Robustness of frequency, transition dipole, and coupling maps for water vibrational spectroscopy

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 9, Issue 7, 2013, Pages 3109-3117

  Gruenbaum, S M ^a   Tainter, C J ^a   Shi, L ^a   Ni, Y ^a   Skinner, J L ^a  

^a UNIVERSITY OF WISCONSIN MADISON   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84879996628     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct400292q     Document Type: Article

References (98)

1. Rog, T.; Murzyn, K.; Pasenkiewicz-Gierula, M. Chem. Phys. Lett. 2002, 352, 323-327
2. Sykora, J.; Jurkiewicz, P.; Epand, R. M.; Kraayenhof, R.; Langner, M.; Hof, M. Chem. Phys. Lipids 2005, 135, 213-221
3. Bhide, S. Y.; Berkowitz, M. L. J. Chem. Phys. 2005, 123, 224702
4. Murzyn, K.; Zhao, W.; Karttunen, M.; Kurdziel, M.; Rog, T. Biointerphases 2006, 1, 98-105
5. Moilanen, D. E.; Levinger, N. E.; Spry, D. B.; Fayer, M. D. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 14311-14318
6. Moilanen, D. E.; Piletic, I. R.; Fayer, M. D. J. Phys. Chem. C 2007, 111, 8884-8891
7. Zhao, W.; Moilanen, D. E.; Fenn, E. E.; Fayer, M. D. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 13927-13937
8. Ball, P. Chem. Rev. 2008, 108, 74-108
9. van Meer, G.; Voelker, D. R.; Feigenson, G. W. Mol. Cell Biol. 2008, 9, 112-124
10. Zhang, Z.; Berkowitz, M. L. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 7676-7680
11. Zhong, D.; Pal, S. K.; Zewail, A. H. Chem. Phys. Lett. 2011, 503, 1-11
12. Gruenbaum, S. M.; Skinner, J. L. J. Chem. Phys. 2011, 135, 075101
13. Gruenbaum, S. M.; Pieniazek, P. A.; Skinner, J. L. J. Chem. Phys. 2011, 135, 164506
14. Taylor, R. S.; Dang, L. X.; Garrett, B. C. J. Phys. Chem. 1996, 100, 11720-11725
15. Liu, P.; Harder, E.; Berne, B. J. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 6595-6602
16. Kuo, I.-F. W.; Mundy, C. J. Science 2004, 303, 658-660
17. Kuo, I.-F. W.; Mundy, C. J.; Eggimann, B. L.; McGrath, M. J.; Siepmann, J. I.; Chen, B.; Vieceli, J.; Tobias, D. J. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3738-3746
18. Kühne, T. D.; Pascal, T. A.; Kaxiras, E.; Jung, Y. J. Phys. Chem. Lett. 2011, 2, 105-113
19. Verde, A. V.; Bolhuis, P. G.; Campen, R. K. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 9467-9481
20. Chakraborty, D.; Chandra, A. Chem. Phys. 2012, 392, 96-104
21. Ni, Y.; Gruenbaum, S. M.; Skinner, J. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2013, 110, 1992-1998
22. Fecko, C. J.; Eaves, J. D.; Loparo, J. J.; Tokmakoff, A.; Geissler, P. L. Science 2003, 301, 1698-1702
23. Nibbering, E. T. J.; Elsaesser, T. Chem. Rev. 2004, 104, 1887-1914
24. Fecko, C. J.; Loparo, J. J.; Roberts, S. T.; Tokmakoff, A. J. Chem. Phys. 2005, 122, 054506
25. Buch, V. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 17771-17774
26. Bakker, H.; Skinner, J. L. Chem. Rev. 2010, 110, 1498-1517
27. Asbury, J. B.; Steinel, T.; Stromberg, C.; Corcelli, S. A.; Lawrence, C. P.; Skinner, J. L.; Fayer, M. D. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 1107-1119
28. Asbury, J. B.; Steinel, T.; Kwak, K.; Corcelli, S. A.; Lawrence, C. P.; Skinner, J. L.; Fayer, M. D. J. Chem. Phys. 2004, 121, 12431-12446
29. Loparo, J. J.; Roberts, S. T.; Tokmakoff, A. J. Chem. Phys. 2006, 125, 194521
30. Loparo, J. J.; Roberts, S. T.; Tokmakoff, A. J. Chem. Phys. 2006, 125, 194522
31. Roberts, S. T.; Ramasesha, K.; Tokmakoff, A. Acc. Chem. Res. 2009, 42, 1239-1249
32. Nicodemus, R. A.; Ramasesha, K.; Roberts, S. T.; Tokmakoff, A. J. Phys. Chem. Lett. 2010, 1, 1068-1072
33. Ramasesha, K.; Roberts, S. T.; Nicodemus, R. A.; Mandal, A.; Tokmakoff, A. J. Chem. Phys. 2011, 135, 054509
34. Nicodemus, R. A.; Corcelli, S. A.; Skinner, J. L.; Tokmakoff, A. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 5604-5616
35. Jansen, T. L. C.; Auer, B. M.; Yang, M.; Skinner, J. L. J. Chem. Phys. 2010, 132, 224503
36. Woutersen, S.; Bakker, H. J. Nature 1999, 402, 507-509
37. Cringus, D.; Jansen, T. L. C.; Pshenichnikov, M. S.; Wiersma, D. A. J. Chem. Phys. 2007, 127, 084507
38. Moilanen, D. E.; Fenn, E. E.; Lin, Y.-S.; Skinner, J. L.; Bagchi, B.; Fayer, M. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 5295-5300
39. Piatkowski, L.; Eisenthal, K. B.; Bakker, H. J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 9033-9038
40. Lin, Y.-S.; Pieniazek, P. A.; Yang, M.; Skinner, J. L. J. Chem. Phys. 2010, 132, 174505
41. Piatkowski, L.; de Heij, J.; Bakker, H. J. J. Phys. Chem. B 2013, 117, 1367-1377
42. Laage, D.; Stirnemann, G.; Sterpone, F.; Rey, R.; Hynes, J. T. Annu. Rev. Phys. Chem. 2011, 62, 395-416
43. Laage, D.; Stirnemann, G.; Sterpone, F.; Hynes, J. T. Acc. Chem. Res. 2012, 45, 53-62
44. Richmond, G. L. Chem. Rev. 2002, 102, 2693-2724
45. Shen, Y. R.; Ostroverkhov, V. Chem. Rev. 2006, 106, 1140-1154
46. Ostroverkhov, V.; Waychunas, G. A.; Shen, Y. R. Phys. Rev. Lett. 2005, 94, 046102
47. Tian, C.-S.; Shen, Y. R. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 2790-2791
48. Pieniazek, P. A.; Tainter, C. J.; Skinner, J. L. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 10360-10363
49. Sovago, M.; Campen, R. K.; Wurpel, G. W. H.; Müller, M.; Bakker, H. J.; Bonn, M. Phys. Rev. Lett. 2008, 100, 173901
50. Sovago, M.; Campen, R. K.; Bakker, H. J.; Bonn, M. Chem. Phys. Lett. 2009, 470, 7-12
51. Pieniazek, P. A.; Tainter, C. J.; Skinner, J. L. J. Chem. Phys. 2011, 135, 044701
52. Yang, M.; Li, F.; Skinner, J. L. J. Chem. Phys. 2011, 135, 164505
53. Fenn, E. E.; Fayer, M. D. J. Chem. Phys. 2011, 135, 074502
54. Vacha, R.; Siu, S. W. I.; Petrov, M.; Bockmann, R. A.; Barucha-Kraszewska, J.; Jurkiewicz, P.; Hof, M.; Berkowitz, M. L.; Jungwirth, P. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 7235-7243
55. Broemstrup, T.; Reuter, N. Biophys. J. 2010, 99, 825-833
56. Sharp, K. A.; Vanderkooi, J. M. Acc. Chem. Res. 2010, 43, 231-239
57. Yagasaki, T.; Saito, S. J. Chem. Phys. 2011, 135, 244511
58. Yang, L.; Fan, Y.; Gao, Y. Q. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 12456-12465
59. Aragones, J. L.; Sanz, E.; Vega, C. J. Chem. Phys. 2012, 136, 244508
60. McBride, C.; Noya, E. G.; Aragones, J. L.; Conde, M. M.; Vega, C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 10140-10146
61. Galamba, N. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 5242-5250
62. Skinner, J. L.; Auer, B. M.; Lin, Y.-S. Adv. Chem. Phys. 2009, 142, 59-103
63. Rice, S.; Bergren, M.; Belch, A.; Nielson, N. J. Phys. Chem. 1983, 87, 4295-4308
64. Buch, V.; Tarbuck, T.; Richmond, G. L.; Groenzin, H.; Li, I.; Schultz, M. J. J. Chem. Phys. 2007, 127, 204710
65. Mukamel, S. Principles of Nonlinear Optical Spectroscopy; Oxford: New York, 1995; p 111-141.
66. Hermansson, K.; Knuts, S.; Lindgren, J. J. Chem. Phys. 1991, 95, 7486-7496
67. Corcelli, S. A.; Lawrence, C. P.; Skinner, J. L. J. Chem. Phys. 2004, 120, 8107-8117
68. Auer, B. M.; Kumar, R.; Schmidt, J. R.; Skinner, J. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 14215-14220
69. Auer, B. M.; Skinner, J. L. J. Chem. Phys. 2008, 128, 224511
70. Yang, M.; Skinner, J. L. J. Chem. Phys. 2011, 135, 154114
71. Jansen, T. L. C.; Cringus, D.; Pshenichnikov, M. S. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 6260-6265
72. Li, F.; Skinner, J. L. J. Chem. Phys. 2010, 132, 204505
73. Li, F.; Skinner, J. L. J. Chem. Phys. 2010, 133, 244504
74. Li, F.; Skinner, J. L. J. Chem. Phys. 2011, 134, 099901
75. Shi, L.; Gruenbaum, S. M.; Skinner, J. L. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 13821-13830
76. Tainter, C. J.; Skinner, J. L. J. Chem. Phys. 2012, 137, 104304
77. Lin, Y.-S.; Auer, B. M.; Skinner, J. L. J. Chem. Phys. 2009, 131, 144511
78. Pieniazek, P. A.; Lin, Y.-S.; Chowdhary, J.; Ladanyi, B. M.; Skinner, J. L. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 15017-15028
79. Hayashi, T.; Jansen, T. L. C.; Zhuang, W.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 64-82
80. Paarmann, A.; Hayashi, T.; Mukamel, S.; Miller, R. J. D. J. Chem. Phys. 2008, 128, 191103
81. Paarmann, A.; Hayashi, T.; Mukamel, S.; Miller, R. J. D. J. Chem. Phys. 2009, 130, 204110
82. Tainter, C. J.; Ni, Y.; Shi, L.; Skinner, J. L. J. Phys. Chem. Lett. 2013, 4, 12-17
83. Kumar, R.; Skinner, J. L. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 8311-8318
84. Tainter, C. J.; Pieniazek, P. A.; Lin, Y.-S.; Skinner, J. L. J. Chem. Phys. 2011, 134, 184501
85. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
86. Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306-317
87. Hoover, W. G. Phys. Rev. A 1985, 31, 1695-1697
88. Parrinello, M.; Rahman, A. J. Chem. Phys. 1982, 76, 2662-2666
89. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593
90. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, Gaussian Inc., Pittsburgh PA, 2003.
91. Stephens, P. J.; Devlin, F. J.; Chabalowski, C. F.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 11623-11627
92. Burns, L. A.; Vazquez-Mayagoitia, A.; Sumpter, B. G.; Sherrill, C. D. J. Chem. Phys. 2011, 134, 084107
93. Colbert, D.; Miller, W. H. J. Chem. Phys. 1992, 96, 1982-1991
94. Benedict, W. S.; Gailar, N.; Plyler, E. K. J. Chem. Phys. 1956, 24, 1139-1165
95. Torii, H. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 4822-4832
96. Ohno, K.; Okimura, M.; Akai, N.; Katsumoto, Y. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 3005-3014
97. Liu, H.; Wang, Y.; Bowman, J. M. J. Phys. Chem. Lett. 2012, 3, 3671-3676
98. Weinhold, F.; Landis, C. Valency and Bonding: A Natural Bond Orbital Donor-Acceptor Perspective; Cambridge University Press: Cambridge, 2005; pp 593-660.