Domain swapping proceeds via complete unfolding: A 19F- and 1H-NMR study of the cyanovirin-N protein

Journal of the American Chemical Society

Volumn 134, Issue 9, 2012, Pages 4229-4235

  Liu, Lin ^a   Byeon, In Ja L ^a   Bahar, Ivet ^a   Gronenborn, Angela M ^a  

^a UNIVERSITY OF PITTSBURGH SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONVERSION PROCESS; DOMAIN SWAPPING; MOLECULAR MECHANISM; STRUCTURAL UNIT;

DIMERS; MONOMERS;

PROTEINS;

CYANOVIRIN N; HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS PROTEIN; MONOMER; POLYPEPTIDE;

ARTICLE; FLUORINE NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; KINETICS; NONHUMAN; PROTEIN QUATERNARY STRUCTURE; PROTEIN UNFOLDING; PROTON NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; ROOM TEMPERATURE; THERMODYNAMICS;

BACTERIAL PROTEINS; CALORIMETRY, DIFFERENTIAL SCANNING; CARRIER PROTEINS; FLUORINE; KINETICS; MODELS, MOLECULAR; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, BIOMOLECULAR; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN UNFOLDING; PROTONS; THERMODYNAMICS;

EID: 84863260540     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja210118w     Document Type: Article

References (42)

1. Frauenfelder, H.; Sligar, S. G.; Wolynes, P. G. Science 1991, 254, 1598.
2. Bennett, M. J.; Schlunegger, M. P.; Eisenberg, D. Protein Sci. 1995, 4, 2455.
3. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 235.
4. Liu, L.; Gronenborn, A. M. Comprehensive Biophysics; Elsevier: New York, 2011; Chapter 3.9.
5. Cafaro, V.; De, L. C.; Piccoli, R.; Bracale, A.; Mastronicola, M. R.; Di, D. A.; D'Alessio, G. FEBS Lett. 1995, 359, 31.
6. Czjzek, M.; Letoffe, S.; Wandersman, C.; Delepierre, M.; Lecroisey, A.; Izadi-Pruneyre, N. J. Mol. Biol. 2007, 365, 1176.
7. Sanders, A.; Jeremy, C. C.; Higgins, L. D.; Giannini, S.; Conroy, M. J.; Hounslow, A. M.; Waltho, J. P.; Staniforth, R. A. J. Mol. Biol. 2004, 336, 165.
8. Yamasaki, M.; Li, W.; Johnson, D. J.; Huntington, J. A. Nature 2008, 455, 1255.
9. Stroud, J. C.; Wu, Y.; Bates, D. L.; Han, A.; Nowick, K.; Paabo, S.; Tong, H.; Chen, L. Structure 2006, 14, 159.
10. Staniforth, R. A.; Giannini, S.; Higgins, L. D.; Conroy, M. J.; Hounslow, A. M.; Jerala, R.; Craven, C. J.; Waltho, J. P. EMBO J. 2001, 20, 4774.
11. Rousseau, F.; Schymkowitz, J. W. H.; Wilkinson, H. R.; Itzhaki, L. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 5596.
12. Ogihara, N. L.; Ghirlanda, G.; Bryson, J. W.; Gingery, M.; DeGrado, W. F.; Eisenberg, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 1404.
13. Murray, A. J.; Head, J. G.; Barker, J. J.; Brady, R. L. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 778.
14. Lopez-Alonso, J. P.; Bruix, M.; Font, J.; Ribo, M.; Vilanova, M.; Rico, M.; Gotte, G.; Libonati, M.; Gonzalez, C.; Laurents, D. V. J. Biol. Chem. 2006, 281, 9400.
15. Jerala, R.; Zerovnik, E. J. Mol. Biol. 1999, 291, 1079.
16. Ding, F.; Prutzman, K. C.; Campbell, S. L.; Dokholyan, N. V. Structure. 2006, 14, 5.
17. Chen, Y. W.; Stott, K.; Perutz, M. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 1257.
18. Byeon, I. J.; Louis, J. M.; Gronenborn, A. M. J. Mol. Biol. 2003, 333, 141.
19. Liu, Y.; Eisenberg, D. Protein Sci. 2002, 11, 1285.
20. Dolbier, W. R. Guide to fluorine NMR for organic chemists; Wiley: Hoboken, NJ, 2009.
21. Campos-Olivas, R.; Aziz, R.; Helms, G. L.; Evans, J. N.; Gronenborn, A. M. FEBS Lett. 2002, 517, 55.
22. Abbott, G. L.; Blouse, G. E.; Perron, M. J.; Shore, J. D.; Luck, L. A.; Szabo, A. G. Biochemistry 2004, 43, 1507.
23. Ahmed, A. H.; Loh, A. P.; Jane, D. E.; Oswald, R. E. J. Biol. Chem. 2007, 282, 12773.
24. Danielson, M. A.; Falke, J. J. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1996, 25, 163.
25. Schuler, B.; Kremer, W.; Kalbitzer, H. R.; Jaenicke, R. Biochemistry 2002, 41, 11670.
26. Toptygin, D.; Gronenborn, A. M.; Brand, L. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 26292.
27. Bewley, C. A.; Gustafson, K. R.; Boyd, M. R.; Covell, D. G.; Bax, A.; Clore, G. M.; Gronenborn, A. M. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 571.
28. Botos, I.; O'Keefe, B. R.; Shenoy, S. R.; Cartner, L. K.; Ratner, D. M.; Seeberger, P. H.; Boyd, M. R.; Wlodawer, A. J. Biol. Chem. 2002, 277, 34336.
29. Yang, F.; Bewley, C. A.; Louis, J. M.; Gustafson, K. R.; Boyd, M. R.; Gronenborn, A. M.; Clore, G. M.; Wlodawer, A. J. Mol. Biol. 1999, 288, 403.
30. Barrientos, L. G.; Louis, J. M.; Botos, I.; Mori, T.; Han, Z.; O'Keefe, B. R.; Boyd, M. R.; Wlodawer, A.; Gronenborn, A. M. Structure 2002, 10, 673.
31. Wishart, D. S.; Bigam, C. G.; Yao, J.; Abildgaard, F.; Dyson, H. J.; Oldfield, E.; Markley, J. L.; Sykes, B. D. J. Biomol. NMR 1995, 6, 135.
32. Maurer, T.; Kalbitzer, H. R. J. Magn. Reson. B 1996, 113, 177.
33. Van Geet, A. L. Anal. Chem. 1968, 40, 2227.
34. Atkins, P.; De Paula, J. Atkins Physical Chemistry; Oxford University Press: New York, 2006.
35. Kelley, B. S.; Chang, L. C.; Bewley, C. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 3210.
36. Matei, E.; Zheng, A.; Furey, W.; Rose, J.; Aiken, C.; Gronenborn, A. M. J. Biol. Chem. 2010, 285, 13057.
37. Fromme, R.; Katiliene, Z.; Giomarelli, B.; Bogani, F.; Mc, M. J.; Mori, T.; Fromme, P.; Ghirlanda, G. Biochemistry 2007, 46, 9199.
38. Zweckstetter, M.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 3791.
39. Rohl, C. A.; Baker, D. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 2723.
40. Tanaka, H.; Chiba, H.; Inokoshi, J.; Kuno, A.; Sugai, T.; Takahashi, A.; Ito, Y.; Tsunoda, M.; Suzuki, K.; Takenaka, A.; Sekiguchi, T.; Umeyama, H.; Hirabayashi, J.; Omura, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 15633.
41. Barrientos, L. G.; Lasala, F.; Delgado, R.; Sanchez, A.; Gronenborn, A. M. Structure 2004, 12, 1799.
42. Zerovnik, E.; Lohner, K.; Jerala, R.; Laggner, P.; Turk, V. Eur. J. Biochem. 1992, 210, 217.