A perspective on computational chemogenomics

Molecular Informatics

Volumn 32, Issue 11-12, 2013, Pages 1025-1028

  Bajorath, Jürgen ^a  

^a UNIVERSITY OF BONN   (Germany)

Author keywords

Biological targets; Chemical biology; Chemogenomics; Computational methods; Small molecules

Indexed keywords

BIOTECHNOLOGY;

BIOLOGICAL TARGETS; CHEMICAL BIOLOGY; CHEMOGENOMICS; SMALL MOLECULES;

COMPUTATIONAL METHODS;

EID: 84893124732     PISSN: 18681743     EISSN: 18681751     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/minf.201300034     Document Type: Review

References (27)

1. P. R. Caron, M. D. Mullican, R. D. Mashal, K. P. Wilson, M. S. Su, M. A. Murcko, Curr. Opin. Chem. Biol. 2001, 5, 464-470.
2. D. Rognan, British J. Pharmacol. 2007, 152, 38-52.
3. E. Jacoby, WIRES Comput. Mol. Sci. 2011, 1, 57-67.
4. J. Mestres, E. Gregori-Puigjané, S. Valverde, R. V. Solé, Nature Biotechnol. 2008, 26, 983-984.
5. J. L. Jenkins, A. Bender, J. W. Davies, Drug Discov. Today: Tech. 2006, 3, 413-421.
6. J. Bajorath, Expert Opin. Drug Discov. 2008, 3, 1371-1376.
7. D. Rognan, Mol. Inf. 2010, 3,176-187.
8. N. Sturm, J. Desaphy, R. J. Quinn, D. Rognan, E. Kellenberger, J. Chem. Inf. Model. 2012, 52, 2410-2421.
9. G. V. Paolini, R. H. Shapland, W. P. van Hoorn, J. S. Mason, A. L. Hopkins, Nature Biotechnol. 2006, 24, 805-815.
10. L. Jacob, J. P. Vert, Bioinformatics 2008, 24, 2149-2156.
11. A. M. Wassermann, H. Geppert, J. Bajorath, J. Chem. Inf. Model. 2009, 49, 2155-2167.
12. M. J. Keiser, V. Setola, J. J. Irwin, C. Laggner, A. I. Abbas, S. J. Hufeisen, N. H. Jensen, M. B. Kuijer, R. C. Matos, T. B. Tran, R. Whaley, R. A. Glennon, J. Hert, K. L. Thomas, D. D. Edwards, B. K. Shoichet, B. L. Roth, Nature 2009, 462, 175-181.
13. E. Lounkine, M. J. Keiser, S. Whitebread, D. Mikhailov, J. Hamon, J. L. Jenkins, P. Lavan, E. Weber, A. K. Doak, S. Côté, B. K. Shoichet, L. Urban, Nature 2012, 486, 361-367.
14. J. Besnard, G. F. Ruda, V. Setola, K. Abecassis, R. M. Rodriguiz, X. P. Huang, S. Norval, M. F. Sassano, A. I. Shin, L. A. Webster, F. R. Simeons, L. Stojanovski, A. Prat, N. G. Seidah, D. B. Constam, G. R. Bickerton, K. D. Read, W. C. Wetsel, I. H. Gilbert, B. L. Roth, A. L. Hopkins, Nature 2012, 492, 215-220.
15. D. W. Young, A. Bender, J. Hoyt, E. McWhinnie, G.-W. Chirn, C. Y. Tao, J. A. Tallarico, M. Labow, J. L. Jenkins, T. J. Mitchison, Y. Feng, Nature Chem. Biol. 2008, 4, 59-68.
16. P. Iyer, D. Dimova, M. Vogt, J. Bajorath, J. Chem. Inf. Model. 2012, 52, 1962-1969.
17. A. L. Hopkins, Nature Chem. Biol. 2008, 4, 682-690.
18. J. A. Metz, P. J. Hajduk, Curr. Opin. Chem. Biol. 2010, 14, 498-504.
19. D. Stumpfe, J. Bajorath, RSC Adv. 2012, 2, 369-378.
20. A. Gaulton, L. J. Bellis, A. P. Bento, J. Chambers, M. Davies, A. Hersey, Y. Light, S. McGlinchey, D. Michalovich, B. Al-Lazikani, J. P. Overington, Nucleic Acids Res. 2012, 40, D1100-D1107.
21. X. Jalencas, J. Mestres, Med. Chem. Commun. 2013, 4, 80-87.
22. Z. A. Knight, H. Lin, K. M. Shokat, Nature Cancer Rev. 2010, 10, 130-137.
23. C. R. Chong, D. J. Sullivan, Nature 2006, 448, 645-646.
24. D. S. Wishart, Pharmacogenomics 2008, 9, 1155-1162.
25. Y. Hu, J. Bajorath, RSC Adv. 2012, 2, 3481-3489.
26. Y. Hu, J. Bajorath, AAPS J. 2013, 15, 104-111.
27. T. I. Oprea, C. G. Bologa, S. Boyer, R. F. Curpan, R. C. Glen, A. L. Hopkins, C. A. Lipinski, G. R. Marshall, Y. C. Martin, L. Ostopovici-Halip, G. Rishton, O. Ursu, R. J. Vaz, C. Waller, H. Waldmann, L. A. Sklar, Nat. Chem. Biol. 2009, 7, 441-447.