Ab initio extension of the AMOEBA polarizable force field to Fe 2+

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 9, Issue 7, 2013, Pages 3062-3071

  Semrouni, David ^a   Isley, William C ^a   Clavaguéra, Carine ^b   Dognon, Jean Pierre ^c   Cramer, Christopher J ^a   Gagliardi, Laura ^a  

^a University of Minnesota   (United States)

^b CNRS   (France)

^c DIF   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84880026835     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct400237r     Document Type: Article

References (77)

1. Klug, A.; Schwabe, J. W. FASEB J. 1995, 9, 597-604
2. Kretsinger, R. H.; Nockolds, C. E. J. Biol. Chem. 1973, 248, 3313-3326
3. Lewit-Bentley, A.; Réty, S. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 637-643
4. Howard, J. B.; Rees, D. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 17088-17093
5. Terwilliger, N. B. J. Exp. Biol. 1998, 201, 1085-98
6. Meyer, J. J. Biol. Inorg. Chem. 2008, 13, 157-170
7. Athavale, S. S.; Petrov, A. S.; Hsiao, C.; Watkins, D.; Prickett, C. D.; Gossett, J. J.; Lie, L.; Bowman, J. C.; O'Neill, E.; Bernier, C. R.; Hud, N. V.; Wartell, R. M.; Harvey, S. C.; Williams, L. D. PLoS ONE 2012, 7, e38024
8. Bloch, E. D.; Queen, W. L.; Krishna, R.; Zadrozny, J. M.; Brown, C. M.; Long, J. R. Science 2012, 335, 1606-1610
9. Mal, P.; Schultz, D.; Beyeh, K.; Rissanen, K.; Nitschke, J. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47, 8297-8301
10. Bilbeisi, R. A.; Clegg, J. K.; Elgrishi, N.; Hatten, X. d.; Devillard, M.; Breiner, B.; Mal, P.; Nitschke, J. R. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 5110-5119
11. Marjolin, A.; Gourlaouen, C.; Clavaguéra, C.; Ren, P.; Wu, J.; Gresh, N.; Dognon, J.-P.; Piquemal, J.-P. Theor. Chem. Acc. 2012, 131, 1-14
12. Gresh, N.; Pullman, A.; Claverie, P. Int. J. Quantum Chem. 1985, 28, 757-771
13. Amira, S.; SpaÌŠngberg, D.; Zelin, V.; Probst, M.; Hermansson, K. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 14235-14242
14. Tofteberg, T.; Öhrn, A.; Karlström, G. Chem. Phys. Lett. 2006, 429, 436-439
15. Hagberg, D.; Bednarz, E.; Edelstein, N. M.; Gagliardi, L. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 14136-14137
16. Xiang, J. Y.; Ponder, J. W. J. Comput. Chem. 2013, 34, 739-749
17. Ayed, T.; Seydou, M.; Réal, F.; Montavon, G.; Galland, N. J. Phys. Chem. B 2013, 117, 5206-5211
18. Helm, L.; Merbach, A. Chem. Rev. 2005, 105, 1923-1960
19. D'Angelo, P.; Spezia, R. Chem.-Eur. J. 2012, 18, 11162-11178
20. Hofer, T. S.; Pribil, A. B.; Randolf, B. R.; Rode, B. M. Adv. Quantum Chem. 2010, 59, 213-246
21. Warshel, A.; Kato, M.; Pisliakov, A. V. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 2034-2045
22. Satpati, P.; Clavaguéra, C.; Ohanessian, G.; Simonson, T. J. Phys. Chem. B 2011, 114, 6749-6763
23. Sakharov, D. V.; Lim, C. J. Comput. Chem. 2009, 30, 191-202
24. Cieplak, P.; Dupradeau, F.-Y.; Duan, Y.; Wang, J. J. Phys.: Condens. Matter 2009, 21, 333102
25. Ren, P.; Ponder, J. W. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1497-1506
26. Ren, P.; Ponder, J. W. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 5933-5947
27. Ponder, J. W.; Wu, C.; Ren, P.; Pande, V. S.; Chodera, J. D.; Schnieders, M. J.; Haque, I.; Mobley, D. L.; Lambrecht, D. S.; DiStasio, R. A.; Head-Gordon, M.; Clark, G. N. I.; Johnson, M. E.; Head-Gordon, T. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 2549-2564
28. Applequist, J.; Carl, J. R.; Fung, K.-K. J. Am. Chem. Soc. 1972, 94, 2952-2960
29. Tholé, B. Chem. Phys. 1981, 59, 341-350
30. van Duijnen, P. T.; Swart, M. J. Phys. Chem. Phys. A 1998, 102, 2399-2407
31. Swart, M.; Güell, M.; Solà, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 10449
32. Becke, A. D.; Edgecombe, K. E. J. Chem. Phys. 1990, 92, 5397-5403
33. Balabanov, N. B.; Peterson, K. A. J. Chem. Phys. 2005, 123, 064107
34. Clavaguéra, C.; Dognon, J. P. Chem. Phys. 2005, 311, 169-176
35. Réal, F.; Vallet, V.; Clavaguéra, C.; Dognon, J.-P. Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 2008, 78, 052502
36. Werner, H.-J.; Knowles, P. J.; Knizia, G.; Manby, F. R.; Schütz, M.; Celani, P.; Korona, R.; Lindh, R.; Mitrushenkov, A.; Rauhut, G.; Shamasundar, K. R.; Adler, T. B.; Amos, R. D.; Bernhardsson, A.; Berning, A.; Cooper, D. L.; Deegan, M. J. O.; Dobbyn, A. J.; Eckert, F.; Goll, E.; Hampel, C.; Hesselmann, A.; Hetzer, G.; Hrenar, T.; Jansen, G.; Köppl, C.; Liu, Y.; Lloyd, A. W.; Mata, R. A.; May, A. J.; McNicholas, S. J.; Meyer, W.; Mura, M. E.; Nicklaß, A.; O'Neil, D. P.; Palmieri, P.; Deng, D.; Pflüger, K.; Pitzer, R.; Reiher, M.; Shiozaki, T.; Stoll, H.; Stone, A. J.; Tarroni, R.; Thorsteinsson, T.; Wang, M. MOLPRO, Version 2010.1, a package of ab initio programs; University College Cardiff Consultants Limited: Wales, U.K., 2010.
37. Kellö, V.; Sadlej, A. J.; Faegri, K., Jr. Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 1993, 47, 1715-1725
38. Sims, J. S.; Rumble, J.; John, R. Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 1973, 8, 2231-2235
39. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. J. Chem. Phys. 2006, 125, 194101
40. Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 10757-10816
41. Zhao, Y.; Truhlar, D. Theor. Chem. Acc. 2008, 120, 215-241
42. Dolg, M.; Wedig, U.; Stoll, H.; Preuss, H. J. Chem. Phys. 1987, 86, 866-872
43. Weigend, F.; Ahlrichs, R. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 3297-3305
44. Weigend, F. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1057-1065
45. Boys, S.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553-566
46. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H. P.; Izmaylov, A. F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J. L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J. A., Jr.; Peralta, J. E.; Ogliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J. J.; Brothers, E.; Kudin, K. N.; Staroverov, V. N.; Keith, T.; Kobayashi, R.; Normand, J.; Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J. C.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Cossi, M.; Rega, N.; Millam, J. M.; Klene, M.; Knox, J. E.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jamarillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Martin, R. L.; Morokuma, K.; Zakrzewksi, V. G.; Voth, G. A.; Salvado, P.; Dannenberg, J. J.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Farkas, O.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Ciolowski, J.; Fox, D. J. Gaussian 09, Revision C.01; Gaussian Inc.: Wallingford, CT, 2009.
47. Roos, B. O.; Lindh, R.; Malmqvist, P. A.; Veryazov, V. P.; Widmark, O. Chem. Phys. Lett. 2005, 409, 295-299
48. Su, P.; Li, H. J. Chem. Phys. 2009, 131, 014102-15
49. Chen, Y.; Li, H. J. Phys. Chem. A 2010, 114, 11719-11724
50. Thom, H.; Dunning, J. J. Chem. Phys. 1989, 90, 1007-1023
51. Gordon, M.; Schmidt, M. Advances in electronic structure theory: GAMESS a decade later. In Theory and Applications of Computational Chemistry: The First Forty Years; Dykstra, C.; Frenking, G.; Kim, K.; Scuseria, G., Eds.; Elsevier: Amsterdam, 2005; pp 1167-1189.
52. Halgren, T. A. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 7827-7843
53. Ponder, J. W. TINKER: Software Tools for Molecular Design, Version 6.0; Washington University, School of Medicine: Saint Louis, MO, 2011.
54. Beeman, D. J. Comput. Phys. 1976, 20, 130-139
55. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
56. Grossfield, A.; Ren, P.; Ponder, J. W. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15671-15682
57. Wu, J. C.; Piquemal, J.-P.; Chaudret, R.; Reinhardt, P.; Ren, P. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2059-2070
58. Hagberg, D.; Karlström, G.; Roos, B. J.; Gagliardi, L. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 14250-14256
59. Morishita, T. J. Chem. Phys. 2000, 113, 2976-2982
60. Bennett, C. H. J. Comput. Phys. 1976, 22, 245-268
61. Kohout, M. DGrid, Version 4.6, 2011.
62. Stone, A. J. The Theory of Intermolecular Forces; Oxford University Press Inc., New York, 1996; p 37.
63. Young, D. M. Iterative Solution of Large Linear Systems; Computer Science and Applied Mathematics; Academic Press: New York, 1971; Reprinted in 2003.
64. Piquemal, J.-P.; Perera, L.; Cisneros, G. A.; Ren, P.; Pedersen, L. G.; Darden, T. A. J. Chem. Phys. 2006, 125, 054511
65. Zhang, J.; Yand, W.; Piquemal, J.-P.; Ren, P. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 1314-1324
66. Ohtaki, H.; Yamaguchi, T.; Maeda, M. Bull. Chem. Soc. Jpn. 1976, 49, 701-708
67. Sham, T.; Hastings, J.; Perlman, M. Chem. Phys. Lett. 1981, 83, 391-396
68. Apted, M.; Waychunas, G.; Brown, G. Geochim. Cosmochim. Acta 1985, 49, 2081-2089
69. Herdman, G. J.; Neilson, G. W. J. Phys.: Condens. Matter 1992, 4, 649
70. Kálmán, E.; Radnai, T.; Pálinkás, G.; Hajdu, F.; Vértes, A. Electrochim. Acta 1988, 33, 1223-1228
71. Wagman, D. D.; Evans, W. H.; Parker, V. B.; Schumm, R. H.; Halow, I.; Bailey, S. M.; Churney, K. L.; Nuttall, R. L. J. Phys. Chem. Ref. Data 1982, 11 (Supplement No. 2) 177-182
72. Ohtaki, H.; Radnai, T. Chem. Rev. 1993, 93, 1157-1204
73. Marcus, Y. Biophys. Chem. 1994, 51, 111-127
74. Remsungnen, T.; Rode, B. M. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 2324-2328
75. Moin, S. T.; Hofer, T. S.; Pribil, A. B.; Randolf, B. R.; Rode, B. M. Inorg. Chem. 2010, 49, 5101-5106
76. Ducommun, Y.; Newman, K. E.; Merbach, A. E. Inorg. Chem. 1980, 19, 3696-3703
77. Joung, I. S.; Cheatham, T. E., III J. Phys. Chem. B 2008, 112, 9020-9041