An automated transition state search using classical trajectories initialized at multiple minima

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 17, Issue 22, 2015, Pages 14912-14921

  Martínez Núñez, Emilio ^a  

^a Departamento de Química Física Centro Singular de Investigación en Química Biológica y Materiales Moleculares Universidade de Santiago de Compostela ^*  (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84930677643     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5cp02175h     Document Type: Article

References (86)

1. H. Eyring J. Chem. Phys. 1935 3 107
2. E. Wigner Trans. Faraday Soc. 1938 34 29
3. J. C. Keck Adv. Chem. Phys. 1967 13 85
4. P. Pechukas, Dynamics of Molecular Collisions, Plenum, New York, 1976
5. H. N. Schlegel J. Comput. Chem. 1982 3 214
6. C. J. Cerjan W. H. Miller J. Chem. Phys. 1981 75 2800
7. J. Baker J. Comput. Chem. 1986 7 385
8. P. Csaszar P. Pulay J. Mol. Struct. 1984 114 31
9. G. Henkelman H. Jonsson J. Chem. Phys. 1999 111 7010
10. A. Heyden A. T. Bell F. J. Keil J. Chem. Phys. 2005 123 224101
11. J. Kastner P. Sherwood J. Chem. Phys. 2008 128 014106
12. F. Jensen, Introduction to Computational Chemistry, 2nd edn, Wiley, Chichester, England, 2006
13. E. Weinan E. Vanden-Eijnden Annu. Rev. Phys. Chem. 2010 61 391
14. H. Jonsson, G. Mills and K. W. Jacobsen, in Classical and Quantum Dynamics in Condensed Phase Simulations, ed., B. J. Berne, G. Ciccoti, and, D. F. Coker, River Edge, NJ, 1998
15. G. Henkelman B. P. Uberuaga H. Jonsson J. Chem. Phys. 2000 113 9901
16. G. Henkelman H. Jonsson J. Chem. Phys. 2000 113 9978
17. E. Winan W. Ren E. Vanden-Eijnden Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 2002 66 052301
18. E. Weinan W. Ren E. Vanden-Eijnden J. Chem. Phys. 2007 126 164103
19. B. Peters A. Heyden A. T. Bell A. Chakraborty J. Chem. Phys. 2004 120 7877
20. H. Chaffey-Millar A. Nikodem A. V. Matveev S. Kruger N. Rosch J. Chem. Theory Comput. 2012 8 777
21. A. Behn P. M. Zimmerman A. T. Bell M. Head-Gordon J. Chem. Theory Comput. 2011 7 4019
22. J. Pancir Collect. Czech. Chem. Commun. 1975 40 1112
23. M. V. Basilevsky A. G. Shamov Chem. Phys. 1981 60 347
24. M. V. Basilevsky Chem. Phys. 1982 67 337
25. D. J. Rowe A. Ryman J. Math. Phys. 1982 23 732
26. D. K. Hoffman R. S. Nord K. Ruedenberg Theor. Chim. Acta 1986 69 265
27. P. Jorgensen H. J. A. Jensen T. Helgaker Theor. Chim. Acta 1988 73 55
28. W. Quapp Theor. Chim. Acta 1989 75 447
29. H. B. Schlegel Theor. Chim. Acta 1992 83 15
30. J. Q. Sun K. Ruedenberg J. Chem. Phys. 1993 98 9707
31. K. Bondensgard F. Jensen J. Chem. Phys. 1996 104 8025
32. W. Quapp M. Hirsch O. Imig D. Heidrich J. Comput. Chem. 1998 19 1087
33. W. Quapp M. Hirsch D. Heidrich Theor. Chem. Acc. 1998 100 285
34. J. M. Bofill J. M. Anglada Theor. Chem. Acc. 2001 105 463
35. R. Crehuet J. M. Bofill J. M. Anglada Theor. Chem. Acc. 2002 107 130
36. M. Hirsch W. Quapp J. Comput. Chem. 2002 23 887
37. M. Dallos H. Lischka E. Ventura Do Monte M. Hirsch W. Quapp J. Comput. Chem. 2002 23 576
38. M. Hirsch W. Quapp THEOCHEM 2004 683 13
39. K. Ohno S. Maeda Chem. Phys. Lett. 2004 384 277
40. S. Maeda K. Ohno J. Phys. Chem. A 2005 109 5742
41. K. Ohno S. Maeda J. Phys. Chem. A 2006 110 8933
42. K. Ohno S. Maeda Phys. Scr. 2008 78 058122
43. X. Yang S. Maeda K. Ohno J. Phys. Chem. A 2007 111 5099
44. X. Yang S. Maeda K. Ohno Chem. Phys. Lett. 2006 418 208
45. X. Yang S. Maeda K. Ohno J. Phys. Chem. A 2005 109 7319
46. Y. Watanabe S. Maeda K. Ohno Chem. Phys. Lett. 2007 447 21
47. S. Maeda K. Ohno Chem. Phys. Lett. 2008 460 55
48. E. Martínez-Núñez J. Comput. Chem. 2015 36 222
49. M. R. Sorensen A. F. Voter J. Chem. Phys. 2000 112 9599
50. Y. Shim N. B. Callahan J. G. Amar J. Chem. Phys. 2013 138 094101
51. D. R. Glowacki E. Paci D. V. Shalashilin J. Phys. Chem. B 2009 113 16603
52. D. R. Glowacki E. Paci D. V. Shalashilin J. Chem. Theory Comput. 2011 7 1244
53. D. V. Shalashilin G. S. Beddard E. Paci D. R. Glowacki J. Chem. Phys. 2012 137 165102
54. E. Martinez-Nunez D. V. Shalashilin J. Chem. Theory Comput. 2006 2 912
55. J. Booth S. Vazquez E. Martínez-Núñez A. Marks J. Rodgers D. R. Glowacki D. V. Shalashilin Philos. Trans. R. Soc., A 2014 372 20130384
56. R. Elber Biophys. J. 2007 92 L85
57. A. K. Faradjian R. Elber J. Chem. Phys. 2004 120 10880
58. K. Kuczera G. S. Jas R. Elber J. Phys. Chem. A 2009 113 7461
59. L. Maragliano E. Vanden-Eijnden B. Roux J. Chem. Theory Comput. 2009 5 2589
60. E. Vanden-Eijnden M. Venturoli G. Ciccoti R. Elber J. Chem. Phys. 2008 129 174102
61. A. M. A. West R. Elber D. Shalloway J. Chem. Phys. 2007 126 145104
62. E. Vanden-Eijnden M. Venturoli J. Chem. Phys. 2009 130 194101
63. A. F. Voter Phys. Rev. Lett. 1997 78 3908
64. A. F. Voter J. Chem. Phys. 1997 106 4465
65. G. M. Torrie J. P. Valleau J. Chem. Phys. 1977 66 1402
66. G. M. Torrie J. P. Valleau J. Comput. Chem. 1977 23 187
67. J. Kastner Wiley Interdiscip. Rev.: Comput. Mol. Sci. 2011 1 932
68. D. Frenkel and B. Smit, Understanding Molecular Simulations, Academic Press, London, UK, 2002
69. S. A. Vazquez E. Martinez-Nunez Phys. Chem. Chem. Phys. 2015 17 6948
70. K. Fukui Acc. Chem. Res. 1981 14 363
71. W.-H. Fang J. Am. Chem. Soc. 1999 121 8376
72. C.-H. Chin S.-H. Lee J. Chem. Phys. 2011 134 044309
73. S.-H. Lee C.-H. Chin C. Chaudhuri ChemPhysChem 2011 12 753
74. A. Dey R. Fernando A. G. Suits J. Chem. Phys. 2014 140 154301
75. C. Chaudhuri S.-H. Lee Phys. Chem. Chem. Phys. 2011 13 7312
76. F. Pietrucci W. Andreoni Phys. Rev. Lett. 2011 107 085504
77. B. Bollobas, Modern Graph Theory, Springer-Verlag, Berlin, 1998
78. J. J. P. Stewart, MOPAC2012, Stewart Computational Chemistry, Colorado Springs, CO, USA, available at: http://OpenMOPAC.net
79. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci and G. A. Petersson, et al., Gaussian 09, Gaussian Inc., Wallingford CT, 2009
80. J. J. P. Stewart J. Mol. Model. 2013 19 1
81. G. Smith and R. G. Gilbert, Theory of unimolecular and recombination reactions, Blackwell Scientific Publications, Oxford, 1990
82. A. B. Bortz M. H. Kalos J. L. Lebowitz J. Comput. Phys. 1975 17 10
83. D. T. Gillespie J. Comput. Phys. 1976 22 403
84. G. H. Peslherbe W. L. Hase J. Chem. Phys. 1994 101 8535
85. W. L. Hase D. G. Buckowski K. N. Swamy J. Phys. Chem. 1983 87 2754
86. U. Lourderaj W. L. Hase J. Phys. Chem. A 2009 113 2236