Accelerating all-atom MD simulations of lipids using a modified virtual-sites technique

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 10, Issue 12, 2014, Pages 5690-5695

  Loubet, Bastien ^a   Kopec, Wojciech ^a   Khandelia, Himanshu ^a  

^a UNIVERSITY OF SOUTHERN DENMARK   (Denmark)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84916220044     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct500100f     Document Type: Article

References (26)

1. MacKerell, A. D.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wioŕkiewicz-Kuczera; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616.
2. Feenstra, K. A.; Hess, B.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 1999, 20, 786-798.
3. Bjelkmar, P.; Larsson, P.; Cuendet, M. A.; Hess, B.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 459-466.
4. Klauda, J. B.; Venable, R. M.; Freites, J. A.; O'Connor, J. W.; Tobias, D. J.; Mondragon-Ramirez, C.; Vorobyov, I.; MacKerell, A. D.; Pastor, R. W. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 7830-7845.
5. Ryckaert, J.-P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341.
6. Hess, B. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 116-122.
7. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463-1472.
8. Tieleman, D. P.; Maccallum, J. L.; Ash, W. L.; Kandt, C.; Xu, Z.; Monticelli, L. J. Phys.: Condens. Matter 2006, 18, S1221-34.
9. Ulmschneider, J. P.; Ulmschneider, M. B. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1803-1813.
10. Dickson, C. J.; Madej, B. D.; Skjevik, A˚. A.; Betz, R. M.; Teigen, K.; Gould, I. R.; Walker, R. C. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 865-879.
11. Maciejewski, A.; Pasenkiewicz-Gierula, M.; Cramariuc, O.; Vattulainen, I.; Rog, T. J. Phys. Chem. B 2014, 118, 4571-4581.
12. Mackerell, A. D., Jr.; Feig, M.; Brooks, C. L. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1400-1415.
13. Vanommeslaeghe, K.; Hatcher, E.; Acharya, C.; Kundu, S.; Zhong, S.; Shim, J.; Darian, E.; Guvench, O.; Lopes, P.; Vorobyov, I.; Mackerell, A. J. J. Comput. Chem. 2010, 31, 671-90.
14. Wang, J.; Wang, W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Mol. Graphics Modell. 2006, 25, 247260.
15. Henin, J.; Shinoda, W.; Klein, M. L. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 7008-7015.
16. Lee, S.; Tran, A.; Allsopp, M.; Lim, J. B.; Henin, J.; Klauda, J. B. J. Phys. Chem. B 2014, 118, 547-556.
17. Berendsen, H. J. C.; van der Spoel, D.; van Drunen, R. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 43-56.
18. Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306-317.
19. Spoel, D. V. D.; Lindahl, E.; Hess, B.; Groenhof, G.; Mark, A. E.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1701-1718.
20. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435-447.
21. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Vangunsteren, W. F.; Dinola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690.
22. Nose, S. A. Mol. Phys. 1984, 52, 255-268.
23. Hoover, W. G. Phys. Rev. A 1985, 31, 1695-1697.
24. Parrinello, M.; Rahman, A. J. Appl. Phys. 1981, 52, 7182-7190.
25. Darden, T.; York, D.; Pedersend, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092.
26. Piggot, T. J.; Piñeiro, Á.; Khalid, S. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8 (11), 4593-4609.