PDECO: Parallel differential evolution for clusters optimization

Journal of Computational Chemistry

Volumn 34, Issue 12, 2013, Pages 1046-1059

  Chen, Zhanghui ^a   Jiang, Xiangwei ^a   Li, Jingbo ^a   Li, Shushen ^a   Wang, Linwang ^b  

^a INSTITUTE OF SEMICONDUCTORS   (China)

^b LAWRENCE BERKELEY NATIONAL LABORATORY   (United States)

Author keywords

clusters; optimization; parallel differential evolution; platinum

Indexed keywords

ATOMIC AND MOLECULAR CLUSTERS; CLUSTERS; DENSITY FUNCTIONAL THEORY CALCULATIONS; DIFFERENTIAL EVOLUTION; GLOBAL SEARCHING ABILITY; HIGHEST OCCUPIED MOLECULAR ORBITAL; LENNARD-JONES CLUSTER; LOWEST UNOCCUPIED MOLECULAR ORBITAL;

ATOMS; CATALYSIS; COBALT; ELECTRONIC PROPERTIES; EVOLUTIONARY ALGORITHMS; OPTIMIZATION; PARALLEL ARCHITECTURES; PLATINUM; PLATINUM COMPOUNDS;

CLUSTERING ALGORITHMS;

EID: 84875879963     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.23235     Document Type: Article

References (93)

1. T. P. Martin, Phys. Reports 1996, 273, 199.
2. L. D. Marks, Reports Prog. Phys. 1994, 57, 603.
3. R. L. Johnston, Atomic and Molecular Clusters; Taylor and Francis: London, UK, 2002.
4. M. Moseler, H. Häkkinen, R. N. Barnett, U. Landman, Phys. Rev. Lett. 2001, 86, 2545.
5. D. J. Wales, H. A. Scheraga, Science 1999, 285, 1368.
6. J. P. K. Doye, Phys. Rev. B 2003, 68, 195418.
7. M. D. Wolf, U. Landman, J. Phys. Chem. A 1998, 102, 6129.
8. B. Huber, M. Moseler, O. Kostko, B. v. Issendorff, Phys. Rev. B 2009, 80, 235425.
9. A. A. Sokol, C. R. A. Catlow, M. Miskufova, S. A. Shevlin, A. A. Al-Sunaidi, A.; Walsh, S. M. Woodley, Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 8438.
10. S. M. Woodley, C. R. A Catlow, Nature Mater. 2008, 7, 937.
11. S. M. Woodley, S. Hamad, C. R. A. Catlow, Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 8454.
12. C. R. A. Catlow, S. T. Bromley, S. Hamad, M. Mora-Fonz, A. A. Sokol, S. M. Woodley, Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 786.
13. W. Q. Huang, X. J. Lai, R. C. Xu, Chem. Phys. Lett. 2011, 507, 199.
14. X. J. Lai, W. Q. Huang, R. C. Xu, J. Phys. Chem. A 2011, 115, 5021.
15. J. P. K. Doye, D. J. Wales, J. Phys. Chem. A 1997, 101, 5111.
16. R. H. Leary, J. P. K. Doye, Phys. Rev. E 1999, 60, R6320.
17. R. H. Leary, J. Global Optim. 2000, 18, 367.
18. L. X. Zhan, J. Z. Y. Chen, W. K. Liu, S. K. Lai, J. Chem. Phys. 2005, 122, 244707.
19. H. G. Kim, S. K. Choi, H. M. Lee, J. Chem. Phys. 2008, 128, 144702.
20. A. Uhlherr, Comput. Phys. Commun. 2003, 155, 31.
21. S. Hayryan, C. K. Hu, S. Y. Hu, R. J. Shang, J. Comput. Chem. 2001, 22, 1287.
22. D. J. Adams, J. Comput. Phys. 1988, 75, 138.
23. X. G. Shao, L. J. Cheng, W. S. Cai, J. Comput. Chem. 2004, 25, 1693.
24. X. L. Yang, W. S. Cai, X. G. Shao, J. Comput. Chem. 2007, 28, 1427.
25. X. G. Shao, X. L. Yang, W. S. Cai, J. Comput. Chem. 2008, 29, 1772.
26. X. Wu, W. S. Cai, X. G. Shao, Chem. Phys. 2009, 363, 72.
27. L. Davis, Handbook of Genetic Algorithms; Van Nostrand Reinhold: New York, 1991.
28. J. R. Morris, D. M. Deaven, K. M. Ho, Phys. Rev. B 1996, 53, 1740.
29. B. Hartke, J. Phys. Chem. 1993, 97, 9973.
30. Y. Xiao, D. E. Williams, Chem. Phys. Lett. 1993, 215, 17.
31. Y. Zeiri, Phys. Rev. E 1995, 51, 2769.
32. Y. Zeiri, J. Phys. Chem. A 1998, 102, 2785.
33. D. M. Deaven, K. M. Ho, Phys. Rev. Lett. 1995, 75, 288.
34. D. M. Daven, N. Tit, J. R. Morris, K. M. Ho, Chem. Phys. Lett. 1996, 256, 195.
35. W. J. Pullan, J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1997, 37, 1189.
36. C. Roberts, R. L. Johnston, N. T. Wilson, Theor. Chim. Acta 2000, 104, 123.
37. R. L. Johnston, Dalton Trans. 2003, 22, 4193.
38. O. Oña, V. E. Bazterra, M. C. Caputo, J. C. Facelli, P. Fuentealba, M. B. Ferraro, Phys. Rev. A 2006, 73, 053203.
39. D. X. Tian, H. L. Zhang, J. J. Zhao, Solid State Commun. 2007, 144, 174.
40. J. Rogan, G. García, M. Ramírez, V. Muñoz, J. A. Valdivia, X. Andrade, R. Ramírez, M. Kiwi, Nanotechnology 2008, 19, 205701.
41. K. Oleksy, F. Karlický, R. Kalus, J. Chem. Phys. 2010, 133, 164314.
42. J. L. Llanio-Trujillo, J. M. C. Marques, F. B. Pereira, J. Phys. Chem. A 2011, 115, 2130.
43. C. Gollub, R. de Vivie-Riedle, Phys. Rev. A 2009, 79, 21401.
44. Y. C. Wang, J. Lv, L. Zhu, Y. M. Ma, Phys. Rev. B 2010, 82, 094116.
45. W. S. Cai, H. Y. Jiang, X. G. Shao, J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2002, 42, 1099.
46. R. Storn, K. Price, Differential Evolution-A simple and efficient adaptive scheme for global optimization over continuous spaces, 1995.
47. R. Storn, K. Price, In Proceedings of IEEE International Conference on Evolutionary Computation 1996; pp. 842-844.
48. K. V. Price, In Proceedings of IEEE International Conference on Evolutionary Computation 1997; pp. 153-157.
49. R. Storn, K. Price, Dr. Dobb's J. 1997, 22, 18.
50. R. Storn, K. Price, J. Global Optim. 1997, 11, 341.
51. J. Ilonen, J.-K. Kamarainen, J. Lampinen, Neural Process. Lett. 2003, 93.
52. H. Y. Fan, J. N. Lampinen, J. Global Optim. 2003, 27, 105.
53. J. Brest, S. Greiner, B. Boskovic, M. Mernik, V. Zumer, IEEE Trans. Evol. Comput. 2006, 10, 646.
54. S. Rahnamayan, H. R. Tizhoosh, M. M. A. Salama, IEEE Trans Evol. Comput. 2008, 12, 64.
55. S. Das, A. Abraham, U. K. Chakraborty, A. Konar, IEEE Trans. Evol. Comput. 2009, 13, 526.
56. A. K. Qin, V. L. Huang, P. N. Suganthan, IEEE Trans. Evol. Comput. 2009, 13, 398.
57. J. Zhang, A. C. Sanderson, IEEE Trans. Evol. Comput. 2009, 13, 945.
58. F. Neri, V. Tirronen, Artif. Intell. Rev. 2010, 33, 61.
59. B. Dorronsoro, P. Bouvry, IEEE Trans. Evol. Comput. 2011, 15, 67.
60. E. Mininno, F. Neri, F. Cupertino, D. Naso, IEEE Trans. Evol. Comput. 2011, 15, 32.
61. S. Das, P. N. Suganthan, IEEE Trans. Evol. Comput. 2011, 15, 4.
62. D. K. Tasoulis, N. G. Pavlidis, V. P. Plagianakos, M. N. Vrahatis, Proc. IEEE Int. Congress Evol. Comput. 2004, 2, 2023.
63. D. Zaharie, D. Petcu, Concurrent Inf. Process. Comput. IOS Press, 2005, 223.
64. W. Kwedlo, K. Bandurski, In Proceedings of International Symposium on Parallel Computing in Electrical Engineering 2006, pp. 319-324.
65. C. T. Cheng, W. C. Wang, D. M. Xu, K. W. Chau, Water Resour. Manage. 2008, 22, 895.
66. X. F. Yan, D. Z. Chen, S. X. Hu, Comput. Chem. Eng. 2003, 27, 1393.
67. D. C. Liu, J. Nocedal, Math. Program. 1989, 45, 503.
68. R. P. Gupta, Phys. Rev. B 1981, 23, 6265.
69. F. Cleri, V. Rosato, Phys. Rev. B 1993, 48, 22.
70. Paz-Borbõn, L. O.,;, Johnston, R. L.,;, Barcaro, G.,;, Fortunelli, A., Journal of Physical Chemistry C 2007, 111, 2936-2941.
71. H. Y. Jiang, W. S. Cai, X. G. Shao, Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 4782.
72. L. J. Cheng, W. S. Cai, X. G. Shao, Chem. Phys. Lett. 2005, 404, 182.
73. X. S. Xu, S. Y. Yin, R. Moro, W. A. de Heer, Phys. Rev. Lett. 2005, 95, 237209.
74. B. Gojdka, V. Hrkac, T. Strunskus, V. Zaporojtchenko, L. Kienle, F. Faupel, Nanotechnology 2011, 22, 465704.
75. S. Datta, M. Kabir, S. Ganguly, B. Sanyal, T. Saha-Dasgupta, A. Mookerjee, Phys. Rev. B 2007, 76, 014429.
76. K. Yamamoto, T. Imaoka, W. J. Chun, O. Enoki, H. Katoh, M. Takenaga, A. Sonoi, Nat. Chem. 2009, 1, 397.
77. G. N. Vayssilov, Y. Lykhach, A. Migani, T. Staudt, G. P. Petrova, N. Tsud, T. Skála, A. Bruix, F. Illas, K. C. Prince, V. Matoln, K. M. Neyman, J. Libuda, Nat. Mat. 2011, 10, 310.
78. A. D. Allian, K. Takanabe, K. L. Fujdala, X. Hao, T. J. Truex, J. Cai, C. Buda, M. Neurock, E. Iglesia, J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 4498.
79. Y. H. Chin, C. Buda, M. Neurock, E. Iglesia, J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 15958.
80. S. Vajda, M. J. Pellin, J. P. Greeley, C. L. Marshall, L. A. Curtiss, G. A. Ballentine, J. W. Elam, S. Catillon-Mucherie, P. C. Redfern, F. Mehmood, Nat. Mat. 2009, 8, 213.
81. M. W. Small, S. I. Sanchez, N. S. Marinkovic, A. I. Frenkel, R. G. Nuzzo, ACS Nano 2012, 6, 5583.
82. A. Vargas, G. Santarossa, A. Baiker, J. Phys. Chem. C 2011, 115, 10661.
83. E. J. Yoo, T. Okata, T. Akita, M. Kohyama, J. Nakamura, I. Honma, Nano Lett. 2009, 9, 2255.
84. G. N. Vayssilov, A. Migani, K. Neyman, J. Phys. Chem. C 2011, 115, 16081.
85. J. P. K. Doye, D. J. Wales, New J. Chem. 1998, 22, 733.
86. V. Kumar, Y. Kawazoe, Phys. Rev. B 2008, 77, 205418.
87. S. K. Lai, P. J. Hsu, K. L. Wu, W. K. Liu, M. Iwamatsu, J. Chem. Phys. 2002, 117, 10715.
88. J. P. K. Doye, J. Chem. Phys. 2003, 119, 1136.
89. T. G. Schaaff, M. N. Shafigullin, J. T. Khoury, I. Vezmar, R. L. Whetten, W. G. Cullen, P. N. First, C. Gutierrez-Wing, J. Ascensio, M. J. Jose-Yacaman, J. Phys. Chem. B 1997, 101, 7885.
90. P. E. Blöuml, Phys. Rev. B 1994, 50, 17953.
91. G. Kresse, J. Hafner, Phys. Rev. B 1993, 47, 558.
92. J. P. Perdew, K. Burke, M. Ernzerhof, Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3865.
93. H. J. Monkhorst, J. D. Pack, Phys. Rev. B 1976, 13, 5188.