Polarizable interaction model for liquid, supercritical, and aqueous ammonia

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 9, Issue 4, 2013, Pages 2035-2051

  Orabi, Esam A ^a,b   Lamoureux, Guillaume ^a  

^a Dept of Electrical and Computer Engineering   (Canada)

^b Assiut University   (Egypt)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84876008514     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct301123j     Document Type: Article

References (110)

1. Lagowski, J. J. Synth. React. Inorg., Met.-Org., Nano-Metal Chem. 2007, 37, 115-153
2. Lagowski, J. J. Pure Appl. Chem. 1971, 25, 429-456
3. Miflin, B. J.; Lea, P. J. Annu. Rev. Plant Physiol. 1977, 28, 299-329
4. Ninnemann, O.; Jauniaux, J.-C.; Frommer, W. B. EMBO J. 1994, 13, 3464-3471
5. Marini, A.-M.; Urrestarazu, A.; Beauwens, R.; André, B. Trends Biochem. Sci. 1997, 22, 460-461
6. Marini, A.-M.; Soussi-Boudekou, S.; Vissers, S.; André, B. Mol. Cell. Biol. 1997, 17, 4282-4293
7. Marini, A.-M.; Vissers, S.; Urrestarazu, A.; André, B. EMBO J. 1994, 13, 3456-3463
8. Narten, A. H. J. Chem. Phys. 1968, 49, 1692-1696
9. Narten, A. H. J. Chem. Phys. 1977, 66, 3117-3120
10. Ricci, M. A.; Nardone, M.; Ricci, F. P.; Andreani, C.; Soper, A. K. J. Chem. Phys. 1995, 102, 7650-7655
11. Thompson, H.; Wasse, J. C.; Skipper, N. T.; Hayama, S.; Bowron, D. T.; Soper, A. K. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 2572-2581
12. Kasahara, K.; Munakata, T.; Uematsu, M. J. Chem. Thermodyn. 1999, 31, 1273-1281
13. Overstreet, R.; Giauque, W. F. J. Am. Chem. Soc. 1937, 59, 254-259
14. Garroway, A. N.; Cotts, R. M. Phys. Rev. A 1973, 7, 635-648
15. O'Reilly, D. E.; Peterson, E. M.; Scheie, C. E. J. Chem. Phys. 1973, 58, 4072-4075
16. Groß, T.; Buchhauser, J.; Price, W. E.; Tarassov, I. N.; H.-D. Lüdemann, H.-D. J. Mol. Liq. 1997, 73-74, 433-444
17. Billaud, G.; Demortier, A. J. Phys. Chem. 1975, 79, 3053-3055
18. Plank, C. J.; Herschel, H. J. Am. Chem. Soc. 1939, 61, 3590-3591
19. Osborne, N. S.; Van Dusen, M. S. J. Am. Chem. Soc. 1918, 40, 14-25
20. Howard, M. J.; Burdenski, S.; Giese, C. F.; Gentry, W. R. J. Chem. Phys. 1984, 80, 4137-4141
21. Fraser, G. T.; Nelson, D. D.; Charo, A.; Klemperer, W. J. Chem. Phys. 1985, 82, 2535-2546
22. Snels, M.; Fantoni, R.; Sanders, R.; Meerts, W. L. Chem. Phys. 1987, 115, 79-91
23. Kamke, W.; Herrmann, R.; Wang, Z.; Hertel, I. V. Z. Phys. D: At., Mol. Clusters 1988, 10, 491-497
24. Marshall, M. D.; Izgi, K. C.; Muenter, J. S. J. Chem. Phys. 1997, 107, 1037-1044
25. Lee, J. S.; Park, S. Y. J. Chem. Phys. 2000, 112, 230-237
26. Kulkarni, S. A.; Pathak, R. K. Chem. Phys. Lett. 2001, 336, 278-283
27. Janeiro-Barral, P. E.; Mella, M. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 11244-11251
28. Sagarik, K. P.; Ahlrichs, R.; Brode, S. Mol. Phys. 1986, 57, 1247-1264
29. Greer, J. C.; Ahlrichs, R.; Hertel, I. V. Chem. Phys. 1989, 133, 191-197
30. Beu, T. A.; Buck, U. J. Chem. Phys. 2001, 114, 7848-7852
31. Janeiro-Barral, P. E.; Mella, M.; Curotto, E. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 2888-2898
32. Yu, L.; Yang, Z.-Z. J. Chem. Phys. 2010, 132, 174109-1-174109-11
33. Impey, R. W.; Klein, M. L. Chem. Phys. Lett. 1984, 104, 579-582
34. Almeida, T. S.; Coutinho, K.; Cabral, B. J. C.; Canuto, S. J. Chem. Phys. 2008, 128, 014506-1-014506-9
35. Hinchliffe, A.; Bounds, D. G.; Klein, M. L.; McDonald, I. R.; Righini, R. J. Chem. Phys. 1981, 74, 1211-1216
36. Rizzo, R. C.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 4827-4836
37. Kristóf, T.; Vorholz, J.; Liszi, J.; Rumpf, B.; Maurer, G. Mol. Phys. 1999, 97, 1129-1137
38. Diraison, M.; Martyna, G. J.; Tuckerman, M. E. J. Chem. Phys. 1999, 111, 1096-1103
39. Kiselev, M.; Kerdcharoen, T.; Hannongbua, S.; Heinzinger, K. Chem. Phys. Lett. 2000, 327, 425-428
40. Hannongbua, S. J. Chem. Phys. 2000, 113, 4707-4712
41. Honda, K. Bull. Chem. Soc. Jpn. 2000, 73, 289-295
42. Boese, A. D.; Chandra, A.; Martin, J. M. L.; Marx, D. J. Chem. Phys. 2003, 119, 5965-5980
43. Tongraar, A.; Kerdcharoen, T.; Hannongbua, S. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 4924-4929
44. Eckl, B.; Vrabec, J.; Hasse, H. Mol. Phys. 2008, 106, 1039-1046
45. Chowdhuri, S.; Chakraborty, D.; Chandra, A. Ind. J. Phys 2009, 83, 91-100
46. Tassaing, T.; Soetens, J.-C.; Vyalov, I.; Kiselev, M.; Idrissi, A. J. Chem. Phys. 2010, 133, 214505-1-214505-8
47. Feng, H.; Liu, X.; Gao, W.; Chen, X.; Wang, J.; Chen, L.; Lüdemann, H.-D. Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 15007-15017
48. Vyalov, I.; Kiselev, M.; Tassaing, T.; Soetens, J. C.; Idrissi, A. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 15003-15010
49. Engin, C.; Merker, T.; Vrabec, J.; Hasse, H. Mol. Phys. 2011, 109, 619-624
50. Abbaspour, M. Chem. Phys. 2011, 389, 121-127
51. Ren, P.; Wu, C.; Ponder, J. W. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 3143-3161
52. Tillner-Roth, R.; Friend, D. G. J. Phys. Chem. Ref. Data 1998, 27, 45-61
53. Herbine, P.; Dyke, T. R. J. Chem. Phys. 1985, 83, 3768-3774
54. Stockman, P. A.; Bumgarner, R. E.; Suzuki, S.; Blake, G. A. J. Chem. Phys. 1992, 96, 2496-2510
55. Fraser, G. T.; Suenram, R. D. J. Chem. Phys. 1992, 96, 7287-7297
56. Kuma, S.; Slipchenko, M. N.; Momose, T.; Vilesov, A. F. Chem. Phys. Lett. 2007, 439, 265-269
57. Mollner, A. K.; Casterline, B. E.; Ch'ng, L. C.; Reisler, H. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 10174-10183
58. Tuma, C.; Boese, A. D.; Handy, N. C. Phys. Chem. Chem. Phys. 1999, 1, 3939-3947
59. Sadlej, J.; Moszynski, R.; Dobrowolski, J. Cz.; Mazurek, A. P. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 8528-8536
60. Rappé, A. K.; Bernstein, E. R. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 6117-6128
61. Rzepkowska, J.; Uras, N.; Sadlej, J.; Buch, V. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 1790-1796
62. Huang, N.; MacKerell, A. D. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 7820-7827
63. Lane, J. R.; Vaida, V.; Kjaergaard, H. G. J. Chem. Phys. 2008, 128, 034302-1-034302-11
64. Donaldson, D. J. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 62-70
65. Takaoka, T.; Inamura, M.; Yanagimachi, S.; Kusunoki, I.; Komeda, T. J. Chem. Phys. 2004, 121, 4331-4338
66. Bacelo, D. E. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 11190-11196
67. Karthikeyan, S.; Singh, N. J.; Kim, K. S. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 6527-6532
68. Sorkin, A.; Dahlke, E. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 683-688
69. Tanabe, Y.; Rode, B. M. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 2 1988, 84, 679-692
70. Ferrario, M.; Haughney, M.; McDonald, I. R.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1990, 93, 5156-5166
71. Udomsub, S.; Hannongbua, S. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1997, 93, 3045-3052
72. Uras, N.; Buch, V.; Devlin, J. P. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 9203-9209
73. Dang, L. X.; Garrett, B. C. Chem. Phys. Lett. 2004, 385, 309-313
74. Paul, S.; Chandra, A. J. Chem. Phys. 2005, 123, 174712-1-174712-9
75. Pártay, L. B.; Jedlovszky, P.; Hoang, P. N. M.; Picaud, S.; Mezei, M. J. Phys. Chem. C 2007, 111, 9407-9416
76. Takenaka, N.; Koyano, Y.; Nagaoka, M. Chem. Phys. Lett. 2010, 485, 119-123
77. Chakraborty, D.; Chandra, A. J. Chem. Phys. 2011, 135, 114510-1-114510-10
78. Lamoureux, G.; Roux, B. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3025-3039
79. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H. P.; Izmaylov, A. F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J. L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J. A., Jr.; Peralta, J. E.; Ogliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J. J.; Brothers, E.; Kudin, K. N.; Staroverov, V. N.; Kobayashi, R.; Normand, J.; Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J. C.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Cossi, M.; Rega, N.; Millam, J. M.; Klene, M.; Knox, J. E.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Martin, R. L.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V. G.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Farkas, Ö.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cioslowski, J.; Fox, D. J. Gaussian 09, revision B.01; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2009.
80. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553-566
81. Dunning, T. H., Jr. J. Chem. Phys. 1989, 90, 1007-1023
82. Kendall, R. A.; Dunning, T. H., Jr.; Harrison, R. J. J. Chem. Phys. 1992, 96, 6796-6806
83. Woon, D. E.; Dunning, T. H., Jr. J. Chem. Phys. 1993, 98, 1358-1371
84. Dunning, T. H., Jr.; Woon, D. E.; Dunning, T. H., Jr. J. Chem. Phys. 1994, 100, 2975-2988
85. Brooks, B. R.; Brooks, C. L.; Mackerell, A. D.; Nilsson, L.; Petrella, R. J.; Roux, B.; Won, Y.; Archontis, G.; Bartels, C.; Boresch, S.; Caflisch, A.; Caves, L.; Cui, Q.; Dinner, A. R.; Feig, M.; Fischer, S.; Gao, J.; Hodoscek, M.; Im, W.; Kuczera, K.; Lazaridis, T.; Ma, J.; Ovchinnikov, V.; Paci, E.; Pastor, R. W.; Post, C. B.; Pu, J. Z.; Schaefer, M.; Tidor, B.; Venable, R. M.; Woodcock, H. L.; Wu, X.; Yang, W.; York, D. M.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1545-1614
86. Lamoureux, G.; Harder, E.; Vorobyov, I. V.; Roux, B.; MacKerell, A. D. Chem. Phys. Lett. 2006, 418, 245-249
87. MacKerell, A. D.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616
88. Orabi, E. A.; Lamoureux, G. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 182-193
89. Martyna, G. J.; Tuckerman, M. E.; Tobias, D. J.; Klein, M. L. Mol. Phys. 1996, 87, 1117-1157
90. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593
91. Lagüe, P.; Pastor, R. W.; Brooks, B. R. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 363-368
92. Deng, Y.; Roux, B. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 16567-16576
93. Yu, H.; Whitfield, T.; Harder, E.; Lamoureux, G.; Vorobyov, I.; Anisimov, V. M.; MacKerell, A. D.; Roux, B. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 774-786
94. Benedict, W. S.; Gailar, N.; Plyler, E. K. Can. J. Phys. 1957, 35, 1235-1241
95. Marshall, M. D.; Izgi, K. C.; Muenter, J. S. J. Chem. Phys. 1997, 107, 1037-1044
96. Shimanouchi, T. Tables of Molecular Vibrational Frequencies Consolidated; National Bureau of Standards: Washington, DC, 1972; Vol. 1.
97. Haar, L.; Gallagher, J. S. J. Phys. Chem. Ref. Data 1978, 7, 635-792
98. Lamoureux, G.; MacKerell, A. D.; Roux, B. J. Chem. Phys. 2003, 119, 5185-5197
99. Yeh, I.-C.; Hummer, G. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 15873-15879
100. Lopes, P. E. M.; Lamoureux, G.; Roux, B.; MacKerell, A. D. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 2873-2885
101. National Bureau of Standards (U.S.), Circ. No. 142, 1923.
102. Lemmon, E. W.; McLinden, M. O; Friend, D. G. Thermophysical Properties of Fluid Systems. In NIST Chemistry WebBook, NIST Standard Reference Database Number 69; Linstrom, P. J.; Mallard, W. G., Eds.; National Institute of Standards and Technology: Gaithersburg, MD, 2000. http://webbook.nist.gov (retrieved March 15, 2012).
103. Lange, N. A. Handbook of Chemistry, 10 th ed.; McGraw-Hill: New York, 1961.
104. Guevara-Carrion, G.; Vrabec, J.; Hasse, H. Int. J. Thermophys. 2012, 33, 449-468
105. Idrissi, A.; Vyalov, I. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 2011, 9646-9652.
106. Jones, F. M.; Arnett, E. M. Prog. Phys. Org. Chem. 1974, 11, 263-332
107. Ben-Naim, A.; Marcus, Y. J. Chem. Phys. 1984, 81, 2016-2027
108. King, H. H.; Hall, J. L.; Ware, G. C. J. Am. Chem. Soc. 1930, 52, 5128-5135
109. Lamoureux, G.; Orabi, E. A. Mol. Simul. 2012, 38, 704-722
110. Wang, S.; Orabi, E. A.; Baday, S.; Bernèche, S.; Lamoureux, G. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 10419-10427