Mixing properties of sphingomyelin ceramide bilayers: A simulation study

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 15, 2012, Pages 4500-4509

  Metcalf, Rainer ^a   Pandit, Sagar A ^a  

^a UNIVERSITY OF SOUTH FLORIDA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMIDES; CELL DEATH; CELL MEMBRANES; HYDROGEN BONDS; LIQUIDS; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULES; NEURONS; VIRUSES;

ACYL MOIETY; BI-LAYER; BILAYER CONCENTRATIONS; CELL SIGNALING; CERAMIDES; CONFORMATIONAL CHANGE; DISORDERED PHASIS; ENZYMATIC CATALYSIS; GLYCOSPHINGOLIPIDS; HIGH CONCENTRATION; INTERMOLECULAR HYDROGEN BONDS; MIXING PROPERTY; MOLECULAR AREAS; MOLECULAR VOLUME; NPT MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; ORDER PARAMETER; SIMULATION STUDIES; SPHINGOMYELIN; SPHINGOMYELINASE; SPHINGOSINE; STRUCTURAL CHANGE;

PHOSPHOLIPIDS;

EID: 84859975295     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp212325e     Document Type: Article

References (55)

1. Futerman, A. H.; Hannun, Y. A. EMBO Rep. 2004, 5, 777-782
2. Ballou, L.; Laulederkind, S.; Rosloniec, E.; Raghow, R. Biochim. Biophys. Acta 1996, 1301
3. Merrill, A. H.; Schmelz, E. M.; Dillehay, D. L.; Spiegel, S.; Shayman, J. A.; Schroeder, J. J.; Riley, R. T.; Voss, K. A.; Wang, E. Toxicol. Appl. Pharmacol. 1997, 142, 208-225
4. Peña, L. A.; Fuks, Z.; Koksnick, R. Biochem. Pharmacol. 1997, 53, 615-621
5. Harouse, J. M.; Bhat, S.; Spitalnik, S. L.; Laughlin, M.; Stefano, K.; Silberberg, D. H.; Gonzalez-Scarano, F. Science 1991, 253, 320-323
6. Van Berg, L. H. D.; Sadiq, S. A.; Lederman, S.; Latov, N. J. Neurosci. Res. 1992, 33, 513-518
7. Fishman, P. H.; Pacuszka, T.; Orlandi, P. A. Adv. Lipid Res. 1993, 25, 165-87
8. Hannun, Y. A.; Obeid, L. M. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2008, 9, 139-150
9. Jayadev, S.; Liu, B.; Bielawska, A. E.; Lee, J. Y.; Nazaire, F.; Pushkareva, M. Y.; Obeid, L. M.; Hannun, Y. A. J. Biol. Chem. 1995, 270, 2047-2052
10. Kolesnick, R. J. Clin. Invest. 2002, 110, 3-8
11. Merrill, A. H. J. Biol. Chem. 2002, 277, 25843-25846
12. Rowat, A. C.; Kitson, N.; Thewalt, J. L. Int. J. Pharm. 2006, 307, 225-231
13. Megha,; Sawatzki, P.; Kolter, T.; Bittman, R.; London, E. Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2007, 1768, 2205-2212
14. Sot, J.; Bagatolli, L. A.; Goñi, F. M.; Alonso, A. Biophys. J. 2006, 90, 903-914
15. Slotte, J. P. Chem. Phys. Lipids 1999, 102, 13-27
16. Waxman, S. G.; Ritchie, J. M. Ann. Neurol. 1993, 33, 121-136
17. Ariga, T.; Jarvis, W. D.; Yu, R. K. J. Lipid Res. 1998, 39, 1-16
18. Zhang, Y.; Kolesnick, R. Endocrinology 1995, 136, 4157-4160
19. Kanety, H.; Feinstein, R.; Papa, M. Z.; Hemi, R.; Karasik, A. J. Biol. Chem. 1995, 270, 23780-23784
20. Singh, I.; Pahan, K.; Khan, M.; Singh, A. K. J. Biol. Chem. 1998, 273, 20354-20362
21. Huang, H. W.; Goldberg, E. M.; Zidovetzki, R. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1996, 220, 834-838
22. Thewalt, J.; Kitson, N.; Araujo, C.; MacKay, A.; Bloom, M. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1992, 188, 1247-1252
23. Sot, J.; Aranda, F. J.; Collado, M. I.; Goñi, F. M.; Alonso, A. Biophys. J. 2005, 88, 3368-3380
24. Pandit, S. A.; Scott, H. L. J. Chem. Phys. 2006, 124, 014708
25. Xu, X.; Bittman, R.; Duportail, G.; Heissler, D.; Vilcheze, C.; London, E. J. Biol. Chem. 2001, 276, 33540-33546
26. Wang, J.; Megha; London, E. Biochemistry 2004, 43, 1010-1018
27. Megha,; London, E. J. Biol. Chem. 2004, 279, 9997-10004
28. Busto, J. V.; Sot, J.; Requejo-Isidro, J.; Goñi, F. M.; Alonso, A. Biophys. J. 2010, 99, 1119-1128
29. Hsueh, Y. W.; Giles, R.; Kitson, N.; Thewalt, J. Biophys. J. 2002, 82, 3089-3095
30. Pandit, S. A.; Chiu, S. W.; Jakobsson, E.; Grama, A.; Scott, H. L. Biophys. J. 2007, 92, 920-927
31. Chiu, S. W.; Vasudevan, S.; Jakobsson, E.; Mashl, R. J.; Scott, H. L. Biophys. J. 2003, 85, 3624-3635
32. Zhang, Z.; Bhide, S. Y.; Berkowitz, M. L. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 12888-12897
33. Megha,; Bakht, O.; London, E. J. Biol. Chem. 2006, 281, 21903-21913
34. Nose, S.; Klein, M. Mol. Phys. 1983, 50, 1055-1076
35. Shah, J.; Atienza, J. M.; Duclos, R. I.; Rawlings, A. V.; Dong, Z.; Shipley, G. G. J. Lipid Res. 1995, 36, 1936-1944
36. Berendsen, H. J. C.; van der Spoel, D.; van Drunen, R. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 43-56
37. Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306-317; 10.1007/s008940100045. (Pubitemid 36153547)
38. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463-1472
39. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593
40. Parrinello, M.; Rahman, A. J. Appl. Phys. 1981, 52, 7182-7190
41. Pandit, S. A.; Jakobsson, E.; Scott, H. L. Biophys. J. 2004, 87, 3312-3322
42. Nagle, J. F.; Tristram-Nagle, S. Biochim. Biophys. Acta, Rev. Biomembr. 2000, 1469, 159-195
43. Niemelä, P.; Hyvönen, M. T.; Vattulainen, I. Biophys. J. 2004, 87, 2976-2989
44. Khelashvili, G. A.; Scott, H. L. J. Chem. Phys. 2004, 120, 9841-9847
45. Petrache, H. I.; Feller, S. E.; Nagle, J. F. Biophys. J. 1997, 72, 2237-2242
46. Mehnert, T.; Jacob, K.; Bittman, R.; Beyer, K. Biophys. J. 2006, 90, 939-946
47. Greenwood, A. I.; Tristram-Nagle, S.; Nagle, J. F. Chem. Phys. Lipids 2006, 143, 1-10
48. Edholm, O.; Nagle, J. F. Biophys. J. 2005, 89, 1827-1832
49. Douliez, J.; Léonard, A.; Dufourc, E. Biophys. J. 1995, 68, 1727-1739
50. Ryabova, N.; Kiselev, M.; Balagurov, A. Crystallogr. Rep. 2010, 55, 479-487; 10.1134/S1063774510030193.
51. Jensen, J.-M.; Schutze, S.; Neumann, C.; Proksch, E. J. Invest. Dermatol. 2000, 115, 708-713
52. Busto, J. V.; Fanani, M. L.; De Tullio, L.; Sot, J.; Maggio, B.; Goñi, F. M.; Alonso, A. Biophys. J. 2009, 97, 2717-2726
53. Huang, J.; Feigenson, G. W. Biophys. J. 1999, 76, 2142-2157
54. Kell, G. S. J. Chem. Eng. Data 1975, 20, 97-105
55. Errington, J. R.; Panagiotopoulos, A. Z. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 7470-7475