Molecular dynamics study of helicobacter pylori urease

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 10, Issue 5, 2014, Pages 1852-1862

  Minkara, Mona S ^a   Ucisik, Melek N ^a   Weaver, Michael N ^a   Merz Jr , Kenneth M ^b  

^a University of Florida   (United States)

^b Michigan State University   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84900544795     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct5000023     Document Type: Article

References (38)

1. Ferrero, R. L.; Hazell, S. L.; Lee, A. J. Med. Microbiol. 1988, 27, 33
2. Hu, L. T.; Mobley, H. L. T. Infect. Immun. 1990, 58, 992
3. Marshall, B. Lancet 1983, 1, 1273
4. Marshall, B. J. Med. J. Australia 1985, 143, 319
5. Marshall, B. J.; Warren, J. R. Lancet 1984, 1, 1311
6. Buck, G. E. Clin. Microbiol. Rev. 1990, 3, 1
7. Sumner, J. B. J. Biol. Chem. 1926, 69, 435
8. Sumner, J. B.; Gralen, N.; Quensel, I. B. E. Science 1938, 87, 395
9. Zerner, B. Bioorg. Chem. 1991, 19, 116
10. Karplus, P. A.; Pearson, M. A.; Hausinger, R. P. Acc. Chem. Res. 1997, 30, 330
11. Mobley, H. L. T.; Island, M. D.; Hausinger, R. P. Microbiol. Rev. 1995, 59, 451
12. Pinkse, M. W. H.; Maier, C. S.; Kim, J. I.; Oh, B. H.; Heck, A. J. R. J. Mass. Spectrom. 2003, 38, 315
13. Ha, N. C.; Oh, S. T.; Sung, J. Y.; Cha, K. A.; Lee, M. H.; Oh, B. H. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 505
14. Follmer, C. J. Clin. Pathol. 2010, 63, 424
15. Jabri, E.; Carr, M. B.; Hausinger, R. P.; Karplus, P. A. Science 1995, 268, 998
16. Benini, S.; Rypniewski, W. R.; Wilson, K. S.; Miletti, S.; Ciurli, S.; Mangani, S. Struct. Fold. Des. 1999, 7, 205
17. Chey, W. D.; Wong, B. C. Y. Am. J. Gastroenterol. 2007, 102, 1808
18. Malfertheiner, P.; Bazzoli, F.; Delchier, J. C.; Celinski, K.; Giguere, M.; Riviere, M.; Megraud, F.; Grp, P. S. Lancet 2011, 377, 905
19. Musiani, F.; Arnofi, E.; Casadio, R.; Ciurli, S. J. Biol. Inorg. Chem. 2001, 6, 300
20. Estiu, G.; Merz, K. M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 11832
21. Estiu, G.; Merz, K. M. Biochemistry-U.S. 2006, 45, 4429
22. Estiu, G.; Suarez, D.; Merz, K. M. J. Comput. Chem. 2006, 27, 1240
23. Carlsson, H.; Nordlander, E. Bioinorg. Chem. Appl. 2010, 364891
24. Valdez, C. E.; Alexandrova, A. N. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 10649
25. Barros, P. R.; Stassen, H.; Freitas, M. S.; Carlini, C. R.; Nascimento, M. A. C.; Follmer, C. BBA-Proteins Proteom. 2009, 1794, 1848
26. Manunza, B.; Deiana, S.; Pintore, M.; Gessa, C. Soil. Biol. Biochem. 1999, 31, 789
27. Roberts, B. P.; Miller, B. R.; Roitberg, A. E.; Merz, K. M. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 9934
28. The PyMOL Molecular Graphics System; V. r., Schrodinger, LLC: Cambridge, MA, 2010.
29. H++ Protonation Server. http://biophysics.cs.vt.edu/H++ (accessed March 28, 2012).
30. Anandakrishnan, R.; Aguilar, B.; Onufriev, A. V. Nucleic Acids Res. 2012, 40, W537
31. Myers, J.; Grothaus, G.; Narayanan, S.; Onufriev, A. Proteins 2006, 63, 928
32. Gordon, J. C.; Myers, J. B.; Folta, T.; Shoja, V.; Heath, L. S.; Onufriev, A. Nucleic Acids Res. 2005, 33, W368
33. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E. I.; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Merz, K. M.; Roberts, B.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Kolossvai, I.; Wong, K. F.; Paisani, F.; Vanicek, J.; Liu, J.; Wu, X.; Brozell, S. R.; Steinbrecher, T.; Gohlke, H.; Cai, Q.; Ye, X.; Wang, J.; Hseih, M.-J.; Cui, G.; Roe, D. R.; Mathews, D. H.; Seetin, M. G.; Sagui, C.; Babin, V.; Luchko, T.; Gusarov, S.; Kovalenko, A.; Kollman, P. A. AMBER 11; University of California: San Francisco, 2010.
34. Merz, K. M. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 406
35. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327
36. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E. I.; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Merz, K. M.; Roberts, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Swails, J.; Goetz, A. W.; Kolossvai, I.; Wong, K. F.; Paisani, F.; Vanicek, J.; Wolf, R. M.; Liu, J.; Wu, X.; Brozell, S. R.; Steinbrecher, T.; Gohlke, H.; Cai, Q.; Ye, X.; Wang, J.; Hseih, M.-J.; Cui, G.; Roe, D. R.; Mathews, D. H.; Seetin, M. G.; Salomon-Ferrer, R.; Sagui, C.; Babin, V.; Luchko, T.; Gusarov, S.; Kovalenko, A.; Kollman, P. A. AMBER 12; University of California: San Francisco, 2012.
37. Goetz, A. W.; Williamson, M. J.; Xu, D.; Poole, D.; Le Grand, S.; Walker, R. C. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 1542
38. Toba, S.; Colombo, G.; Merz, K. M. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2290