Theoretical study on the deglycosylation mechanism of rice BGlu1 β-glucosidase

International Journal of Quantum Chemistry

Volumn 113, Issue 8, 2013, Pages 1071-1075

  Wang, Jinhu ^a   Hou, Qianqian ^a   Sheng, Xiang ^a   Gao, Jun ^a   Liu, Yongjun ^a,b   Liu, Chengbu ^a  

^a SHANDONG UNIVERSITY   (China)

^b NORTHWEST INSTITUTE OF PLATEAU BIOLOGY   (China)

Author keywords

glucosidases; deglycosylation; laminaribiose; QM MM; reaction mechanism

Indexed keywords

CALCULATION RESULTS; DEGLYCOSYLATION; DOUBLE-DISPLACEMENT MECHANISMS; GLYCOSYL-ENZYME INTERMEDIATE; LAMINARIBIOSE; QM/MM; QUANTUM MECHANICAL/MOLECULAR MECHANICAL APPROACHES; REACTION MECHANISM;

MOLECULAR MODELING; POSITIVE IONS;

ENZYMES;

EID: 84874936118     PISSN: 00207608     EISSN: 1097461X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/qua.24131     Document Type: Article

References (42)

1. B. Henrissat, Biochem. J. 1991, 280, 309.
2. B. Henrissat, B. L. Cantarel, P. M. Coutinho, C. Rancurel, T. Bernard, V. Lombard, Nucleic Acids Res, 2009, 37, 233.
3. J. R. K. Cairns, A. Esen, Cel. Mol. Life Sci. 2010, 67, 3389.
4. J. R. K. Cairns, R. Opassiri, B. Pomthong, T. Onkoksoong, T. Akiyama, A. Esen, BMC Plant Biol 2006, 6, 33.
5. B. Brzobohaty, I. Moore, P. Kristoffersen, L. Bako, N. Campos, J. Schell, K. Palme, Science 1993, 262, 1051.
6. M. Mizutani, H. Nakanishi, J. Ema, S. J. Ma, E. Noguchi, M. Inohara-Ochiai, M. Fukuchi-Mizutani, M. Nakao, K. Sakata, Plant Phys. 2002, 130, 2164.
7. P. Isorna, J. Polaina, L. Latorre-Garcia, F. J. Canada, B. Gonzalez, J. Sanz-Aparicio, J. Mol. Biol. 2007, 371, 1204.
8. Y. Nijikken, T. Tsukada, K. Igarashi, M. Samejima, T. Wakagi, H. Shoun, S. Fushinobu, FEBS Lett. 2007, 581, 1514.
9. W. Chuenchor, S. Pengthaisong, J. Yuvaniyama, R. Opassiri, J. Svasti, J. R. K. Cairns, Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun. 2006, 62, 798.
10. W. Chuenchor, S. Pengthaisong, R. C. Robinson, J. Yuvaniyama, W. Oonanant, D. R. Bevan, A. Esen, C. J. Chen, R. Opassiri, J. Svasti, J. R. K. Cairns, J. Mol. Biol. 2008, 377, 1200.
11. T. Barrett, C. G. Suresh, S. P. Tolley, E. J. Dodson, M. A. Hughes, Structure 1995, 3, 951.
12. W. P. Burmeister, S. Cottaz, H. Driguez, S. Palmieri, B. Henrissat, Structure 1997, 5, 663.
13. M. Czjzek, M. Cicek, V. Zamboni, D. R. Bevan, B. Henrissat, A. Esen, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2000, 97, 13555.
14. M. Czjzek, M. Cicek, V. Zamboni, W. P. Burmeister, D. R. Bevan, B. Henrissat, A. Esen, Biochem J. 2001, 354, 37.
15. L. Verdoucq, M. Czjzek, J. Moriniere, D. R. Bevan, A. Esen, J. Biol. Chem. 2003, 278, 25055.
16. L. Verdoucq, J. Moriniere, D. R. Bevan, A. Esen, A. Vasella, B. Henrissat, M. Czjzek, J. Biol. Chem. 2004, 279, 31796.
17. M. Sue, K. Yamazaki, S. Yajima, T. Nomura, T. Matsukawa, H. Iwamura, T. Miyamoto, Plant Phys. 2006, 141, 1237.
18. L. Barleben, S. Panjikar, M. Ruppert, J. Koepke, J. Stockigt, Plant Cell 2007, 19, 2886.
19. S. Seshadri, T. Akiyama, R. Opassiri, B. Kuaprasert, J. K. Cairns, Plant Phys. 2009, 151, 47.
20. R. Opassiri, J. R. K. Cairns, T. Akiyama, O. Wara-Aswapati, J. Svasti, A. Esen, Plant Sci. 2003, 165, 627.
21. R. Opassiri, Y. L. Hua, Wara-O. Aswapati, T. Akiyama, J. Svasti, A. Esen, J. R. K. Cairns, Biochem. J. 2004, 379, 125.
22. W. Chuenchor, S. Pengthaisong, R. C. Robinson, J. Yuvaniyama, J. Svasti, J. R. K. Cairns, J. Struct. Biol. 2011, 173, 169.
23. D. E. Koshland, S. S. Stein, J. Biol. Chem. 1954, 208, 139.
24. N. F. Brás, S. A. Moura-Tamames, P. A. Fernandes, M. J. Ramos, J. Comput. Chem. 2008, 29, 2565.
25. N. F. Brás, M. J. Ramos, P. A. Fernandes, J. Mol. Struct. Theochem. 2010, 946, 125.
26. D. G. Xu, J. L. Liu, X. M. Wang, J. Phys. Chem. B 2010, 114, 1462.
27. J. H. Wang, Q. Q. Hou, L. H. Dong, Y. J. Liu, C. B. Liu, J. Mol. Graph. Model. 2011, 30, 148.
28. A. Warshel, M. Levitt, J. Mol. Biol. 1976, 103, 227.
29. M. J. Field, P. A. Bash, M. Karplus, J. Comput. Chem. 1990, 11, 700.
30. J. L. Gao, D. G. Truhlar, Annu. Rev. Phys. Chem. 2002, 53, 467.
31. H. M. Senn, W. Thiel, Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 2009, 48, 1198.
32. W. Humphrey, A. Dalke, K. Schulten, J. Mol. Graph. 1996, 14, 33.
33. B. R. Brooks, R. E. Bruccoleri, B. D. Olafson, D. J. States, S. Swaminathan, M. Karplus, J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
34. A. D. MacKerell Jr., D. Bashford, M. Bellot, R. L. Dunbrack Jr., J. D. Evanseck, M. J. Field, S. Fischer, J. Gao, H. Guo, S. Ha, D. Joseph-McCarthy, L. Kuchnir, K. Kuczera, F. T. K. Lau, C. Mattos, S. Michnick, T. Ngo, D. T. Nguyen, B. Prodhom, W. E. Reiher III., B. Roux, M. Schlenkrich, J. C. Smith, R. Stote, J. Straub, M. Watanabe, J. Wi-orkiewicz-Kuczera, D. Yin, M. Karplus, J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
35. R. Ahlrichs, M. Bar, M. Haser, H. Horn, C. Kolmel, Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 165.
36. W. Smith, T. R. Forester, J. Mol. Graph. Model. 1996, 14, 136.
37. D. Bakowies, W. Thiel, J. Phys. Chem. 1996, 100, 10580.
38. P. Sherwood, A. H. de Vries, S. J. Collins, S. P. Greatbanks, N. A. Burton, M. A. Vincent, I. H. Hillier, Faraday Discuss. 1997, 106, 79.
39. A. H. de Vries, P. Sherwood, S. J. Collins, A. M. Rigby, M. Rigutto, G. J. Kramer, J. Phys. Chem. B 1999, 103, 6133.
40. P. Sherwood, A. H. de Vries, M. F. Guest, G. Schreckenbach, C. R. A. Catlow, S. A. French, A. A. Sokol, S. T. Bromley, W. Thiel, A. J. Turner, S. Billeter, F. Terstegen, S. Thiel, J. Kendrick, S. C. Rogers, J. Casci, M. Watson, F. King, E. Karlsen, M. Sjovoll, A. Fahmi, A. Schafer, C. Lennartz, J. Mol. Struct. Theochem. 2003, 632, 1.
41. H. L. Woodcock, M. Hodoscek, B. R. Brooks, J. Phys. Chem. A 2007, 111, 5720.
42. D. L. Zechel, S. G. Withers, Acc. Chem. Res. 2000, 33, 11.