A Multilayered Approach to Approximating Solute Polarization

Journal of Computational Chemistry

Volumn 25, Issue 5, 2004, Pages 627-631

  Maurer, Richard I ^a   Reynolds, Christopher A ^a  

^a UNIVERSITY OF ESSEX   (United Kingdom)

Author keywords

Free energy of hydration; Hybrid; Poisson Boltzmann; Quantum mechanics; Solute polarization

Indexed keywords

FREE ENERGY; HYDRATION; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; QUANTUM THEORY; REGRESSION ANALYSIS; SOLUBILITY;

FREE ENERGY OF HYDRATION; POISSON BOLTZMANN METHOD; SOLUTE POLARIZATION;

SOLUTIONS;

EID: 84962377323     PISSN: 01928651     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.10408     Document Type: Article

References (67)

1. Pecul, M.; Sadlej, J. Chem Phys 1998, 234, 111.
2. Frau, J.; Donoso, J.; Munoz, F.; Blanco, F. G. J Mol Struct (Theochem) 1997, 390, 247.
3. Nguyen, M. T.; Raspoet, G.; Vanquickenborne, L. G. J Am Chem Soc 1997, 119, 2552.
4. Pye, C. C.; Rudolph, W.; Poirier, R. A. J Phys Chem 1996, 100, 601.
5. Ensing, B.; Meijer, E. J.; Blochl, P. E.; Baerends, E. J. J Phys Chem A 2001, 105, 3300.
6. Yarne, D. A.; Tuckerman, M. E.; Klein, M. L. Chem Phys 2000, 258, 163.
7. Alber, F.; Folkers, G.; Carloni, P. J Mol Struct (Theochem) 1999, 489, 237.
8. Smith, G. D.; Bedrov, D. J Phys Chem A 2001, 105, 1283.
9. Duan, Y.; Wang, L.; Kollman, P. A. Proc Natl Acad Sci USA 1998, 95, 9897.
10. Ding, Y. B.; Bernardo, D. N.; Kroghjespersen, K.; Levy, R. M. J Phys Chem 1995, 99, 11575.
11. Kim, H. S. J Mol Struct (Theochem) 2001, 540, 79.
12. Rizzo, R. C.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J Med Chem 2001, 44, 145.
13. Orozco, M.; Luque, F. J. Chem Rev 2000, 100, 4187.
14. Born, M. Zeitschrift Physik 1920, 1, 45.
15. Constanciel, R.; Contreras, R. Theor Chim Acta 1984, 65, 1.
16. Miertus, S.; Scrocco, E.; Tomasi, J. Chem Phys 1981, 55, 117.
17. Onsager, L. J Am Chem Soc 1936, 58, 1486.
18. Tapia, O.; Goscinski, O. Mol Phys 1975, 29, 5115.
19. Warshel, A.; Levitt, M. J Mol Biol 1976, 103, 227.
20. Warwicker, J.; Watson, H. C. J Mol Biol 1982, 157, 671.
21. Guo, Z. Y.; Thirumalai, D. Biopolymers 1995, 36, 83.
22. Meyer, M.; Wohlfahrt, G.; Knablein, J.; Schomburg, D. J Comput Aided Mol Des 1998, 12, 425.
23. Klamt, A.; Eckert, F.; Hornig, M. J Comput Aided Mol Des 2001, 15, 355.
24. Maurer, R. I.; Reynolds, C. A. In Chemical Modelling: Applications and Theory, vol. 1; Royal Society of Chemistry: London, UK, 2000, p. 1111.
25. Hawkins, G. D.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J Phys Chem B 1998, 102, 3257.
26. Storer, J. W.; Giesen, D. J.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J Comput Aided Mol Des 1995, 9, 87.
27. Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J Comput Chem 1992, 13, 1089.
28. Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Science 1992, 256, 213.
29. Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J Am Chem Soc 1991, 113, 8305.
30. Hawkins, G. D.; Giesen, D. J.; Lynch, G. C.; Chambers, C. C.; Rossi, I.; Storer, J. W.; Li, J.; Winget, P.; Rinaldi, D.; Liotard, D. A.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. AMSOL-version 6.6 (based in part on AMPACversion 2.1 by Liotard, D.A.; Healy, E. F.); University of Minnesota, Minneapolis, 1997.
31. Toth, A. M.; Liptak, M. D.; Phillips, D. L.; Shields, G. C. J Chem Phys 2001, 114, 4595.
32. Gallivan, J. P.; Dougherty, D. A. J Am Chem Soc 2000, 122, 870.
33. Turjanski, A. G.; Rosenstein, R. E.; Estrin, D. A. J Mol Model 1999, 5, 271.
34. Rychnovsky, S. D.; Vaidyanathan, R.; Beauchamp, T.; Lin, R.; Farmer, P. J. J Org Chem 1999, 64, 6745.
35. Miertus, S.; Tomasi, J. Chem Phys 1982, 65, 239.
36. Cossi, M.; Barone, V.; Cammi, R.; Tomasi, J. Chem Phys Lett 1996, 255, 327.
37. Barone, V.; Cossi, M.; Tomasi, J. J Chem Phys 1997, 107, 3210.
38. Cances, E.; Mennucci, B.; Tomasi, J. J Chem Phys 1997, 107, 3032.
39. Barone, V.; Cossi, M.; Tomasi, J. J Comput Chern 1998, 19, 404.
40. Still, W. C.; Tempczyk, A.; Hawley, R. C.; Heridrickson, T. J Am Chem. Soc 1990, 112, 6127.
41. Schaefer, M.; Karplus, M. J Phys Chem 1996, 100, 1578.
42. Winn, P. J.; Ferenczy, G. G.; Reynolds, C. A. J Phys Chem A 1997, 101, 5437.
43. Svensson, M.; Humbel, S.; Froese, R. D. J.; Matsubara, T.; Sieber, S.; Morokuma, K. J Phys Chem 1996, 100, 19357.
44. Pople, J. A.; Headgordon, M.; Fox, D. J.; Raghavachari, K.; Curtiss, L. A. J Chem Phys 1989, 90, 5622.
45. Curtiss, L. A.; Raghavachari, K.; Trucks, G. W.; Pople, J. A. J Chem Phys 1991, 94, 7221.
46. Curtiss, L. A.; Raghavachari, K.; Redfern, P. C.; Rassolov, V.; Pople, J. A. J Chem Phys 1998, 109, 7764.
47. Becke, A. D. J Chem Phys 1993, 98, 5648.
48. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98 (Revision A.7); Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
49. Godbout, N.; Salahub, D. R.; Andzelm, J.; Wimmer, E. Can J ChemRev Can Chim 1992, 70, 560.
50. Chirlian, L. E.; Francl, M. M. J Comput Chem 1987, 8, 894.
51. Bondi, A. J Phys Chem 1964, 68, 441.
52. Lee, F.; Richards, J. J Mol Biol 1971, 55, 379.
53. Madura, J. D.; Briggs, J. M.; Wade, R. C.; Davis, M. E.; Luty, B. A.; Ilin, A.; Antosiewicz, J.; Gilson, M. K.; Bagheri, B.; Scott, L. R.; McCammon, J. A. Comput Phys Commun 1995, 91, 57.
54. Foresman, J. B.; Keith, T. A.; Wiberg, K. B.; Snoonian, J.; Frisch, M. J. J Phys Chem 1996, 100, 16098.
55. Gao, J. L. J Comput Chem 1997, 18, 1061.
56. Gao, J. L.; Freindorf, M. J Phys Chem A 1997, 101, 3182.
57. Thompson, M. A.; Glendening, E. D.; Feller, D. J Phys Chem 1994, 98, 10465.
58. Gao, J. L.; Xia, X. F. Science 1992, 258, 631.
59. Unichem v.5.1, Oxford Molecular Group, Cray Res. Inc.; 1999.
60. Froese, R. D. J.; Morokuma, K. Chem Phys Lett 1996, 263, 393-400.
61. Matsubara, T.; Sieber, S.; Morokuma, K. Int J Quantum Chem 1996, 60, 1101.
62. Matsubara, T.; Maseras, F.; Koga, N.; Morokuma, K. J Phys Chem 1996, 100, 2573.
63. Svensson, M.; Humbel, S.; Morokuma, K. J Chem Phys 1997, 105, 3654.
64. Froese, R. D. J.; Morokuma, K. J Phys Chem A 1999, 103, 4580.
65. Khoroshun, D. V.; Musaev, D. G.; Morokuma, K. Organometallics 1999, 18, 5653.
66. Vreven, T.; Morokuma, K. J Comput Chem 2000, 21, 1419.
67. Vreven, T.; Mennucci, B.; da Silva, C. O.; Morokuma, K.; Tomasi, J. J Chem Phys 2001, 115, 62.