Substrate promiscuity in DNA methyltransferase M.PvuII. A mechanistic insight

Organic and Biomolecular Chemistry

Volumn 10, Issue 28, 2012, Pages 5395-5400

  Aranda, Juan ^a   Roca, Maite ^a   Tuñón, Iñaki ^a  

^a UNIVERSITY OF VALENCIA   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACTIVE SITE; AMINO GROUP; CATALYZING METHYLATION; COFACTORS; DNA METHYLATION; DNA METHYLTRANSFERASES; EVOLUTIONARY PATH; METHYL TRANSFERS; NITROGEN ATOM; PROMISCUOUS ACTIVITY; PROTEUS VULGARIS; QM/MM METHOD; REACTION MECHANISM; THERMUS AQUATICUS;

CATALYSIS; DEPROTONATION; ENZYME ACTIVITY; METHYLATION;

ALKYLATION;

ADENINE; CYTOSINE; DNA (CYTOSINE 5) METHYLTRANSFERASE; DNA MODIFICATION METHYLASE PVUII;

ARTICLE; CHEMISTRY; ENZYME ACTIVE SITE; ENZYME SPECIFICITY; ENZYMOLOGY; METABOLISM; METHYLATION; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEUS VULGARIS;

ADENINE; CATALYTIC DOMAIN; CYTOSINE; DNA-CYTOSINE METHYLASES; METHYLATION; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; PROTEUS VULGARIS; SUBSTRATE SPECIFICITY;

BACTERIA (MICROORGANISMS); PROTEUS VULGARIS; THERMUS AQUATICUS;

EID: 84863624471     PISSN: 14770520     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2ob07021a     Document Type: Article

References (36)

1. A. Jeltsch ChemBioChem 2002 3 274 293
2. G. G. Wilson Nucleic Acids Res. 1991 19 2539 2566
3. J. Heitman Genet. Eng. (N Y) 1993 15 57 108
4. A. Razin EMBO J. 1998 17 4905 4908
5. S. B. Baylin J. G. Herman Trends Genet. 2000 16 168 174
6. J. Newell-Price A. J. L. Clark P. King Trends Endocrinol. Metab. 2000 11 142 148
7. A. V. Lichtenstein N. P. Kisseljova Biochemistry (Moscow) 2001 66 235 255
8. X. D. Cheng R. J. Roberts Nucleic Acids Res. 2001 29 3784 3795
9. S. Klimasauskas T. Szyperski S. Serva K. Wuthrich EMBO J. 1998 17 317 324
10. X. D. Cheng S. Kumar J. Posfai J. W. Pflugrath R. J. Roberts Cell 1993 74 299 307
11. J. Labahn J. Granzin G. Schluckebier D. P. Robinson W. E. Jack I. Schildkraut W. Saenger Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1994 91 10957 10961
12. K. M. Reinisch L. Chen G. L. Verdine W. N. Lipscomb Cell 1995 82 143 153
13. W. M. Gong M. Ogara R. M. Blumenthal X. D. Cheng Nucleic Acids Res. 1997 25 2702 2715
14. P. H. Tran Z. R. Korszun S. Cerritelli S. S. Springhorn S. A. Lacks Structure 1998 6 1563 1575
15. R. Scavetta C. B. Thomas M. A. Walsh S. Szegedi A. Joachimiak R. I. Gumport M. E. A. Churchill Nucleic Acids Res. 2000 28 3950 3961
16. T. Malone R. M. Blumenthal X. D. Cheng J. Mol. Biol. 1995 253 618 632
17. A. Jeltsch Biol. Chem. 2001 382 707 710
18. A. Jeltsch F. Christ M. Fatemi M. Roth J. Biol. Chem. 1999 274 19538 19544
19. M. Roth A. Jeltsch Nucleic Acids Res. 2001 29 3137 3144
20. J. Aranda M. Roca V. Lopez-Canut I. Tuñón J. Phys. Chem. B 2010 114 8467 8473
21. Z. E. R. Newby E. Y. Lau T. C. Bruice Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 7922 7927
22. M. J. Field M. Albe C. Bret F. Proust-De Martin A. Thomas J. Comput. Chem. 2000 21 1088 1100
23. M. J. Field, A Practical Introduction to the Simulation of Molecular Systems, Cambridge University Press, Cambridge, U.K., 1st edn, 1999
24. M. J. S. Dewar E. G. Zoebisch E. F. Healy J. J. P. Stewart J. Am. Chem. Soc. 1985 107 3902 3909
25. W. L. Jorgensen J. Tiradorives J. Am. Chem. Soc. 1988 110 1657 1666
26. J. Pranata S. G. Wierschke W. L. Jorgensen J. Am. Chem. Soc. 1991 113 2810 2819
27. W. L. Jorgensen J. Chandrasekhar J. D. Madura R. W. Impey M. L. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926 935
28. U. C. Singh P. A. Kollman J. Comput. Chem. 1986 7 718 730
29. M. J. Field P. A. Bash M. Karplus J. Comput. Chem. 1990 11 700 733
30. V. Moliner A. J. Turner I. H. Williams Chem. Commun. 1997 1271 1272
31. A. J. Turner V. Moliner I. H. Williams Phys. Chem. Chem. Phys. 1999 1 1323 1331
32. S. Marti V. Moliner I. Tuñon J. Chem. Theory Comput. 2005 1 1008 1016
33. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. J. Montgomery, T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, M. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchain, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Danniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaroni, R. L. Martin, D. L. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez and J. A. Pople, Gaussian 03, Gaussian Inc., Wallingford, CT, 2004
34. M. Roca S. Marti J. Andres V. Moliner I. Tuñón J. Bertran I. H. Williams J. Am. Chem. Soc. 2003 125 7726 7737
35. M. Roca J. Andres V. Moliner I. Tuñón J. Bertran J. Am. Chem. Soc. 2005 127 10648 10655
36. M. Roca V. Moliner I. Tuñón J. T. Hynes J. Am. Chem. Soc. 2006 128 6186 6193