Icosahedral capsid formation by capsomers and short polyions

Journal of Chemical Physics

Volumn 138, Issue 15, 2013, Pages

  Zhang, Ran ^a   Linse, Per ^a  

^a LUND UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COARSE GRAINED MODELS; DRIVING FORCES; ICOSAHEDRAL VIRUS; INTERMEDIATE FORMATION; POLYION LENGTHS; POLYIONS; SHORT-RANGE ATTRACTION; STRUCTURAL ASPECTS;

MOLECULAR DYNAMICS; VIRUSES;

COMPUTER SIMULATION;

ION;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; KINETICS; RETICULOENDOTHELIOSIS VIRUS; VIRUS CAPSID;

CAPSID; IONS; KINETICS; MODELS, MOLECULAR; RETICULOENDOTHELIOSIS VIRUS;

EID: 84887034184     PISSN: 00219606     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1063/1.4799243     Document Type: Article

References (71)

1. J. S. M. Peiris, M. D. de Jong, and Y. Guan, Clin. Microbiol. Rev. 20, 243 (2007).
2. A. Cerwenka and L. L. Lanier, Nat. Rev. Immun. 1, 41 (2001).
3. Y. Ma, R. J. M. Nolte, and J. J. L.M. Cornelissen, Adv. Drug Delivery Rev. 64, 811 (2012).
4. I. Yildiz, S. Shukla, and N. F. Steinmetz, Curr. Opin. Biotechnol. 22, 901 (2011).
5. C. M. Soto and B. R. Ratna, Curr. Opin. Biotechnol. 21, 426 (2010).
6. P. G. Stockley, O. Rolfsson, G. S. Thompson, G. Basnak, S. Francese, N. J. Stonehouse, S. W. Homans, and A. E. Ashcroft, J. Mol. Biol. 369, 541 (2007).
7. B. V. V. Prasad, M. E. Hardy, T. Dokland, J. Bella, M. G. Rossmann, and M. K. Estes, Science 286, 287 (1999).
8. C. Uetrecht, I. M. Barbu, G. K. Shoemaker, E. v. Duijn, and A. J. R. Heck, Nat. Chem. 3, 126 (2011).
9. T. Dokland, Structure 8, R157 (2000).
10. J. P. E. Prevelige, Trends Biotechnol. 16, 61 (1998).
11. A. Zlotnick, J. M. Johnson, P. W. Wingfield, S. J. Stahl, and D. Endres, Biochemistry 38, 14644 (1999).
12. N. Misra, D. Lees, T. Zhang, and R. Schwartz, Comput. Math. Methods. Med. 9, 277 (2008).
13. R. V. Mannige and C. L. Brooks, PLoS ONE 5, e9423 (2010).
14. E. C. Dykeman, N. E. Grayson, K. Toropova, N. A. Ranson, P. G. Stockley, and R. Twarock, J. Mol. Biol. 408, 399 (2011).
15. W. K. Kegel and P. van der Schoot, Biophys. J. 91, 1501 (2006).
16. A. Šiber and R. Podgornik, Phys. Rev. E 76, 061906 (2007).
17. T. Chen and S. Glotzer, Phys. Rev. E 75, 051504 (2007).
18. M. F. Hagan and D. Chandler, Biophys. J. 91, 42 (2006).
19. W. H. Roos, R. Bruinsma, and G. J. L. Wuite, Nat. Phys. 6, 733 (2010).
20. R. Bruinsma, W. Gelbart, D. Reguera, J. Rudnick, and R. Zandi, Phys. Rev. Lett. 90, 248101 (2003).
21. S. Katen and A. Zlotnick, Methods Enzymol. 455, 395 (2009).
22. R. Zandi, P. van der Schoot, D. Reguera, W. Kegel, and H. Reiss, Biophys. J. 90, 1939 (2006).
23. P. van der Schoot and R. Zandi, Phys. Biol. 4, 296 (2007).
24. A. Zlotnick, Virology 277, 450 (2000).
25. J.-W. Keum, A. P. Hathorne, and H. Bermudez, WIREs.: Nanomed. Nanobiotechnol. 3, 282 (2011).
26. M. F. Hagan, "Modeling viral capsid assembly," Adv. Chem. Phys. (to be published); available at http://arxiv.org/abs/1301.1657.
27. E. Hiebert, J. B. Bancroft, and C. E. Bracker, Virology 34, 492 (1968).
28. J. B. Bancroft, E. Hiebert, and C. E. Bracker, Virology 39, 924 (1969).
29. A. Klug, Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. B 354, 531 (1999).
30. O. M. Elrad and M. F. Hagan, Phys. Biol. 7, 045003 (2010).
31. M. Comellas-Aragonès, F. D. Sikkema, G. Delaittre, A. E. Terry, S. M. King, D. Visser, R. K. Heenan, R. J. M. Nolte, J. J. L. M. Cornelissen, and M. C. Feiters, Soft Matter 7, 11380 (2011).
32. A. Šiber and A. Majdandžić, Phys. Rev. E 80, 021910 (2009).
33. I. G. Johnston, A. A. Louis, and J. P. K. Doye, J. Phys.: Condens. Matter 22, 104101 (2010).
34. T. Zhang, W. T. Kim, and R. Schwartz, IEEE Trans. Nanobiosci. 6, 235 (2007).
35. H. D. Nguyen, V. S. Reddy, and C. L. Brooks, Nano Lett. 7, 338 (2007).
36. H. D. Nguyen, V. S. Reddy, and C. L. Brooks, J. Am. Chem. Soc. 131, 2606 (2009).
37. D. Rapaport, Phys. Rev. E 70, 051905 (2004).
38. D. Rapaport, Phys. Rev. Lett. 101, 186101 (2008).
39. S. N. Fejer, T. R. James, J. Hernández-Rojas, and D. J. Wales, Phys. Chem. Chem. Phys. 11, 2098 (2009).
40. D. C. Rapaport, J. E. Johnson, and J. Skolnick, Comput. Phys. Commun. 121-122, 231 (1999).
41. L. Loo, R. H. Guenther, V. R. Basnayake, S. A. Lommel, and S. Franzen, J. Am. Chem. Soc. 128, 4502 (2006).
42. M. F. Hagan, Phys. Rev. E 77, 051904 (2008).
43. A. Šiber and R. Podgornik, Phys. Rev. E 81, 051919 (2010).
44. O. M. Elrad and M. F. Hagan, Nano Lett. 8, 3850 (2008).
45. A. Šiber and R. Podgornik, Phys. Rev. E 78, 051915 (2008).
46. S. K. Dixit, N. L. Goicochea, M.-C. Daniel, A. Murali, L. Bronstein, M. De, B. Stein, V. M. Rotello, C. C. Kao, and B. Dragnea, Nano Lett. 6, 1993 (2006).
47. K. M. ElSawy, L. S. D. Caves, and R. Twarock, J. Mol. Biol. 400, 935 (2010).
48. G. Basnak, V. L. Morton, Ó. Rolfsson, N. J. Stonehouse, A. E. Ashcroft, and P. G. Stockley, J. Mol. Biol. 395, 924 (2010).
49. A. Kivenson and M. F. Hagan, Biophys. J. 99, 619 (2010).
50. D. C. Rapaport, J. Phys.: Condens. Matter 22, 104115 (2010).
51. J. P. Mahalik and M. Muthukumar, J. Chem. Phys. 136, 135101 (2012).
52. V. L. Morton, E. C. Dykeman, N. J. Stonehouse, A. E. Ashcroft, R. Twarock, and P. G. Stockley, J. Mol. Biol. 401, 298 (2010).
53. M. B. van Eldijk, J. C. Y. Wang, I. J. Minten, C. Li, A. Zlotnick, R. J. M. Nolte, J. J. L. M. Cornelissen, and J. C. M. van Hest, J. Am. Chem. Soc. 134, 18506 (2012).
54. S. P. Katen, S. R. Chirapu, M. G. Finn, and A. Zlotnick, ACS Chem. Biol. 5, 1125 (2010).
55. I. J. Minten, L. J. A. Hendriks, R. J. M. Nolte, and J. J. L. M. Cornelissen, J. Am. Chem. Soc. 131, 17771 (2009).
56. X. F. Dong, P. Natarajan, M. Tihova, J. E. Johnson, and A. Schneemann, J. Virol. 72, 6024 (1998).
57. S. Cusack, G. T. Oostergetel, P. C. J. Krijgsman, J. E. Mellema, and A. Klug, J. Mol. Biol. 171, 139 (1983).
58. D. C. Rapaport, Phys. Biol. 7, 045001 (2010).
59. U. Essmann, L. Perera, M. L. Berkowitz, T. Darden, H. Lee, and L. G. Pedersen, J. Chem. Phys. 103, 8577 (1995).
60. H. J. C. Berendsen, J. P. M. Postma, W. F. van Gunsteren, A. DiNola, and J. R. Haak, J. Chem. Phys. 81, 3684 (1984).
61. P. Linse, Molsim 5.13, Lund University, Lund, Sweden, 2011.
62. C. Forrey and M. Muthukumar, J. Chem. Phys. 131, 105101 (2009).
63. D. G. Angelescu and P. Linse, Soft Matter 4, 1981 (2008).
64. V. A. Belyi and M. Muthukumar, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 103, 17174 (2006).
65. D. C. Rapaport, Phys. Rev. E 86, 051917 (2012).
66. T. Hu and B. Shklovskii, Phys. Rev. E 75, 051901 (2007).
67. D. Angelescu, R. Bruinsma, and P. Linse, Phys. Rev. E 73, 041921 (2006).
68. Y. Hu, R. Zandi, A. Anavitarte, C. M. Knobler, and W. M. Gelbart, Biophys. J. 94, 1428 (2008).
69. R. D. Cadena-Nava, Y. Hu, R. F. Garmann, B. Ng, A. N. Zelikin, C. M. Knobler, and W. M. Gelbart, J. Phys. Chem. B 115, 2386 (2011).
70. C. L. Ting, J. Wu, and Z. G. Wang, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 108, 16986 (2011).
71. R. D. Cadena-Nava, M. Comas-Garcia, R. F. Garmann, A. L. N. Rao, C. M. Knobler, and W. M. Gelbart, J. Virol. 86, 3318 (2012).