An overview of synergistic data tools for biological scrutiny

Israel Journal of Chemistry

Volumn 53, Issue 3-4, 2013, Pages 185-198

  Olender, Tsviya ^a   Safran, Marilyn ^a   Edgar, Ron ^b   Stelzer, Gil ^a   Nativ, Noam ^a   Rosen, Naomi ^a   Shtrichman, Ronit ^b   Mazor, Yaron ^b   West, Michael D ^b   Keydar, Ifat ^a   Rappaport, Noa ^a   Belinky, Frida ^a   Warshawsky, David ^b   Lancet, Doron ^a  

^a WEIZMANN INSTITUTE OF SCIENCE   (Israel)

^b LifeMap Sciences   (Israel)

Author keywords

bioinformatics; databases; gene sequencing; genetic disease; olfaction

Indexed keywords

EID: 84876234060     PISSN: 00212148     EISSN: 18695868     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/ijch.201200094     Document Type: Review

References (59)

1. F. Belinky, I. Bahir, G. Stelzer, S. Zimmerman, N. Rosen, N. Nativ, I. Dalah, T. Iny Stein, N. Rappaport, T. Mituyama, M. Safran, D. Lancet, Bioinformatics 2013, 29, 255-261
2. G. Stelzer, I. Dalah, T. I. Stein, Y. Satanower, N. Rosen, N. Nativ, D. Oz-Levi, T. Olender, F. Belinky, I. Bahir, H. Krug, P. Perco, B. Mayer, E. Kolker, M. Safran, D. Lancet, Hum. Genomics 2011, 5, 709-717
3. M. Safran, I. Dalah, J. Alexander, N. Rosen, T. Iny Stein, M. Shmoish, N. Nativ, I. Bahir, T. Doniger, H. Krug, A. Sirota-Madi, T. Olender, Y. Golan, G. Stelzer, A. Harel, D. Lancet, Database 2010. DOI: 10.1093/database/baq020.
4. C. Wu, C. Orozco, J. Boyer, M. Leglise, J. Goodale, S. Batalov, C. L. Hodge, J. Haase, J. Janes, J. W. Huss 3rd, A. I. Su, Genome Biol. 2009, 10, R 130.
5. V. E. Velculescu, L. Zhang, B. Vogelstein, K. W. Kinzler, Science 1995, 270, 484-487.
6. J. S. Mattick, I. V. Makunin, Hum. Mol. Genet. 2006, 15 (suppl .1), R 17-29.
7. P. Flicek, M. R. Amode, D. Barrell, K. Beal, S. Brent, D. Carvalho-Silva, P. Clapham, G. Coates, S. Fairley, S. Fitzgerald, L. Gil, L. Gordon, M. Hendrix, T. Hourlier, N. Johnson, A. K. Kahari, D. Keefe, S. Keenan, R. Kinsella, M. Komorowska, G. Koscielny, E. Kulesha, P. Larsson, I. Longden, W. McLaren, M. Muffato, B. Overduin, M. Pignatelli, B. Pritchard, H. S. Riat, G. R. Ritchie, M. Ruffier, M. Schuster, D. Sobral, Y. A. Tang, K. Taylor, S. Trevanion, J. Vandrovcova, S. White, M. Wilson, S. P. Wilder, B. L. Aken, E. Birney, F. Cunningham, I. Dunham, R. Durbin, X. M. Fernandez-Suarez, J. Harrow, J. Herrero, T. J. Hubbard, A. Parker, G. Proctor, G. Spudich, J. Vogel, A. Yates, A. Zadissa, S. M. Searle, Nucleic Acids Res. 2012, 40, D 84 -D 90
8. D. Maglott, J. Ostell, K. D. Pruitt, T. Tatusova, Nucleic Acids Res. 2011, 39, D 52 -D 57
9. T. Mituyama, K. Yamada, E. Hattori, H. Okida, Y. Ono, G. Terai, A. Yoshizawa, T. Komori, K. Asai, Nucleic Acids Res. 2009, 37, D 89 -D 92
10. R. L. Seal, S. M. Gordon, M. J. Lush, M. W. Wright, E. A. Bruford, Nucleic Acids Res. 2011, 39, D 514 -D 519.
11. N. Rosen, V. Chalifa-Caspi, O. Shmueli, A. Adato, M. Lapidot, J. Stampnitzky, M. Safran, D. Lancet, Bioinformatics 2003, 19 (suppl .1), i 222 -i 224.
12. D. Groth, H. Lehrach, S. Hennig, Nucleic Acids Res. 2004, 32, W 313 -W 317.
13. G. Dennis Jr., B. T. Sherman, D. A. Hosack, J. Yang, W. Gao, H. C. Lane, R. A. Lempicki, Genome Biol. 2003, 4, P 3
14. G. Stelzer, A. Inger, T. Olender, T. Iny-Stein, I. Dalah, A. Harel, M. Safran, D. Lancet, OMICS 2009, 13, 477-487.
15. A. Kato, K. Touhara, Cell. Mol. Life Sci. 2009, 66, 3743-3753.
16. I. Menashe, O. Man, D. Lancet, Y. Gilad, Nat. Genet. 2003, 34, 143-144
17. T. Olender, S. M. Waszak, M. Viavant, M. Khen, E. Ben-Asher, A. Reyes, N. Nativ, C. J. Wysocki, D. Ge, D. Lancet, BMC Genomics 2012, 13, 414.
18. M. Safran, V. Chalifa-Caspi, O. Shmueli, T. Olender, M. Lapidot, N. Rosen, M. Shmoish, Y. Peter, G. Glusman, E. Feldmesser, A. Adato, I. Peter, M. Khen, T. Atarot, Y. Groner, D. Lancet, Nucleic Acids Res. 2003, 31, 142-146
19. T. Olender, E. Feldmesser, T. Atarot, M. Eisenstein, D. Lancet, GMR, Genet. Mol. Res. 2004, 3, 545-553.
20. G. Glusman, A. Bahar, D. Sharon, Y. Pilpel, J. White, D. Lancet, Mamm. Genome 2000, 11, 1016-1023.
21. T. Olender, T. Fuchs, C. Linhart, R. Shamir, M. Adams, F. Kalush, M. Khen, D. Lancet, Genomics 2004, 83, 361-372.
22. R. Aloni, T. Olender, D. Lancet, Genome Biol. 2006, 7, R 88.
23. W. C. Warren, L. W. Hillier, J. A. Marshall .Graves, E. Birney, C. P. Ponting, F. Grützner, K. Belov, W. Miller, L. Clarke, A. T. Chinwalla, S. P. Yang, A. Heger, D. P. Locke, P. Miethke, P. D. Waters, F. Veyrunes, L. Fulton, B. Fulton, T. Graves, J. Wallis, X. S. Puente, C. Lõpez-Otin, G. R. Ordõñez, E. E. Eichler, L. Chen, Z. Cheng, J. E. Deakin, A. Alsop, K. Thompson, P. Kirby, A. T. Papenfuss, M. J. Wakefield, T. Olender, D. Lancet, G. A. Huttley, A. F. Smit, A. Pask, P. Temple-Smith, M. A. Batzer, J. A. Walker, M. K. Konkel, R. S. Harris, C. M. Whittington, E. S. Wong, N. J. Gemmell, E. Buschiazzo, I. M. Vargas .Jentzsch, A. Merkel, J. Schmitz, A. Zemann, G. Churakov, J. O. Kriegs, J. Brosius, E. P. Murchison, R. Sachidanandam, C. Smith, G. J. Hannon, E. Tsend-Ayush, D. McMillan, R. Attenborough, W. Rens, M. Ferguson-Smith, C. M. Lefèvre, J. A. Sharp, K. R. Nicholas, D. A. Ray, M. Kube, R. Reinhardt, T. H. Pringle, J. Taylor, R. C. Jones, B. Nixon, J.-L. Dacheux, H. Niwa, Y. Sekita, X. Huang, A. Stark, P. Kheradpour, M. Kellis, P. Flicek, Y. Chen, C. Webber, R. Hardison, J. Nelson, K. Hallsworth-Pepin, K. Delehaunty, C. Markovic, P. Minx, Y. Feng, C. Kremitzki, M. Mitreva, J. Glasscock, T. Wylie, P. Wohldmann, P. Thiru, M. N. Nhan, C. S. Pohl, S. M. Smith, S. Hou, M. Nefedov, P. J. de .Jong, M. B. Renfree, E. R. Mardis, R. K. Wilson, Nature 2008, 453, 175-183.
24. S. Hayden, M. Bekaert, T. A. Crider, S. Mariani, W. J. Murphy, E. C. Teeling, Genome Res. 2010, 20, 1-9.
25. E. Feldmesser, T. Olender, M. Khen, I. Yanai, R. Ophir, D. Lancet, BMC Genomics 2006, 7, 121.
26. D. Thierry-Mieg, J. Thierry-Mieg, Genome Biol. 2006, 7 (suppl .1), S 12.
27. O. Man, Y. Gilad, D. Lancet, Protein Sci. 2004, 13, 240-254.
28. M. Q. Nguyen, Z. Zhou, C. A. Marks, N. J. Ryba, L. Belluscio, Cell 2007, 131, 1009-1017
29. T. Imai, H. Sakano, Results Probl. Cell Differ. 2009, 47, 57-75.
30. O. De .la .Cruz, R. Blekhman, X. Zhang, D. Nicolae, S. Firestein, Y. Gilad, Mol. Biol. Evol. 2009, 26, 491-494.
31. N. Fukuda, K. Yomogida, M. Okabe, K. Touhara, J. Cell Sci. 2004, 117, 5835-5845.
32. L. L. Xu, B. G. Stackhouse, K. Florence, W. Zhang, N. Shanmugam, I. A. Sesterhenn, Z. Zou, V. Srikantan, M. Augustus, V. Roschke, K. Carter, D. G. McLeod, J. W. Moul, D. Soppett, S. Srivastava, Cancer Res. 2000, 60, 6568-6572.
33. I. Menashe, T. Abaffy, Y. Hasin, S. Goshen, V. Yahalom, C. W. Luetje, D. Lancet, PLoS Biol. 2007, 5, e 284
34. A. Keller, H. Zhuang, Q. Chi, L. B. Vosshall, H. Matsunami, Nature 2007, 449, 468-472
35. J. F. McRae, J. D. Mainland, S. R. Jaeger, K. A. Adipietro, H. Matsunami, R. D. Newcomb, Chem. Senses 2012, 37, 585-593.
36. I. Keydar, E. Ben-Asher, E. Feldmesser, N. Nativ, A. Oshimoto, D. Restrepo, H. Matsunami, M.-S. Chien, J. M. Pinto, Y. Gilad, T. Olender, D. Lancet, Hum. Mutat. 2013, 34, 32-41.
37. G. P. Sykiotis, N. Pitteloud, S. B. Seminara, U. B. Kaiser, W. F. Crowley Jr., Sci. Transl. Med. 2010, 2, 32rv 2.
38. J. N. Hirschhorn, M. J. Daly, Nat. Rev. Genet. 2005, 6, 95-108.
39. R. H. Scheuermann, W. Ceusters, B. Smith, Summit on Translat Bioinforma 2009, 116-120
40. O. Bodenreider, A. Burgun, in Proceedings of the First International Conference on Biomedical Ontology (ICBO 2009), July 24-26, 2009, Buffalo, NY, 39-42.
41. A. A. o. H. D. Systems, A. H. Association, A. o. H. Records, C. o. C. Classifications, W. H. O. C. f. C. o. D. f. N. America, The International Classification of Diseases, 9th Revision, Clinical Modification, 1991, Ann Arbor: Comm on Profess & Hosp Act, 1991
42. W. H. Organization, International Statistical Classification of Diseases and Related Health Problems, Tenth Revision: Introduction; list of three-character categories; tabular list of inclusions and four-character subcategories; morphology of neoplams; special tabulation lists for mortality and morbidity; definitions; regulations, World Health Organization, 1992. See: http://apps.who.int/classifications/icd10/browse/2010/en
43. D. A. Lindberg, B. L. Humphreys, A. T. McCray, Methods Inf. Med. 1993, 32, 281-291.
44. L. M. Schriml, C. Arze, S. Nadendla, Y. W. Chang, M. Mazaitis, V. Felix, G. Feng, W. A. Kibbe, Nucleic Acids Res. 2012, 40, D 940 -D 946.
45. A. Hamosh, A. F. Scott, J. S. Amberger, C. A. Bocchini, V. A. McKusick, Nucleic Acids Res. 2005, 33, D 514 -D 517
46. A. D. Baxevanis, Curr. Protoc. Hum. Genet. 2012, 73, Unit 9.13.
47. S. Wild, G. Roglic, A. Green, R. Sicree, H. King, Diabetes Care 2004, 27, 1047-1053.
48. D. S. Wishart, C. Knox, A. C. Guo, R. Eisner, N. Young, B. Gautam, D. D. Hau, N. Psychogios, E. Dong, S. Bouatra, R. Mandal, I. Sinelnikov, J. Xia, L. Jia, J. A. Cruz, E. Lim, C. A. Sobsey, S. Shrivastava, P. Huang, P. Liu, L. Fang, J. Peng, R. Fradette, D. Cheng, D. Tzur, M. Clements, A. Lewis, A. De .Souza, A. Zuniga, M. Dawe, Y. Xiong, D. Clive, R. Greiner, A. Nazyrova, R. Shaykhutdinov, L. Li, H. J. Vogel, I. Forsythe, Nucleic Acids Res. 2009, 37, D 603 -D 610.
49. C. Knox, V. Law, T. Jewison, P. Liu, S. Ly, A. Frolkis, A. Pon, K. Banco, C. Mak, V. Neveu, Y. Djoumbou, R. Eisner, A. C. Guo, D. S. Wishart, Nucleic Acids Res. 2011, 39, D 1035 -D 1041.
50. R. Fechete, A. Heinzel, P. Perco, K. Monks, J. Sollner, G. Stelzer, S. Eder, D. Lancet, R. Oberbauer, G. Mayer, B. Mayer, Proteomics: Clin. Appl. 2011, 5, 354-366.
51. J. M. Rizzo, M. J. Buck, Cancer Prev. Res. 2012, 5, 887-900.
52. B. Rabbani, N. Mahdieh, K. Hosomichi, H. Nakaoka, I. Inoue, J. Hum. Genet. 2012, 57, 621-632.
53. D. Oz-Levi, B. Ben-Zeev, E. K. Ruzzo, Y. Hitomi, A. Gelman, K. Pelak, Y. Anikster, H. Reznik-Wolf, I. Bar-Joseph, T. Olender, A. Alkelai, M. Weiss, E. Ben-Asher, D. Ge, K. V. Shianna, Z. Elazar, D. B. Goldstein, E. Pras, D. Lancet, Am. J. Hum. Genet. 2012, 91, 1065-1072.
54. N. O. Stitziel, A. Kiezun, S. Sunyaev, Genome Biol. 2011, 12, 227
55. S. Coutant, C. Cabot, A. Lefebvre, M. Léonard, E. Prieur-Gaston, D. Campion, T. Lecroq, H. Dauchel, BMC Bioinformatics 2012, 13 (suppl .14), S 9.
56. F. M. Watt, R. R. Driskell, Philos. Trans. R. Soc., B 2010, 365, 155-163.
57. M. D. West, C. Mason, Regener. Med. 2007, 2, 329-333.
58. I. Menashe, R. Aloni, D. Lancet, BMC Bioinformatics 2006, 7, 393.
59. N. Rappaport, N. Nativ, G. Stelzer, M. Twik, Y. Guan-Golan, T. I. Stein, I. Bahir, F. Belinky, C. P. Morrey, M. Safran, D. Lancet, Database 2013, in press; DOI: 10.1093/database/bat018.