Quantitative analysis of coenzyme F430 in environmental samples: A new diagnostic tool for methanogenesis and anaerobic methane oxidation

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 7, 2014, Pages 3633-3638

  Kaneko, Masanori ^a   Takano, Yoshinori ^a   Chikaraishi, Yoshito ^a   Ogawa, Nanako O ^a   Asakawa, Susumu ^b   Watanabe, Takeshi ^b   Shima, Seigo ^c   Krüger, Martin ^d   Matsushita, Makoto ^e   Kimura, Hiroyuki ^e   Ohkouchi, Naohiko ^a  

^a JAPAN AGENCY FOR MARINE EARTH SCIENCE AND TECHNOLOGY   (Japan)

^b NAGOYA UNIVERSITY   (Japan)

^c MAX PLANCK INSTITUTE FOR TERRESTRIAL MICROBIOLOGY   (Germany)

^d FEDERAL INSTITUTE FOR GEOSCIENCES AND NATURAL RESOURCES BGR   (Germany)

^e SHIZUOKA UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

METHANE; SUBMARINE GEOLOGY;

ANAEROBIC METHANE OXIDATIONS; GEOCHEMICAL TECHNIQUES; HIGH-SENSITIVITY ANALYSIS; LIQUID CHROMATOGRAPHY/MASS SPECTROMETRY; LOWER DETECTION LIMIT; METHYL-COENZYME M REDUCTASE; MICROBIAL DISTRIBUTION; MICROBIOLOGICAL ANALYSIS;

GROUNDWATER;

FACTOR F430; METALLOPORPHYRIN; METHANE;

ANAEROBIC GROWTH; LIQUID CHROMATOGRAPHY; METABOLISM; OXIDATION REDUCTION REACTION; PROTON NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

ANAEROBIOSIS; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; METALLOPORPHYRINS; METHANE; OXIDATION-REDUCTION; PROTON MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

EID: 84897499401     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac500305j     Document Type: Article

References (35)

1. Diekert, G.; Gilles, H. H.; Jaenchen, R.; Thauer, K. R. Arch. Microbiol. 1980, 128, 256-262
2. Färber, G.; Keller, W.; Kratky, C.; Jaun, B.; Pfaltz, A.; Spinner, C.; Kobelt, A.; Eschenmoser, A. Helv. Chim. Acta 1991, 74, 697-716
3. Pfaltz, A.; Jaun, B.; Fässler, A.; Eschenmoser, A.; Jaenchen, R.; Gilles, H. H.; Diekert, G.; Thauer, K. R. Helv. Chim. Acta 1982, 65, 828-865
4. Ellefson, L. W.; Whitman, B. W.; Wolfe, S. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1982, 79, 3707-3710
5. Hartzell, L. P.; Wolfe, S. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1986, 83, 6726-6730
6. Pfaltz, A.; Livingston, A. D.; Jaun, B.; Diekert, G.; Thauer, K. R.; Eschenmoser, A. Helv. Chim. Acta 1985, 68, 1338-1358
7. Thauer, K. R. Microbiology 1998, 144, 2377-2406
8. Krüger, M.; Meyerdierks, A.; Glöckner, O. F.; Amann, R.; Widdel, F.; Kube, M.; Reinhardt, R.; Kahnt, J.; Böcher, R.; Thauer, K. R.; Shima, S. Nature 2003, 426, 878-881
9. Mayr, S.; Latkoczy, C.; Krüger, M.; Günther, D.; Shima, S.; Thauer, K. R.; Widdel, F.; Jaun, B. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 10758-10767
10. Shima, S.; Krueger, M.; Weinert, T.; Demmer, U.; Kahnt, J.; Thauer, K. R.; Ermler, U. Nature 2012, 481, 98-101
11. Knittel, K.; Lösekann, T.; Boetius, A.; Kort, R.; Amann, R. Appl. Environ. Microbiol. 2005, 71, 467-479
12. Takano, Y.; Kaneko, M.; Kahnt, J.; Imachi, H.; Shima, S.; Ohkouchi, N. Org. Geochem. 2013, 58, 137-140
13. Watanabe, T.; Kimura, M.; Asakawa, S. Soil Biol. Biochem. 2006, 38, 1264-1274
14. Watanabe, T.; Kimura, M.; Asakawa, S. Soil Biol. Biochem. 2007, 39, 2877-2887
15. Asakawa, S.; Akagawa-Matsushita, M.; Koga, Y.; Hayano, K. Soil Biol. Biochem. 1998, 30, 299-303
16. Liu, D.; Suekuni, C.; Akita, K.; Ito, T.; Saito, M.; Watanabe, T.; Kimura, M.; Asakawa, S. Soil Sci. Plant Nutr. 2012, 58, 553-561
17. Aoike, K. Laboratory Operation Report; CDEX-JAMSTEC, 2007.
18. D'Hondt, L. S.; Jørgensen, B. B.; Miller, J. D. Shipboard Scientific Party. Proceedings of the Ocean Drilling Program: Initial reports, Ocean Drilling Program, Texas A & M University: College Station, TX, 2003, Vol. 201, doi: 10.2973/odp.proc.ir.201.2003
19. Siegert, M.; Taubert, M.; Seifert, J.; von Bergen-Tomm, M.; Basen, M.; Bastida, F.; Gehre, M.; Richnow, H. H.; Krüger, M. FEMS Microbiol. Ecol. 2013, 86, 231-245
20. Kimura, H.; Nashimoto, H.; Shimizu, M.; Hattori, S.; Yamada, K.; Koba, K.; Yoshida, N.; Kato, K. ISME J. 2010, 4, 531-541
21. Won, H.; Olson, D. K.; Wolfe, S. R.; Summers, F. M. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 2178-2184
22. Ogawa, N. O.; Nagata, T.; Kitazato, H.; Ohkouchi, N. Earth, Life, and Isotopes; Ohkouchi, N.; Tayasu, I.; Koba, K., Eds; Kyoto University Press: Kyoto, 2010; pp 339-353.
23. Diekert, G.; Konheiser, U.; Piechulla, K.; Thauer, K. R. J. Bacteriol. 1981, 148, 459-464
24. Lipp, S. J.; Morono, Y.; Inagaki, F.; Hinrichs, U. K. Nature 2008, 454, 991-994
25. Whitman, B. W.; Coleman, C. D.; Wiebe, J. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 6578-6583
26. Biddle, F. J.; Lipp, S. J.; Lever, A. M.; Lloyd, G. K.; Sørensen, B. K.; Anderson, R.; Fredricks, F. H.; Elvert, M.; Kelly, J. T.; Schrag, P. D.; Sogin, L. M.; Brenchley, E. J.; Teske, A.; House, H. C.; Hinrichs, U. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 3846-3851
27. Fry, C. J.; Parkes, J. R.; Cragg, A. B.; Weightman, J. A.; Webster, G. FEMS Microbiol. Ecol. 2008, 66, 181-196
28. Valentine, L. D. Annual Review of Marine Science 2011, 3, 147-171
29. Parkes, J. R.; Cragg, A. B.; Bale, J. S.; Getliff, M. J.; Goodman, K.; Rochelle, A. P.; Fry, C. J.; Weightman, J. A.; Harvey, M. S. Nature 1994, 371, 410-413
30. Conrad, R. Environ. Microbiol. Rep. 2009, 1, 285-292
31. Imachi, H.; Aoi, K.; Tasumi, E.; Saito, Y.; Yamanaka, Y.; Saito, Y.; Yamaguchi, T.; Tomaru, H.; Takeuchi, R.; Morono, Y.; Inagaki, F.; Takai, K. ISME J. 2011, 5, 1913-1925
32. Parkes, J. R.; Webster, G.; Cragg, A. B.; Weightman, J. A.; Newberry, J. C.; Ferdelman, G. T.; Kallmeyer, J.; Jørgensen, B. B.; Aiello, W. I.; Fry, C. J. Nature 2005, 436, 390-394
33. Boetius, A.; Ravenschlag, K.; Schubert, C. J.; Rickert, D.; Widdel, F.; Gieseke, A.; Amann, R.; Jørgensen, B. B.; Witte, J. U.; Pfannkuche, O. Nature 2000, 407, 623-626
34. Michaelis, W.; Seufert, R.; Nauhaus, K.; Treude, T.; Thiel, V.; Blumenberg, M.; Knittel, K.; Gieseke, A.; Peterknecht, K.; Pape, T.; Boetius, A.; Amann, R.; Jørgensen, B. B.; Widdel, F.; Peckmann, J.; Pimenov, N. V.; Gulin, M. B. Science 2002, 297, 1013-1015
35. Blumenberg, M.; Seifert, R.; Reitner, J.; Pape, T.; Michaelis, W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 11111-11116