Influence of rigidity and knot complexity on the knotting of confined polymers

Macromolecules

Volumn 47, Issue 10, 2014, Pages 3394-3400

  Poier, Peter ^a   Likos, Christos N ^a   Matthews, Richard ^a  

^a UNIVERSITY OF VIENNA   (Austria)

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CHAINS; COMPUTER SIMULATION; POLYMERS; RIGIDITY;

2D CONFINEMENT; BENDING RIGIDITY; CONFINED POLYMERS; FLEXIBLE CHAINS; KNOT COMPLEXITY; LOCAL ANALYSIS; NONZERO VALUES; THERMODYNAMIC INTEGRATION;

STIFFNESS;

EID: 84901427583     PISSN: 00249297     EISSN: 15205835     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ma5006414     Document Type: Article

References (30)

1. Matthews, R.; Louis, A. A.; Likos, C. N. ACS Macro Lett. 2012, 1, 1352
2. Sogo, J. M.; Stasiak, A.; Martínobles, M. L.; Krimer, D. B.; Hernández, P.; Schvartzman, J. B. J. Mol. Biol. 1999, 286, 637
3. Arsuaga, J.; Vázquez, M.; Trigueros, S.; Sumners, D. W.; Roca, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002, 99, 5373
4. Portugal, J.; Rodrguez-Campos, A. Nucleic Acids Res. 1996, 24, 4890
5. Deibler, R. W.; Mann, J. K.; Sumners, De Witt L.; Zechiedrich, L. BMC Mol. Biol. 2007, 8, 44
6. Liu, Z.; Deibler, R. W.; Chan, H. S.; Zechiedrich, L. Nucleic Acids Res. 2009, 37, 661
7. Hogan, M.; LeGrange, J.; Austin, B. Nature 1983, 304, 752
8. Geggier, S.; Vologodskii, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010, 107, 15421
9. Johnson, S.; Chen, Y.-J.; Phillips, R. PLoS One 2013, 8, e75799
10. Rybenkov, V. V. Science 1997, 277, 690
11. Emanuel, M.; Hamedani Radja, N.; Henriksson, A.; Schiessel, H. Phys. Biol. 2009, 6, 025008
12. Jun, S.; Mulder, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 12388
13. Purohit, P. K.; Inamdar, M. M.; Grayson, P. D.; Squires, T. M.; Kondev, J.; Phillips, R. Biophys. J. 2005, 88, 851
14. Orlandini, E.; Stella, A. L.; Vanderzande, C. Phys. Biol. 2009, 6, 025012
15. Ercolini, E.; Valle, F.; Adamcik, J.; Witz, G.; Metzler, R.; de los Rios, P.; Roca, J.; Dietler, G. Phys. Rev. Lett. 2007, 98, 058102
16. Micheletti, C.; Orlandini, E. Macromolecules 2012, 45, 2113
17. Matthews, R.; Louis, A. A.; Yeomans, J. M. Mol. Phys. 2011, 109, 1289
18. Plimpton, S. J. Comput. Phys. 1995, 117, 1
19. Tuckerman, M. E.; Liu, Y.; Ciccotti, G.; Martyna, G. J. J. Chem. Phys. 2001, 115, 1678
20. Rubinstein, M.; Colby, R. Polymer Physics; Oxford University Press: Oxford, 2003.
21. Gallotti, R.; Pierre-Louis, O. Phys. Rev. E 2007, 75, 031801
22. Tubiana, L.; Orlandini, E.; Micheletti, C. Prog. Theor. Phys. Suppl. 2011, 191, 192
23. Marcone, B.; Orlandini, E.; Stella, A. L.; Zonta, F. Phys. Rev. E 2007, 75, 041105
24. Marcone, B.; Orlandini, E.; Stella, A. L.; Zonta, F. J. Phys. A: Math. Gen. 2005, 38, L15
25. Koniaris, K.; Muthukumar, M. Phys. Rev. Lett. 1991, 66, 2211
26. Rawdon, E.; Dobay, A.; Kern, J. C.; Millett, K. C.; Piatek, M.; Plunkett, P.; Stasiak, A. Macromolecules 2008, 41, 4444
27. Livingston, C. Knot Theory; Carus Monographs; Mathematical Association of America: Washington, DC, 1993; Vol. 24.
28. Gutjahr, P.; Lipowsky, R.; Kierfeld, J. Europhys. Lett. 2006, 76, 994
29. Arai, Y.; Yasuda, R.; Akashi, K.; Harada, Y.; Miyata, H.; Kinoshita, K., Jr.; Itoh, H. Nature 1999, 399, 446
30. Bao, X. R.; Lee, H. J.; Quake, S. R. Phys. Rev. Lett. 2003, 91, 265506