A computational frame and resource for understanding the lncRNA-environmental factor associations and prediction of environmental factors implicated in diseases

Molecular BioSystems

Volumn 10, Issue 12, 2014, Pages 3264-3271

  Zhou, Meng ^a,b   Han, Lu ^a   Zhang, Jiahui ^b   Hao, Dapeng ^b   Cai, Yuanpei ^c   Wang, Zhenzhen ^b   Zhou, Hui ^a   Sun, Jie ^b  

^a JILIN UNIVERSITY   (China)

^b HARBIN MEDICAL UNIVERSITY   (China)

^c HARBIN ENGINEERING UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

LONG UNTRANSLATED RNA; MICRORNA;

BIOLOGY; COMPUTER SIMULATION; DISEASES; ENVIRONMENT; GENETIC DATABASE; GENETICS; GENOTYPE ENVIRONMENT INTERACTION; HUMAN; PROCEDURES; RISK FACTOR;

COMPUTATIONAL BIOLOGY; COMPUTER SIMULATION; DATABASES, GENETIC; DISEASE; ENVIRONMENT; GENE-ENVIRONMENT INTERACTION; HUMANS; MICRORNAS; RISK FACTORS; RNA, LONG NONCODING;

EID: 84908403380     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4mb00339j     Document Type: Article

References (34)

1. A. Bhatnagar Circ. Res. 2006 99 692 705
2. P. Boffetta F. Nyberg Br. Med. Bull. 2003 68 71 94
3. C. Ling L. Groop Diabetes 2009 58 2718 2725
4. A. P. Davis T. C. Wiegers R. J. Johnson J. M. Lay K. Lennon-Hopkins C. Saraceni-Richards D. Sciaky C. G. Murphy C. J. Mattingly PLoS One 2013 8 e58201
5. Y. C. Lee C. Q. Lai J. M. Ordovas L. D. Parnell J. Data Min. Genomics Proteomics 2011 2 106
6. S. W. Turner J. G. Ayres T. V. Macfarlane A. Mehta G. Mehta C. N. Palmer S. Cunningham T. Adams K. Aniruddhan C. Bell D. Corrigan J. Cunningham A. Duncan G. Hunt R. Leece U. MacFadyen J. McCormick S. McLeish A. Mitra D. Miller E. Waxman A. Webb S. Wojcik S. Mukhopadhyay D. Macgregor BMC Med. Res. Methodol. 2010 10 107
7. Q. Yang C. Qiu J. Yang Q. Wu Q. Cui Bioinformatics 2011 27 3329 3330
8. M. J. Hangauer I. W. Vaughn M. T. McManus PLoS Genet. 2013 9 e1003569
9. J. Liu C. Jung J. Xu H. Wang S. Deng L. Bernad C. Arenas-Huertero N. H. Chua Plant Cell 2012 24 4333 4345
10. T. Derrien R. Johnson G. Bussotti A. Tanzer S. Djebali H. Tilgner G. Guernec D. Martin A. Merkel D. G. Knowles J. Lagarde L. Veeravalli X. Ruan Y. Ruan T. Lassmann P. Carninci J. B. Brown L. Lipovich J. M. Gonzalez M. Thomas C. A. Davis R. Shiekhattar T. R. Gingeras T. J. Hubbard C. Notredame J. Harrow R. Guigo Genome Res. 2012 22 1775 1789
11. M. Guttman I. Amit M. Garber C. French M. F. Lin D. Feldser M. Huarte O. Zuk B. W. Carey J. P. Cassady M. N. Cabili R. Jaenisch T. S. Mikkelsen T. Jacks N. Hacohen B. E. Bernstein M. Kellis A. Regev J. L. Rinn E. S. Lander Nature 2009 458 223 227
12. Y. Okazaki M. Furuno T. Kasukawa J. Adachi H. Bono S. Kondo I. Nikaido N. Osato R. Saito H. Suzuki I. Yamanaka H. Kiyosawa K. Yagi Y. Tomaru Y. Hasegawa A. Nogami C. Schonbach T. Gojobori R. Baldarelli D. P. Hill C. Bult D. A. Hume J. Quackenbush L. M. Schriml A. Kanapin H. Matsuda S. Batalov K. W. Beisel J. A. Blake D. Bradt V. Brusic C. Chothia L. E. Corbani S. Cousins E. Dalla T. A. Dragani C. F. Fletcher A. Forrest K. S. Frazer T. Gaasterland M. Gariboldi C. Gissi A. Godzik J. Gough S. Grimmond S. Gustincich N. Hirokawa I. J. Jackson E. D. Jarvis A. Kanai H. Kawaji Y. Kawasawa R. M. Kedzierski B. L. King A. Konagaya I. V. Kurochkin Y. Lee B. Lenhard P. A. Lyons D. R. Maglott L. Maltais L. Marchionni L. McKenzie H. Miki T. Nagashima K. Numata T. Okido W. J. Pavan G. Pertea G. Pesole N. Petrovsky R. Pillai J. U. Pontius D. Qi S. Ramachandran T. Ravasi J. C. Reed D. J. Reed J. Reid B. Z. Ring M. Ringwald A. Sandelin C. Schneider C. A. Semple M. Setou K. Shimada R. Sultana Y. Takenaka M. S. Taylor R. D. Teasdale M. Tomita R. Verardo L. Wagner C. Wahlestedt Y. Wang Y. Watanabe C. Wells L. G. Wilming A. Wynshaw-Boris M. Yanagisawa I. Yang L. Yang Z. Yuan M. Zavolan Y. Zhu A. Zimmer P. Carninci N. Hayatsu T. Hirozane-Kishikawa H. Konno M. Nakamura N. Sakazume K. Sato T. Shiraki K. Waki J. Kawai K. Aizawa T. Arakawa S. Fukuda A. Hara W. Hashizume K. Imotani Y. Ishii M. Itoh I. Kagawa A. Miyazaki K. Sakai D. Sasaki K. Shibata A. Shinagawa A. Yasunishi M. Yoshino R. Waterston E. S. Lander J. Rogers E. Birney Y. Hayashizaki Nature 2002 420 563 573
13. C. P. Ponting P. L. Oliver W. Reik Cell 2009 136 629 641
14. J. T. Kung D. Colognori J. T. Lee Genetics 2013 193 651 669
15. T. R. Mercer J. S. Mattick Nat. Struct. Mol. Biol. 2013 20 300 307
16. V. A. Moran R. J. Perera A. M. Khalil Nucleic Acids Res. 2012 40 6391 6400
17. E. A. Gibb C. J. Brown W. L. Lam Mol. Cancer 2011 10 38
18. J. Sana P. Faltejskova M. Svoboda O. Slaby J. Transl. Med. 2012 10 103
19. M. D. Jacob T. E. Audas J. Uniacke L. Trinkle-Mulcahy S. Lee Mol. Biol. Cell 2013 24 2943 2953
20. R. Mizutani A. Wakamatsu N. Tanaka H. Yoshida N. Tochigi Y. Suzuki T. Oonishi H. Tani K. Tano K. Ijiri T. Isogai N. Akimitsu PLoS One 2013 7 e34949
21. H. Tani M. Torimura Biochem. Biophys. Res. Commun. 2013 439 547 551
22. J. H. Li S. Liu H. Zhou L. H. Qu J. H. Yang Nucleic Acids Res. 2014 42 D92 D97
23. G. Chen Z. Wang D. Wang C. Qiu M. Liu X. Chen Q. Zhang G. Yan Q. Cui Nucleic Acids Res. 2013 41 D983 D986
24. Y. Benjamini Y. Hochberg J. R. Stat. Soc. Ser. B 1995 289 300
25. J. Sun H. Shi Z. Wang C. Zhang L. Liu L. Wang W. He D. Hao S. Liu M. Zhou Mol. BioSyst. 2014 10 2074 2081
26. X. Chen M. X. Liu G. Y. Yan Mol. BioSyst. 2012 8 2792 2798
27. S. Kohler S. Bauer D. Horn P. N. Robinson Am. J. Hum. Genet. 2008 82 949 958
28. H. Chen Z. Zhang Sci. World J. 2013 204658
29. L. Salmena L. Poliseno Y. Tay L. Kats P. P. Pandolfi Cell 2011 146 353 358
30. Q. Jiang Y. Hao G. Wang L. Juan T. Zhang M. Teng Y. Liu Y. Wang BMC Syst. Biol. 2010 4 suppl 1 S2
31. T. Ideker R. Sharan Genome Res. 2008 18 644 652
32. X. Chen G. Y. Yan Bioinformatics 2013 29 2617 2624
33. J. Li B. Gong X. Chen T. Liu C. Wu F. Zhang C. Li X. Li S. Rao X. Li BMC Bioinf. 2011 12 266
34. C. Qiu G. Chen Q. Cui Sci. Rep. 2012 2 318