Proton clouds to measure long-range contacts between nonexchangeable side chain protons in solid-state NMR

Journal of the American Chemical Society

Volumn 136, Issue 12, 2014, Pages 4452-4455

  Sinnige, Tessa ^a   Daniëls, Mark ^a   Baldus, Marc ^a   Weingarth, Markus ^a  

^a UTRECHT UNIVERSITY   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; BIOLOGICAL MEMBRANES; CHAINS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PROTEINS; SOLID STATE PHYSICS;

MEMBRANE PROTEINS; PROTEIN TERTIARY STRUCTURES; PROTON DENSITY; PROTONATED; SELECTIVE LABELING; SIDE-CHAINS; SOLID STATE NMR; UBIQUITIN;

PROTONS;

AMINO ACID; MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN BAMA; PROTEIN; PROTON; UBIQUITIN; UNCLASSIFIED DRUG;

ARTICLE; CLOUD; CROWDING (AREA); DENSITY; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE; PROTON TRANSPORT; SOLID STATE; SOLID STATE NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PROTEIN CONFORMATION;

AMINO ACIDS; MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN CONFORMATION; PROTONS; UBIQUITIN;

EID: 84897064266     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja412870m     Document Type: Article

References (42)

1. Lange, A.; Giller, K.; Hornig, S.; Martin-Eauclaire, M. F.; Pongs, O.; Becker, S.; Baldus, M. Nature 2006, 440, 959
2. Wasmer, C.; Lange, A.; Van Melckebeke, H.; Siemer, A. B.; Riek, R.; Meier, B. H. Science 2008, 319, 1523
3. Shahid, S. A.; Bardiaux, B.; Franks, W. T.; Krabben, L.; Habeck, M.; van Rossum, B. J.; Linke, D. Nat. Methods 2012, 9, 1212
4. Loquet, A.; Sgourakis, N. G.; Gupta, R.; Giller, K.; Riedel, D.; Goosmann, C.; Griesinger, C.; Kolbe, M.; Baker, D.; Becker, S.; Lange, A. Nature 2012, 486, 276
5. Park, S. H.; Das, B. B.; Casagrande, F.; Tian, Y.; Nothnagel, H. J.; Chu, M.; Kiefer, H.; Maier, K.; De Angelis, A. A.; Marassi, F. M.; Opella, S. J. Nature 2012, 491, 779
6. Wang, S.; Munro, R. A.; Shi, L.; Kawamura, I.; Okitsu, T.; Wada, A.; Kim, S. Y.; Jung, K. H.; Brown, L. S.; Ladizhansky, V. Nat. Methods 2013, 10, 1007
7. Reif, B.; Jaroniec, C. P.; Rienstra, C. M.; Hohwy, M.; Griffin, R. G. J. Magn. Reson. 2001, 151, 320
8. Paulson, E. K.; Morcombe, C. R.; Gaponenko, V.; Dancheck, B.; Byrd, R. A.; Zilm, K. W. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15831
9. Chevelkov, V.; Rehbein, K.; Diehl, A.; Reif, B. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2006, 45, 3878
10. Zhou, D. H.; Shah, G.; Cormos, M.; Mullen, C.; Sandoz, D.; Rienstra, C. M. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 11791
11. Schanda, P.; Meier, B. H.; Ernst, M. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 15957
12. Ward, M. E.; Shi, L.; Lake, E.; Krishnamurthy, S.; Hutchins, H.; Brown, L. S.; Ladizhansky, V. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 17434
13. Knight, M. J.; Pell, A. J.; Bertini, I.; Felli, I. C.; Gonnelli, L.; Pierattelli, R.; Herrmann, T.; Emsley, L.; Pintacuda, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2012, 109, 11095
14. Zhou, D. H.; Nieuwkoop, A. J.; Berthold, D. A.; Comellas, G.; Sperling, L. J.; Tang, M.; Shah, G. J.; Brea, E. J.; Lemkau, L. R.; Rienstra, C. M. J. Biomol. NMR 2012, 54, 291
15. Lewandowski, J. R.; Dumez, J. N.; Akbey, U.; Lange, S.; Emsley, L.; Oschkinat, H. J. Phys. Chem. Lett. 2011, 2, 2205
16. Linser, R.; Dasari, M.; Hiller, M.; Higman, V.; Fink, U.; del Amo, J. M. L.; Markovic, S.; Handel, L.; Kessler, B.; Schmieder, P.; Oesterhelt, D.; Oschkinat, H.; Reif, B. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2011, 50, 4508
17. Linser, R.; Bardiaux, B.; Higman, V.; Fink, U.; Reif, B. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 5905
18. Knight, M. J.; Webber, A. L.; Pell, A. J.; Guerry, P.; Barbet-Massin, E.; Bertini, I.; Felli, I. C.; Gonnelli, L.; Pierattelli, R.; Emsley, L.; Lesage, A.; Herrmann, T.; Pintacuda, G. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2011, 50, 11697
19. Gardner, K. H.; Kay, L. E. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 7599
20. Huber, M.; Hiller, S.; Schanda, P.; Ernst, M.; Bockmann, A.; Verel, R.; Meier, B. H. ChemPhysChem 2011, 12, 915
21. Asami, S.; Reif, B. Acc. Chem. Res. 2013, 46, 2089
22. Lange, A.; Luca, S.; Baldus, M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 9704
23. Marchetti, A.; Jehle, S.; Felletti, M.; Knight, M. J.; Wang, Y.; Xu, Z. Q.; Park, A. Y.; Otting, G.; Lesage, A.; Emsley, L.; Dixon, N. E.; Pintacuda, G. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2012, 51, 10756
24. Asami, S.; Schmieder, P.; Reif, B. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 15133
25. Cornilescu, G.; Marquardt, J. L.; Ottiger, M.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 6836
26. Schubert, M.; Manolikas, T.; Rogowski, M.; Meier, B. H. J. Biomol. NMR 2006, 35, 167
27. Zhou, D. H.; Rienstra, C. M. J. Magn. Reson. 2008, 192, 167
28. Weingarth, M.; Bodenhausen, G.; Tekely, P. J. Magn. Reson. 2009, 199, 238
29. Asami, S.; Szekely, K.; Schanda, P.; Meier, B. H.; Reif, B. J. Biomol. NMR 2012, 54, 155
30. Zorin, V. E.; Brown, S. P.; Hodgkinson, P. J. Chem. Phys. 2006, 125, 144508
31. Veshtort, M.; Griffin, R. G. J. Magn. Reson. 2006, 178, 248
32. Vijay-Kumar, S.; Bugg, C. E.; Cook, W. J. J. Mol. Biol. 1987, 194, 531
33. Bayro, M. J.; Huber, M.; Ramachandran, R.; Davenport, T. C.; Meier, B. H.; Ernst, M.; Griffin, R. G. J. Chem. Phys. 2009, 130, 114506
34. Grommek, A.; Meier, B. H.; Ernst, M. Chem. Phys. Lett. 2006, 427, 404
35. Weingarth, M.; Masuda, Y.; Takegoshi, K.; Bodenhausen, G.; Tekely, P. J. Biomol. NMR 2011, 50, 129
36. Shi, L.; Kawamura, I.; Jung, K. H.; Brown, L. S.; Ladizhansky, V. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2011, 50, 1302
37. Renault, M.; Bos, M. P.; Tommassen, J.; Baldus, M. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 4175
38. Noinaj, N.; Kuszak, A. J.; Gumbart, J. C.; Lukacik, P.; Chang, H.; Easley, N. C.; Lithgow, T.; Buchanan, S. K. Nature 2013, 501, 385
39. Han, B.; Liu, Y.; Ginzinger, S. W.; Wishart, D. S. J. Biomol. NMR 2011, 50, 43
40. Gradmann, S.; Ader, C.; Heinrich, I.; Nand, D.; Dittmann, M.; Cukkemane, A.; van Dijk, M.; Bonvin, A. M. J. J.; Engelhard, M.; Baldus, M. J. Biomol. NMR 2012, 54, 377
41. Lin, M. T.; Sperling, L. J.; Frericks Schmidt, H. L.; Tang, M.; Samoilova, R. I.; Kumasaka, T.; Iwasaki, T.; Dikanov, S. A.; Rienstra, C. M.; Gennis, R. B. Methods 2011, 55, 370
42. Weingarth, M.; Prokofyev, A.; van der Cruijsen, E. A.; Nand, D.; Bonvin, A. M.; Pongs, O.; Baldus, M. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 3983