Coarse-grained molecular dynamics simulations of photoswitchable assembly and disassembly

Nanoscale

Volumn 5, Issue 9, 2013, Pages 3681-3689

  Zheng, Xiaoyan ^a   Wang, Dong ^a   Shuai, Zhigang ^a  

^a TSINGHUA UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ATOMISTIC SIMULATIONS; COARSE-GRAINED MOLECULAR DYNAMICS; COARSE-GRAINED MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; CONTROLLED ASSEMBLY; EXTERNAL STIMULUS; SPONTANEOUS ASSEMBLY; SUPRAMOLECULAR MATERIALS; SUPRAMOLECULAR SELF-ASSEMBLIES;

MICELLES; MOLECULAR DYNAMICS; SUPRAMOLECULAR CHEMISTRY;

AGGREGATES;

ALPHA CYCLODEXTRIN; ALPHA CYCLODEXTRIN DERIVATIVE; ALPHA-CYCLODEXTRIN; AZO COMPOUND;

ARTICLE; CHEMISTRY; ISOMERISM; MICELLE; MOLECULAR DYNAMICS; ULTRAVIOLET RADIATION;

ALPHA-CYCLODEXTRINS; AZO COMPOUNDS; ISOMERISM; MICELLES; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; ULTRAVIOLET RAYS;

EID: 84876740422     PISSN: 20403364     EISSN: 20403372     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3nr33619k     Document Type: Article

References (51)

1. B. L. Feringa R. A. van Delden N. Koumura E. M. Geertsema Chem. Rev. 2000 100 1789
2. V. Balzani A. Credi F. M. Raymo J. F. Stoddart Angew. Chem., Int. Ed. 2000 39 3348
3. Q. Jin G. Liu X. Liu J. Ji Soft Matter 2010 6 5589
4. Y. Wang N. Ma Z. Wang X. Zhang Angew. Chem., Int. Ed. 2007 46 2823
5. Y. Wang P. Han H. Xu Z. Wang X. Zhang A. V. Kabanov Langmuir 2010 26 709
6. K. Han W. Su M. Zhong Q. Yan Y. Luo Q. Zhang Y. Li Macromol. Rapid Commun. 2008 29 1866
7. T. Ikeda O. Tsutsumi Science 1995 268 1873
8. N. Tamai H. Miyasaka Chem. Rev. 2000 100 1875
9. G. S. Hartley Nature 1937 140 281
10. J. Henzl M. Mehlhorn H. Gawronski K.-H. Rieder K. Morgenstern Angew. Chem., Int. Ed. 2006 45 603
11. T. Hugel N. B. Holland A. Cattani L. Moroder M. Seitz H. E. Gaub Science 2002 296 1103
12. T. Schultz J. Quenneville B. Levine A. Toniolo T. J. Martínez S. Lochbrunner M. Schmitt J. P. Shaffer M. Z. Zgierski A. Stolow J. Am. Chem. Soc. 2003 125 8098
13. I. Willner Acc. Chem. Res. 1997 30 347
14. R. Behrendt C. Renner M. Schenk F. Wang J. Wachtveitl D. Oesterhelt L. Moroder Angew. Chem., Int. Ed. 1999 38 2771
15. L. Guerrero O. S. Smart C. J. Weston D. C. Burns G. A. Woolley R. K. Allemann Angew. Chem., Int. Ed. 2005 44 7778
16. G. Bottari D. A. Leigh E. M. Pérez J. Am. Chem. Soc. 2003 125 13360
17. D. Qu Q. Wang X. Ma H. Tian Chem.-Eur. J. 2005 11 5929
18. C. A. Stanier M. J. O'Connell W. Clegg H. L. Anderson Chem. Commun. 2001 493
19. X. Zheng D. Wang Z. Shuai X. Zhang J. Phys. Chem. B 2012 116 823
20. M. L. Klein W. Shinoda Science 2008 321 798
21. G. A. Voth, Coarse-Graining of Condensed Phase and Biomolecular Systems, CRC Press, Boca Raton, FL, 2009
22. S. Tamesue Y. Takashima H. Yamaguchi S. Shinkai A. Harada Angew. Chem., Int. Ed. 2010 49 7461
23. B. J. Ravoo R. Darcy Angew. Chem., Int. Ed. 2000 39 4324
24. K. Liu C. Wang Z. Li X. Zhang Angew. Chem., Int. Ed. 2011 50 4952
25. A. P. Lyubartsev A. Laaksonen Phys. Rev. E 1995 52 3730
26. A. P. Lyubartsev A. Laaksonen Phys. Rev. E 1997 55 5689
27. A. P. Lyubartsev A. Laaksonen J. Chem. Phys. 1999 111 11207
28. J. C. Shelley M. Y. Shelley R. C. Reeder S. Bandyopadhyay M. L. Klein J. Phys. Chem. B 2001 105 4464
29. J. C. Shelley M. Y. Shelley R. C. Reeder S. Bandyopadhyay P. B. Moore M. L. Klein J. Phys. Chem. B 2001 105 9785
30. S. Izvekov M. Parrinello C. J. Burnham G. A. Voth J. Chem. Phys. 2004 120 10896
31. S. Izvekov G. A. Voth J. Chem. Phys. 2005 123 134105
32. S. Izvekov G. A. Voth J. Phys. Chem. B 2005 109 2469
33. S. Izvekov G. A. Voth J. Chem. Theory Comput. 2006 2 637
34. S. Izvekov G. A. Voth J. Chem. Phys. 2006 125 151101
35. L. Lu and G. A. Voth, in Advances in Chemical Physics, ed., S. A. Rice, and, A. R. Dinner, John Wiley & Sons, Inc., Hoboken, 2012, vol. 149, p. 47
36. S. J. Marrink A. H. de Vries A. E. Mark J. Phys. Chem. B 2004 108 750
37. S. J. Marrink H. J. Risselada S. Yefimov D. P. Tieleman A. H. de Vries J. Phys. Chem. B 2007 111 7812
38. M. Orsi D. Y. Haubertin W. E. Sanderson J. W. Essex J. Phys. Chem. B 2008 112 802
39. B. Smit P. A. J. Hilbers K. Esselink L. A. M. Rupert N. M. Vanos A. G. Schlijper Nature 1990 348 624
40. C. A. López A. J. Rzepiela A. H. de Vries L. Dijkhuizen P. H. Hünenberger S. J. Marrink J. Chem. Theory Comput. 2009 5 3195
41. J.-B. Maillet V. Lachet P. V. Covney Phys. Chem. Chem. Phys. 1999 1 5277
42. S. K. Samanta S. Bhattacharya P. K. Maiti J. Phys. Chem. B 2009 113 13545
43. P. K. Maiti Y. Lansac M. A. Glaser N. A. Clark Langmuir 2002 18 1908
44. L. Martínez R. Andrade E. G. Birgin J. M. Martínez J. Comput. Chem. 2009 30 2157
45. W. Humphrey A. Dalke K. Schulten J. Mol. Graphics 1996 14 33
46. E. Wei-Guang Diau J. Phys. Chem. A 2004 108 950
47. M. L. Tiago S. Ismail-Beigi S. G. Louie J. Chem. Phys. 2005 122 094311
48. D. Van de Spoel, E. Lindahl, B. Hess, A. R. Buuren, E. Apol, P. J. Meulenhoff, D. P. Tieleman, A. L. Sijbers, K. A. Feenstra, R. Drunen and H. J. Berendsen, Gromacs User Manual version 4.5, 2010
49. H. J. C. Berendsen J. P. M. Postma W. F. van Gunsteren A. DiNola J. R. Haak J. Chem. Phys. 1984 81 3684
50. R. Wu M. Deng B. Kong X. Yang J. Phys. Chem. B 2009 113 15010
51. N. Arai K. Yasuoka Y. Masubuchi J. Chem. Phys. 2007 126 244905