Practical considerations for improving the productivity of mass spectrometry-based proteomics

Chimia

Volumn 67, Issue 4, 2013, Pages 244-249

  Laskay, Ünige A ^a   Srzentic, Kristina ^a   Fornelli, Luca ^a   Upir, Oxana ^a   Kozhinov, Anton N ^a   Monod, Michel ^b   Tsybin, Yury O ^a  

^a EPFL   (Switzerland)

^b LAUSANNE UNIVERSITY HOSPITAL   (Switzerland)

Author keywords

Electron transfer dissociation (ETD); Higher energy collisional dissociation (HCD); Limited proteolysis; Middle down proteomics; Post column supercharging

Indexed keywords

EID: 84877776660     PISSN: 00094293     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2533/chimia.2013.244     Document Type: Article

References (24)

1. V. Marx, Nat. Methods 2013, 10, 201.
2. Y. O. Tsybin, L. Fornelli, A. N. Kozhinov, A. Vorobyev, S. M. Miladinovic, Chimia 2011, 65, 641.
3. A. Michalski, E. Damoc, J. Hauschild, O. Lange, A. Wieghaus, A. Makarov, N. Nagaraj, J. Cox, M. Mann, S. Horning, Mol. Cell. Proteom. 2011, 10, M111.011015-M111.011015.
4. M. W. Duncan, R. Aebersold, R. M. Caprioli, Nat. Biotechnol. 2010, 28, 659.
5. A. Michalski, J. Cox, M. Mann, J. Proteome Res. 2011, 10, 1785.
6. T. Geiger, J. Cox, M. Mann, Mol. Cell. Proteom. 2010, 9, 2252.
7. L. C. Gillet, P. Navarro, S. Tate, H. Roest, N. Selevsek, L. Reiter, R. Bonner, R. Aebersold, Mol. Cell. Proteomics 2012, 18, O111.016717.
8. H. Schluter, R. Apweiler, H. Holzhutter, P. Jungblut, Chem. Cent. J. 2009, 3, 11.
9. L. M. Smith, N. L. Kelleher, M. Linial, D. Goodlett, P. Langridge-Smith, Y. Ah Goo, G. Stafford, L. Bonilla, G. Kruppa, R. Zubarev, J. Rontree, J. Chamot-Rooke, J. Garavelli, A. Heck, J. Loo, D. Penque, M. Hornshaw, C. Hendrickson, L. Pasa-Tolic, C. Borchers, D. Chan, N. Young, J. Agar, C. Masselon, M. Gross, F. McLafferty, Y. Tsybin, Y. Ge, I. Sanders, J. Langridge, J. Whitelegge, A. Marshall, Nat. Methods 2013, 10, 186.
10. Z. Tian, N. Tolic, R. Zhao, R. Moore, S. Hengel, E. Robinson, D. Stenoien, S. Wu, R. Smith, L. Pasa-Tolic, Genome Biol. 2012, 13, R86.
11. J. C. Tran, L. Zamdborg, D. R. Ahlf, J. E. Lee, A. D. Catherman, K. R. Durbin, J. D. Tipton, A. Vellaichamy, J. F. Kellie, M. Li, C. Wu, S. M. Sweet, B. P. Early, N. Siuti, R. D. LeDuc, P. D. Compton, P. M. Thomas, N. L. Kelleher, Nature 2011, 480, 254.
12. L. Fornelli, E. Damoc, P. M. Thomas, N. L. Kelleher, K. Aizikov, E. Denisov, A. Makarov, Y. O. Tsybin, Mol. Cell. Proteom. 2012, 11, 1758.
13. S. D. Taverna, B. M. Ueberheide, Y. Liu, A. J. Tackett, R. L. Diaz, J. Shabanowitz, B. T. Chait, D. F. Hunt, C. D. Allis, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S. A. 2007, 104, 2086.
14. S. Wu, A. F. R. Hühmer, Z. Hao, B. L. Karger, J. Proteome Res. 2007, 6, 4230.
15. L. Hohmann, C. Sherwood, A. Eastham, A. Peterson, J. K. Eng, J. S. Eddes, D. Shteynberg, D. B. Martin, J. Proteome Res. 2009, 8, 1415.
16. N. J. Hauser, H. Han, S. A. McLuckey, F. Basile, J. Proteome Res. 2008, 7, 1867.
17. S. Swatkoski, P. Gutierrez, C. Wynne, A. Petrov, J. D. Dinman, N. Edwards, C. Fenselau, J. Proteome Res. 2008, 7, 579.
18. M. Rholam, N. Brakch, D. Germain, D. Y. Thomas, C. Fahy, H. Boussetta, G. Boileau, P. Cohen, Eur. J. Biochem. 2008, 227, 707.
19. C. Wu, J. C. Tran, L. Zamdborg, K. R. Durbin, M. Li, D. R. Ahlf, B. P. Early, M. Thomas, J. V. Sweedler, N. L. Kelleher, Nat. Methods 2012, 9, 822.
20. J. Sarfati, M. Monod, P. Recco, A. Sulahian, C. Pinel, E. Candolfi, T. Fontaine, J. P. Debeaupuis, M. Tabouret, J. P. Latgé, Diagn. Microbiol. Infect. Dis. 2006, 55, 279.
21. A. R. Dongre, J. L. Jones, A. Somogyi, V. H. Wysocki, J. Am. Chem Soc. 1996, 118, 8365.
22. K. O. Zhurov, L. Fornelli, M. D. Wodrich, Ü. A. Laskay, Y. O. Tsybin, Chem. Soc. Rev. 2013, DOI: 10.1039/c3cs35477f.
23. S. M. Miladinović, L. Fornelli, Y. Lu, K. M. Piech, H. H. Girault, Y. O. Tsybin, Anal. Chem. 2012, 84, 4647.
24. Ü. A. Laskay, J. Burg, E. J. Kaleta, I. -. E. Vilcins, S. R. Telford III, A. G. Barbour, V. H. Wysocki, Biol. Chem. 2012, 393, 195.