Molecular dynamics investigation of alkali metal ions in liquid and aqueous ammonia

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 9, Issue 5, 2013, Pages 2324-2338

  Orabi, Esam A ^a,b   Lamoureux, Guillaume ^a  

^a Gina Cody School of Engineering and Computer Science   (Canada)

^b Assiut University   (Egypt)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84877751044     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct4001069     Document Type: Article

References (67)

1. Appl, M. Ammonia, 1. Introduction. In Ullmann's Encyclopedia of Industrial Chemistry; Wiley-VCH: Weinheim, Germany, 2011.
2. Kraus, C. A.; Lucasse, W. W. J. Am. Chem. Soc. 1921, 43, 2529-2539
3. Kraus, C. A.; Carney, E. S.; Johnson, W. C. J. Am. Chem. Soc. 1927, 49, 2206-2213
4. Johnson, W. C.; Meyer, A. W. J. Am. Chem. Soc. 1932, 54, 3621-3628
5. Wasse, J. C.; Hayama, S.; Neal T. Skipper, N. T. Phys. Rev. B 2000, 61, 11993-11997
6. Wasse, J. C.; Hayama, S.; Masmanidis, S.; Stebbings, S. L.; Skipper, N. T. J. Chem. Phys. 2003, 118, 7486-7494
7. Thompson, H.; Wasse, J. C.; Skipper, N. T.; Hayama, S.; Bowron, D. T.; Sope, A. K. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 2572-2581
8. Wasse, J. C.; Hayama, S.; Skipper, N. T. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 14452-14456
9. Thompson, H.; Wasse, J. C.; Skipper, N. T.; Howard, C. A.; Bowron, D. T.; Soper, A. K. J. Phys.: Condens. Matter 2004, 16, 5639-5652
10. Salter, T. E.; Mikhailov, V.; Ellis, A. M. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 8344-8351
11. Hannongbua, S.; Ishida, T.; Spohr, E.; Heinzinger, K. Z. Naturforsch. A 1988, 43, 572-582
12. Marchi, M.; Sprik, M.; Klein, M. L. J. Phys.: Condens. Matter 1990, 2, 5833-5848
13. Hannongbua, S. Aust. J. Chem. 1991, 44, 447-456
14. Gurskii, Z.; Hannongbua, S.; Heinzinger, K. Mol. Phys. 1993, 78, 461-474
15. Kerdcharoen, T.; Liedl, K. R.; Rode, B. M. Chem. Phys. 1996, 211, 313-323
16. Tongraar, A.; Hannongbua, S.; Rode, B. M. Chem. Phys. 1997, 219, 279-29
17. Hannongbua, S. J. Chem. Phys. 1997, 106, 6076-6081
18. Hannongbua, S. Chem. Phys. Lett. 1998, 288, 663-668
19. Kerdcharoen, T.; Hannongbua, S. Chem. Phys. Lett. 1999, 310, 333-341
20. Kerdcharoen, T.; Rode, B. M. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 7073-7078
21. Mierzwicki, K.; Latajka, Z. Chem. Phys. 2001, 265, 301-311
22. Hannongbua, S.; Remsungnen, T.; Kiselev, M.; Heinzinger, K. Condens. Matter Phys. 2003, 6, 459-470
23. Corral, I.; Mó, O.; Yáñez, M.; Radom, L. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 6735-6742
24. Salter, T. E.; Ellis, A. M. Chem. Phys. 2007, 332, 132-138
25. Chandra, A.; Marx, D. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 3676-3679
26. Lim, I. S.; Botschwina, P.; Oswald, R.; Barone, V.; Stoll, H.; Schwerdtfeger, P. J. Chem. Phys. 2007, 127, 104313-1-104313-12
27. Pinsook, U.; Scheicher, R. H.; Ahuja, R.; Hannongbua, S. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 5323-5326
28. Almeida, T. S.; Cabral, B. J. C. J. Chem. Phys. 2010, 132, 094307-1-094307-10
29. Tongraar, A.; Hannongbua, S. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 885-891
30. Rode, B. M.; Tanabe, Y. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 2 1988, 84, 1779-1788
31. Kheawsrikul, S.; Hannongbua, S. V.; Kokpol, S. U.; Rode, B. M. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 2 1989, 85, 643-649
32. Tongraar, A.; Rode, B. M. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 8524-8527
33. Tongraar, A.; Rode, B. M. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 506-510
34. Tongraar, A.; Rode, B. M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 411-416
35. Tongraar, A.; Rode, B. M. Chem. Phys. Lett. 2008, 466, 61-64
36. Pratihar, S.; Chandra, A. J. Chem. Phys. 2011, 134, 024519-1-024519-8
37. Glendening, E. D. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 2473-2482
38. Lamoureux, G.; Harder, E.; Vorobyov, I.; Roux, B.; MacKerell, A. D. Chem. Phys. Lett. 2006, 418, 245-249
39. Yu, H.; Whitfield, T.; Harder, E.; Lamoureux, G.; Vorobyov, I.; Anisimov, V. M.; MacKerell, A. D.; Roux, B. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 774-786
40. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H. P.; Izmaylov, A. F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J. L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J. A., Jr.; Peralta, J. E.; Ogliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J. J.; Brothers, E.; Kudin, K. N.; Staroverov, V. N.; Kobayashi, R.; Normand, J.; Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J. C.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Cossi, M.; Rega, N.; Millam, J. M.; Klene, M.; Knox, J. E.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Martin, R. L.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V. G.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Farkas, Ö.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cioslowski, J.; Fox, D. J. Gaussian 09, revision B.01; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2009.
41. The Stuttgart relativistic small core basis set was obtained from EMSL Basis Set Library at the URL https://bse.pnl.gov/bse/portal. For the original valence basis set and ECP reference, see: Bergner, A.; Dolg, M.; Kuechle, W.; Stoll, H.; Preuss, H. Mol. Phys. 1993, 80, 1431-1441.
42. Coletti, C.; Re, N. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 6563-6570
43. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553-566
44. Orabi, E. A.; Lamoureux, G. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 2035-2051.
45. Brooks, B. R.; Brooks, C. L.; Mackerell, A. D.; Nilsson, L.; Petrella, R. J.; Roux, B.; Won, Y.; Archontis, G.; Bartels, C.; Boresch, S.; Caflisch, A.; Caves, L.; Cui, Q.; Dinner, A. R.; Feig, M.; Fischer, S.; Gao, J.; Hodoscek, M.; Im, W.; Kuczera, K.; Lazaridis, T.; Ma, J.; Ovchinnikov, V.; Paci, E.; Pastor, R. W.; Post, C. B.; Pu, J. Z.; Schaefer, M.; Tidor, B.; Venable, R. M.; Woodcock, H. L.; Wu, X.; Yang, W.; York, D. M.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1545-1614
46. Lamoureux, G.; Roux, B. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3025-3039
47. Orabi, E. A.; Lamoureux, G. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 182-193
48. Lamoureux, G.; Orabi, E. A. Mol. Simul. 2012, 38, 704-722
49. Wang, S.; Orabi, E. A.; Baday, S.; Bernèche, S.; Lamoureux, G. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 10419-10427
50. Martyna, G. J.; Tuckerman, M. E.; Tobias, D. J.; Klein, M. L. Mol. Phys. 1996, 87, 1117-1157
51. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593
52. Lagüe, P.; Pastor, R. W.; Brooks, B. R. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 363-368
53. Deng, Y.; Roux, B. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 16567-16576
54. Lamoureux, G.; Roux, B. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3308-3322
55. Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rosenberg, J. M. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011-1021
56. Souaille, M.; Roux, B. Comput. Phys. Commun. 2001, 135, 40-57
57. Woodin, R. L.; Beauchamp, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1978, 100, 501-508
58. Armentrout, P. B.; Rodgers, M. T. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 2238-2247
59. Iceman, C.; Armentrout, P. Int. J. Mass Spectrom. 2003, 222, 329-349
60. Džidić, I.; Kebarle, P. J. Phys. Chem. 1970, 74, 1466-1474
61. Glendening, E. D.; Feller, D. J. Phys. Chem. 1995, 99, 3060-3067
62. Lamoureux, G.; MacKerell, A. D.; Roux, B. J. Chem. Phys. 2003, 119, 5185-5197
63. Halgren, T. A. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 7827-7843
64. Plambeck, J. A. Can. J. Chem. 1969, 47, 1401-1410
65. Tuttle, T. R.; Malaxos, S.; Coe, J. V. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 925-932
66. Tissandier, M. D.; Cowen, K. A.; Feng, W. Y.; Gundlach, E.; Cohen, M. H.; Earhart, A. D.; Coe, J. V. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 7787-7794
67. Marcus, Y. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1 1988, 84, 1465-1473