Parameterization of the DFTB3 method for Br, Ca, Cl, F, I, K, and Na in organic and biological systems

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 11, Issue 1, 2015, Pages 332-342

  Kubillus, Maximilian ^a   Kubař, Tomáš ^a   Gaus, Michael ^b   Řezáč, Jan ^c   Elstner, Marcus ^a  

^a KARLSRUHE INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (Germany)

^b UNIVERSITY OF WISCONSIN MADISON   (United States)

^c INSTITUTE OF ORGANIC CHEMISTRY AND BIOCHEMISTRY   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALKALI METAL; BIOLOGICAL PRODUCT; CALCIUM; HALOGEN; ORGANIC COMPOUND;

CHEMISTRY; QUANTUM THEORY;

BIOLOGICAL PRODUCTS; CALCIUM; HALOGENS; METALS, ALKALI; ORGANIC CHEMICALS; QUANTUM THEORY;

EID: 84921342469     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct5009137     Document Type: Article

References (51)

1. Gaus, M.; Cui, Q.; Elstner, M. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 931-948
2. Gaus, M.; Goez, A.; Elstner, M. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 338-354
3. Řezáč, J.; Riley, K. E.; Hobza, P. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 4285-4292
4. Porezag, D.; Frauenheim, T.; Köhler, T.; Seifert, G.; Kaschner, R. Phys. Rev. B 1995, 51, 12947-12957
5. Seifert, G.; Porezag, D.; Frauenheim, T. Int. J. Quantum Chem. 1996, 58, 185-192
6. Elstner, M.; Porezag, D.; Jungnickel, G.; Elsner, J.; Haugk, M.; Frauenheim, T.; Suhai, S.; Seifert, G. Phys. Rev. B 1998, 58, 7260-7268
7. Elstner, M. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 5614-5621
8. Elstner, M.; Seifert, G. Phil. Trans. R. Soc. A 2014, 372.
9. Gaus, M.; Cui, Q.; Elstner, M. WIREs Comput. Mol. Sci. 2014, 4, 49-61
10. Cui, Q.; Elstner, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2014, 16, 14368-14377
11. Gaus, M.; Lu, X.; Elstner, M.; Cui, Q. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 1518-1537
12. Lu, X.; Gaus, M.; Elstner, M.; Cui, Q. J. Phys. Chem. B 2014, 10.1021/jp506557r
13. Andreini, C.; Bertini, I.; Cavallaro, G.; Holliday, G.; Thornton, J. JBIC, J. Biol. Inorg. Chem. 2008, 13, 1205-1218
14. Lockless, S. W.; Zhou, M.; MacKinnon, R. PLoS Biol. 2007, 5, 1079-1088
15. Formaneck, M. S.; Ma, L.; Cui, Q. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 9506-9517
16. Sirimulla, S.; Bailey, J. B.; Vegesna, R.; Narayan, M. J. Chem. Inf. Model. 2013, 53, 2781-2791
17. Lu, Y.; Liu, Y.; Xu, Z.; Li, H.; Liu, H.; Zhu, W. Expert Opin. Drug Discovery 2012, 7, 375-383
18. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3865-3868
19. Kellö, V.; Sadlej, A. J.; Hess, B. A. J. Chem. Phys. 1996, 105, 1995-2003
20. Gaus, M.; Chou, C.-P.; Witek, H.; Elstner, M. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 11866-11881
21. Clark, T.; Hennemann, M.; Murray, J.; Politzer, P. J. Mol. Model. 2007, 13, 291-296
22. Řezáč, J.; Hobza, P. Chem. Phys. Lett. 2011, 506, 286-289
23. Aradi, B.; Hourahine, B.; Frauenheim, T. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 5678-5684
24. Elstner, M. Theor. Chem. Acc. 2006, 116, 316-325
25. Wahiduzzaman, M.; Oliveira, A. F.; Philipsen, P.; Zhechkov, L.; van Lenthe, E.; Witek, H. A.; Heine, T. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 4006-4017
26. Kubař, T.; Bodrog, Z.; Gaus, M.; Köhler, C.; Aradi, B.; Frauenheim, T.; Elstner, M. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 2939-2949
27. Řezáč, J.; Jurečka, P.; Riley, K. E.; Černý, J.; Valdes, H.; Pluháčková, K.; Berka, K.; Řezáč, T.; Pitoňák, M.; Vondrášek, J.; Hobza, P. Collect. Czech. Chem. Commun. 2008, 73, 1261-1270
28. Grimme, S.; Antony, J.; Ehrlich, S.; Krieg, H. J. Chem. Phys. 2010, 132, 154104
29. Grimme, S.; Ehrlich, S.; Goerigk, L. J. Comput. Chem. 2011, 32, 1456-1465
30. Grimme, S. Angew. Chem., Int. Ed. 2013, 52, 6306-6312
31. Risthaus, T.; Grimme, S. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 1580-1591
32. Weigend, F.; Ahlrichs, R. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 3297-3305
33. Raghavachari, K.; Trucks, G. W.; Pople, J. A.; Head-Gordon, M. Chem. Phys. Lett. 1989, 157, 479-483
34. Helgaker, T.; Klopper, W.; Koch, H.; Noga, J. J. Chem. Phys. 1997, 106, 9639-9646
35. Fabiano, E.; Della Sala, F. Theor. Chem. Acc. 2012, 131, 1278
36. Dunning, T. H. J. Chem. Phys. 1989, 90, 1007-1023
37. Prascher, B. P.; Woon, D. E.; Peterson, K. A.; Dunning, J.; Thom, H.; Wilson, A. K. Theor. Chem. Acc. 2011, 128, 69-82
38. Koput, J.; Peterson, K. A. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 9595-9599
39. TURBOMOLE V6.4 2012, a development of University of Karlsruhe and Forschungszentrum Karlsruhe GmbH, 1989-2007, TURBOMOLE GmbH, since 2007; available from http://www.turbomole.com.
40. Treutler, O.; Ahlrichs, R. J. Chem. Phys. 1995, 102, 346-354
41. Von Arnim, M.; Ahlrichs, R. J. Comput. Chem. 1998, 19, 1746-1757
42. Eichkorn, K.; Treutler, O.; Öhm, H.; Häser, M.; Ahlrichs, R. Chem. Phys. Lett. 1995, 240, 283-290
43. Hättig, C.; Weigend, F. J. Chem. Phys. 2000, 113, 5154-5161
44. Hättig, C.; Hellweg, A.; Köhn, A. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 15672-15682
45. Baboul, A. G.; Curtiss, L. A.; Redfern, P. C.; Raghavachari, K. J. Chem. Phys. 1999, 110, 7650-7657
46. Curtiss, L. A.; Redfern, P. C.; Raghavachari, K. J. Chem. Phys. 2007, 126, 084108
47. Curtiss, L. A.; Redfern, P. C.; Raghavachari, K. J. Chem. Phys. 2007, 127, 124105
48. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; J. R. Cheese-man; Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; M. Cari-cato; Li, X.; Hratchian, H. P.; Izmaylov, A. F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J. L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J. A.;, Jr.; Peralta, J. E.; Ogliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J. J.; Brothers, E.; Kudin, K. N.; Staroverov, V. N.; Kobayashi, R.; Normand, J.; Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J. C.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Cossi, M.; Rega, N.; Millam, J. M.; Klene, M.; Knox, J. E.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Martin, R. L.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V. G.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Farkas, O.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cioslowski, J.; Fox, D. J. Gaussian 09; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2009.
49. Bondi, A. J. Phys. Chem. 1964, 68, 441-451
50. Hehre, W. J.; Stewart, R. F.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1969, 51, 2657-2664
51. Hehre, W. J.; Ditchfield, R.; Stewart, R. F.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1970, 52, 2769-2773