Massive human co-expression network and its medical applications

Chemistry and Biodiversity

Volumn 9, Issue 5, 2012, Pages 868-887

  Feng, Yaping ^a   Hurst, Jonathan ^a   Almeida De Macedo, Marcia ^a   Chen, Xi ^a   Li, Ling ^a   Ransom, Nick ^a   Wurtele, Eve Syrkin ^a  

^a IOWA STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

Gene disease relationships; Megascale network based analysis; Systems biology; Transcriptomic data

Indexed keywords

CONFERENCE PAPER; GENE EXPRESSION; GENE INTERACTION; GENE MUTATION; HUMAN; HYPOTHESIS; REGULON;

CLUSTER ANALYSIS; DATABASES, GENETIC; GENE EXPRESSION REGULATION; GENE REGULATORY NETWORKS; HUMANS; MARKOV CHAINS; SOFTWARE; TRANSCRIPTOME;

EID: 84861321798     PISSN: 16121872     EISSN: 16121880     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cbdv.201100355     Document Type: Conference Paper

References (42)

1. W. I. Mentzen, E. S. Wurtele, BMC Plant Biol. 2008, 8, 99.
2. J. M. Stuart, E. Segal, D. Koller, S. K. Kim, Science 2003, 302, 249.
3. C. Prieto, A. Risueño, C. Fontanillo, J. De Las Rivas, PLoS One 2008, 3, e3911.
4. W.-Y. Chung, R. Albert, I. Albert, A. Nekrutenko, K. D. Makova, BMC Bioinformatics 2006, 7, 46.
5. A. Aggarwal, D. L. Guo, Y. Hoshida, S. T. Yuen, K.-M. Chu, S. So, A. Boussioutas, X. Chen, D. Bowtell, H. Aburatani, S. Y. Leung, P. Tan, Cancer Res. 2006, 66, 232.
6. J. B. Pereira-Leal, A. J. Enright, C. A. Ouzounis, Proteins: Struct., Funct., Genet. 2004, 54, 49.
7. J. K. Choi, U. S. Yu, O. J. Yoo, S. Kim, Bioinformatics 2005, 21, 4348.
8. I. K. Jordan, L. Mariño-Ramírez, Y. I. Wolf, E. V. Koonin, Mol. Biol. Evol. 2004, 21, 2058.
9. S. G. Ma, J. Huang, BMC Bioinformatics 1997, 10, 1.
10. E. S. Wurtele, L. Li, D. Berleant, D. Cook, J. A. Dickerson, J. Ding, H. Hofmann, M. Lawrence, E.-k. Lee, J. Li, W. Mentzen, L. Miller, B. J. Nikolau, N. Ransom, Y. Wang, 'MetNet: Systems Biology Tools for Arabidopsis', in 'Concepts in Plant Metabolomics', Eds. B. J. Nikolau, E. S. Wurtele, Springer, 2007, Chapt. 10, p. 145.
11. D. Montaner, P. Minguez, F. Al-Shahrour, J. Dopazo, BMC Genomics 2009, 10, 197.
12. K. Horan, C. Jang, J. Bailey-Serres, R. Mittler, C. Shelton, J. F. Harper, J.-K. Zhu, J. C. Cushman, M. Collery, T. Girke, Plant Physiol. 2008, 147, 41.
13. C. W. Dunnett, Biometrics 1964, 20, 482.
14. C. W. Dunnett, J. Am. Stat. Assoc. 1955, 50, 1096.
15. L. Y. Mao, J. L. Van Hemert, S. Dash, J. A. Dickerson, BMC Bioinformatics 2009, 10, 346.
16. W. Ding, L. Q. Wang, P. Qiu, M. Kostich, J. Greene, M. Hernandez, BMC Genomics 2002, 3, 32.
17. G. P. Srivastava, J. Qiu, D. Xu, in 'IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine Proceedings', 2008, p. 367-371.
18. K. Aoki, Y. Ogata, D. Shibata, Plant Cell Physiol. 2007, 48, 381.
19. S. van Dongen, 'Graph clustering by flow simulation', Ph.D. Thesis, University of Utrecht, 2000, p. 112.
20. E. Schwarz, F. M. Leweke, S. Bahn, P. Lio, BMC Bioinformatics 2009, 10, S6.
21. A. J. Enright, S. Van Dongen, C. A. Ouzounis, Nucleic Acids Res. 2002, 30, 1575.
22. M. C. Oldham, S. Horvath, D. H. Geschwind, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 17973.
23. S. Hashimoto, N. Chiorazzi, P. K. Gregersen, Mol. Immunol. 1995, 32, 651.
24. N. J. Chalupny, S. B. Kanner, G. L. Schieven, S. F. Wee, L. K. Gilliland, A. Aruffo, J. A. Ledbetter, EMBO J. 1993, 12, 2691.
25. M. Karin, R. L. Eddy, W. M. Henry, L. L. Haley, M. G. Byers, T. B. Shows, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1984, 81, 5494.
26. M. J. Chung, A.-Y. Kang, K. M. Lee, E. Oh, H.-J. Jun, S.-Y. Kim, J. H. Auh, T.-W. Moon, S.-J. Lee, K.-H. Park, J. Agric. Food Chem. 2006, 54, 3819.
27. A. J. Wilson, A. C. Chueh, L. Tögel, G. A. Corner, N. Ahmed, S. Goel, D.-S. Byun, S. Nasser, M. A. Houston, M. Jhawer, H. J. M. Smartt, L. B. Murray, C. Nicholas, B. G. Heerdt, D. Arango, L. H. Augenlicht, J. M. Mariadason, Cancer Res. 2010, 70, 609.
28. M. J. Chung, C. Hogstrand, S. J. Lee, Exp. Biol. Med. 2006, 231, 1555.
29. Y. Huang, H. Li, H. Hu, X. Yan, M. S. Waterman, H. Huang, X. J. Zhou, Bioinformatics 2007, 23, I222.
30. V. C. Nadar, A. Ketschek, K. A. Myers, G. Gallo, P. W. Baas, Curr. Biol. 2008, 18, 1972.
31. S. S. L. Andersen, G.-Q. Bi, Bioessays 2000, 22, 172.
32. M. S. Carro, W. K. Lim, M. J. Alvarez, R. J. Bollo, X. Zhao, E. Y. Snyder, E. P. Sulman, S. L. Anne, F. Doetsch, H. Colman, A. Lasorella, K. Aldape, A. Califano, A. Iavarone, Nature 2010, 463, 318.
33. R. A. Kroes, A. Jastrow, M. G. McLone, H. Yamamoto, P. Colley, D. S. Kersey, V. W. Yong, E. Mkrdichian, L. Cerullo, J. Leestma, J. R. Moskal, Cancer Lett. 2000, 156, 191.
34. B. Wang, G. Shi, Y. Fu, X. Xu, DNA Sequence 2007, 18, 92.
35. N. Yamada, M. Kato, P. ten Dijke, H. Yamashita, T. K. Sampath, C.-H. Heldin, K. Miyazono, K. Funa, Br. J. Cancer 1996, 73, 624.
36. C. A. Matthews, J. E. Shaw, J. A. Hooper, I. G. Young, M. F. Crouch, H. D. Campbell, J. Neurochem. 2007, 100, 693.
37. Y.-H. Kuan, T. Gruebl, P. Soba, S. Eggert, I. Nesic, S. Back, J. Kirsch, K. Beyreuther, S. Kins, J. Biol. Chem. 2006, 281, 40114.
38. A. C. McClelland, M. Hruska, A. J. Coenen, M. Henkemeyer, M. B. Dalva, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 8830.
39. X. X. Tang, H. Zhao, M. E. Robinson, B. Cohen, A. Cnaan, W. London, S. L. Cohn, N.-K. V. Cheung, G. M. Brodeur, A. E. Evans, N. Ikegaki, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 10936.
40. B. Schäfer, C. Götz, M. Montenarh, Biochem. Biophys. Res. Commun. 2008, 375, 179.
41. S. Liu, Z. M. Tian, G. Q. Zheng, H. T. Wu, Y. B. Jin, X. Ma, W. H. Fan, M. Fan, Zhonghua Yi Xue Yi Chuan Xue Za Zhi 2007, 24, 182.
42. E. I. Boyle, S. Weng, J. Gollub, H. Jin, D. Botstein, J. M. Cherry, G. Sherlock, Bioinformatics 2004, 20, 3710.