Targeting human telomeric higher-order DNA: Dimeric G-quadruplex units serve as preferred binding site

Journal of the American Chemical Society

Volumn 135, Issue 50, 2013, Pages 18786-18789

  Zhao, Chuanqi ^a   Wu, Li ^a   Ren, Jinsong ^a   Xu, Yan ^b   Qu, Xiaogang ^a  

^a CHANGCHUN INSTITUTE OF APPLIED CHEMISTRY   (China)

^b UNIVERSITY OF MIYAZAKI   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHIRAL COMPLEXES; G-QUADRUPLEX STRUCTURE; G-QUADRUPLEXES; HIGH SELECTIVITY; HIGHER-ORDER; LIGAND BINDING; POTENTIAL DRUG TARGETS; SUPRAMOLECULAR COMPLEXES;

BINDING SITES; LIGANDS;

DNA SEQUENCES;

DNA; GUANINE QUADRUPLEX;

ARTICLE; BINDING SITE; DNA BINDING; DNA DETERMINATION; DNA STRUCTURE; NANOCHEMISTRY; SUPRAMOLECULAR CHEMISTRY; TELOMERE;

BINDING SITES; DIMERIZATION; DNA; FLUORESCENCE; G-QUADRUPLEXES; HUMANS; TELOMERE; THERMODYNAMICS; ULTRAVIOLET RAYS;

EID: 84890701812     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja410723r     Document Type: Article

References (60)

1. Bochman, M. L.; Paeschke, K.; Zakian, V. A. Nat. Rev. Genet. 2012, 13, 770
2. Huppert, J. L. Chem. Soc. Rev. 2008, 37, 1375
3. Murat, P.; Singh, Y.; Defrancq, E. Chem. Soc. Rev. 2011, 40, 5293
4. Phong Lan Thao, T.; Mergny, J.-L.; Alberti, P. Nucleic Acid Res. 2011, 39, 3282
5. Siddiqui-Jain, A.; Hurley, L. H. Nat. Chem. 2013, 5, 153
6. Biffi, G.; Tannahill, D.; McCafferty, J.; Balasubramanian, S. Nat. Chem. 2013, 5, 182
7. Paeschke, K.; Simonsson, T.; Postberg, J.; Rhodes, D.; Lipps, H. J. Nat. Struct. Mol. Biol. 2005, 12, 847
8. Lam, E. Y. N.; Beraldi, D.; Tannahill, D.; Balasubramanian, S. Nat. Commun. 2013, 4, 1796
9. Xu, Y.; Komiyama, M. Chembiochem 2013, 14, 927
10. Xu, Y. Chem. Soc. Rev. 2011, 40, 2719
11. Ren, J.; Qu, X.; Trent, J. O.; Chaires, J. B. Nucleic Acid Res. 2002, 30, 2307
12. O'Sullivan, R. J.; Karlseder, J. Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2010, 11, 171
13. Balasubramanian, S.; Hurley, L. H.; Neidle, S. Nat. Rev. Drug Discov. 2011, 10, 261
14. Riou, J. F.; Guittat, L.; Mailliet, P.; Laoui, A.; Renou, E.; Petitgenet, O.; Megnin-Chanet, F.; Helene, C.; Mergny, J. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 2672
15. Read, M.; Harrison, R. J.; Romagnoli, B.; Tanious, F. A.; Gowan, S. H.; Reszka, A. P.; Wilson, W. D.; Kelland, L. R.; Neidle, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 4844
16. Kim, M.-Y.; Vankayalapati, H.; Shin-ya, K.; Wierzba, K.; Hurley, L. H. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 2098
17. Bejugam, M.; Sewitz, S.; Shirude, P. S.; Rodriguez, R.; Shahid, R.; Balasubramanian, S. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 12926
18. Reed, J. E.; Arnal, A. A.; Neidle, S.; Vilar, R. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 5992
19. Parkinson, G. N.; Lee, M. P. H.; Neidle, S. Nature 2002, 417, 876
20. Wang, Y.; Patel, D. J. Structure 1993, 1, 263
21. Lim, K. W.; Amrane, S.; Bouaziz, S.; Xu, W.; Mu, Y.; Patel, D. J.; Luu, K. N.; Phan, A. T. N. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 4301
22. Phan, A. T.; Kuryavyi, V.; Luu, K. N.; Patel, D. J. Nucleic Acid Res. 2007, 35, 6517
23. Zhang, Z.; Dai, J.; Veliath, E.; Jones, R. A.; Yang, D. Nucleic Acids Res. 2010, 38, 1009
24. Ambrus, A.; Chen, D.; Dai, J. X.; Bialis, T.; Jones, R. A.; Yang, D. Z. Nucleic Acid Res. 2006, 34, 2723
25. Mashimo, T.; Yagi, H.; Sannohe, Y.; Rajendran, A.; Sugiyama, H. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 14910
26. Luu, K. N.; Phan, A. T.; Kuryavyi, V.; Lacroix, L.; Patel, D. J. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 9963
27. Xu, Y.; Ishizuka, T.; Kurabayashi, K.; Komiyama, M. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 7833
28. Petraccone, L.; Trent, J. O.; Chaires, J. B. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 16530
29. Petraccone, L.; Spink, C.; Trent, J. O.; Garbett, N. C.; Mekmaysy, C. S.; Giancola, C.; Chaires, J. B. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 20951
30. Amrane, S.; Adrian, M.; Heddi, B.; Serero, A.; Nicolas, A.; Mergny, J.-L.; Phan, A. T. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 5807
31. Yu, H.; Gu, X.; Nakano, S.-i.; Miyoshi, D.; Sugimoto, N. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 20060
32. Lue, N. F.; Zhou, R.; Chico, L.; Mao, N.; Steinberg-Neifach, O.; Ha, T. PLoS Genet. 2013, 9, e1003145
33. Renciuk, D.; Kejnovska, I.; Skolakova, P.; Bednarova, K.; Motlova, J.; Vorlickova, M. Nucleic Acids Res. 2009, 37, 6625
34. Haider, S.; Parkinson, G. N.; Neidle, S. Biophys. J. 2008, 95, 296
35. Paul, A.; Jain, A. K.; Misra, S. K.; Maji, B.; Muniyappa, K.; Bhattacharya, S. PLoS One 2012, 7, e39467
36. Petraccone, L. Top. Curr. Chem. 2013, 330, 23
37. Shinohara, K.; Sannohe, Y.; Kaieda, S.; Tanaka, K.; Osuga, H.; Tahara, H.; Xu, Y.; Kawase, T.; Bando, T.; Sugiyama, H. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 3778
38. Stefan, L.; Denat, F.; Monchaud, D. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 20405
39. Cummaro, A.; Fotticchia, I.; Franceschin, M.; Giancola, C.; Petraccone, L. Biochimie 2011, 93, 1392
40. Bai, L. P.; Hagihara, M.; Jiang, Z. H.; Nakatani, K. ChemBioChem 2008, 9, 2583
41. Yu, H. J.; Wang, X. H.; Fu, M. L.; Ren, J. S.; Qu, X. Nucleic Acid Res. 2008, 36, 5695
42. Yu, H.; Zhao, C.; Chen, Y.; Fu, M.; Ren, J.; Qu, X. J. Med. Chem. 2009, 53, 492
43. Zhao, C.; Geng, J.; Feng, L.; Ren, J.; Qu, X. Chem.-Eur. J. 2011, 17, 8209
44. Yu, H.; Li, M.; Liu, G.; Geng, J.; Wang, J.; Ren, J.; Zhao, C.; Qu, X. Chem. Sci. 2012, 3, 3145
45. Xu, Y.; Kaminaga, K.; Komiyama, M. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 11179
46. Gray, R. D.; Chaires, J. B. Nucleic Acids Res. 2008, 36, 4191
47. Nicoludis, J. M.; Barrett, S. P.; Mergny, J.-L.; Yatsunyk, L. A. Nucleic Acids Res. 2012, 40, 5432
48. Zhao, C.; Ren, J.; Gregoliński, J.; Lisowski, J.; Qu, X. Nucleic Acids Res. 2012, 40, 8186
49. Pedroso, I. M.; Duarte, L. F.; Yanez, G.; Burkewitz, K.; Fletcher, T. M. Biopolymers 2007, 87, 74
50. De Cian, A.; DeLemos, E.; Mergny, J.-L.; Teulade-Fichou, M.-P.; Monchaud, D. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 1856
51. Hannon, M. J.; Painting, C. L.; Hamblin, J.; Jackson, A.; Errington, W. Chem. Commun. 1997, 1807
52. Kimura, T.; Kawai, K.; Fujitsuka, M.; Majima, T. Chem. Commun. 2006, 0, 401
53. Li, X.; Peng, Y. H.; Ren, J.; Qu, X. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 19658
54. Nagesh, N.; Buscaglia, R.; Dettler, J. M.; Lewis, E. A. Biophys. J. 2010, 98, 2628
55. Vorlíčková, M.; Kejnovská, I.; Sagi, J.; Renčiuk, D.; Bednářová, K.; Motlová, J.; Kypr, J. Methods 2012, 57, 64
56. Hud, N. V.; Smith, F. W.; Anet, F. A. L.; Feigon, J. Biochemistry 1996, 35, 15383
57. Miyoshi, D.; Matsumura, S.; Nakano, S.; Sugimoto, N. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 165
58. Marky, L. A.; Breslauer, K. J. Biopolymers 1987, 26, 1601
59. Yu, H.-Q.; Miyoshi, D.; Sugimoto, N. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 15461
60. Lannan, F. M.; Mamajanov, I.; Hud, N. V. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 15324