Reliable cell segmentation based on spectral phasor analysis of hyperspectral stimulated raman scattering imaging data

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 9, 2014, Pages 4115-4119

  Fu, Dan ^a   Xie, X Sunney ^a  

^a HARVARD UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALGORITHMS;

BRANCH-BOUND ALGORITHM; CELLULAR ORGANELLES; CHEMICAL SPECIFICITY; DATA ANALYSIS METHODS; HIGH CONTENT ANALYSIS; MULTI VARIATE ANALYSIS; STIMULATED RAMAN SCATTERINGS (SRS); SUBMICROMETER RESOLUTION;

STIMULATED RAMAN SCATTERING;

ANIMAL; CELLS; MULTIVARIATE ANALYSIS; PROCEDURES; RAMAN SPECTROMETRY; REPRODUCIBILITY;

ANIMALS; CELLS; MULTIVARIATE ANALYSIS; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; SPECTRUM ANALYSIS, RAMAN;

EID: 84899797425     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac500014b     Document Type: Article

References (26)

1. Puppels, G. J.; de Mul, F. F. M.; Otto, C.; Greve, J.; Robert-Nicoud, M.; Arndt-Jovin, D. J.; Jovin, T. M. Nature 1990, 347, 301-303
2. Uzunbajakava, N.; Lenferink, A.; Kraan, Y.; Volokhina, E.; Vrensen, G.; Greve, J.; Otto, C. Biophys. J. 2003, 84, 3968-3981
3. Caspers, P. J.; Lucassen, G. W.; Carter, E. A.; Bruining, H. A.; Puppels, G. J. J. Invest. Dermatol. 2001, 116, 434-442
4. Parekh, S. H.; Lee, Y. J.; Aamer, K. A.; Cicerone, M. T. Biophys. J. 2010, 99, 2695-2704
5. Haka, A. S.; Shafer-Peltier, K. E.; Fitzmaurice, M.; Crowe, J.; Dasari, R. R.; Feld, M. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 12371-12376
6. Klein, K.; Gigler, A. M.; Aschenbrenner, T.; Monetti, R.; Bunk, W.; Jamitzky, F.; Morfill, G.; Stark, R. W.; Schlegel, J. Biophys. J. 2012, 102, 360-368
7. Okada, M.; Smith, N. I.; Palonpon, A. F.; Endo, H.; Kawata, S.; Sodeoka, M.; Fujita, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2012, 109, 28-32
8. Evans, C. L.; Potma, E. O.; Puoris'haag, M.; Cote, D.; Lin, C. P.; Xie, X. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 16807-16812
9. Saar, B. G.; Freudiger, C. W.; Reichman, J.; Stanley, C. M.; Holtom, G. R.; Xie, X. S. Science 2010, 330, 1368-1370
10. Freudiger, C. W.; Min, W.; Saar, B. G.; Lu, S.; Holtom, G. R.; He, C.; Tsai, J. C.; Kang, J. X.; Xie, X. S. Science 2008, 322, 1857-1861
11. Day, J. P. R.; Domke, K. F.; Rago, G.; Kano, H.; Hamaguchi, H.-o.; Vartiainen, E. M.; Bonn, M. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 7713-7725
12. Fu, D.; Lu, F. K.; Zhang, X.; Freudiger, C.; Pernik, D. R.; Holtom, G.; Xie, X. S. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 3623-3626
13. Suhalim, J. L.; Chung, C.-Y.; Lilledahl, M. B.; Lim, R. S.; Levi, M.; Tromberg, B. J.; Potma, E. O. Biophys. J. 2012, 102, 1988-1995
14. Ozeki, Y.; Umemura, W.; Otsuka, Y.; Satoh, S.; Hashimoto, H.; Sumimura, K.; Nishizawa, N.; Fukui, K.; Itoh, K. Nat. Photonics 2012, 6, 845-851
15. Zhang, D.; Wang, P.; Slipchenko, M. N.; Ben-Amotz, D.; Weiner, A. M.; Cheng, J.-X. Anal. Chem. 2013, 85, 98-106
16. Fu, D.; Holtom, G.; Freudiger, C.; Zhang, X.; Xie, X. S. J. Phys. Chem. B 2013, 117, 4634-4640
17. Clayton, A. H. A.; Hanley, Q. S.; Verveer, P. J. J. Microsc. 2004, 213, 1-5
18. Digman, M. A.; Caiolfa, V. R.; Zamai, M.; Gratton, E. Biophys. J. 2008, 94, L14-L16
19. Stringari, C.; Cinquin, A.; Cinquin, O.; Digman, M. A.; Donovan, P. J.; Gratton, E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 13582-13587
20. Fereidouni, F.; Bader, A. N.; Gerritsen, H. C. Opt. Express 2012, 20, 12729-12741
21. Robles, F. E.; Wilson, J. W.; Fischer, M. C.; Warren, W. S. Opt. Express 2012, 20, 17082-17092
22. Jurna, M.; Garbacik, E. T.; Korterik, J. P.; Herek, J. L.; Otto, C.; Offerhaus, H. L. Anal. Chem. 2010, 82, 7656-7659
23. Miljkovic, M.; Chernenko, T.; Romeo, M. J.; Bird, B.; Matthaus, C.; Diem, M. Analyst 2010, 135, 2002-2013
24. Shinzawa, H.; Awa, K.; Kanematsu, W.; Ozaki, Y. J. Raman Spectrosc. 2009, 40, 1720-1725
25. Yi-Zeng, L.; Yu-Long, X.; Ru-Qin, Y. Anal. Chim. Acta 1989, 222, 347-357
26. Kong, L.; Ji, M.; Holtom, G. R.; Fu, D.; Freudiger, C. W.; Xie, X. S. Opt. Lett. 2013, 38, 145-147