Geometry optimizations of open-shell systems with the fragment molecular orbital method

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 116, Issue 20, 2012, Pages 4965-4974

  Pruitt, Spencer R ^a   Fedorov, Dmitri G ^b   Gordon, Mark S ^a  

^a IOWA STATE UNIVERSITY   (United States)

^b NATIONAL INSTITUTE OF ADVANCED INDUSTRIAL SCIENCE AND TECHNOLOGY AIST   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AB INITIO CALCULATIONS; ADIABATIC EXCITATION ENERGIES; FRAGMENT MOLECULAR ORBITAL METHODS; GEOMETRY OPTIMIZATION; HARTREE-FOCK; MOLECULAR SYSTEMS; OPEN-SHELL; OPEN-SHELL SYSTEMS;

GEOMETRY; MOLECULAR ORBITALS; ORBITAL CALCULATIONS;

SHELLS (STRUCTURES);

EID: 84861525895     PISSN: 10895639     EISSN: 15205215     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp302448z     Document Type: Article

References (52)

1. Imamura, A.; Aoki, Y.; Maekawa, K. J. Chem. Phys. 1991, 95, 5419
2. Gao, J. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 657
3. Söderhjelm, P.; Aquilante, F.; Ryde, U. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 11085
4. Leverentz, H. R.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1573
5. Suárez, E.; Díaz, N.; Suárez, D. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1667
6. Gordon, M. S.; Mullin, J. M.; Pruitt, S. R.; Roskop, L. B.; Slipchenko, L. V.; Boatz, J. A. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 9646
7. Deshmukh, M. M.; Gadre, S. R. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 7927
8. Gordon, M. S.; Fedorov, D. G.; Pruitt, S. R.; Slipchenko, L. V. Chem. Rev. 2012, 112, 632
9. Kitaura, K.; Ikeo, E.; Asada, T.; Nakano, T.; Uebayasi, M. Chem. Phys. Lett. 1999, 313, 701
10. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 6904
11. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. The Fragment Molecular Orbital Method: Practical Applications to Large Molecular Systems; CRC Press: Boca Raton, FL, 2009.
12. Fletcher, G. D.; Schmidt, M. W.; Bode, B. M.; Gordon, M. S. Comput. Phys. Commun. 2000, 128, 190
13. Fedorov, D. G.; Olson, R. M.; Kitaura, K.; Gordon, M. S.; Koseki, S. J. Comput. Chem. 2004, 25, 872
14. Fletcher, G. D.; Fedorov, D. G.; Pruitt, S. R.; Windus, T. L.; Gordon, M. S. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 75
15. Lee, T. J.; Rendell, A. P.; Dyall, K. G.; Jayatilaka, D. J. Chem. Phys. 1994, 100, 7400
16. Roskop, L.; Fedorov, D. G.; Gordon, M. S. Chem. Phys. Lett. In press.
17. Włoch, M.; Gour, J. R.; Piecuch, P. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 11359
18. Sawada, T.; Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 1686-16872
19. Fukunaga, H.; Fedorov, D. G.; Chiba, M.; Nii, K.; Kitaura, K. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 10887
20. Pruitt, S. R.; Fedorov, D. G.; Kitaura, K.; Gordon, M. S. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 1
21. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Chem. Phys. 2004, 120, 6832
22. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Chem. Phys. 2004, 121, 2483
23. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Chem. Phys. 2005, 122, 054108
24. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. Chem. Phys. Lett. 2004, 389, 129
25. Nagata, T.; Fedorov, D. G.; Sawada, T.; Kitaura, K.; Gordon, M. S. J. Chem. Phys. 2011, 134, 034110
26. Fedorov, D. G.; Ishida, T.; Kitaura, K. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 2638
27. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Chem. Phys. 2005, 123, 134103
28. Fedorov, D. G.; Alexeev, Y.; Kitaura, K. J. Phys. Chem. Lett. 2011, 2, 282
29. Mochizuki, Y.; Yamashita, K.; Murase, T.; Nakano, T.; Fukuzawa, K.; Takematsu, K.; Watanabe, H.; Tanaka, S Chem. Phys. Lett. 2008, 457, 396
30. Nagata, T.; Fedorov, D. G.; Kitaura, K.. Mathematical Formulation of the fragment molecular orbital method. In Linear-Scaling Techniques in Computational Chemistry and Physics; Zalesny, R.; Papadopoulos, M. G.; Mezey, P. G.; Leszczynski, J., Eds.; Springer, New York, 2011; pp 17-64.
31. DeFusco, A.; Minezawa, N.; Slipchenko, L. V.; Zahariev, F.; Gordon, M. S. J. Phys. Chem. Lett. 2011, 2, 2184
32. For a description of the closed shell gradient method, see: Kitaura, K.; Sugiki, S. I.; Nakano, T.; Komeiji, Y.; Uebayasi, M. Chem. Phys. Lett. 2001, 336, 163
33. Chiba, M.; Fedorov, D. G.; Nagata, T.; Kitaura, K. Chem. Phys. Lett. 2009, 474, 227
34. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1347
35. Gordon, M. S.; Schmidt, M. W. Advances in Electronic Structure Theory: GAMESS a Decade Later. In Theory and Applications of Computational Chemistry, the First Forty Years; Elsevier: Amsterdam, 2005.
36. Fedorov, D. G.; Slipchenko, L. V.; Kitaura, K. J. Phys. Chem. A 2010, 114, 8742
37. Honda, S.; Yamasaki, K.; Sawada, Y.; Morii, H. Structure 2004, 12, 1507
38. Xantheas, S. S.; Dunning, T. H., Jr. J. Chem. Phys. 1993, 98, 8037
39. Xantheas, S. S. J. Chem. Phys. 1994, 100, 7523
40. Hodges, M. P.; Stone, A. J.; Xantheas, S. S. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 9163
41. Xantheas, S. S. Chem. Phys. 2000, 258, 225
42. Xantheas, S. S. Struct. Bonding (Berlin) 2005, 116, 119
43. Seinfeld, J. H.; Pandis, S. N. Atmospheric Chemistry and Physics: From Air Pollution to Climate Change; Wiley: New York, 2006.
44. Day, P. N.; Pachter, R.; Gordon, M. S.; Merrill, G. N. J. Chem. Phys. 2000, 112, 2063
45. Dunning, T. H, Jr. J. Chem. Phys. 1989, 90, 1007
46. Woon, D. E.; Dunning, T. H., Jr. J. Chem. Phys. 1995, 103, 4572
47. Day, P. N.; Jensen, J. H.; Gordon, M. S.; Webb, S. P.; Stevens, W. J.; Krauss, M.; Garmer, D.; Basch, H.; Cohen, D. J. Chem. Phys. 1996, 105, 1968-1986
48. Horn, B. K. P. J. Opt. Soc. Am. 1987, 4, 629
49. Jmol: An open-source Java viewer for chemical structures in 3D. http://www.jmol.org/
50. Coote, M. L.; Izgorodina, E. I.; Krenske, E. H.; Busch, M.; Barner-Kowollik, C. Macromol. Rapid Commun. 2006, 27, 1015
51. Chiefari, J.; Chong, Y. K.; Ercole, F.; Krstina, J.; Jeffery, J.; Le, T. P. T.; Mayadunne, R. T. A.; Meijs, G. F.; Moad, C. L.; Moad, G.; Rizzardo, E.; Thang, S. H. Macromolecules 1998, 31, 5559
52. Structures used for the RAFT reaction calculations were obtained from Prof. Michelle Coote at the Austrailian National University.