Evaluation of host-guest binding thermodynamics of model cavities with grid cell theory

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 10, Issue 9, 2014, Pages 4055-4068

  Michel, Julien ^a   Henchman, Richard H ^b   Gerogiokas, Georgios ^a   Southey, Michelle W Y ^c   Mazanetz, Michael P ^c   Law, Richard J ^c  

^a UNIVERSITY OF EDINBURGH   (United Kingdom)

^b UNIVERSITY OF MANCHESTER   (United Kingdom)

^c EVOTEC UK LTD   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84909622640     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct500368p     Document Type: Article

References (70)

1. Ball, P. Nature 2008, 452 (7185) 291-292
2. Hummer, G. Nat. Chem. 2010, 2 (11) 906-907
3. Setny, P.; Baron, R.; Kekenes-Huskey, P. M.; McCammon, J. A.; Dzubiella, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013, 110 (4) 1197-1202
4. Michel, J.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131 (42) 15403-15411
5. Lazaridis, T. J. Phys. Chem. B 1998, 102 (18) 3531-3541
6. Lazaridis, T. J. Phys. Chem. B 1998, 102 (18) 3542-3550
7. Lazaridis, T. J. Phys. Chem. B 2000, 104 (20) 4964-4979
8. Young, T.; Abel, R.; Kim, B.; Berne, B. J.; Friesner, R. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104 (3) 808-813
9. Nguyen, C. N.; Young, T. K.; Gilson, M. K. J. Chem. Phys. 2012, 137 (4) 044101
10. SZMAP, Version 1.1.1; OpenEye Scientific Software, Inc.: Santa Fe, NM, 2013. http://www.eyesopen.com (accessed 10/06/2014).
11. Frolov, A. I.; Ratkova, E. L.; Palmer, D. S.; Fedorov, M. V. J. Phys. Chem. B 2011, 115 (19) 6011-6022
12. Sindhikara, D. J.; Hirata, F. J. Phys. Chem. B 2013, 117 (22) 6718-6723
13. Truchon, J.-F.; Pettitt, B. M.; Labute, P. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10 (3) 934-941
14. Zhou, S.; Rogers, K. E.; de Oliveira, C. A. F.; Baron, R.; Cheng, L.-T.; Dzubiella, J.; Li, B.; McCammon, J. A. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9 (9) 4195-4204
15. Huber, R. G.; Fuchs, J. E.; von Grafenstein, S.; Laner, M.; Wallnoefer, H. G.; Abdelkader, N.; Kroemer, R. T.; Liedl, K. R. J. Phys. Chem. B 2013, 117 (21) 6466-6472
16. Barillari, C.; Taylor, J.; Viner, R.; Essex, J. W. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129 (9) 2577-2587
17. Michel, J.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. B 2009, 113 (40) 13337-13346
18. Yu, H.; Rick, S. W. J. Phys. Chem. B 2010, 114 (35) 11552-11560
19. Bodnarchuk, M.; Viner, R.; Michel, J.; Essex, J. W. J. Chem. Inf. Model. 2014, 54 ((6)) 1623 - 1633.
20. Ross, G. A.; Morris, G. M.; Biggin, P. C. PLoS One 2012, 7 (3) e32036
21. Baron, R.; Setny, P.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132 (34) 12091-12097
22. Snyder, P. W.; Mecinovic, J.; Moustakas, D. T.; Thomas, S. W., III; Harder, M.; Mack, E. T.; Lockett, M. R.; Heroux, A.; Sherman, W.; Whitesides, G. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011, 108 (44) 17889-17894
23. Graziano, G. Chem. Phys. Lett. 2012, 533, 95-99
24. Irudayam, S. J.; Henchman, R. H. J. Phys.: Condens. Matter 2010, 22 (28) 284108
25. Michel, J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2014, 16, 4465-4477
26. Gerogiokas, G.; Calabro, G.; Henchman, R. H.; Southey, M. W. Y.; Law, R. J.; Michel, J. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10 (1) 35-48
27. Henchman, R. H. J. Chem. Phys. 2007, 126 (6) 064504
28. Hua, L.; Zangi, R.; Berne, B. J. J. Phys. Chem. C 2009, 113 (13) 5244-5253
29. Berne, B. J.; Weeks, J. D.; Zhou, R. Annu. Rev. Phys. Chem. 2009, 60, 85-103
30. Wang, L.; Friesner, R. A.; Berne, B. J. J. Phys. Chem. B 2010, 114 (21) 7294-7301
31. Wang, L.; Friesner, R. A.; Berne, B. J. Faraday Discuss. 2010, 146, 247-262
32. sted.; Harper Collins: New York, NY, 1976.
33. Pauling, L. J. Am. Chem. Soc. 1935, 57, 2680-2684
34. Irudayam, S. J.; Henchman, R. H. Mol. Phys. 2011, 109 (1) 37-48
35. Irudayam, S. J.; Henchman, R. H. J. Phys. Chem. B 2009, 113 (17) 5871-5884
36. Horn, H. W.; Swope, W. C.; Pitera, J. W.; Madura, J. D.; Dick, T. J.; Hura, G. L.; Head-Gordon, T. J. Chem. Phys. 2004, 120 (20) 9665-9678
37. Case, D.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E.; Simmerling, C.; Wang, J.; Duke, R.; Luo, R.; Crowley, M.; Walker, R.; Zhang, W.; Merz, K. M.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Kolossváry, I.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Vanicek, J.; Wu, X.; Brozell, S.; Steinbrecher, T.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Mathews, D. H.; Seetin, M. G.; Sagui, C.; Babin, V.; Kollman, P. Amber 11; University of California: San Francisco, 2010.
38. Jorgensen, W. L.; Madura, J. D.; Swenson, C. J. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106 (22) 6638-6646
39. Uberuaga, B.; Anghel, M.; Voter, A. J. Chem. Phys. 2004, 120 (14) 6363-6374
40. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81 (8) 3684-3690
41. Miyamoto, S.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 1992, 13 (8) 952-962
42. Ryckaert, J.-P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. Comput. Phys. 1977, 23 (3) 327-341
43. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98 (12) 10089-10092
44. Woods, C. J.; Michel, J. Sire Molecular Simulation Framework, Revision 2014 & 2373, 2013. http://siremol.org/Sire/Home.html
45. Eastman, P.; Friedrichs, M. S.; Chodera, J. D.; Radmer, R. J.; Bruns, C. M.; Ku, J. P.; Beauchamp, K. A.; Lane, T. J.; Wang, L.-P.; Shukla, D.; Tye, T.; Houston, M.; Stich, T.; Klein, C.; Shirts, M. R.; Pande, V. S. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9 (1) 461-469
46. Tironi, I. G.; Sperb, R.; Smith, P. E.; Vangunsteren, W. F. J. Chem. Phys. 1995, 102 (13) 5451-5459
47. Andersen, H. C. J. Chem. Phys. 1980, 72 (4) 2384-2393
48. Mezei, M. J. Chem. Phys. 1987, 86 (12) 7084-7088
49. Zacharias, M.; Straatsma, T. P.; McCammon, J. A. J. Chem. Phys. 1994, 100 (12) 9025-9031
50. Michel, J.; Verdonk, M. L.; Essex, J. W. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3 (5) 1645-1655
51. Shyu, C.; Ytreberg, F. M. J. Comput. Chem. 2009, 30 (14) 2297-2304
52. Latimer, W. M.; Pitzer, K. S.; Slansky, C. M. J. Chem. Phys. 1939, 7 (2) 108-111
53. Conway, B. E. J. Solution Chem. 1978, 7 (10) 721-770
54. Hummer, G.; Pratt, L. R.; Garcia, A. E. J. Phys. Chem. 1996, 100 (4) 1206-1215
55. Lynden-Bell, R. M.; Rasaiah, J. C. J. Chem. Phys. 1997, 107 (6) 1981-1991
56. Grossfield, A. J. Chem. Phys. 2005, 122 (2) 024506
57. Mobley, D. L.; Barber, A. E., II; Fennell, C. J.; Dill, K. A. J. Phys. Chem. B 2008, 112 (8) 2405-2414
58. Mukhopadhyay, A.; Fenley, A. T.; Tolokh, I. S.; Onufriev, A. V. J. Phys. Chem. B 2012, 116 (32) 9776-9783
59. Qvist, J.; Davidovic, M.; Hamelberg, D.; Halle, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105 (17) 6296-6301
60. Young, T.; Hua, L.; Huang, X.; Abel, R.; Friesner, R.; Berne, B. J. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2010, 78 (8) 1856-1869
61. Matthews, B. W.; Liu, L. Protein Sci. 2009, 18 (3) 494-502
62. Syme, N. R.; Dennis, C.; Bronowska, A.; Paesen, G. C.; Homans, S. W. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132 (25) 8682-8689
63. Dunitz, J. D. Science 1994, 264 (5159) 670-670
64. Verdonk, M. L.; Chessari, G.; Cole, J. C.; Hartshorn, M. J.; Murray, C. W.; Nissink, J. W. M.; Taylor, R. D.; Taylor, R. J. Med. Chem. 2005, 48 (20) 6504-6515
65. Li, Z.; Lazaridis, T. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125 (22) 6636-6637
66. Li, Z.; Lazaridis, T. J. Phys. Chem. B 2005, 109 (1) 662-670
67. Li, Z.; Lazaridis, T. J. Phys. Chem. B 2006, 110 (3) 1464-1475
68. Killian, B. J.; Kravitz, J. Y.; Gilson, M. K. J. Chem. Phys. 2007, 127 (2) 024107
69. Baron, R.; Huenenberger, P. H.; McCammon, J. A. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5 (12) 3150-3160
70. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics Modell. 1996, 14 (1) 33-38