Exploring the substrate range of wild-type aminoacyl-tRNA synthetases

ChemBioChem

Volumn 15, Issue 12, 2014, Pages 1805-1809

  Fan, Chenguang ^a   Ho, Joanne M L ^a   Chirathivat, Napon ^a   Söll, Dieter ^a   Wang, Yane Shih ^a  

^a YALE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

aminoacyl tRNA synthetases; natural nonsense tRNA suppressors; nonstandard amino acids; substrate specificity; synthetic biology; tRNA

Indexed keywords

AMINO ACID; AMINO ACID TRANSFER RNA LIGASE; NONSTANDARD AMINO ACID; TRYPTOPHAN TRANSFER RNA LIGASE; TYROSYL TRANSFER RNA LIGASE; UNCLASSIFIED DRUG; ANTICODON;

AMINO ACID SEQUENCE; ANTICODON; ARTICLE; CONTROLLED STUDY; ENZYME ACTIVE SITE; ENZYME SPECIFICITY; ESCHERICHIA COLI; GENETIC CODE; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MOLECULAR LIBRARY; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; RNA SEQUENCE; SIGNAL TRANSDUCTION; TANDEM MASS SPECTROMETRY; WILD TYPE; CHEMISTRY; CONFORMATION; ENZYMOLOGY; GENETICS; METABOLISM;

AMINO ACIDS; AMINO ACYL-TRNA SYNTHETASES; ANTICODON; ESCHERICHIA COLI; MOLECULAR CONFORMATION; SUBSTRATE SPECIFICITY;

EID: 84906056183     PISSN: 14394227     EISSN: 14397633     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cbic.201402083     Document Type: Article

References (37)

1. J. Ling, N. Reynolds, M. Ibba, Annu. Rev. Microbiol. 2009, 63, 61-78
2. N. M. Reynolds, B. A. Lazazzera, M. Ibba, Nat. Rev. Microbiol. 2010, 8, 849-856.
3. M. H. Richmond, Bacteriol. Rev. 1962, 26, 398-420
4. Z.-J. Xu, M. L. Love, L. Y. Y. Ma, M. Blum, P. M. Bronskill, J. Bernstein, A. A. Grey, T. Hofmann, N. Camerman, J. T.-F. Wong, J. Biol. Chem. 1989, 264, 4304-4311
5. L. Li, M. T. Boniecki, J. D. Jaffe, B. S. Imai, P. M. Yau, Z. A. Luthey-Schulten, S. A. Martinis, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2011, 108, 9378-9383.
6. M. C. Hartman, K. Josephson, J. W. Szostak, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2006, 103, 4356-4361.
7. C. C. Liu, P. G. Schultz, Annu. Rev. Biochem. 2010, 79, 413-444
8. J. A. Johnson, Y. Y. Lu, J. A. Van Deventer, D. A. Tirrell, Curr. Opin. Chem. Biol. 2010, 14, 774-780
9. S. Lepthien, M. G. Hoesl, L. Merkel, N. Budisa, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2008, 105, 16095-16100.
10. J. M. Kavran, S. Gundllapalli, P. O'Donoghue, M. Englert, D. Söll, T. A. Steitz, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2007, 104, 11268-11273
11. J. H. Ko, Y.-S. Wang, A. Nakamura, L.-T. Guo, D. Söll, T. Umehara, FEBS Lett. 2013, 587, 3243-3248
12. D. P. Nguyen, H. Lusic, H. Neumann, P. B. Kapadnis, A. Deiters, J. W. Chin, J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 8720-8721
13. J. K. Takimoto, N. Dellas, J. P. Noel, L. Wang, ACS Chem. Biol. 2011, 6, 733-743
14. Y.-S. Wang, X. Fang, H.-Y. Chen, B. Wu, Z. U. Wang, C. Hilty, W. R. Liu, ACS Chem. Biol. 2013, 8, 405-415
15. Y.-S. Wang, X. Fang, A. L. Wallace, B. Wu, W. R. Liu, J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 2950-2953
16. Y.-S. Wang, W. K. Russell, Z. Wang, W. Wan, L. E. Dodd, P.-J. Pai, D. H. Russell, W. R. Liu, Mol. BioSyst. 2011, 7, 714-717
17. T. Yanagisawa, R. Ishii, R. Fukunaga, T. Kobayashi, K. Sakamoto, S. Yokoyama, Chem. Biol. 2008, 15, 1187-1197
18. D. D. Young, T. S. Young, M. Jahnz, I. Ahmad, G. Spraggon, P. G. Schultz, Biochemistry 2011, 50, 1894-1900
19. Z. U. Wang, Y.-S. Wang, P.-J. Pai, W. K. Russell, D. H. Russell, W. R. Liu, Biochemistry 2012, 51, 5232-5234
20. Y.-S. Wang, B. Wu, Z. Wang, Y. Huang, W. Wan, W. K. Russell, P.-J. Pai, Y. N. Moe, D. H. Russell, W. R. Liu, Mol. BioSyst. 2010, 6, 1557-1560
21. T. Fekner, X. Li, M. M. Lee, M. K. Chan, Angew. Chem. Int. Ed. 2009, 48, 1633-1635
22. Angew. Chem. 2009, 121, 1661-1663.
23. G. Eggertsson, D. Söll, Microbiol. Rev. 1988, 52, 354-374.
24. T. Baba, T. Ara, M. Hasegawa, Y. Takai, Y. Okumura, M. Baba, K. A. Datsenko, M. Tomita, B. L. Wanner, H. Mori, Mol. Syst. Biol. 2006, 2, 2006.0008.
25. K. W. Hong, M. Ibba, I. Weygand-Durasevic, M. J. Rogers, H. U. Thomann, D. Söll, EMBO J. 1996, 15, 1983-1991
26. M. Ibba, K.-W. Hong, J. M. Sherman, S. Sever, D. Söll, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1996, 93, 6953-6958.
27. O. M. Rennert, H. S. Anker, Biochemistry 1963, 2, 471-476.
28. M. Kanehisa, S. Goto, Nucleic Acids Res. 2000, 28, 27-30.
29. S. Englisch, U. Englisch, F. von der Haar, F. Cramer, Nucleic Acids Res. 1986, 14, 7529-7539
30. I. Gruic-Sovulj, J. Rokov-Plavec, I. Weygand-Durasevic, FEBS Lett. 2007, 581, 5110-5114
31. M. T. Boniecki, S. A. Martinis, J. Biol. Chem. 2012, 287, 11285-11289.
32. P. O'Donoghue, Z. Luthey-Schulten, Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2003, 67, 550-573
33. C. R. Woese, G. J. Olsen, M. Ibba, D. Söll, Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2000, 64, 202-236.
34. M. Ibba, D. Söll, Annu. Rev. Biochem. 2000, 69, 617-650.
35. M. G. Hoesl, N. Budisa, Curr. Opin. Biotechnol. 2012, 23, 751-757.
36. P. O'Donoghue, J. Ling, Y.-S. Wang, D. Söll, Nat. Chem. Biol. 2013, 9, 594-598.
37. M. J. Lajoie, A. J. Rovner, D. B. Goodman, H.-R. Aerni, A. D. Haimovich, G. Kuznetsov, J. A. Mercer, H. H. Wang, P. A. Carr, J. A. Mosberg, N. Rohland, P. G. Schultz, J. M. Jacobson, J. Rinehart, G. M. Church, F. J. Isaacs, Science 2013, 342, 357-360.