Quantum and classical dynamics simulations of ATP hydrolysis in solution

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 8, Issue 7, 2012, Pages 2328-2335

  Harrison, Christopher B ^a   Schulten, Klaus ^a  

^a University of Illinois at Urbana Champaign   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84863653841     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct200886j     Document Type: Article

References (61)

1. Abrahams, J. P.; Leslie, A. G.; Lutter, R.; Walker, J. E. Nature 1994, 370, 621-628
2. Dittrich, M.; Schulten, K. J. Bioenerg. Biomembr. 2005, 37, 441-444
3. Dittrich, M.; Hayashi, S.; Schulten, K. Biophys. J. 2003, 85, 2253-2266
4. Dittrich, M.; Hayashi, S.; Schulten, K. Biophys. J. 2004, 87, 2954-2967
5. Khalili-Araghi, F.; Gumbart, J.; Wen, P.-C.; Sotomayor, M.; Tajkhorshid, E.; Schulten, K. Curr. Opin. Struct. Biol. 2009, 19, 128-137
6. Vale, R. D.; Milligan, R. A. Science 2000, 288, 88-95
7. OBrien, M. C.; Flaherty, K. M.; McKay, D. B. J. Biol. Chem. 1996, 271, 15874-15878
8. Boyer, P. D. Annu. Rev. Biochem. 1997, 66, 717-749
9. Hong, Q. Annu. Rev. Phys. Chem. 2007, 58, 113-142
10. Williams, N. D. Biochim. Biophys. Acta, Proteins Proteomics 2004, 1697, 279-287
11. Dittrich, M.; Schulten, K. Structure 2006, 14, 1345-1353
12. Dittrich, M.; Yu, J.; Schulten, K. Top. Curr. Chem. 2006, 268, 319-347
13. George, P.; Witonsky, R. J.; Trachtman, M.; Wu, C.; Dorwat, W.; Richman, L.; Richman, W.; Shurayh, F.; Lentz, B. Biochim. Biophys. Acta 1970, 223, 1-15
14. Romero, P. J.; de Meis, L. J. Biol. Chem. 1989, 264, 7869-7873
15. de Meis, L. Biochim. Biophys. Acta 1989, 973, 333-349
16. Alberts, B.; Bray, D.; Lewis, J.; Raff, M.; Roberts, K.; Watson, J. D. Molecular Biology of The Cell, 3 rd ed.; Garland Science: New York, 1994; pp 821-827
17. Alberty, R. A. Biophys. Chem. 1998, 70, 109-119
18. Tribolet, R. Eur. J. Biochem. 1988, 170, 617-626
19. Wang, P.; Izatt, R. M.; Oscarson, J. L.; Gillespie, S. E. J. Sol. Chem. 1995, 24, 989-1012
20. Kennard, O.; Issacs, N. W.; Moherwell, W. D.; Coppola, J. C.; Wampler, D. L.; Larson, A. C.; Watson, D. G. Proc. R. Soc. London, Ser. A 1971, 325, 401-436
21. Larson, A. C. Acta Crystallogr. 1978, B34, 3601
22. Sugawara, Y.; Kamiya, N.; Iwasaki, H.; Ito, T.; Satow, Y. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 5440-5445
23. Erragh, F.; Boukhari, A.; Holt, E. Acta Crystallogr. 1996, C52, 1867-1869
24. Urabe, H.; Sugawara, Y.; Kasuya, T. Phys. Rev. B 1995, 51, 5666
25. Souhassou, M.; Lecomte, C.; Blessing, R. H. Acta Crystallogr. 1992, B48, 370-376
26. Admiraal, S. J.; Herschlag, D. Chem. Biol. 1995, 2, 729-739
27. Yang, Y.; Qiang, C. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 12439-12446
28. Schwarzi, S. M.; Smith, J. C.; Fischer, S. Biochemistry 2006, 45, 5830-5847
29. Ma, B.; Meredith, C.; Schaefer, H. F. J. Phys. Chem. 1995, 99, 3815-3822
30. Colvin, M. E.; Evleth, E.; Akacem, Y. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 4357-4362
31. Saint-Martin, H.; Ruiz-Vincent, L. E.; Ramirez-Solis, A. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 12167-12173
32. Johnson, J. R. T.; Panas, I. Chem. Phys. 2002, 276, 45-68
33. Akola, J.; Jones, R. O. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 11774-11783
34. Okimoto, N.; Yamanaka, K.; Ueno, J.; Hata, M.; Hoshino, T.; Tsuda, M. Biophys. J. 2001, 81, 2786-2794
35. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435-447
36. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kale, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781-1802
37. MacKerell, A. D., Jr. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616
38. Foloppe, N.; MacKerell, A. D., Jr. J. Comput. Chem. 2000, 21, 86-104
39. MacKerell, A. D., Jr.; Feig, M.; Brooks, C. L., III. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1400-1415
40. Yarne, D. A.; Tuckerman, M. E.; Martyna, G. J. J. Chem. Phys. 2001, 115, 3531-3539
41. Martyna, G. J.; Tuckerman, M. E. J. Chem. Phys. 1999, 110, 2810
42. Fang, B.; Deng, Y.; Martyna, G. Comput. Phys. Commun. 2007, 176, 531-538
43. B.F.; Martyna, G.; Deng, Y. Comput. Phys. Commun. 2007, 177, 362-377
44. Vadali, R. V.; Shi, Y.; Kumar, S.; Kale, L. V.; Tuckerman, M. E.; Martyna, G. J. J. Comput. Chem. 2004, 25, 2006-2022
45. Bohm, E.; Bhatele, A.; Kale, L.; Tuckerman, M.; Kumar, S.; Gunnells, J.; Martyna, G. IBM J. Res. Dev. 2008, 52, 159-175
46. Vadali, R. V.; Shi, Y.; Kumar, S.; Kale, L. V.; Tuckerman, M. E.; Martyna, G. J. J. Comput. Chem. 2004, 25, 2006-2022
47. Becke, A. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098-3100
48. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785-789
49. Grimme, S. J. Comput. Chem. 2006, 27, 1787-1799
50. Grimme, S. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1463-1471
51. VandeVondele, J.; Mohamed, F.; Krack, M.; Hutter, J.; Sprik, M.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 2005, 122, 014515
52. Santra, B.; Michaelides, A.; Fuchs, M.; Tkatchenko, A.; Filippi, C.; Scheffler, M. J. Chem. Phys. 2008, 129, 194111
53. Silvestrelli, P. L. Chem. Phys. Lett. 2009, 475, 285-288
54. Schmidt, J.; VandeVondele, J.; Kuo, I. W.; Sebastiani, D.; Siepmann, J. I.; Hutter, J.; Mundy, C. J. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 11959-11964
55. Troullier, N.; Martins, J. L. Phys. Rev. B 1991, 43, 1993-2006
56. Seung Lee, H.; Tuckerman, M. E.; Martyna, G. J. Comput. Phys. Commun. 2005, 6, 1827-1835
57. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435-447
58. Daura, X.; Gademann, K.; Jaun, B.; Seebach, D.; van Gunsteren, W. F.; Mark, A. E. Angew. Chem., Int. Ed. 1999, 38, 236-240
59. Davidson, A. L. J. Bacteriol. 2002, 84, 1225-1233
60. Boero, M.; Terakura, K.; Tateno, M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 8949-8957
61. Becker, O. M.; MacKerell, A. D.; Roux, B.; Watanabe, M. Computational Biochemistry and Biophysics; Marcel Dekker, Inc.: New York, 2001; pp 83-86