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Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 10, Issue 2, 2014, Pages 543-553

Robust estimation of diffusion-optimized ensembles for enhanced sampling

(7) Tian, Pengfei a Jónsson, Sigurdur A b Ferkinghoff Borg, Jesper c Krivov, Sergei V d Lindorff Larsen, Kresten e Irbäck, Anders b Boomsma, Wouter e

a UNIVERSITY OF COPENHAGEN (Denmark)

b LUND UNIVERSITY (Sweden)

c TECHNICAL UNIVERSITY OF DENMARK (Denmark)

d UNIVERSITY OF LEEDS (United Kingdom)

e UNIVERSITY OF COPENHAGEN (Denmark)

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EID: 84894149420 PISSN: 15499618 EISSN: 15499626 Source Type: Journal
DOI: 10.1021/ct400844x Document Type: Article

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References (63)

1
- 26444479778
- Kirkpatrick, S.; Gelatt, C. D., Jr.; Vecchi, M. P. Science 1983, 220, 671-680
- (1983) Science , vol.220 , pp. 671-680
- Kirkpatrick, S.¹ Gelatt Jr., C.D.² Vecchi, M.P.³

2
- 35949020425
- Swendsen, R. H.; Wang, J. S. Phys. Rev. Lett. 1986, 57, 2607-2609
- (1986) Phys. Rev. Lett. , vol.57 , pp. 2607-2609
- Swendsen, R.H.¹ Wang, J.S.²

3
- 0030516672
- Hukushima, K.; Nemoto, K. J. Phys. Soc. (Jap.) 1996, 65, 1604-1608
- (1996) J. Phys. Soc. (Jap.) , vol.65 , pp. 1604-1608
- Hukushima, K.¹ Nemoto, K.²

4
- 33644899039
- Marinari, E.; Parisi, G. Europhys. Lett. 1992, 19, 451-458
- (1992) Europhys. Lett. , vol.19 , pp. 451-458
- Marinari, E.¹ Parisi, G.²

5
- 84953648015
- Lyubartsev, A. P.; Martsinovski, A. A.; Shevkunov, S. V.; Vorontsov-Velyaminov, P. N. J. Chem. Phys. 1992, 96, 1776-1783
- (1992) J. Chem. Phys. , vol.96 , pp. 1776-1783
- Lyubartsev, A.P.¹ Martsinovski, A.A.² Shevkunov, S.V.³ Vorontsov-Velyaminov, P.N.⁴

6
- 33646987405
- Ferrenberg, A. M.; Swendsen, R. H. Phys. Rev. Lett. 1989, 63, 1195-1198
- (1989) Phys. Rev. Lett. , vol.63 , pp. 1195-1198
- Ferrenberg, A.M.¹ Swendsen, R.H.²

7
- 0000106469
- Berg, B. A.; Neuhaus, T. Phys. Lett. B 1991, 267, 249-253
- (1991) Phys. Lett. B , vol.267 , pp. 249-253
- Berg, B.A.¹ Neuhaus, T.²

8
- 6644221271
- Wang, F.; Landau, D. P. Phys. Rev. Lett. 2001, 86, 2050-2053
- (2001) Phys. Rev. Lett. , vol.86 , pp. 2050-2053
- Wang, F.¹ Landau, D.P.²

9
- 0038505989
- Ferkinghoff-Borg, J. Eur. Phys. J. B 2002, 29, 481-484
- (2002) Eur. Phys. J. B , vol.29 , pp. 481-484
- Ferkinghoff-Borg, J.¹

10
- 0028710015
- Huber, T.; Torda, A. E.; van Gunsteren, W. F. J. Comput.-Aided Mol. Des. 1994, 8, 695-708
- (1994) J. Comput.-Aided Mol. Des. , vol.8 , pp. 695-708
- Huber, T.¹ Torda, A.E.² Van Gunsteren, W.F.³

11
- 0036790894
- Laio, A.; Parrinello, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 12562-12566
- (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , vol.99 , pp. 12562-12566
- Laio, A.¹ Parrinello, M.²

12
- 5244260010
- Hansmann, U. H. E.; Okamoto, Y. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1333-1338
- (1993) J. Comput. Chem. , vol.14 , pp. 1333-1338
- Hansmann, U.H.E.¹ Okamoto, Y.²

13
- 0346216021
- Bachmann, M.; Janke, W. Phys. Rev. Lett. 2003, 91, 208105
- (2003) Phys. Rev. Lett. , vol.91 , pp. 208105
- Bachmann, M.¹ Janke, W.²

14
- 72949105306
- Taylor, M. P.; Paul, W.; Binder, K. J. Chem. Phys. 2009, 131, 114907
- (2009) J. Chem. Phys. , vol.131 , pp. 114907
- Taylor, M.P.¹ Paul, W.² Binder, K.³

15
- 80053501774
- Jónsson, S. Æ.; Mohanty, S.; Irbäck, A. J. Chem. Phys. 2011, 135, 125102
- (2011) J. Chem. Phys. , vol.135 , pp. 125102
- Jónsson, S.¹ Mohanty, S.² Irbäck, A.³

16
- 41349094233
- Trebst, S.; Huse, D. A.; Troyer, M. Phys. Rev. E 2004, 70, 046701
- (2004) Phys. Rev. e , vol.70 , pp. 046701
- Trebst, S.¹ Huse, D.A.² Troyer, M.³

17
- 34547139358
- Trebst, S.; Troyer, M.; Hansmann, U. H. E. J. Chem. Phys. 2006, 124, 174903
- (2006) J. Chem. Phys. , vol.124 , pp. 174903
- Trebst, S.¹ Troyer, M.² Hansmann, U.H.E.³

18
- 57749086898
- Nadler, W.; Meinke, J. H.; Hansmann, U. H. E. Phys. Rev. E 2008, 78, 061905
- (2008) Phys. Rev. e , vol.78 , pp. 061905
- Nadler, W.¹ Meinke, J.H.² Hansmann, U.H.E.³

19
- 81755171988
- Singh, S.; Chiu, C.-C.; de Pablo, J. J. J. Stat. Phys. 2011, 145, 932-945
- (2011) J. Stat. Phys. , vol.145 , pp. 932-945
- Singh, S.¹ Chiu, C.-C.² De Pablo, J.J.³

20
- 84869072733
- Singh, S.; Chiu, C.-C.; de Pablo, J. J. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 4657-4662
- (2012) J. Chem. Theory Comput. , vol.8 , pp. 4657-4662
- Singh, S.¹ Chiu, C.-C.² De Pablo, J.J.³

21
- 84882443100
- Jiang, P.; Yasar, F.; Hansmann, U. H. E. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 3816-3825
- (2013) J. Chem. Theory Comput. , vol.9 , pp. 3816-3825
- Jiang, P.¹ Yasar, F.² Hansmann, U.H.E.³

22
- 52949137003
- Krivov, S. V.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 13841-13846
- (2008) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , vol.105 , pp. 13841-13846
- Krivov, S.V.¹ Karplus, M.²

23
- 80054929399
- Krivov, S. V. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 12315-12324
- (2011) J. Phys. Chem. B , vol.115 , pp. 12315-12324
- Krivov, S.V.¹

24
- 80053433603
- Krivov, S. V. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 11382-11388
- (2011) J. Phys. Chem. B , vol.115 , pp. 11382-11388
- Krivov, S.V.¹

25
- 33847341192
- Nadler, W.; Hansmann, U. H. E. Phys. Rev. E 2007, 75, 026109
- (2007) Phys. Rev. e , vol.75 , pp. 026109
- Nadler, W.¹ Hansmann, U.H.E.²

26
- 0842265496
- Berne, B. J.; Borkovec, M.; Straub, J. E. J. Phys. Chem. 1988, 92, 3711-3725
- (1988) J. Phys. Chem. , vol.92 , pp. 3711-3725
- Berne, B.J.¹ Borkovec, M.² Straub, J.E.³

27
- 0000628743
- Woolf, T. B.; Roux, B. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 5916-5926
- (1994) J. Am. Chem. Soc. , vol.116 , pp. 5916-5926
- Woolf, T.B.¹ Roux, B.²

28
- 0000710672
- Socci, N. D.; Onuchic, J. N.; Wolynes, P. G. J. Chem. Phys. 1996, 104, 5860-5868
- (1996) J. Chem. Phys. , vol.104 , pp. 5860-5868
- Socci, N.D.¹ Onuchic, J.N.² Wolynes, P.G.³

29
- 0034683242
- Hummer, G.; García, A. E.; Garde, S. Phys. Rev. Lett. 2000, 85, 2637-2640
- (2000) Phys. Rev. Lett. , vol.85 , pp. 2637-2640
- Hummer, G.¹ García, A.E.² Garde, S.³

30
- 0041821616
- Favrin, G.; Irbäck, A.; Samuelsson, B.; Wallin, S. Biophys. J. 2003, 85, 1457-1465
- (2003) Biophys. J. , vol.85 , pp. 1457-1465
- Favrin, G.¹ Irbäck, A.² Samuelsson, B.³ Wallin, S.⁴

31
- 35548963462
- Chahine, J.; Oliveira, R. J.; Leite, V. B. P.; Wang, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 14646-14651
- (2007) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , vol.104 , pp. 14646-14651
- Chahine, J.¹ Oliveira, R.J.² Leite, V.B.P.³ Wang, J.⁴

32
- 34548273698
- Yang, S.; Onuchic, J. N.; García, A. E.; Levine, H. J. Mol. Biol. 2007, 372, 756-763
- (2007) J. Mol. Biol. , vol.372 , pp. 756-763
- Yang, S.¹ Onuchic, J.N.² García, A.E.³ Levine, H.⁴

33
- 23244438863
- Hummer, G. New J. Phys. 2005, 7, 34
- (2005) New J. Phys. , vol.7 , pp. 34
- Hummer, G.¹

34
- 84861123729
- Türkcan, S.; Alexandrou, A.; Masson, J.-B. Biophys. J. 2012, 102, 2288-2298
- (2012) Biophys. J. , vol.102 , pp. 2288-2298
- Türkcan, S.¹ Alexandrou, A.² Masson, J.-B.³

35
- 84873665160
- Comer, J.; Chipot, C.; González-Nilo, F. D. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 876-882
- (2013) J. Chem. Theory Comput. , vol.9 , pp. 876-882
- Comer, J.¹ Chipot, C.² González-Nilo, F.D.³

36
- 75749153687
- Best, R. B.; Hummer, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 1088-1093
- (2010) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , vol.107 , pp. 1088-1093
- Best, R.B.¹ Hummer, G.²

37
- 34247493236
- Hunter, J. D. Comput. Sci. Eng. 2007, 9, 90-95
- (2007) Comput. Sci. Eng. , vol.9 , pp. 90-95
- Hunter, J.D.¹

38
- 84872164266
- Krivov, S. V. J. Chem. Theory Comput. 2012, 9, 135-146
- (2012) J. Chem. Theory Comput. , vol.9 , pp. 135-146
- Krivov, S.V.¹

39
- 84880700910
- Mohanty, S.; Meinke, J. H.; Zimmermann, O. Proteins 2013, 81, 1446-1456
- (2013) Proteins , vol.81 , pp. 1446-1456
- Mohanty, S.¹ Meinke, J.H.² Zimmermann, O.³

40
- 84891701652
- Krivov, S. V. Phys. Rev. E 2013, 88, 062131
- (2013) Phys. Rev. e , vol.88 , pp. 062131
- Krivov, S.V.¹

41
- 84894143838
- Ph.D. Thesis, University of Copenhagen.
- Frellsen, J. Probabilistic methods in macromolecular structure prediction. Ph.D. Thesis, University of Copenhagen, 2011; http://muninn. sourceforge.net/.
- (2011) Probabilistic Methods in Macromolecular Structure Prediction
- Frellsen, J.¹

42
- 0028500779
- Blanco, F. J.; Rivas, G.; Serrano, L. Nat. Struct. Mol. Biol. 1994, 1, 584-590
- (1994) Nat. Struct. Mol. Biol. , vol.1 , pp. 584-590
- Blanco, F.J.¹ Rivas, G.² Serrano, L.³

43
- 0033529946
- Dinner, A. R.; Lazaridis, T.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 9068-9073
- (1999) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , vol.96 , pp. 9068-9073
- Dinner, A.R.¹ Lazaridis, T.² Karplus, M.³

44
- 0032881707
- Roccatano, D.; Amadei, A.; Di Nola, A.; Berendsen, H. J. Protein Sci. 1999, 8, 2130-2143
- (1999) Protein Sci. , vol.8 , pp. 2130-2143
- Roccatano, D.¹ Amadei, A.² Di Nola, A.³ Berendsen, H.J.⁴

45
- 0035909921
- Zhou, R.; Berne, B. J.; Germain, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 14931-14936
- (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , vol.98 , pp. 14931-14936
- Zhou, R.¹ Berne, B.J.² Germain, R.³

46
- 0035850758
- Zagrovic, B.; Sorin, E. J.; Pande, V. J. Mol. Biol. 2001, 313, 151-169
- (2001) J. Mol. Biol. , vol.313 , pp. 151-169
- Zagrovic, B.¹ Sorin, E.J.² Pande, V.³

47
- 0037117638
- Kussell, E.; Shimada, J.; Shakhnovich, E. I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 5343-5348
- (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , vol.99 , pp. 5343-5348
- Kussell, E.¹ Shimada, J.² Shakhnovich, E.I.³

48
- 0142027789
- Bolhuis, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 12129-12134
- (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , vol.100 , pp. 12129-12134
- Bolhuis, P.G.¹

49
- 3142737884
- Wei, G.; Mousseau, N.; Derreumaux, P. Proteins 2004, 56, 464-474
- (2004) Proteins , vol.56 , pp. 464-474
- Wei, G.¹ Mousseau, N.² Derreumaux, P.³

50
- 21244495332
- Irbäck, A.; Mohanty, S. Biophys. J. 2005, 88, 1560-1569
- (2005) Biophys. J. , vol.88 , pp. 1560-1569
- Irbäck, A.¹ Mohanty, S.²

51
- 33645408056
- Chen, J.; Im, W. W.; Brooks, C. L. C. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 3728-3736
- (2006) J. Am. Chem. Soc. , vol.128 , pp. 3728-3736
- Chen, J.¹ Im, W.W.² Brooks, C.L.C.³

52
- 84869023641
- Han, W.; Schulten, K. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 4413-4424
- (2012) J. Chem. Theory Comput. , vol.8 , pp. 4413-4424
- Han, W.¹ Schulten, K.²

53
- 33748604047
- Irbäck, A.; Mohanty, S. J. Comput. Chem. 2006, 27, 1548-1555
- (2006) J. Comput. Chem. , vol.27 , pp. 1548-1555
- Irbäck, A.¹ Mohanty, S.²

54
- 70350005556
- Irbäck, A.; Mitternacht, S.; Mohanty, S. PMC Biophys. 2009, 2, 2
- (2009) PMC Biophys. , vol.2 , pp. 2
- Irbäck, A.¹ Mitternacht, S.² Mohanty, S.³

55
- 0003845223
- DeLano Scientific: San Carlos, CA.
- DeLano, W. L. The PyMOL Molecular Graphics System; DeLano Scientific: San Carlos, CA, 2002.
- (2002) The PyMOL Molecular Graphics System
- Delano, W.L.¹

56
- 18744387720
- Best, R. B.; Hummer, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 6732-6737
- (2005) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , vol.102 , pp. 6732-6737
- Best, R.B.¹ Hummer, G.²

57
- 84873639466
- Peters, B.; Bolhuis, P. G.; Mullen, R. G.; Shea, J.-E. J. Chem. Phys. 2013, 138, 054106
- (2013) J. Chem. Phys. , vol.138 , pp. 054106
- Peters, B.¹ Bolhuis, P.G.² Mullen, R.G.³ Shea, J.-E.⁴

58
- 84873025905
- Irbäck, A.; Jónsson, S. Æ.; Linnemann, N.; Linse, B.; Wallin, S. Phys. Rev. Lett. 2013, 110, 058101
- (2013) Phys. Rev. Lett. , vol.110 , pp. 058101
- Irbäck, A.¹ Jónsson, S.² Linnemann, N.³ Linse, B.⁴ Wallin, S.⁵

59
- 77951676986
- Hellstrand, E.; Boland, B.; Walsh, D. M.; Linse, S. ACS Chem. Neurosci. 2010, 1, 13-18
- (2010) ACS Chem. Neurosci. , vol.1 , pp. 13-18
- Hellstrand, E.¹ Boland, B.² Walsh, D.M.³ Linse, S.⁴

60
- 77950689601
- Giehm, L.; Otzen, D. E. Anal. Biochem. 2010, 400, 270-281
- (2010) Anal. Biochem. , vol.400 , pp. 270-281
- Giehm, L.¹ Otzen, D.E.²

61
- 33747349191
- Swendsen, R. H.; Wang, J.-S. Phys. Rev. Lett. 1987, 58, 86-88
- (1987) Phys. Rev. Lett. , vol.58 , pp. 86-88
- Swendsen, R.H.¹ Wang, J.-S.²

62
- 0015971972
- Miller, R. G. Biometrika 1974, 61, 1-15
- (1974) Biometrika , vol.61 , pp. 1-15
- Miller, R.G.¹

63
- 34249071886
- Piana, S.; Laio, A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 4553-4559
- (2007) J. Phys. Chem. B , vol.111 , pp. 4553-4559
- Piana, S.¹ Laio, A.²

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