Workflow for combined proteomics and glycomics profiling from histological tissues

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 19, 2014, Pages 9670-9678

  Turiák, Lilla ^a   Shao, Chun ^a   Meng, Le ^a   Khatri, Kshitij ^a   Leymarie, Nancy ^a   Wang, Qi ^a   Pantazopoulos, Harry ^b,c   Leon, Deborah R ^a   Zaia, Joseph ^a  

^a BOSTON UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

^b HARVARD MEDICAL SCHOOL   (United States)

^c MCLEAN HOSPITAL   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

GLYCOMICS; HISTOLOGICAL TISSUE; PROTEOMICS;

CARBOHYDRATE;

ANIMAL; BOVINE; CHEMISTRY; PROTEOMICS;

ANIMALS; CARBOHYDRATES; CATTLE; PROTEOMICS;

EID: 84907906489     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac5022216     Document Type: Article

References (45)

1. Chatterji, B.; Pich, A. Expert Rev. Proteomics 2013, 10, 381-388
2. Takai, N.; Tanaka, Y.; Watanabe, A.; Saji, H. Bioanalysis 2013, 5, 603-612
3. Ljungdahl, A.; Hanrieder, J.; Bergquist, J.; Andersson, M. Methods Mol. Biol. 2013, 1023, 121-36
4. Casadonte, R.; Caprioli, R. M. Nat. Protoc. 2011, 6, 1695-1709
5. MacAleese, L.; Stauber, J.; Heeren, R. M. A. Proteomics 2009, 9, 819-834
6. Fülöp, A.; Porada, M. B.; Marsching, C.; Blott, H.; Meyer, B.; Tambe, S.; Sandhoff, R.; Junker, H.-D.; Hopf, C. Anal. Chem. 2013, 85, 9156-9163
7. Ruh, H.; Salonikios, T.; Fuchser, J.; Schwartz, M.; Sticht, C.; Hochheim, C.; Wirnitzer, B.; Gretz, N.; Hopf, C. J. Lipid Res. 2013, 54, 2785-2794
8. Shanta, S. R.; Kim, T. Y.; Hong, J. H.; Lee, J. H.; Shin, C. Y.; Kim, K.-H.; Kim, Y. H.; Kim, S. K.; Kim, K. P. Analyst 2012, 137, 5757-5762
9. Miura, D.; Fujimura, Y.; Wariishi, H. J. Proteomics 2012, 75, 5052-5060
10. Powers, T. W.; Jones, E. E.; Betesh, L. R.; Romano, P. R.; Gao, P.; Copland, J. A.; Mehta, A. S.; Drake, R. R. Anal. Chem. 2013, 85, 9799-9806
11. Quanico, J.; Franck, J.; Dauly, C.; Strupat, K.; Dupuy, J.; Day, R.; Salzet, M.; Fournier, I.; Wisztorski, M. J. Proteomics 2013, 79, 200-218
12. Wisztorski, M.; Fatou, B.; Franck, J.; Desmons, A.; Farre, I.; Leblanc, E.; Fournier, I.; Salzet, M. Proteomics: Clin. Appl. 2013, 7, 234-240
13. Wisniewski, J. R.; Dus, K.; Mann, M. Proteomics: Clin. Appl. 2013, 7, 225-233
14. Braakman, R. B. H.; Tilanus-Linthorst, M. M. A.; Liu, N. Q.; Stingl, C.; Dekker, L. J. M.; Luider, T. M.; Martens, J. W. M.; Foekens, J. A.; Umar, A. J. Proteomics 2012, 75, 2844-2854
15. Hill, J. J.; Tremblay, T.-L.; Pen, A.; Li, J.; Robotham, A. C.; Lenferink, A. E. G.; Wang, E.; OConnor-McCourt, M.; Kelly, J. F. J. Proteome Res. 2011, 10, 2479-2493
16. Cha, S.; Imielinski, M. B.; Rejtar, T.; Richardson, E. A.; Thakur, D.; Sgroi, D. C.; Karger, B. L. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 2529-2544
17. Takats, Z.; Wiseman, J. M.; Gologan, B.; Cooks, R. G. Science 2004, 306, 471-473
18. Kertesz, V.; Van Berkel, G. J. J. Mass Spectrom. 2010, 45, 252-260
19. Shao, C.; Shi, X.; Phillips, J. J.; Zaia, J. Anal. Chem. 2013, 85, 10984-10991
20. Hu, Y.; Zhou, S.; Khalil, S. I.; Renteria, C. L.; Mechref, Y. Anal. Chem. 2013, 85, 4074-4079
21. Matsuda, A.; Kuno, A.; Ishida, H.; Kawamoto, T.; Shoda, J.-i.; Hirabayashi, J. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2008, 370, 259-263
22. Koshiishi, I.; Horikoshi, E.; Imanari, T. Anal. Biochem. 1999, 267, 222-226
23. Koshiishi, I.; Takenouchi, M.; Imanari, T. Arch. Biochem. Biophys. 1999, 370, 151-155
24. Oguma, T.; Toyoda, H.; Toida, T.; Imanari, T. Biomed. Chromatogr. 2001, 15, 356-362
25. Zhang, Y. T.; Conrad, A. H.; Tasheva, E. S.; An, K.; Corpuz, L. M.; Kariya, Y.; Suzuki, K.; Conrad, G. W. Invest. Ophthalmol. Visual Sci. 2005, 46, 1604-1614
26. Gesslbauer, B.; Theuer, M.; Schweiger, D.; Adage, T.; Kungl, A. J. Expert Rev. Proteomics 2013, 10, 77-95
27. Ariga, T.; Miyatake, T.; Yu, R. K. J. Neurosci. Res. 2010, 88, 2303-2315
28. Berretta, S. Neuropharmacology 2012, 62, 1584-1597
29. Weyers, A.; Yang, B.; Park, J.-H.; Kim, Y.-S.; Kim, S.-M.; Lee, S.-E.; Zhang, F.; Lee, K. B.; Linhardt, R. J. Glycoconjugate J. 2013, 30, 701-707
30. Marth, J. D.; Grewal, P. K. Nat. Rev. Immun. 2008, 8, 874-887
31. Schultz, M. J.; Swindall, A. F.; Bellis, S. L. Cancer Metastasis Rev. 2012, 31, 501-518
32. Liang, C. J.; Yamashita, K.; Kobata, A. J. Biochem. 1980, 88, 51-58
33. Spik, G.; Bayard, B.; Fournet, B.; Strecker, G.; Bouquelet, S.; Montreuil, J. FEBS Lett. 1975, 50, 296-299
34. Wada, Y.; Azadi, P.; Costello, C. E.; Dell, A.; Dwek, R. A.; Geyer, H.; Geyer, R.; Kakehi, K.; Karlsson, N. G.; Kato, K.; Kawasaki, N.; Khoo, K.-H.; Kim, S.; Kondo, A.; Lattova, E.; Mechref, Y.; Miyoshi, E.; Nakamura, K.; Narimatsu, H.; Novotny, M. V.; Packer, N. H.; Perreault, H.; Peter-Katalinic, J.; Pohlentz, G.; Reinhold, V. N.; Rudd, P. M.; Suzuki, A.; Taniguchi, N. Glycobiology 2007, 17, 411-422
35. Fraser, J. R. E.; Laurent, T. C.; Laurent, U. B. G. J. Intern Med. 1997, 242, 27-33
36. Kwok, J. C. F.; Warren, P.; Fawcett, J. W. Int. J. Biochem. Cell Biol. 2012, 44, 582-586
37. Margolis, R. U.; Margolis, R. K. In Heparin: Structure, Cellular Functions, and Clinical Applications; McDuffie, N. M.; Ed.; Academic Press: New York, 1979; pp 227-241.
38. Ledin, J.; Staatz, W.; Li, J. P.; Gotte, M.; Selleck, S.; Kjellen, L.; Spillmann, D. J. Biol. Chem. 2004, 279, 42732-42741
39. Nagamine, S.; Tamba, M.; Ishimine, H.; Araki, K.; Shiomi, K.; Okada, T.; Ohto, T.; Kunita, S.; Takahashi, S.; Wismans, R. G. P.; van Kuppevelt, T. H.; Masu, M.; Keino-Masu, K. J. Biol. Chem. 2012, 287, 9579-9590
40. Warda, M.; Toida, T.; Zhang, F. M.; Sun, P. L.; Munoz, E.; Xie, J.; Linhardt, R. J. Glycoconjugate J. 2006, 23, 555-563
41. Lee, A.; Chick, J. M.; Kolarich, D.; Haynes, P. A.; Robertson, G. R.; Tsoli, M.; Jankova, L.; Clarke, S. J.; Packer, N. H.; Baker, M. S. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10.1074/mcp.M900538-MCP200
42. Taraslia, V. K.; Kouskoukis, A.; Anagnostopoulos, A. K.; Stravopodis, D. J.; Margaritis, L. H.; Tsangaris, G. T. Cancer Genomics Proteomics 2013, 10, 125-54
43. Shi, R.; Kumar, C.; Zougman, A.; Zhang, Y.; Podtelejnikov, A.; Cox, J.; Wisniewski, J. R.; Mann, M. J. Proteome Res. 2007, 6, 2963-2972
44. Lai, K. K. Y.; Kolippakkam, D.; Beretta, L. Hepatology 2008, 47, 1043-1051
45. Lawrence, R.; Lu, H.; Rosenberg, R. D.; Esko, J. D.; Zhang, L. Nat. Methods 2008, 5, 291-292