Selective nucleic acid removal via exclusion (SNARE): Capturing mRNA and DNA from a single sample

Analytical Chemistry

Volumn 85, Issue 20, 2013, Pages 9764-9770

  Strotman, Lindsay ^a   O'Connell, Rachel ^a   Casavant, Benjamin P ^a   Berry, Scott M ^a   Sperger, Jamie M ^a   Lang, Joshua M ^a,b   Beebe, David J ^a,b  

^a University of Wisconsin Health   (United States)

^b UNIVERSITY OF WISCONSIN   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CELL POPULATIONS; CENTRIFUGATION PROCESS; CIRCULATING TUMOR CELLS; CONVENTIONAL METHODS; COST-EFFECTIVE METHODS; GENOMIC ANALYSIS; HAZARDOUS CHEMICALS; PROSTATE CANCERS;

CELL CULTURE; CELL PROLIFERATION; COST EFFECTIVENESS; GENES; PURIFICATION; RNA;

DNA;

BUFFER; DNA; MESSENGER RNA;

ARTICLE; FRACTIONATION; GENETICS; GRAVITY; HUMAN; ISOLATION AND PURIFICATION; MALE; METHODOLOGY; MICROFLUIDIC ANALYSIS; MUTATION; NUCLEOTIDE SEQUENCE; PATHOLOGY; PROSTATE TUMOR; SURFACE TENSION; TUMOR CELL LINE;

BASE SEQUENCE; BUFFERS; CELL LINE, TUMOR; CHEMICAL FRACTIONATION; DNA; GRAVITATION; HUMANS; MALE; MICROFLUIDIC ANALYTICAL TECHNIQUES; MUTATION; PROSTATIC NEOPLASMS; RNA, MESSENGER; SURFACE TENSION;

EID: 84886936592     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac402162r     Document Type: Article

References (30)

1. Xu, C.; Houck, J. R.; Fan, W.; Wang, P.; Chen, Y.; Upton, M.; Futran, N. D.; Schwartz, S. M.; Zhao, L. P.; Chen, C.; Mendez, E. J. Mol. Diagn. 2008, 10, 129-34
2. Cirilo, P. D.; Marchi, F. A.; Barros Filho, M. d. C.; Rocha, R. M.; Domingues, M. A.; Jurisica, I.; Pontes, A.; Rogatto, S. R. PloS One 2013, 8, e57901
3. Curtis, C.; Shah, S. P.; Chin, S. F.; Turashvili, G.; Rueda, O. M.; Dunning, M. J.; Speed, D.; Lynch, A. G.; Samarajiwa, S.; Yuan, Y.; Graf, S.; Ha, G.; Haffari, G.; Bashashati, A.; Russell, R.; McKinney, S.; Group, M.; Langerod, A.; Green, A.; Provenzano, E.; Wishart, G.; Pinder, S.; Watson, P.; Markowetz, F.; Murphy, L.; Ellis, I.; Purushotham, A.; Borresen-Dale, A. L.; Brenton, J. D.; Tavare, S.; Caldas, C.; Aparicio, S. Nature 2012, 486, 346-52
4. Wu, C.; Wyatt, A. W.; Lapuk, A. V.; McPherson, A.; McConeghy, B. J.; Bell, R. H.; Anderson, S.; Haegert, A.; Brahmbhatt, S.; Shukin, R.; Mo, F.; Li, E.; Fazli, L.; Hurtado-Coll, A.; Jones, E. C.; Butterfield, Y. S.; Hach, F.; Hormozdiari, F.; Hajirasouliha, I.; Boutros, P. C.; Bristow, R. G.; Jones, S. J.; Hirst, M.; Marra, M. A.; Maher, C. A.; Chinnaiyan, A. M.; Sahinalp, S. C.; Gleave, M. E.; Volik, S. V.; Collins, C. C. J. Pathol. 2012, 227, 53-61
5. Mathieson, W.; Thomas, G. A. Anal. Biochem. 2013, 433, 10-18
6. Grzendowski, M.; Riemenschneider, M. J.; Hawranke, E.; Stefanski, A.; Meyer, H. E.; Reifenberger, G.; Stuhler, K. Proteomics 2009, 9, 4985-90
7. Chomczynski, P. BioTechniques 1993, 15, 532-4-536-7
8. Tolosa, J. M.; Schjenken, J. E.; Civiti, T. D.; Clifton, V. L.; Smith, R. BioTechniques 2007, 43, 799-804
9. Hummon, A. B.; Lim, S. R.; Difilippantonio, M. J.; Ried, T. BioTechniques 2007, 42, 467-470, 472
10. Klein, C. A.; Seidl, S.; Petat-Dutter, K.; Offner, S.; Geigl, J. B.; Schmidt-Kittler, O.; Wendler, N.; Passlick, B.; Huber, R. M.; Schlimok, G.; Baeuerle, P. A.; Riethmuller, G. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 387-92
11. Kim, J. J. M.; Hill, P.; Gale, B. K. Integr. Biol. 2009, 1, 574-586
12. Kim, J. J. M.; Hill, P.; Sonkul, R. S.; Kim, J.; Gale, B. K. J. Micromech. Microeng. 2012, doi:10.1088/0960-1317/22/1/015007
13. Witek, M. A.; Hupert, M. L.; Park, D. S.; Fears, K.; Murphy, M. C.; Soper, S. A. Anal. Chem. 2008, 80, 3483-91
14. Zborowski, M.; Chalmers, J. J. Anal. Chem. 2011, 83, 8050-6
15. Lianidou, E. S.; Markou, A. Clin. Chem. 2011, 57, 1242-55
16. Lowes, L. E.; Goodale, D.; Keeney, M.; Allan, A. L. Methods Cell Biol. 2011, 102, 261-90
17. Dharmasiri, U.; Witek, M. A.; Adams, A. A.; Soper, S. A. Annu. Rev. Anal. Chem. 2010, 3, 409-31
18. Steele, C. D.; Wapner, R. J.; Smith, J. B.; Haynes, M. K.; Jackson, L. G. Clin. Obstet. Gynecol. 1996, 39, 801-13
19. Daniele, N.; Scerpa, M. C.; Caniglia, M.; Bernardo, M. E.; Rossi, C.; Ciammetti, C.; Palumbo, G.; Locatelli, F.; Isacchi, G.; Zinno, F. Pathol., Res. Pract. 2012, 208, 67-73
20. Cheng, X.; Liu, Y. S.; Irimia, D.; Demirci, U.; Yang, L.; Zamir, L.; Rodriguez, W. R.; Toner, M.; Bashir, R. Lab Chip 2007, 7, 746-55
21. Gangopadhyay, N. N.; Shen, H.; Landreneau, R.; Luketich, J. D.; Schuchert, M. J. J. Immunol. Methods 2004, 292, 73-81
22. Strotman, L. N.; Lin, G.; Berry, S. M.; Johnson, E. A.; Beebe, D. J. The Analyst 2012, 137, 4023-8
23. Berry, S. M.; Alarid, E. T.; Beebe, D. J. Lab Chip 2011, 11, 1747-53
24. Berry, S. M.; Strotman, L. N.; Kueck, J. D.; Alarid, E. T.; Beebe, D. J. Biomed. Microdevices 2011, 13, 1033-42
25. Casavant, B. P.; Guckenberger, D. J.; Berry, S. M.; Tokar, J. T.; Lang, J. M.; Beebe, D. J. Lab Chip 2013, 13, 391-6
26. Atencia, J.; Beebe, D. J. Nature 2005, 437, 648-55
27. Berry, S. M.; Regehr, K. J.; Casavant, B. P.; Beebe, D. J. J. Lab. Autom. 2013, 18, 206-11
28. Rio, D. C.; Ares, M., Jr.; Hannon, G. J.; Nilsen, T. W. Cold Spring Harbor Protoc. 2010, 2010, pdb prot5454
29. Friedlander, T. W.; Ryan, C. J. Urologic Clin. North Am. 2012, 39, 453-64
30. Veldscholte, J.; Berrevoets, C. A.; Ris-Stalpers, C.; Kuiper, G. G.; Jenster, G.; Trapman, J.; Brinkmann, A. O.; Mulder, E. J. Steroid Biochem. Mol. Biol. 1992, 41, 665-9