietel, M.; Fiehn, O. Cancer Res. 2006, 66, 10795-10804 10.1158/0008-5472.CAN-06-0755
3. Collins, F. S.; Green, E. D.; Guttmacher, A. E.; Guyer, M. S. Nature 2003, 422, 835-847 10.1038/nature01626
4. German, J. B.; Hammock, B. D.; Watkins, S. M. Metabolomics 2005, 1, 3-9 10.1007/s11306-005-1102-8
5. Michalski, A.; Damoc, E.; Hauschild, J.-P.; Lange, O.; Wieghaus, A.; Makarov, A.; Nagaraj, N.; Cox, J.; Mann, M.; Horning, S. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10, M111.011015 10.1074/mcp.M111.011015
6. Kitteringham, N. R.; Jenkins, R. E.; Lane, C. S.; Elliott, V. L.; Park, B. K. J. Chromatogr. B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2009, 877, 1229-1239 10.1016/j.jchromb.2008.11.013
7. Ciccimaro, E.; Blair, I. A. Bioanalysis 2010, 2, 311-341 10.4155/bio.09.185
8. Wei, R.; Li, G.; Seymour, A. B. Anal. Chem. 2010, 82, 5527-5533 10.1021/ac100331b
9. Yuan, M.; Breitkopf, S. B.; Yang, X.; Asara, J. M. Nat. Protoc. 2012, 7, 872-881 10.1038/nprot.2012.024
10. Tiller, P. R.; Yu, S.; Castro-Perez, J.; Fillgrove, K. L.; Baillie, T. A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2008, 22, 1053-1061 10.1002/rcm.3472
11. Jemal, M.; Ouyang, Z.; Xia, Y. Q. Biomed. Chromatogr. 2010, 24, 2-19 10.1002/bmc.1373
12. Wang, X.; Zhang, A.; Han, Y.; Wang, P.; Sun, H.; Song, G.; Dong, T.; Yuan, Y.; Yuan, X.; Zhang, M. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, 370-380 10.1074/mcp.M111.016006
13. Dunn, W. B.; Broadhurst, D.; Begley, P.; Zelena, E.; Francis-McIntyre, S.; Anderson, N.; Brown, M.; Knowles, J. D.; Halsall, A.; Haselden, J. N.; Nicholls, A. W.; Wilson, I. D.; Kell, D. B.; Goodacre, R.; Human Serum Metabolome, C. Nat. Protoc. 2011, 6, 1060-1083 10.1038/nprot.2011.335
14. Denery, J. R.; Nunes, A. A.; Dickerson, T. J. Anal. Chem. 2011, 83, 1040-1047 10.1021/ac102806p
15. Matsubara, T.; Tanaka, N.; Krausz, K. W.; Manna, S. K.; Kang, D. W.; Anderson, E. R.; Luecke, H.; Patterson, A. D.; Shah, Y. M.; Gonzalez, F. J. Cell Metab. 2012, 16, 634-644 10.1016/j.cmet.2012.10.006
16. Liu, X.; Ser, Z.; Locasale, J. W. Anal. Chem. 2014, 86, 2175-2184 10.1021/ac403845u
17. Ronsein, G. E.; Pamir, N.; von Haller, P. D.; Kim, D. S.; Oda, M. N.; Jarvik, G. P.; Vaisar, T.; Heinecke, J. W. J. Proteomics 2015, 113, 388-399 10.1016/j.jprot.2014.10.017
18. Peterson, A. C.; Russell, J. D.; Bailey, D. J.; Westphall, M. S.; Coon, J. J. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, 1475-1488 10.1074/mcp.O112.020131
19. Kim, H.-J.; Lin, D.; Li, M.; Liebler, D. C. Mol. Cell. Proteomics 2015, mcp.O115.051813 10.1074/mcp.O115.051813
20. Schilling, B.; MacLean, B.; Held, J. M.; Sahu, A. K.; Rardin, M. J.; Sorensen, D. J.; Peters, T.; Wolfe, A. J.; Hunter, C. L.; MacCoss, M. J.; Gibson, B. W. Anal. Chem. 2015, 87, 10222-10229 10.1021/acs.analchem.5b02983
21. Gallien, S.; Bourmaud, A.; Kim, S. Y.; Domon, B. J. Proteomics 2014, 100, 147-159 10.1016/j.jprot.2013.10.029
22. Tang, H.; Fang, H.; Yin, E.; Brasier, A. R.; Sowers, L. C.; Zhang, K. Anal. Chem. 2014, 86, 5526-5534 10.1021/ac500972x
23. MacLean, B.; Tomazela, D. M.; Shulman, N.; Chambers, M.; Finney, G. L.; Frewen, B.; Kern, R.; Tabb, D. L.; Liebler, D. C.; MacCoss, M. J. Bioinformatics 2010, 26, 966-968 10.1093/bioinformatics/btq054
24. Xia, J.; Sinelnikov, I. V.; Han, B.; Wishart, D. S. Nucleic Acids Res. 2015, 43, W251-257 10.1093/nar/gkv380
25. Wishart, D. S.; Tzur, D.; Knox, C.; Eisner, R.; Guo, A. C.; Young, N.; Cheng, D.; Jewell, K.; Arndt, D.; Sawhney, S.; Fung, C.; Nikolai, L.; Lewis, M.; Coutouly, M. A.; Forsythe, I.; Tang, P.; Shrivastava, S.; Jeroncic, K.; Stothard, P.; Amegbey, G.; Block, D.; Hau, D. D.; Wagner, J.; Miniaci, J.; Clements, M.; Gebremedhin, M.; Guo, N.; Zhang, Y.; Duggan, G. E.; Macinnis, G. D.; Weljie, A. M.; Dowlatabadi, R.; Bamforth, F.; Clive, D.; Greiner, R.; Li, L.; Marrie, T.; Sykes, B. D.; Vogel, H. J.; Querengesser, L. Nucleic Acids Res. 2007, 35, D521-526 10.1093/nar/gkl923
26. Tautenhahn, R.; Cho, K.; Uritboonthai, W.; Zhu, Z.; Patti, G. J.; Siuzdak, G. Nat. Biotechnol. 2012, 30, 826-828 10.1038/nbt.2348
27. Horai, H.; Arita, M.; Kanaya, S.; Nihei, Y.; Ikeda, T.; Suwa, K.; Ojima, Y.; Tanaka, K.; Tanaka, S.; Aoshima, K.; Oda, Y.; Kakazu, Y.; Kusano, M.; Tohge, T.; Matsuda, F.; Sawada, Y.; Hirai, M. Y.; Nakanishi, H.; Ikeda, K.; Akimoto, N.; Maoka, T.; Takahashi, H.; Ara, T.; Sakurai, N.; Suzuki, H.; Shibata, D.; Neumann, S.; Iida, T.; Tanaka, K.; Funatsu, K.; Matsuura, F.; Soga, T.; Taguchi, R.; Saito, K.; Nishioka, T. J. Mass Spectrom. 2010, 45, 703-714 10.1002/jms.1777
28. Newgard, C. B.; An, J.; Bain, J. R.; Muehlbauer, M. J.; Stevens, R. D.; Lien, L. F.; Haqq, A. M.; Shah, S. H.; Arlotto, M.; Slentz, C. A.; Rochon, J.; Gallup, D.; Ilkayeva, O.; Wenner, B. R.; Yancy, W. S., Jr.; Eisenson, H.; Musante, G.; Surwit, R. S.; Millington, D. S.; Butler, M. D.; Svetkey, L. P. Cell Metab. 2009, 9, 311-326 10.1016/j.cmet.2009.02.002
29. Shaham, O.; Wei, R.; Wang, T. J.; Ricciardi, C.; Lewis, G. D.; Vasan, R. S.; Carr, S. A.; Thadhani, R.; Gerszten, R. E.; Mootha, V. K. Mol. Syst. Biol. 2008, 4, 214 10.1038/msb.2008.50
30. Ng, D. P.; Salim, A.; Liu, Y.; Zou, L.; Xu, F. G.; Huang, S.; Leong, H.; Ong, C. N. Diabetologia 2012, 55, 499-508 10.1007/s00125-011-2339-6