Z-form DNA specific binding geometry of Zn(II) meso -tetrakis(N -methylpyridinium-4-yl)porphyrin probed by linear dichroism spectroscopy

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 32, 2012, Pages 9619-9626

  Gong, Lindan ^a   Jang, Yoon Jung ^a   Kim, Jinheung ^b   Kim, Seog K ^a  

^a Yeungnam University   (South Korea)

^b Ewha Womans University   (South Korea)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ABSORPTION SPECTROSCOPY; BINDING ENERGY; DICHROISM; DNA; ZINC; ZINC COMPOUNDS;

ABSORPTION REGION; AXIAL LIGAND; BINDING MODES; CD SIGNALS; CIRCULAR DICHROISM SPECTRA; DNA ABSORPTION; HELIX AXIS; LINEAR DICHROISM; LINEAR DICHROISM SPECTROSCOPIES; POLYNUCLEOTIDES; SORET BANDS; SPECIFIC BINDING; SPECTRAL PROPERTIES; STACKING INTERACTION; TETRAKIS; TRANSITION MOMENTS;

PORPHYRINS;

EID: 84865141196     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp3041346     Document Type: Article

References (52)

1. Pohl, F. M.; Jovin, T. M. J. Mol. Biol. 1972, 7, 375-396
2. Wang, A. H.-J.; Quigley, G. J.; Kolpak, F. J.; Crawford, J. L.; Van Boom, J. H.; Van der Marel, G.; Rich, A. Nature 1979, 282, 680-686
3. Jovin, T. M.; Soumpasis, D. M.; McIntoch, L. P. Annu. Rev. Phys. Chem. 1987, 38, 521-560
4. Rich, A.; Nordheim, A.; Wang, A. H.-J. Annu. Rev. Biochem. 1984, 53, 791-846
5. Rich, A.; Zhang, S. Nat. Rev. Genet. 2003, 4, 566-573
6. Herbert, A.; Alfken, J.; Kim, Y.-G.; Mian, I. S.; Nishimoto, K.; Rich, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997, 94, 8421-8426
7. Schwartz, T.; Rould, M. A.; Lowenhaupt, K.; Herbert, A.; Rich, A. Science 1999, 284, 1841-1845
8. Schwartz, T.; Behlke, J.; Lowenhaupt, K.; Heinemann, U.; Rich, A. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 761-765
9. Kim, Y.-G.; Muralinath, M.; Brandt, T.; Pearcy, M.; Hauns, K.; Lowenhaupt, K.; Jacobs, B. L.; Rich, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003, 100, 6974-6979
10. Lowenhaupt, K.; Oh, B.-K.; Kim, K. K.; Rich, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 1514-1518
11. Wittig, B.; Wolfl, S.; Dorbic, T.; Vahrson, W.; Rich, A. EMBO J. 1992, 11, 4653-4663
12. Brandt, T. A.; Jacobs, B. L. J. Virol. 2001, 75, 850-856
13. Oh, D. B.; Kim, Y. G.; Rich, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002, 101, 16666-16671
14. Kwon, J. A.; Rich, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 12759-12764
15. Takaoka, A.; Wang, Z.; Choi, M. K.; Yanai, H.; Negishi, H.; Ban., T.; Lu, Y.; Miyagishi, M.; Kodama, T.; Honda, K Nature 2007, 448, 501-505
16. Ray, B. K.; Dhar, S.; Shakya, A.; Ray, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011, 108, 103-108
17. Parkinson, A.; Hawken, M.; Hall, M.; Sanders, K. J.; Rodger, A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2000, 2, 5469-5478
18. Thomas, T. J.; Gunnia, U. B.; Thomas, T. J. Biol. Chem. 1991, 266, 6137-6141
19. Shimada, N.; Kano, A.; Maruyama, A. Adv. Funct. Mater. 2009, 19, 3590-3595
20. McGregor, T. D.; BalcarováZ., Qu, Y.; Tran, M.-C.; Zaludová, R.; Brabec, V.; Farrell, N. J. Inorg. Biochem. 1999, 77, 43-46
21. Möller, A.; Nordheim, A.; Kozlowski, S. A.; Patel, D. J.; Rich, A. Biochemistry 1984, 23, 54-62
22. Kim, S. K.; Eriksson, S.; Nordén, B. Biopolymers 1993, 33, 1677-1686
23. Wu, Z.; Tian, T.; Yu, J.; Weng, X.; Liu, Y.; Zhou, X. Angew. Chem., Int. Ed. 2011, 50, 11962-11967
24. Marzilli, L. G.; Banville, L. D.; Wilson, W. D. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 4188-4192
25. Guliaev, A. B.; Leontis, N. B. Biochemistry 1999, 38, 15425-15437
26. Kuroda, R.; Tanaka, H. J. Chem. Soc., Chem. Commun. 1994, 1575-1576
27. Sehlstedt, U.; Kim, S. K.; Carter, P.; Goodisman, J.; Vollano, J. K.; Nordén, B.; Dabrowiak, J. C. Biochemistry 1994, 33, 417-426
28. Schneider, H. J.; Wang, M. J. Org. Chem. 1994, 59, 7473-7478
29. Yun, B. H.; Jeon, S. H.; Cho, T.-S.; Yi, Y.; Sehlstedt, U.; Kim, S. K. Biophys. Chem. 1998, 70, 1-10
30. Lee, S.; Jeon, S. H.; Kim, B. J.; Han, S. W.; Jang, H. G.; Kim, S. K. Biophys. Chem. 2001, 92, 35-45
31. Lee, S.; Lee, Y. A.; Lee, H. M.; Lee, J. Y.; Kim, D. H.; Kim, S. K. Biophys. J. 2002, 83, 371-381
32. Marzilli, L. G. New J. Chem. 1990, 14, 409-420
33. Lipscomb, L. A.; Zhou, F. X.; Presnell, S. R.; Woo, R. J.; Peek, M. E.; Plaskon, R. R.; Williams, L. D. Biochemistry 1996, 35, 2818-2823
34. Ismail, M. A.; Rodger, P. M.; Rodger, A. J. Biomol. Struct. Dynam. 2000, Conversation 11, 335-348.
35. Pasternack, R. F. Chirality 2003, 15, 329-332
36. Lee, Y.-A.; Lee, S.; Cho, T.-S.; Kim, C.; Han, S. W.; Kim, S. K. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 11351-11355
37. Lee, Y.-A.; Kim, J.-O.; Cho, T.-S.; Song, R.; Kim, S. K. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8106-8107
38. Kim, J.-O.; Lee, Y.-A.; Yun, B. H.; Han, S. W.; Kwag, S. T.; Kim, S. K. Biophys. J. 2004, 86, 1012-1017
39. Jin, B.; Lee, H. M.; Lee, Y.-A.; Ko, J. H.; Kim, C.; Kim, S. K. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 2417-2424
40. Choi, J. K.; Sargsyan, G.; Shabbir-Hussain, M.; Holmes, A. E.; Balaz, M. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 10182-10188
41. DUrso, A.; Mammana, A.; Balaz, M.; Holmes, A. E.; Berova, N.; Lauceri, R.; Purrello, R. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 2046-2047
42. Balaz, M.; De Napoli, M.; Holmes, A. E.; Mammana, A.; Nakanishi, K.; Berova, N.; Purrello, R. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 4006-4009
43. DUrso, A.; Holmes, A. E.; Berova, N.; Balaz, M.; Purrello, R. Chem. Asian. J. 2011, 6, 3104-3109
44. Nordén, B.; Kubista, M.; Kurucsev, T. Q. Rev. Biophys. 1992, 25, 51-170
45. Rodger, A.; Nordén, B. Circular Dichroism and Linear Dichroism; Oxford Press: New York, 1997.
46. Nordén, B.; Seth, S. Appl. Spectrosc. 1985, 39, 647-655
47. Tuite, E.; Nordén, B. Bioorg. Med. Chem. 1995, 3, 701-711
48. Jin, B.; Min, K. S.; Han, S. W.; Kim, S. K. Biophys. Chem. 2009, 144, 38-45
49. Chirvony, V. S.; Galievsky, V. A.; Terekhov, S. N.; Dzhagarov, B. M.; Ermolenkov, V. V.; Turpin, P. Biospectroscopy 1999, 5, 302-312
50. Bejune, S. A.; Shelton, A. H.; McMillin, D. R. Inorg. Chem. 2003, 42, 8465-8475
51. Egli, M.; Williams, L. D.; Gao, Q.; Rich, A. Biochemistry 1991, 30, 11388-11402
52. Bancroft, B.; Williams, L. D.; Rich, A.; Egli, M. Biochemistry 1994, 33, 1073-1086