Metabolic transformation of microalgae due to light acclimation and genetic modifications followed by laser ablation electrospray ionization mass spectrometry with ion mobility separation

Analyst

Volumn 139, Issue 22, 2014, Pages 5945-5953

  Stopka, Sylwia A ^a   Shrestha, Bindesh ^a   Maréchal, Éric ^b   Falconet, Denis ^b   Vertes, Akos ^a  

^a GEORGE WASHINGTON UNIVERSITY   (United States)

^b UNIV GRENOBLE ALPES   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHLAMYDOMONAS REINHARDTII; LIGHT; METABOLISM; METHODS; MICROALGAE; RADIATION EFFECTS; SPECTROMETRY, MASS, ELECTROSPRAY IONIZATION;

CHLAMYDOMONAS REINHARDTII; LIGHT; MICROALGAE; SPECTROMETRY, MASS, ELECTROSPRAY IONIZATION;

EID: 84908009731     PISSN: 00032654     EISSN: 13645528     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4an01368a     Document Type: Article

References (55)

1. J. D. Rochaix, Annu. Rev. Genet. 1995, 29, 209-230.
2. E. H. Harris, Annu. Rev. Plant Physiol. Plant Mol. Biol. 2001, 52, 363-406.
3. Q.-x. Kong, L. Li, B. Martinez, P. Chen, R. Ruan, Appl. Biochem. Biotechnol. 2010, 160, 9-18.
4. D. Y. Lee, J. J. Park, D. K. Barupal, O. Fiehn, Mol. Cell. Proteomics, 2012, 11, 973-988.
5. M. C. Davis, O. Fiehn, D. G. Durnford, Plant, Cell Environ. 2013, 36, 1391-1405.
6. X. Johnson, J. Alric, Eukaryotic Cell, 2013, 12, 776-793.
7. X. Johnson, J. Alric, J. Biol. Chem. 2012, 287, 26445-26452.
8. D. R. Georgianna, S. P. Mayfield, Nature, 2012, 488, 329-335.
9. R. Miller, G. Wu, R. R. Deshpande, A. Vieler, K. Gaertner, X. Li, E. R. Moellering, S. Zaeuner, A. J. Cornish, B. Liu, B. Bullard, B. B. Sears, M.-H. Kuo, E. L. Hegg, Y. Shachar-Hill, S.-H. Shiu, C. Benning, Plant Physiol. 2010, 154, 1737-1752.
10. T. S. Moore, Z. R. Du, Z. Chen, Plant Physiol. 2001, 125, 423-429.
11. C. Giroud, A. Gerber, W. Eichenberger, Plant Cell Physiol. 1988, 29, 587-595.
12. S.-H. Kim, K.-H. Liu, S.-Y. Lee, S.-J. Hong, B.-K. Cho, H. Lee, C.-G. Lee, H.-K. Choi, PLoS One, 2013, 8, e72415.
13. W. Eichenberger, A. Boschetti, H. P. Michel, Physiol. Plant. 1986, 66, 589-594.
14. G. A. Thompson, Biochim. Biophys. Acta, Lipids Lipid Metab. 1996, 1302, 17-45.
15. P. Dormann, C. Benning, Trends Plant Sci. 2002, 7, 112-118.
16. Z. F. Liu, H. C. Yan, K. B. Wang, T. Y. Kuang, J. P. Zhang, L. L. Gui, X. M. An, W. R. Chang, Nature, 2004, 428, 287-292.
17. I. A. Guschina, J. L. Harwood, Prog. Lipid Res. 2006, 45, 160-186.
18. M. Siaut, S. Cuine, C. Cagnon, B. Fessler, M. Nguyen, P. Carrier, A. Beyly, F. Beisson, C. Triantaphylides, Y. Li-Beisson, G. Peltier, BMC Biotechnol. 2011, 11, 7.
19. S. Ball, T. Marianne, L. Dirick, M. Fresnoy, B. Delrue, A. Decq, Planta, 1991, 185, 17-26.
20. R. Ramanan, B. H. Kim, D. H. Cho, S. R. Ko, H. M. Oh, H. S. Kim, FEBS Lett. 2013, 587, 370-377.
21. V. H. Work, R. Radakovits, R. E. Jinkerson, J. E. Meuser, L. G. Elliott, D. J. Vinyard, L. M. L. Laurens, G. C. Dismukes, M. C. Posewitz, Eukaryotic Cell, 2010, 9, 1251-1261.
22. Z. T. Wang, N. Ullrich, S. Joo, S. Waffenschmidt, U. Goodenough, Eukaryotic Cell, 2009, 8, 1856-1868.
23. Y. Li, D. Han, G. Hu, D. Dauvillee, M. Sommerfeld, S. Ball, Q. Hua, Metab. Eng. 2010, 12, 387-391.
24. C. Zabawinski, N. Van den Koornhuyse, C. D'Hulst, R. Schlichting, C. Giersch, B. Delrue, J. M. Lacroix, J. Preiss, S. Ball, J. Bacteriol. 2001, 183, 1069-1077.
25. W. Chen, C. Zhang, L. Song, M. Sommerfeld, Q. Hu, J. Microbiol. Methods, 2009, 77, 41-47.
26. H. Wu, J. V. Volponi, A. E. Oliver, A. N. Parikh, B. A. Simmons, S. Singh, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011, 108, 3809-3814.
27. C. M. Beal, M. E. Webber, R. S. Ruoff, R. E. Hebner, Biotechnol. Bioeng. 2010, 106, 573-583.
28. V. A. Herrera-Valencia, R. A. Us-Vazquez, F. A. Larque-Saavedra, L. F. Barahona-Perez, Ann. Microbiol. 2012, 62, 865-870.
29. T. Kind, J. K. Meissen, D. Yang, F. Nocito, A. Vaniya, Y.-S. Cheng, J. S. VanderGheynst, O. Fiehn, J. Chromatogr. A, 2012, 1244, 139-147.
30. J. Jones, S. Manning, M. Montoya, K. Keller, M. Poenie, J. Am. Oil Chem. Soc. 2012, 89, 1371-1381.
31. K. M. MacDougall, J. McNichol, P. J. McGinn, S. J. B. O'Leary, J. E. Melanson, Anal. Bioanal. Chem. 2011, 401, 2609-2616.
32. F. Donot, G. Cazals, Z. Gunata, D. Egron, J. Malinge, C. Strub, A. Fontana, S. Schorr-Galindo, J. Chromatogr. B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2013, 942, 98-106.
33. E. Bravi, G. Perretti, L. Montanari, J. Chromatogr. A, 2006, 1134, 210-214.
34. T. Matthew, W. Zhou, J. Rupprecht, L. Lim, S. R. Thomas-Hall, A. Doebbe, O. Kruse, B. Hankamer, U. C. Marx, S. M. Smith, P. M. Schenk, J. Biol. Chem. 2009, 284, 23415-23425.
35. G. O. James, C. H. Hocart, W. Hillier, H. C. Chen, F. Kordbacheh, G. D. Price, M. A. Djordjevic, Bioresour. Technol. 2011, 102, 3343-3351.
36. M. Koivusalo, P. Haimi, L. Heikinheimo, R. Kostiainen, P. Somerharju, J. Lipid Res. 2001, 42, 663-672.
37. M. Schmidt, G. Gessner, L. Matthias, I. Heiland, V. Wagner, M. Kaminski, S. Geimer, N. Eitzinger, T. Reissenweber, O. Voytsekh, M. Fiedler, M. Mittag, G. Kreimer, Plant Cell, 2006, 18, 1908-1930.
38. J. Schiller, J. Arnhold, S. Benard, M. Muller, S. Reichl, K. Arnold, Anal. Biochem. 1999, 267, 46-56.
39. R. D. Espy, A. Badu-Tawiah, R. G. Cooks, Curr. Opin. Chem. Biol. 2011, 15, 741-747.
40. M. A. Danielewicz, L. A. Anderson, A. K. Franz, J. Lipid Res. 2011, 52, 2101-2108.
41. P. Nemes, A. Vertes, Anal. Chem. 2007, 79, 8098-8106.
42. G. Parsiegla, B. Shrestha, F. Carriere, A. Vertes, Anal. Chem. 2012, 84, 34-38.
43. G. A. Eiceman, E. V. Krylov, E. G. Nazarov, R. A. Miller, Anal. Chem. 2004, 76, 4937-4944.
44. R. G. Ewing, D. A. Atkinson, G. A. Eiceman, G. J. Ewing, Talanta, 2001, 54, 515-529.
45. D. J. Weston, R. Bateman, I. D. Wilson, T. R. Wood, C. S. Creaser, Anal. Chem. 2005, 77, 7572-7580.
46. D. E. Clemmer, M. F. Jarrold, J. Mass Spectrom. 1997, 32, 577-592.
47. S. D. Pringle, K. Giles, J. L. Wildgoose, J. P. Williams, S. E. Slade, K. Thalassinos, R. H. Bateman, M. T. Bowers, J. H. Scrivens, Int. J. Mass Spectrom. 2007, 261, 1-12.
48. J. R. McLean, J. A. McLean, Z. Wu, C. Becker, L. M. Perez, C. N. Pace, J. M. Scholtz, D. H. Russell, J. Phys. Chem. B, 2010, 114, 809-816.
49. B. C. Bohrer, S. I. Mererbloom, S. L. Koeniger, A. E. Hilderbrand, D. E. Clemmer, Annu. Rev. Anal. Chem. 2008, 1, 293-327.
50. B. T. Ruotolo, J. L. P. Benesch, A. M. Sandercock, S.-J. Hyung, C. V. Robinson, Nat. Protoc. 2008, 3, 1139-1152.
51. P. Dwivedi, G. Puzon, M. Tam, D. Langlais, S. Jackson, K. Kaplan, W. F. Siems, A. J. Schultz, L. Xun, A. Woodsd, H. H. Hill Jr, J. Mass Spectrom. 2010, 45, 1383-1393.
52. B. Shrestha, A. Vertes, Anal. Chem. 2014, 86, 4308-4315.
53. M. Kliman, J. C. May, J. A. McLean, Biochim. Biophys. Acta, Mol. Cell Biol. Lipids, 2011, 1811, 935-945.
54. J. Castro-Perez, T. P. Roddy, N. M. M. Nibbering, V. Shah, D. G. McLaren, S. Previs, A. B. Attygalle, K. Herath, Z. Chen, S.-P. Wang, L. Mitnaul, B. K. Hubbard, R. J. Vreeken, D. G. Johns, T. Hankemeier, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2011, 22, 1552-1567.
55. W. B. Ridenour, M. Kliman, J. A. McLean, R. M. Caprioli, Anal. Chem. 2010, 82, 1881-1889.