An investigation of possible competing mechanisms for Ni-containing methyl-coenzyme M reductase

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 16, Issue 27, 2014, Pages 14029-14035

  Chen, Shi Lu ^a   Blomberg, Margareta R A ^b   Siegbahn, Per E M ^b  

^a BEIJING INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (China)

^b STOCKHOLM UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COENZYME; COENZYME MF(430); FACTOR F430; METALLOPORPHYRIN; METHANE; NICKEL;

CHEMICAL MODEL; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COENZYME; COMPUTER SIMULATION; ENZYME ACTIVATION; ENZYME SPECIFICITY;

COENZYMES; COMPUTER SIMULATION; ENZYME ACTIVATION; METALLOPORPHYRINS; METHANE; MODELS, CHEMICAL; MODELS, MOLECULAR; NICKEL; SUBSTRATE SPECIFICITY;

EID: 84902683048     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4cp01483a     Document Type: Article

References (42)

1. J. L. Boer S. B. Mulrooney R. P. Hausinger Arch. Biochem. Biophys. 2014 544C 142 152
2. S. W. Ragsdale J. Biol. Chem. 2009 284 18571 18575
3. B. Jaun and R. K. Thauer, in Metal Ions in Life Sciences, ed., A. Sigel, H. Sigel, and, R. K. O. Sigel, John Wiley and Sons, West Sussex, England, 2009, vol. 6, pp. 115-132
4. B. Jaun and R. K. Thauer, in Metal Ions in Life Sciences, ed., A. Sigel, H. Sigel, and, R. K. O. Sigel, John Wiley and Sons, West Sussex, England, 2007, vol. 2, pp. 323-356
5. S. W. Ragsdale, in The Porphyrin Handbook, ed., K. M. Kadish, K. M. Smith, and, R. Guilard, Academic Press, New York, 2003, vol. 11, pp. 205-228
6. S. Scheller M. Goenrich R. Boecher R. K. Thauer B. Jaun Nature 2010 465 606 609
7. U. Ermler W. Grabarse S. Shima M. Goubeaud R. K. Thauer Science 1997 278 1457 1462
8. M. Goenrich F. Mahlert E. C. Duin C. Bauer B. Jaun R. K. Thauer JBIC, J. Biol. Inorg. Chem. 2004 9 691 705
9. B. Jaun Helv. Chim. Acta 1990 73 2209 2217
10. M. Dey X. Li R. C. Kunz S. W. Ragsdale Biochemistry 2010 49 10902 10911
11. X. Li J. Telser R. C. Kunz B. M. Hoffman G. Gerfen S. W. Ragsdale Biochemistry 2010 49 6866 6876
12. V. Pelmenschikov M. R. A. Blomberg P. E. M. Siegbahn R. H. Crabtree J. Am. Chem. Soc. 2002 124 4039 4049
13. S.-L. Chen V. Pelmenschikov M. R. A. Blomberg P. E. M. Siegbahn J. Am. Chem. Soc. 2009 131 9912 9913
14. S.-L. Chen M. R. A. Blomberg P. E. M. Siegbahn Chem.-Eur. J. 2012 18 6309 6315
15. S. Scheller M. Goenrich R. K. Thauer B. Jaun J. Am. Chem. Soc. 2013 135 14975 14984
16. Y.-C. Horng D. F. Becker S. W. Ragsdale Biochemistry 2001 40 12875 12885
17. V. Pelmenschikov P. E. M. Siegbahn JBIC, J. Biol. Inorg. Chem. 2003 8 653 662
18. Y. Ahn J. A. Krzycki H. G. Floss J. Am. Chem. Soc. 1991 113 4700 4701
19. P. E. Cedervall M. Dey X. Li R. Sarangi B. Hedman S. W. Ragsdale C. M. Wilmot J. Am. Chem. Soc. 2011 133 5626 5628
20. S. Scheller M. Goenrich S. Mayr R. K. Thauer B. Jaun Angew. Chem., Int. Ed. 2010 49 8112 8115
21. K. L. Brown Chem. Rev. 2005 105 2075 2149
22. R. Banerjee S. W. Ragsdale Annu. Rev. Biochem. 2003 72 209 247
23. R. G. Matthews Acc. Chem. Res. 2001 34 681 689
24. S.-L. Chen M. R. A. Blomberg P. E. M. Siegbahn J. Phys. Chem. B 2011 115 4066 4077
25. J. Harmer C. Finazzo R. Piskorski S. Ebner E. C. Duin M. Goenrich R. K. Thauer M. Reiher A. Schweiger D. Hinderberger B. Jaun J. Am. Chem. Soc. 2008 130 10907 10920
26. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1993 98 1372 1377
27. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1993 98 5648 5652
28. C. T. Lee W. T. Yang R. G. Parr Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1988 37 785 789
29. Jaguar, version 7.6, Schrodinger, LLC, New York, NY, 2009
30. D. J. Tannor B. Marten R. Murphy R. A. Friesner D. Sitkoff A. Nicholls M. Ringnalda W. A. Goddard B. Honig J. Am. Chem. Soc. 1994 116 11875 11882
31. B. Marten K. Kim C. Cortis R. A. Friesner R. B. Murphy M. N. Ringnalda D. Sitkoff B. Honig J. Phys. Chem. 1996 100 11775 11788
32. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez and J. A. Pople, Gaussian 03, Revision E.01, Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2004
33. S. Grimme J. Comput. Chem. 2004 25 1463 1473
34. S. Grimme J. Comput. Chem. 2006 27 1787 1799
35. S. Grimme J. Antony S. Ehrlich H. Krieg J. Chem. Phys. 2010 132 154104
36. L. Goerigk S. Grimme Phys. Chem. Chem. Phys. 2011 13 6670 6688
37. M. R. A. Blomberg T. Borowski F. Himo R.-Z. Liao P. E. M. Siegbahn Chem. Rev. 2014 114 3601 3658
38. P. E. M. Siegbahn M. R. A. Blomberg S.-L. Chen J. Chem. Theory Comput. 2010 6 2040 2044
39. P. E. M. Siegbahn M. R. A. Blomberg J. Chem. Theory Comput. 2014 10 268 272
40. W. Grabarse F. Mahlert E. C. Duin M. Goubeaud S. Shima R. K. Thauer V. Lamzin U. Ermler J. Mol. Biol. 2001 309 315 330
41. R. K. Thauer Microbiology 1998 144 2377 2406
42. E. C. Duin M. L. McKee J. Phys. Chem. B 2008 112 2466 2482