Efficiency of adaptive temperature-based replica exchange for sampling large-scale protein conformational transitions

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 9, Issue 6, 2013, Pages 2849-2856

  Zhang, Weihong ^a   Chen, Jianhan ^a  

^a KANSAS STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84879107473     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct400191b     Document Type: Article

References (50)

1. Liwo, A.; Czaplewski, C.; Oldziej, S.; Scheraga, H. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2008, 18, 134
2. Swendsen, R. H.; Wang, J. S. Phys. Rev. Lett. 1986, 57, 2607
3. Hukushima, K.; Nemoto, K. J. Phys. Soc. Jpn. 1996, 65, 1604
4. Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 141
5. Hansmann, U. H.; Okamoto, Y. Curr. Opin. Struct. Biol. 1999, 9, 177
6. Nymeyer, H.; Gnanakaran, S.; Garcia, A. E. Numerical Computer Methods, Part D 2004, 383, 119
7. Earl, D. J.; Deem, M. W. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 3910
8. Zhang, W.; Wu, C.; Duan, Y. J. Chem. Phys. 2005, 123, 154105
9. Gallicchio, E.; Levy, R. M.; Parashar, M. J. Comput. Chem. 2008, 29, 788
10. Roitberg, A. E.; Okur, A.; Simmerling, C. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 2415
11. Predescu, C.; Predescu, M.; Ciobanu, C. V. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 4189
12. Zuckerman, D. M.; Lyman, E. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1200
13. Zheng, W.; Andrec, M.; Gallicchio, E.; Levy, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 15340
14. Nymeyer, H. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 626
15. Denschlag, R.; Lingenheil, M.; Tavan, P. Chem. Phys. Lett. 2008, 458, 244
16. Zheng, W. H.; Andrec, M.; Gallicchio, E.; Levy, R. M. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 6083
17. Periole, X.; Mark, A. E. J. Chem. Phys. 2007, 126, 014903
18. Sindhikara, D.; Meng, Y. L.; Roitberg, A. E. J. Chem. Phys. 2008, 128, 024103
19. Rao, F.; Caflisch, A. J. Chem. Phys. 2003, 119, 4035
20. Li, X. F.; O'Brien, C. P.; Collier, G.; Vellore, N. A.; Wang, F.; Latour, R. A.; Bruce, D. A.; Stuart, S. J. J. Chem. Phys. 2007, 127, 164116
21. Ballard, A. J.; Jarzynski, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 12224
22. Liu, P.; Kim, B.; Friesner, R. A.; Berne, B. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 13749
23. Cheng, X.; Cui, G.; Hornak, V.; Simmerling, C. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 8220
24. Okur, A.; Wickstrom, L.; Layten, M.; Geney, R.; Song, K.; Hornak, V.; Simmerling, C. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 420
25. Huang, X. H.; Hagen, M.; Kim, B.; Friesner, R. A.; Zhou, R. H.; Berne, B. J. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 5405
26. Kofke, D. A. J. Chem. Phys. 2004, 121, 1167
27. Chen, J. H.; Im, W. P.; Brooks, C. L. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 3728
28. Trebst, S.; Troyer, M.; Hansmann, U. H. J. Chem. Phys. 2006, 124, 174903
29. Lee, M. S.; Olson, M. A. J. Chem. Phys. 2011, 134, 244111
30. Chen, J. H.; Brooks, C. L. Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 471
31. Click, T. H.; Ganguly, D.; Chen, J. Int. J. Mol. Sci. 2010, 11, 5292
32. Chen, J. Arch. Biochem. Biophys. 2012, 524, 123
33. Wolynes, P. G. Q. Rev. Biophys. 2005, 38, 405
34. Hills, R. D.; Brooks, C. L. Int. J. Mol. Sci. 2009, 10, 889
35. Karanicolas, J.; Brooks, C. L. Protein Sci. 2002, 11, 2351
36. Rathore, N.; Chopra, M.; de Pablo, J. J. J. Chem. Phys. 2005, 122, 024111
37. Trebst, S.; Troyer, M.; Hansmann, U. H. E. J. Chem. Phys. 2006, 124, 174903
38. Katzgraber, H. G.; Trebst, S.; Huse, D. A.; Troyer, M. J. Stat. Mech.: Theory Exp. 2006, P03018
39. Miyazawa, S.; Jernigan, R. L. J. Mol. Biol. 1996, 256, 623
40. Karanicolas, J.; Brooks, C. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 3954
41. Hills, R. D.; Brooks, C. L. J. Mol. Biol. 2008, 382, 485
42. Kuszewski, J.; Gronenborn, A. M.; Clore, G. M. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2337
43. Feig, M.; Karanicolas, J.; Brooks, C. L. J. Mol. Graphics Modell. 2004, 22, 377
44. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187
45. Brooks, B. R.; Brooks, C. L.; Mackerell, A. D.; Nilsson, L.; Petrella, R. J.; Roux, B.; Won, Y.; Archontis, G.; Bartels, C.; Boresch, S.; Caflisch, A.; Caves, L.; Cui, Q.; Dinner, A. R.; Feig, M.; Fischer, S.; Gao, J.; Hodoscek, M.; Im, W.; Kuczera, K.; Lazaridis, T.; Ma, J.; Ovchinnikov, V.; Paci, E.; Pastor, R. W.; Post, C. B.; Pu, J. Z.; Schaefer, M.; Tidor, B.; Venable, R. M.; Woodcock, H. L.; Wu, X.; Yang, W.; York, D. M.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1545
46. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327
47. Cho, S. S.; Levy, Y.; Wolynes, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 586
48. Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rosenberg, J. M. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011
49. Kouza, M.; Hansmann, U. H. J. Chem. Phys. 2011, 134, 044124
50. Gallicchio, E.; Andrec, M.; Felts, A. K.; Levy, R. M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 6722