Single nucleotide variation detection on 3D DNA microarray by ligation of two-terminal-modified universal probes

Journal of Nanoscience and Nanotechnology

Volumn 11, Issue 9, 2011, Pages 7627-7634

  Xiao, Pengfeng ^a   Chen, Jing ^a   Tang, Jing ^b   Lu, Zuhong ^a  

^a SOUTHEAST UNIVERSITY   (China)

^b Tongling Municipal Center for Disease Control and Prevention   (China)

Author keywords

3D polyacrylamide Gel DNA microarray; Ligation of two terminal modified universal probes; Single nucleotide variation (SNV)

Indexed keywords

3-D MICROARRAY; CLINICAL DIAGNOSIS; DNA MICRO-ARRAY; EFFECTIVE TOOL; LIGATION REACTIONS; NOVEL STRATEGIES; PCR PRODUCTS; POLYACRYLAMIDE GELS; SINGLE NUCLEOTIDES; THREE-DIMENSIONAL (3D); TWO-POINT;

NUCLEOTIDES; PHOSPHORYLATION; POLYMERASE CHAIN REACTION; PROBES;

THREE DIMENSIONAL;

PRIMER DNA;

AGAR GEL ELECTROPHORESIS; ARTICLE; DNA MICROARRAY; DNA PROBE; NUCLEOTIDE SEQUENCE; POLYMERASE CHAIN REACTION; SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM;

BASE SEQUENCE; DNA PRIMERS; DNA PROBES; ELECTROPHORESIS, AGAR GEL; OLIGONUCLEOTIDE ARRAY SEQUENCE ANALYSIS; POLYMERASE CHAIN REACTION; POLYMORPHISM, SINGLE NUCLEOTIDE;

EID: 84863046680     PISSN: 15334880     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1166/jnn.2011.4753     Document Type: Conference Paper

References (25)

1. M. Heubner, P. Wimberger, S. Kasimir-Bauer, F. Otterbach, R. Kimmig, and W. Siffert, Anticancer Res. 29, 3449 (2009).
2. H. Staiger, F. Machicao, S. A. Schafer, K. Kirchhoff, K. Kantartzis, M. Guthoff, G. Silbernage, N. Stefan, H. U. Haring, and A. Fritsche, PLoS. One 3, e3962 (2008).
3. P. Palatini, G. Ceolotto, F. Ragazzo, F. Dorigatti, F. Saladini, I. Papparella, L. Mos, G. Zanata, and M. Santonastaso, J. Hypertens. 27, 1594 (2009).
4. J. F. Feng, X. C. Sun, N. Sun, S. K. Qin, F Li, H. Y. Cheng, B. B. Chen, Y. D. Cao, J. Ma, L. Cheng, Z. Hu, Lu, J. Z. Ji, and Y. F. Zhou, Acta Biochim. Biophys. Sin. 41, 429 (2009).
5. H. Wang, J. Li, H. P. Liu, Q. J. Liu, Q. Mei, Y. J. Wang, J. J. Zhu, N. Y. He, and Z. H. Lu, Nucleic Acids Res. 30, e61 (2002).
6. G. Bonnet, S. Tyagi, A. Libchaber, and F. R. Kramer, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 6171 (1999).
7. S. Li, M. J. Ji, N. Y. He, and Z. H. Lu, J. Nanosci. Nanotechnol. 7, 3245 (2007).
8. T. Pastinen, A. Kurg, A. Metpalu, L. Peltonen, and A. C. Syvänen, Genome Res. 7, 606 (1997).
9. H. N. Liu, S. Li, L. Tian, L. S. Liu, and N. Y. He, J. Nanosci. Nanotechnol. 10, 5311 (2010).
10. J. Tang and P. F. Xiao, Biosens. Bioelectron. 24, 1817 (2009).
11. L. Cheng, B. L. Sun, Y. Sun, P. F. Xiao, Q. Y. Ge, Y. Z. Zheng, X. Y. Ke, Y. Zhou, M. H. Zhang, P. Chen, and Z. H. Lu, J. Nanosci. Nanotechnol. 10, 479 (2010).
12. Y. Wang, D. D. Zhang, W. L. Zheng, J. F. Luo, Y. F. Bai, and Z. H. Lu, Cancer 112, 1325 (2008).
13. J. J. Ma, C. G. Liu, J. H. Li, X. M. Cao, S. L. Sun, and X. Yao, Clin. Chim. Acta. 407, 30 (2009).
14. L. S. Khraltsova, M. A. Sablina, T. D. Melikhova, D. H. Joziasse, H. Kaltner, H. J. Gabius, and N. V. Bovin. Anal. Biochem. 280, 250 (2000).
15. T. R. Samatov, H. V. Chetverina, and A. B. Chetverin, Anal. Biochem. 356, 300 (2006).
16. M. J. Ji, P. Hou, S. Li, N. Y. He, and Z. H. Lu, Mutat. Res. 548, 997 (2004).
17. L. Cheng, Q. Y. Ge, B. L. Sun, P. F. Yu, X. Y. Ke, and Z. H. Lu, J. Biomed. Nanotechnol. 5, 542 (2009).
18. L. Tian, S. Li, H. N. Liu, Z. F. Wang, and N. Y. He, J. Biomed. Nanotechnol. 5, 511 (2009).
19. H. N. Liu, S. Li, L. S. Liu, L. Tian, and N. Y. He, Biosens. Bioelectron. 26, 1442 (2010).
20. S. Li, H. N. Liu, L. S. Liu, L. Tian, and N. Y. He, Anal. Biochem. 405, 141 (2010).
21. X. Y. Li, Y. B. Guo, M. Su, L. Cheng, Z. H. Lu, and D. P. Tian, Mitochondrion. 11, 27 (2011).
22. J. Tang, Y. Q. Li, Z. Q. Pan, Y. B. Guo, J. Ma, S. Ning, P. F. Xiao, and Z. H. Lu, Hum. Mutat. 30, 1460 (2009).
23. F. N. Rehman, M. Audeh, E. S. Abrams, P. W. Hammond, M. Kenney, and T. C. Boles, Nucleic Acids Res. 27, 649 (1999).
24. P. F. Xiao, L. Cheng, Y. Wan, B. L. Sun, Z. Z. Chen, S. Y. Zhang, C. Z. Zhang, G. H. Zhou, and Z. H. Lu. Electrophoresis 27, 3904 (2006).
25. R. Drmanac, A. B. Sparks, M. J. Callow, A. L. Halpern, N. L. Burns, B. G. Kermani, P. Carnevali, I. Nazarenko G. B. Nilsen, G. Yeung, F. Dahl, A. Fernandez, B. Staker, K. P. Pant, J. Baccash, A. P. Borcherding, A. Brownley, R. Cedeno, L. S. Chen, D. Chernikoff, A. Cheung, R. Chirita, B. Curson, J. C. Ebert, C. R. Hacker, R. Hartlage, B. Hauser, S. Huang, Y. Jiang, V. Karpinchyk, M. Koenig, C. Kong, T. Landers, C. Le, J. Liu, C. E. McBride, M. Morenzoni, R. E. Morey, K. Mutch, H. Perazich, K. Perry, B. A. Peters, J. Peterson, C. L. Pethiyagoda, K. Pothuraju, C. Richter, A. M. Rosenbaum, S. Roy, J. Shafto, U. Sharanhovich, K. W. Shannon, C. G. Sheppy, M. Sun, J. V. Thakuria, A. Tran, D. Vu, A. W. Zaranek, X. D. Wu, S. Drmanac, A. R. Oliphant, W. C. Banyai, B. Martin, D. G. Ballinger, G. M. Church, and C. A. Reid, Science 327, 78 (2010).