Nanoscale squeezing in elastomeric nanochannels for single chromatin linearization

Nano Letters

Volumn 12, Issue 12, 2012, Pages 6480-6484

  Matsuoka, Toshiki ^a   Kim, Byoung Choul ^a   Huang, Jiexi ^a   Douville, Nicholas Joseph ^a   Thouless, M D ^a   Takayama, Shuichi ^a,b  

^a UNIVERSITY OF MICHIGAN   (United States)

^b Ulsan National Institute of Science and Technology   (South Korea)

Author keywords

biopolymer; epigenetics; Nanochannel; nanoconfinement

Indexed keywords

EPIGENETICS; HYDRODYNAMIC FLOWS; NANO CHANNELS; NANO SCALE; NANOCONFINEMENTS; UNIQUE FEATURES;

BIOMOLECULES; BIOPOLYMERS; LINEARIZATION; NANOTECHNOLOGY;

CHROMOSOMES;

DNA; ELASTOMERIC; NANOMATERIAL; POLYMER;

ARTICLE; CHEMISTRY; CHROMATIN; HELA CELL; HUMAN; METHODOLOGY; NANOTECHNOLOGY;

CHROMATIN; DNA; HELA CELLS; HUMANS; NANOSTRUCTURES; NANOTECHNOLOGY; POLYMERS;

EID: 84870946470     PISSN: 15306984     EISSN: 15306992     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/nl304063f     Document Type: Article

References (30)

1. Perkins, T. T.; Smith, D. E.; Larson, R. G.; Chu, S. Science 1995, 268, 83-7
2. Perkins, T. T.; Smith, D. E.; Chu, S. Science 1997, 276, 2016-21
3. Reisner, W.; Morton, K. J.; Riehn, R.; Wang, Y. M.; Yu, Z.; Rosen, M.; Sturm, J. C.; Chou, S. Y.; Frey, E.; Austin, R. H. Phys. Rev. Lett. 2005, 94, 196101
4. Cipriany, B. R.; Zhao, R.; Murphy, P. J.; Levy, S. L.; Tan, C. P.; Craighead, H. G.; Soloway, P. D. Anal. Chem. 2010, 82, 2480-7
5. Cipriany, B. R.; Murphy, P. J.; Hagarman, J. A.; Cerf, A.; Latulippe, D.; Levy, S. L.; Benitez, J. J.; Tan, C. P.; Topolancik, J.; Soloway, P. D.; Craighead, H. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U S A 2012, 109, 8477-82
6. Lam, E. T.; Hastie, A.; Lin, C.; Ehrlich, D.; Das, S. K.; Austin, M. D.; Deshpande, P.; Cao, H.; Nagarajan, N.; Xiao, M.; Kwok, P. Y. Nat. Biotechnol. 2012, 30, 771-6
7. Reisner, W.; Pedersen, N. J.; Austin, H. R. Rep. Prog. Phys. 2012, 106601
8. Persson, F.; Tegenfeldt, O. J. Chem. Soc. Rev. 2010, 39, 985-99
9. Douville, N.; Huh, D.; Takayama, S. Anal. Bioanal. Chem. 2008, 391, 2395-409
10. Chantiwas, R.; Park, S.; Soper, A. S.; Kim, BC.; Takayama, S.; Sunkara, V.; Hwang, H.; Cho, Y.-K. Chem. Soc. Rev. 2011, 40, 3677-702
11. Perkins, T. T.; Quake, S. R.; Smith, D. E.; Chu, S. Science 1994, 264, 822-6
12. Kim, Y.; Kim, K. S.; Kounovsky, K. L.; Chang, R.; Jung, G. Y.; dePablo, J. J.; Jo, K.; Schwartz, D. C. Lab Chip 2011, 11, 1721-9
13. Campbell, A. M.; Cotter, R. I.; Pardon, J. F. Nucleic Acids Res. 1978, 5, 1571-80
14. Suau, P.; Bradbury, E. M.; Baldwin, J. P. Eur. J. Biochem. 1979, 97, 593-602
15. Woodcock, L. C.; Ghosh, P. R. Cold Spring Harbor Respect. Biol. 2010, 2, a000596
16. Tamaru, H. Genes. Dev. 2010, 24, 1465-78
17. Fierz, B.; Muir, T. W. Nat. Chem. Biol. 2012, 8, 417-27
18. Nishino, Y.; Eltsov, M.; Joti, Y.; Ito, K.; Takata, H.; Takahashi, Y.; Hihara, S.; Frangakis, A. S.; Imamoto, N.; Ishikawa, T.; Maeshima, K. EMBO J. 2012, 31, 1644-53
19. Mills, K. L.; Huh, D.; Takayama, S.; Thouless, M. D. Lab Chip 2010, 10, 1627-30
20. Huh, D.; Mills, K. L.; Zhu, X.; Burns, M. A.; Thouless, M. D.; Takayama, S. Nat. Mater. 2007, 6, 424-8
21. Bustamante, C.; Marko, J. F.; Siggia, E. D.; Smith, S. Science 1994, 265, 1599-600
22. Marko, J. F.; Siggia, E. D. Macromolecules 1995, 28, 8759-8770
23. Collepardo-Guevara, R.; Schlick, T. Nucl. Acid Res. 2012, 1-15
24. Collepardo-Guevara, R.; Schlick, T. Biophys. J. 2011, 101, 1670-80
25. Xiao, B.; Freedman, S. B.; Miller, E. K.; Heald, R.; Marko, F. J. Mol. Biol. Cell 2012, 10/1091
26. Schlick, T.; Hayes, J.; Grigoryev, S. J. Biol. Chem. 2012, 287, 5183-91
27. Streng, D. E.; Lim, S. F.; Pan, J.; Karpusenka, A.; Riehn, R. Lab Chip 2009, 9, 2772-4
28. Smith, D. E.; Babcock, H. P.; Chu, S. Science 1999, 283, 1724-7
29. Rasmussen, K. H.; Marie, R.; Lange, J. M.; Svendsen, W. E.; Kristensen, A.; Mir, K. U. Lab Chip 2011, 11, 1431-3
30. Cerf, A.; Tian, C. H.; Craighead, G. H. ACS Nano 2012, 6, 7928-34