Visualizing the induced binding of SH2-phosphopeptide

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 8, Issue 4, 2012, Pages 1171-1175

  Giorgino, T ^a,b   Buch, I ^a   De Fabritiis, G ^a  

^a UNIVERSITAT POMPEU FABRA   (Spain)

^b CNR   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84859618208     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct300003f     Document Type: Article

References (29)

1. Liu, B. A.; Jablonowski, K.; Raina, M.; Arcé, M.; Pawson, T.; Nash, P. D. Mol. Cell 2006, 22, 851-868
2. Payne, G.; Shoelson, S. E.; Gish, G. D.; Pawson, T.; Walsh, C. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 4902-4906
3. Lee, T. R.; Lawrence, D. S. J. Med. Chem. 2000, 43, 1173-1179
4. Eck, M. J.; Shoelson, S. E.; Harrison, S. C. Nature 1993, 362, 87-91
5. Lubman, O. Y.; Waksman, G. J. Mol. Biol. 2003, 328, 655-668
6. Songyang, Z.; Shoelson, S. E.; Chaudhuri, M.; Gish, G.; Pawson, T.; Haser, W. G.; King, F.; Roberts, T.; Ratnofsky, S.; Lechleider, R. J.; Neel, B. G.; Birge, R. B.; Fajardo, J. E.; Chou, M. M.; Hanafusa, H.; Schaffhausen, B.; Cantley, L. C. Cell 1993, 72, 767-778
7. Bradshaw, J. M.; Grucza, R. A.; Ladbury, J. E.; Waksman, G. Biochemistry 1998, 37, 9083-9090
8. Colizzi, F.; Perozzo, R.; Scapozza, L.; Recanatini, M.; Cavalli, A. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 7361-7371
9. Gervasio, F. L.; Laio, A.; Parrinello, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 2600-2607
10. Buch, I.; Harvey, M. J.; Giorgino, T.; Anderson, D. P.; De Fabritiis, G. J. Chem. Inf. Model. 2010, 50, 397-403
11. Shan, Y.; Kim, E. T.; Eastwood, M. P.; Dror, R. O.; Seeliger, M. A.; Shaw, D. E. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 9181-9183
12. Ahmad, M.; Gu, W.; Helms, V. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2008, 47, 7626-7630
13. Voelz, V. A.; Bowman, G. R.; Beauchamp, K.; Pande, V. S. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 1526-1528
14. Buch, I.; Giorgino, T.; De Fabritiis, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, not supplied.
15. Harvey, M. J.; Giupponi, G.; Fabritiis, G. D. J. Chem. Inf. Model. 2009, 5, 1632-1639
16. Buch, I.; Sadiq, S. K.; De Fabritiis, G. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 1765-1772
17. Panayotou, G.; Gish, G.; End, P.; Truong, O.; Gout, I.; Dhand, R.; Fry, M. J.; Hiles, I.; Pawson, T.; Waterfield, M. D. Mol. Cell. Biol. 1993, 13, 3567-3576
18. Morelock, M. M.; Ingraham, R. H.; Betageri, R.; Jakes, S. J. Med. Chem. 1995, 38, 1309-1318
19. De Fabritiis, G.; Geroult, S.; Coveney, P. V.; Waksman, G. Proteins 2008, 72, 1290-1297
20. Gan, W.; Roux, B. Proteins 2009, 74, 996-1007
21. Bradshaw, J. M.; Waksman, G. Biochemistry 1998, 37, 15400-15407
22. Bradshaw, J. M.; Waksman, G. Biochemistry 1999, 38, 5147-5154
23. Taylor, J. D.; Ababou, A.; Fawaz, R. R.; Hobbs, C. J.; Williams, M. A.; Ladbury, J. E. Proteins 2008, 73, 929-940
24. Waksman, G.; Shoelson, S. E.; Pant, N.; Cowburn, D.; Kuriyan, J. Cell 1993, 72, 779-790
25. Tong, L.; Warren, T. C.; Lukas, S.; Schembri-King, J.; Betageri, R.; Proudfoot, J. R.; Jakes, S. J. Biol. Chem. 1998, 273, 20238-20242
26. Noé, F.; Fischer, S. Curr. Opin. Struct. Biol. 2008, 18, 154-162
27. Held, M.; Metzner, P.; Prinz, J.-H.; Noé, F. Biophys. J. 2011, 100, 701-710
28. Swinney, D. C. Curr. Opin. Drug Discovery Dev. 2009, 12, 31-39
29. Mark, P.; Nilsson, L. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 9954-9960