Atomistic simulations of a multicomponent asymmetric lipid bilayer

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 45, 2012, Pages 13403-13410

  Polley, Anirban ^a   Vemparala, Satyavani ^b   Rao, Madan ^a,c  

^a RAMAN RESEARCH INSTITUTE   (India)

^b INSTITUTE OF MATHEMATICAL SCIENCES   (India)

^c TATA INSTITUTE OF FUNDAMENTAL RESEARCH   (India)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ATOMISTIC MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; ATOMISTIC SIMULATIONS; BI-LAYER; BILAYER SYSTEMS; CHOLESTEROL MOLECULES; DOMAIN FORMATION; GROWING DOMAINS; HIGH-RESOLUTION MICROSCOPY; INITIAL STAGES; MIXED PHASE; MULTICOMPONENTS; PHYSICAL ENVIRONMENTS; SPATIAL VARIATIONS; TAGGED PARTICLE;

CELL MEMBRANES; CYTOLOGY; LIPID BILAYERS; MOLECULES;

CHOLESTEROL;

1-PALMITOYL-2-OLEOYLPHOSPHATIDYLCHOLINE; 2 OLEOYL 1 PALMITOYLPHOSPHATIDYLCHOLINE; CHOLESTEROL; PALMITOYLSPHINGOMYELIN; PHOSPHATIDYLCHOLINE; SPHINGOMYELIN;

ARTICLE; CHEMISTRY; LIPID BILAYER;

CHOLESTEROL; LIPID BILAYERS; PHOSPHATIDYLCHOLINES; SPHINGOMYELINS;

EID: 84869193583     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp3032868     Document Type: Article

References (64)

1. Devaux, P. F.; Morris, R. Traffic 2004, 5, 241-246
2. Simons, K.; Ikonen, E. Nature 1997, 387, 569-572
3. Lingwood, D.; Simons, K. Science 2010, 327, 46-50
4. Mayor, S.; Rao, M. Traffic 2004, 5, 231-240
5. Hancock, J. F. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2006, 7, 456-462
6. Sharma, P.; Varma, R.; Sarasij, R. C.; Gousset, K.; Ira; Krishnamoorthy, G.; Rao, M.; Mayor, S. Cell 2004, 166, 577-589
7. Goswami, D.; Gowrishankar, K.; Bilgrami, S.; Ghosh, S.; Raghupathy, R.; Chadda, R.; Vishwakarma, R.; Rao, M.; Mayor, S. Cell 2008, 135, 1085-1097
8. Collins, M. D.; Keller, S. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 105, 124-128
9. Veatch, S. L.; Keller, S. L. Phys. Rev. Lett. 2002, 89, 268101-268104
10. Veatch, S. L.; Keller, S. L. Biophys. J. 2003, 85, 3074-3083
11. Baumgart, T.; Hess, S. T.; Webb, W. W. Nature 2003, 425, 821-824
12. Niemela, P. S.; Ollila, S.; Hyvonen, M. T.; Karttunen, M.; Vattulainen, I. Plos Comput. Biol. 2003, 3, 0304-0312
13. Esteban-Martin, S.; Risselada, H. J.; Salgado, J.; Marrink, S. J. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 15194-15202
14. Gurtovenko, A. A.; Vattulainen, I. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 5358-5359
15. Gurtovenko, A. A.; Vattulainen, I. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 4629-4634
16. Laradji, M.; Sunil Kumar, P. B. Phys. Rev. E 2006, 73, 040901
17. Wagner, A. J.; Loew, S.; May, S. Biophys. J. 2007, 93, 4268-4277
18. Perlmutter, J. D.; Sachs, J. N. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 6563-6577
19. Hansen, P. L.; Miao, L.; Ipsen, J. H. Phys. Rev. E 1998, 58, 2311-2323
20. Wallace, E. J.; Hooper, N. M.; Olmsted, P. D. Biophys. J. 2005, 88, 4072-4083
21. Allender, D. W.; Schick, M. Biophys. J. 2006, 91, 2928-2935
22. Egberts, E.; Marrink, S. J.; Berendsen, H. J. C. Eur. Biophys. J 1994, 22, 423-436
23. Berger, O.; Edholm, O.; Jahnig, F. Biophys. J. 1997, 72, 2002-2013
24. Tieleman, D. P.; Forrest, L. R.; Sansom, M. S. P.; Berendsen, H. J. C. Biochemistry 1998, 37, 17554-17561
25. Höltje, M.; Forster, T.; Brandt, B.; Engels, T.; von Rybinski, W.; Höltje, H. D. Biochim. Biophys. Acta 2001, 1511, 156-167
26. Niemelä, P.; Hyvönen, M. T.; Vattulainen, I. Biophys. J. 2004, 87, 2976-2989
27. Zhang, Z.; Bhide, S. Y.; Berkowitz, M. L. J. Phys. Chem. 2007, 111, 12888-12897
28. Khelashvili, G. A.; Scott, H. L. J. Chem. Phys. 2004, 120, 9841-9847
29. Aittoneimi, J.; Niemelä, P. S.; Hyvönen, M. T.; Karttunen, M.; Vattulainen, I. Biophys. J. 2007, 92, 1125-1137
30. Ohvo-Rekila, H. Prog. Lipid Res. 2002, 41, 66-97
31. Rog, T. Biophys. J. 2006, 91, 3756-3767
32. Bhide, S. Y.; Zhang, Z.; Berkowitz, M. L. Biophys. J. 2007, 92, 1284-1295
33. Kusumi, A.; Nakada, C.; Ritchie, K.; Murase, K.; Suzuki, K.; Murakoshi, H.; Kasai, R. S.; Kondo, J.; Fujiwara, T. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2005, 34, 351-378
34. Sahl, S. J.; Leutenegger, M.; Hilbert, M.; Hell, S. W.; Eggeling, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 6829-6834
35. Tieleman, D. P.; Berendsen, H. J. C. Biophys. J. 1998, 74, 2786-2801
36. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; Hermans, J. In Intermolecular Forces; Pullman, B., Ed.; D. Riedel Publishing Co.: Dordrecht, The Netherlands, 1981; pp 331-342.
37. Martinez, L.; Andrade, R.; Birgin, E. G.; Martinez, J. M. Comput. Chem. J. 2009, 30, 2157-2164
38. Koynova, R.; Caffrey, M. Biochim. Biophys. Acta 1998, 1376, 91-145
39. Koynova, R.; Caffrey, M. Biochim. Biophys. Acta 1995, 1255, 213-236
40. de Almeida, R. F. M.; Fedorov, A.; Prieto, M. Biophys. J. 2003, 85, 2406-2416
41. Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306-317
42. Patra, M.; Karttunen, M.; Hyvonen, M. T.; Falck, E.; Vattulainen, I. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 4485-4494
43. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463-1472
44. Miyamoto, S.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1992, 13, 952-962
45. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341
46. Safran, S. A. Statistical Mechanics of Membranes and Interfaces; Addison Wesley: Reading, MA, 1994.
47. Patra, M. Eur. Biophys. J. 2005, 35, 79-88
48. Bray, A. J. Adv. Phys. 2002, 51, 481-587
49. Pandit, S. A.; Jakonsson, E.; Scott, H. L. Biophys. J. 2004, 87, 3312-3322
50. Risselada, H. J.; Marrink, S. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 17367-17372
51. Chaikin, P. M.; Lubensky, T. C. Principles of Condensed Matter Physics; Cambridge University Press: Cambridge, UK, 2000.
52. Schafer, L. V.; de Jong, D. H.; Holt, A.; Rzepiela, A. J.; de Vries, A. H.; Poolman, B.; Killian, J. A.; Marrink, S. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 1343-1348
53. Rinia, H. A.; Snel, M. M. E.; van der Eerden, J. P. J. M.; de Kruijff, B. FEBS Lett. 2001, 501, 92-96
54. Pan, J.; Mills, T. T.; Nagle, S. T.; Nagle, J. F. Phys. Rev. Lett. 2008, 100, 198103
55. Soni, S. P.; LoCascio, D. S.; Liu, Y.; Williams, J. A.; Bittman, R.; Stillwell, W.; Wassall, S. R. Biophys. J. 2008, 95, 203-214
56. García-Sáez, A. J.; Chiantia, S.; Schwille, P. J. Biol. Chem. 2007, 282, 33537-33544
57. Brown, D. A.; London, E. J. Biol. Chem. 2000, 275, 17221-17224
58. Saslowsky, D. E.; Lawrence, J.; Ren, X.; Brown, D. A.; Henderson, R. M.; Edwardson, J. M. J. Biol. Chem. 2002, 277, 26966-26970
59. Kamal, M. A.; Pal, A.; Raghunathan, V. A.; Rao, M. EPL 2011, 95, 48004
60. Kamal, M. A.; Pal, A.; Raghunathan, V. A.; Rao, M. Phys. Rev. E 2012, 85, 051701 (9)
61. Watkins, E. B.; Miller, C. E.; Majewski, J.; Kuhl, T. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 6975-6980
62. Sarasij, R. C.; Mayor, S.; Rao, M. Biophys. J. 2007, 92, 3140-3158
63. Lindblom, G.; Orädd, G.; Filippov, A. Chem. Phys. Lipids 2006, 141, 179-184
64. Pralle, A.; Keller, P.; Florin, E. L.; Simons, K.; Hörber, J. K. Cell Biol. J. 2000, 148, 997-1008